目的整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因。方法首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,借助蛋白-蛋白互作(pro...目的整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因。方法首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,借助蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络和cytohubba筛选出模块中差异最大的前10%基因作为候选基因,对候选基因进行生存分析和表达分析得到核心基因。最后,利用TIMER、TISIDB等生信工具探索核心基因表达和肿瘤免疫浸润、趋化因子及免疫调节剂的相关性并构建核心基因转录调控网络。结果利用WGCNA筛选出与BLBC相关的黑色模块中共891个基因,从差异性最大的80个候选基因中分析获得ESPL1和CCNB2两个核心基因。结果显示,两个核心基因与BLBC免疫细胞浸润有关,主要包括Th2细胞、CD8+T细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞。而且,核心基因表达水平与趋化因子、免疫刺激因子、免疫抑制因子及MHC分子相关。核心基因上游转录调控网络表明22种转录因子同时调控两个核心基因。结论ESPL1和CCNB2是BLBC的预后标志物且与肿瘤免疫相关。展开更多
文摘目的整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer,BLBC)的预后相关的核心基因。方法首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,借助蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络和cytohubba筛选出模块中差异最大的前10%基因作为候选基因,对候选基因进行生存分析和表达分析得到核心基因。最后,利用TIMER、TISIDB等生信工具探索核心基因表达和肿瘤免疫浸润、趋化因子及免疫调节剂的相关性并构建核心基因转录调控网络。结果利用WGCNA筛选出与BLBC相关的黑色模块中共891个基因,从差异性最大的80个候选基因中分析获得ESPL1和CCNB2两个核心基因。结果显示,两个核心基因与BLBC免疫细胞浸润有关,主要包括Th2细胞、CD8+T细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞。而且,核心基因表达水平与趋化因子、免疫刺激因子、免疫抑制因子及MHC分子相关。核心基因上游转录调控网络表明22种转录因子同时调控两个核心基因。结论ESPL1和CCNB2是BLBC的预后标志物且与肿瘤免疫相关。
