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基因表达研究新方法SAGE和GLGI及其在家蚕功能基因组研究中的应用前景 被引量:6
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作者 黄健华 苗雪霞 黄勇平 《蚕业科学》 CAS CSCD 2004年第4期395-398,共4页
基因表达序列分析技术 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是用于基因表达水平差异性分析和大规模发现新基因的重要分子生物学技术 ,该技术能反映生物个体在不同的发育时期或生理状态下的基因表达全貌 ,在家蚕功能基因组研究中运... 基因表达序列分析技术 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是用于基因表达水平差异性分析和大规模发现新基因的重要分子生物学技术 ,该技术能反映生物个体在不同的发育时期或生理状态下的基因表达全貌 ,在家蚕功能基因组研究中运用该技术有助于找到一些新基因 ,甚至发现一些涉及发育变态、性别调控和蚕丝产量、质量性状的相关基因。结合标签的基因序列延伸 (generationoflongercDNAfragmentsfromSAGEtagsforgeneidentifica tion ,GLGI)是将从SAGE中得到的 10bp的标签tag经过PCR转化成数百碱基对的 3′EST序列 ,大大增加了tag的特异性。GLGI还有助于充分利用那些没有和GenBank数据库匹配的tag ,因而具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 TAG 基因 基因表达
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表达基因分析方法 被引量:4
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作者 许杨 阮琼芳 李燕萍 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期122-126,共5页
了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术... 了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术的原理、方法、特点及其应用情况。 展开更多
关键词 表达基因 抑制消减杂交技术 基因表达序列分析 基因表达谱芯片 电子克隆
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基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景 被引量:1
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作者 甘丽萍 徐世清 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期32-35,共4页
家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析... 家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 长片段基因表达序列分析
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基因表达系列分析技术在真菌功能基因组学中的应用 被引量:1
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作者 殷朝敏 雷靖行 +1 位作者 陈叶叶 马爱民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期51-56,87,共7页
基因表达系列分析(SAGE)是一种在mRNA水平上高通量、快速、灵敏分析细胞或组织基因表达信息,并在基因组学研究中广泛应用的技术。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,比较不同时空条件下基因表达的差异,还可以在全基因... 基因表达系列分析(SAGE)是一种在mRNA水平上高通量、快速、灵敏分析细胞或组织基因表达信息,并在基因组学研究中广泛应用的技术。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,比较不同时空条件下基因表达的差异,还可以在全基因组范围内获得基因的表达谱,从而发现新基因。综述基因表达系列分析技术在材料用量、标签长度、技术流程和标签测序等方面的研究进展及该技术在病原真菌、工业真菌和食用真菌功能基因组学中的应用。 展开更多
关键词 基因表达序列分析 真菌 差异表达基因 基因表达 功能基因组学
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利用SAGE方法分析家蚕基因表达数目的初探 被引量:1
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作者 黄健华 王四宝 +1 位作者 苗雪霞 黄勇平 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期429-433,共5页
SAGE(serial analysis of gene expression)是基因表达水平差异分析和大规模发现新基因的分子生物学技术。已构建了家蚕卵、幼虫、蛹、成虫等4个不同发育时期的SAGE表达库,经测序分别得到69 100、62 232、63 966和62 666个基因标签序列... SAGE(serial analysis of gene expression)是基因表达水平差异分析和大规模发现新基因的分子生物学技术。已构建了家蚕卵、幼虫、蛹、成虫等4个不同发育时期的SAGE表达库,经测序分别得到69 100、62 232、63 966和62 666个基因标签序列,其中特异标签数目依次为17 718、13 243、14 044和15 224。这些特异标签数目即为家蚕在这4个不同发育时期的基因转录本数量。根据测序数与获得标签的数量动态监测,发现测序的数目尚未达到饱和,因此基因转录本的数目还可能会有所增加。在上述研究的基础上,利用SAGE数据为基础,采用双倒数作图求最大值的方法,推测出了家蚕在4个不同发育时期的基因表达数目,同时也发现家蚕卵期的基因表达数目远远大于其它3个时期。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 标签 基因转录本
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胃癌中管家基因表达的恒定性研究
6
作者 张莉 张文 王辉 《新乡医学院学报》 CAS 2010年第4期336-339,共4页
目的观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。方法通过分析胃癌基因表达序列分析数据库(SAGE),观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。同时运用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)分别测定胃癌组织、正常组织中管家基因GAPDH、β-actin mRNA的表达情况... 目的观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。方法通过分析胃癌基因表达序列分析数据库(SAGE),观察胃癌中管家基因的表达是否恒定。同时运用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)分别测定胃癌组织、正常组织中管家基因GAPDH、β-actin mRNA的表达情况,并进行半定量灰度分析,对结果进行验证。结果通过分析胃癌SAGE数据库中管家基因的拷贝数,发现在不同病变组织以及病变组织与正常组织间多数管家基因的表达是不恒定的。GAPDH、β-ac-tin在胃癌中的表达发生明显改变,与正常组织比较,差别均有统计学意义(P<0.01)。结论胃癌中管家基因表达的不恒定性普遍存在。由于管家基因在胃癌中的表达不恒定,在运用RT-PCR技术对胃癌基因表达进行定量分析时,应选择适当的2种或2种以上的内参基因,以减少检测标本间的差异。 展开更多
关键词 胃癌 管家基因 恒定性 基因表达序列分析 逆转录多聚酶链反应
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亚麻抗白粉病基因SAGE分析
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作者 陈思 杨秀坤 +7 位作者 王珣 李柱刚 杨帆 吴广文 刘岩 金慧 周春薇 杨学 《中国麻业科学》 2019年第6期247-252,共6页
基因表达系列分析可使细胞中全部表达基因实现定性与定量,是一种高通量的研究真核细胞表达基因信息的检测技术。试验采用具有更高特异性的I-SAGETM LONG KIT,以亚麻抗白粉病品系9801-1及其感病对照黑亚11号为材料,将转录体系中的各转录... 基因表达系列分析可使细胞中全部表达基因实现定性与定量,是一种高通量的研究真核细胞表达基因信息的检测技术。试验采用具有更高特异性的I-SAGETM LONG KIT,以亚麻抗白粉病品系9801-1及其感病对照黑亚11号为材料,将转录体系中的各转录本以一个特异的寡核苷酸序列(SAGE标签)为代表,从cDNA中分离出这些标签制备成一个数量大约在20000个SAGE的标签库,进一步连接成标签多聚体用于克隆测序,数据可以与SAGE map(www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE)、SAGE Genie(cgap.nci.nih.gov/SAGE)参考数据库相比较,以备现在和将来的分析使用。 展开更多
关键词 亚麻 白粉病 基因表达序列分析 标签
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肿瘤血管的基因表达型
8
作者 张雅德 《国外医学情报》 2001年第5期18-18,20,共2页
研究人员最近获得了有关癌瘤如何确保其生长所必需的血液供给的详细资料。约翰霍普金斯大学医学院的Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler在近期出版的《科学》杂志上报告了他们的研究结果,他们对大量的人结肠癌血管和正常结肠组织血管中... 研究人员最近获得了有关癌瘤如何确保其生长所必需的血液供给的详细资料。约翰霍普金斯大学医学院的Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler在近期出版的《科学》杂志上报告了他们的研究结果,他们对大量的人结肠癌血管和正常结肠组织血管中的基因表达进行了比较。 展开更多
关键词 肿瘤 肿瘤血管 基因表达 基因表达序列分析
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表达谱基因芯片筛选子宫内膜异位症相关基因及IL-12受体在子宫内膜异位症中的作用 被引量:5
9
作者 李洁 李亚里 +2 位作者 田方 宗利丽 李亭 《现代妇产科进展》 CSCD 2004年第4期255-257,F003,共4页
目的探讨子宫内膜异位症(EM)患者的发病机制和白细胞介素12(IL12)及其受体(IL12R)的水平与疾病进展的关系。方法应用578点的人类免疫相关表达谱cDNA基因芯片筛选EM相关基因。酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定21例EM患者及21例对照者血清中... 目的探讨子宫内膜异位症(EM)患者的发病机制和白细胞介素12(IL12)及其受体(IL12R)的水平与疾病进展的关系。方法应用578点的人类免疫相关表达谱cDNA基因芯片筛选EM相关基因。酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定21例EM患者及21例对照者血清中IL12水平。结果(1)用Array3000扫描仪扫描芯片,观察杂交结果,用ImaGene3.0软件分析Cy3和Cy5两种荧光信号的强度和比值。在对6张芯片的结果分析中,获得EM的相关差异基因9个,共同表现为上调的基因2个,下调的基因7个。其中下调基因中差异最显著的是IL12R;(2)ELISA检测结果显示EM组与对照组患者血清中IL12水平无明显差异;EM患者血清IL12水平与疾病期别无明显相关;两组患者血清IL12水平与月经周期亦无明显相关。结论基因芯片技术是一种有效的、高敏感、高通量的技术。EM患者的异位内膜组织的IL12RmRNA水平表现为下调,表明它可能在此疾病的发生与发展中起重要作用。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 基因表达序列分析 受体 白细胞介素12
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一株硝化杆菌的筛选及初步鉴定 被引量:1
10
作者 郑金来 李君文 +3 位作者 晁福寰 王新为 周娟 古长庆 《环境与健康杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期19-20,共2页
目的筛选、分离能够用于治理氮污染的硝化菌。方法通过富集培养从土壤中筛选自养型硝化菌,在进行形态学和生化的检验之后设计引物,扩增硝化菌的特征性基因norB之后对PCR产物进行测序,并与Genbank上的序列比较同源性。结果从土壤中筛选到... 目的筛选、分离能够用于治理氮污染的硝化菌。方法通过富集培养从土壤中筛选自养型硝化菌,在进行形态学和生化的检验之后设计引物,扩增硝化菌的特征性基因norB之后对PCR产物进行测序,并与Genbank上的序列比较同源性。结果从土壤中筛选到了1株能够氧化亚硝酸盐的细菌,该菌形态小、浅黄色菌落,是杆菌。PCR能扩增出预期大小片段。对其PCR产物直接测序,与Genbank上的序列比较,发现该基因与硝化菌Nhamburgensis的norB基因同源性高达99%。结论可以初步断定该研究所筛选到的细菌属于硝化杆菌。 展开更多
关键词 一株硝化杆菌 筛选 鉴定 硝化杆菌属 聚合酶链反应 基因表达序列分析 微生物
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硝酸菌norB基因的克隆及序列分析 被引量:2
11
作者 郑金来 李君文 +3 位作者 晁福寰 王新为 宋农 金敏 《环境与健康杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期31-32,共2页
目的扩增、克隆硝酸菌的norB基因。方法通过PCR扩增硝酸菌的norB基因,然后克隆至T载体中,并转化进E.coliJM109中。通过兰白斑挑选阳性转化子。对质粒测序,并与Genbank上的序列进行同源性分析。结果同源性搜索发现所有扩增到的基因无论... 目的扩增、克隆硝酸菌的norB基因。方法通过PCR扩增硝酸菌的norB基因,然后克隆至T载体中,并转化进E.coliJM109中。通过兰白斑挑选阳性转化子。对质粒测序,并与Genbank上的序列进行同源性分析。结果同源性搜索发现所有扩增到的基因无论在核酸序列水平还是在蛋白序列水平都与Genbank上的汉堡硝化杆菌norB基因同源,且同源性高达96%~98%。结论扩增获得的基因经过基因序列分析证实为硝酸菌norB基因。 展开更多
关键词 硝化杆菌属 聚合酶链反应 基因表达序列分析 norB基因
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应用表达谱基因芯片筛选子宫内膜异位症相关差异基因
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作者 周红辉 李亚里 +2 位作者 李洁 关铮 宗利丽 《现代妇产科进展》 CSCD 2004年第6期406-409,F003,共5页
目的 :研究子宫内膜异位症患者 (EMs)与非子宫内膜异位症 (非EMs)患者在位子宫内膜基因表达的差异 ,从分子水平探讨子宫内膜异位症的发病机制。方法 :选用含有 14 112位点的人类表达谱cDNA基因芯片 ,筛选EMs患者与非EMs患者不同月经周... 目的 :研究子宫内膜异位症患者 (EMs)与非子宫内膜异位症 (非EMs)患者在位子宫内膜基因表达的差异 ,从分子水平探讨子宫内膜异位症的发病机制。方法 :选用含有 14 112位点的人类表达谱cDNA基因芯片 ,筛选EMs患者与非EMs患者不同月经周期在位子宫内膜的差异表达基因。结果 :筛选出增生期差异基因 193个 ,其中上调 5 8个 ,下调 135个 ;分泌期差异基因 93个 ,其中上调 6个 ,下调 87个 ;增生期和分泌期共同差异基因 2 0个 ,其中上调 1个 ,下调 19个。结论 :用表达谱基因芯片可有效地研究EMs患者与非EMs患者不同月经周期在位子宫内膜基因表达的差异 ,通过进一步分析有望筛选出与EMs相关的新基因靶点。 展开更多
关键词 基因表达序列分析 子宫内膜异位症 基因表达
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