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植物实时荧光定量PCR内参基因的特点及选择 被引量:104
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作者 袁伟 万红建 杨悦俭 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期427-436,共10页
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)具有灵敏度高、特异性强、重复的动态定量范围和高通量等优点,是进行植物基因表达和转录分析最常用的技术手段之一。选择合适的内参基因是正确运用实时荧光定量PCR分析目标基因表达变化的前提。近年来,大量研... 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)具有灵敏度高、特异性强、重复的动态定量范围和高通量等优点,是进行植物基因表达和转录分析最常用的技术手段之一。选择合适的内参基因是正确运用实时荧光定量PCR分析目标基因表达变化的前提。近年来,大量研究表明,内参基因的选择应取决于研究者的实验条件;随着实验条件的变化,内参基因的选择也随之变化。因此,实时荧光定量PCR结果分析的准确性在很大程度上依赖于所选择的内参基因是否适合。该文从内参基因的选择、常用内参基因的特点、新内参基因的挖掘、应用内参基因组合的优点和内参基因的稳定性评价等几方面进行综述,以期为研究者在实验中选择合适的内参基因提供参考和理论依据。 展开更多
关键词 基因表达分析 基因表达的稳定性 QRT-PCR 内参基因
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新疆红肉苹果杂种一代4个株系类黄酮含量及其合成相关基因表达分析 被引量:31
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作者 许海峰 王楠 +10 位作者 姜生辉 王意程 刘静轩 曲常志 王得云 左卫芳 张晶 冀晓昊 张宗营 毛志泉 陈学森 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第16期3174-3187,共14页
【目的】研究新疆红肉苹果(Malus sieversii f.neidzwetzkyana(Dieck)Langenf.)与‘富士’(M.domestica cv.Fuji)等苹果品种杂交后代株系间果实类黄酮合成差异的分子机理,为进一步完善功能型苹果育种的理论与技术体系提供科学依据。【... 【目的】研究新疆红肉苹果(Malus sieversii f.neidzwetzkyana(Dieck)Langenf.)与‘富士’(M.domestica cv.Fuji)等苹果品种杂交后代株系间果实类黄酮合成差异的分子机理,为进一步完善功能型苹果育种的理论与技术体系提供科学依据。【方法】以紫红2号及红脆1、2、4号等红肉程度存在明显差异的4个苹果株系发育后期的果实为试材,进行MYB10启动子基因型鉴定,并测定类黄酮组分和含量,分析类黄酮合成相关基因的表达。【结果】红脆1、2、4号MYB10启动子基因型均是R6R1型,而紫红2号启动子类型为R6R6型。红脆1号和紫红2号果实成熟期类黄酮含量分别为3.0 mg·g^(-1)和3.1 mg·g^(-1);紫红2号花青苷含量(23.9 U·g^(-1) FW)是红脆1号(12.2 U·g^(-1) FW)的2倍,其他类黄酮组分含量(1 635.3 mg·kg^(-1))仅是红脆1号的69%。紫红2号MYB10和UFGT等转录因子及花青苷合成基因在果实发育后期(花后110—125 d)均具有较高的表达量;红脆4号的MYB10虽然在果实发育后期(花后110—125 d)表达量较高,但b HLH3、TTG1、ANS和UFGT表达量较低。红脆1、2、4号类黄酮组分含量分别为2 355.0、1 247.5和1 337.5 mg·kg^(-1),差异显著;红脆1号MYB12转录因子及FLS、LAR和ANR等类黄酮生物合成相关结构基因表达量较高,而MYB16和MYB111表达量较低;红脆2、4号MYB12转录因子及FLS、LAR和ANR等类黄酮生物合成相关结构基因表达量较低,而MYB16和MYB111转录因子表达量较高。【结论】MYB10、b HLH3和TTG1等转录因子及ANS和UFGT等花青苷生物合成结构基因在果实发育后期高水平表达,可能是导致紫红2号成熟期果肉花青苷含量高的主要原因,而MYB12、MYB16和MYB111等转录因子及DFR、FLS、LAR和ANR类黄酮生物合成相关结构基因的差异表达,可能是导致红脆1、2、4号等3个株系类黄酮组分及含量差异的主要原因。 展开更多
关键词 新疆红肉苹果 杂交后代 类黄酮 MYB10 基因表达分析
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柑橘内参基因的稳定性评价 被引量:27
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作者 肖翠 严佳文 +3 位作者 龙桂友 戴素明 李大志 邓子牛 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期978-984,共7页
【目的】为了筛选在柑橘中稳定表达的内参基因,以确保柑橘基因表达分析结果的可靠性。【方法】选取Actin、18SrRNA、rpII、GAPDH、UBQ10、UBQ1作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder、BestKeeper以及RefFinder软件分析这6个基因在冰糖... 【目的】为了筛选在柑橘中稳定表达的内参基因,以确保柑橘基因表达分析结果的可靠性。【方法】选取Actin、18SrRNA、rpII、GAPDH、UBQ10、UBQ1作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder、BestKeeper以及RefFinder软件分析这6个基因在冰糖橙的根、茎、叶、果实以及干旱、低温、溃疡病、衰退病胁迫下叶片中的表达稳定性。【结果】结果表明,在不同柑橘器官及不同胁迫处理下的柑橘叶片中,候选内参基因的表达稳定性确实存在差异。在不同柑橘器官之间比较用UBQ10和rpII;干旱胁迫下用GAPDH、18SrRNA和Actin;低温胁迫下用UBQ10、Actin和18Sr-RNA;溃疡病菌侵染胁迫下用Actin、UBQ10和GAPDH;感染衰退病毒时用18SrRNA和rpII。【结论】为了获得较为稳定的表达分析结果,建议根据不同的试验内容选择不同的内参基因组合。 展开更多
关键词 柑橘 内参基因 稳定性评价 RT-QPCR 基因表达分析
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紫芽茶树类黄酮生物合成关键酶基因表达与总儿茶素、花青素含量相关性分析 被引量:22
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作者 周天山 王新超 +4 位作者 余有本 肖瑶 钱文俊 肖斌 杨亚军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期525-531,共7页
儿茶素类化合物与花青素均由类黄酮代谢途径合成,紫芽茶中富含花青素。为探明紫芽茶树中类黄酮生物合成代谢流的情况,本试验以来源于湄潭苔茶后代的1株紫色芽叶茶树和1株绿色芽叶茶树为材料,测定芽下第一叶、第二叶和第三叶的叶色、儿... 儿茶素类化合物与花青素均由类黄酮代谢途径合成,紫芽茶中富含花青素。为探明紫芽茶树中类黄酮生物合成代谢流的情况,本试验以来源于湄潭苔茶后代的1株紫色芽叶茶树和1株绿色芽叶茶树为材料,测定芽下第一叶、第二叶和第三叶的叶色、儿茶素类组分和花青素总量,分析了类黄酮生物合成相关的基因表达情况及基因表达量同总儿茶素、花青素累积量之间的相关性。结果表明,紫芽茶树中各叶位中花青素含量均显著高于对照绿芽茶树,而儿茶素类总量却低于对照;类黄酮生物合成关键酶(PAL、CHS、CHI、F3H、DFR、ANS、ANR1、ANR2、F3’H和F3’5’H)基因均呈现上调趋势。紫色芽叶中的总儿茶素与花青素,同各相关基因(LAR除外)表达水平的相关性都较高,且二者相关系数差异不大。绿色芽叶中的总儿茶素与各基因(LAR、F3’H除外)表达的相关系数,明显高于花青素同各基因表达的相关系数。 展开更多
关键词 紫芽茶树 基因表达分析 总儿茶素 花青素 相关性分析
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紫心大白菜花青素积累特性及相关基因表达分析 被引量:21
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作者 段岩娇 张鲁刚 +2 位作者 何琼 张明科 石姜超 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2159-2167,共9页
利用徒手切片法、pH差计法及实时荧光定量RT-PCR技术,观察和测定紫心大白菜与同源非紫心大白菜[Brassica campestris L.ssp.pekinensis(Lour)Olsson]花青素在叶片中的分布和总含量变化,比较叶片中花青素合成途径关键酶基因及其转录调控... 利用徒手切片法、pH差计法及实时荧光定量RT-PCR技术,观察和测定紫心大白菜与同源非紫心大白菜[Brassica campestris L.ssp.pekinensis(Lour)Olsson]花青素在叶片中的分布和总含量变化,比较叶片中花青素合成途径关键酶基因及其转录调控因子的表达特点。结果表明,紫心大白菜花青素不均匀分布于叶片中,尤以叶表皮细胞及临近表皮的叶肉细胞内最为丰富,并且内层球叶含量高于外层球叶。紫心大白菜心叶中花青素含量最高为0.79mg·g-1FW,对照09S17混合样的叶片中花青素总含量为0.01mg·g-1FW。荧光定量PCR分析表明,花青素生物合成途径上游关键酶基因CHS、CHI、F3H、F3′H及下游修饰基因UFGT、转运酶基因GST与转录因子MYB0在紫色大白菜心叶中上调表达,下游关键酶基因DFR、ANS、LDOX与转录因子MYB2、MYB4、MYB12和MYB111的表达在整个紫心大白菜中大幅上调,推测这可能是紫心大白菜花青素积累的重要原因,其中MYB2和MYB4可能起主要作用。 展开更多
关键词 大白菜 紫心 花青素 分布 基因表达分析
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人类乳腺癌基因表达分析 被引量:15
6
作者 陈剑英 张波 +3 位作者 王国斌 郑海 陈庆勇 陈道达 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期429-431,共3页
目的 研究乳腺癌发生和发展相关基因群的表达及其初步功能。方法 用40 96种人类基因多聚酶链反应(PCR)产物制成BioDoor40 96型表达谱芯片,分离纯化正常乳腺组织和乳腺癌组织mRNA ,制备表达谱探针,用ScanArray3 0 0 0荧光扫描仪扫描芯... 目的 研究乳腺癌发生和发展相关基因群的表达及其初步功能。方法 用40 96种人类基因多聚酶链反应(PCR)产物制成BioDoor40 96型表达谱芯片,分离纯化正常乳腺组织和乳腺癌组织mRNA ,制备表达谱探针,用ScanArray3 0 0 0荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析正常乳腺组织和乳腺癌组织之间差异表达的基因。结果 在40 96种基因中,正常乳腺组织和乳腺癌组织之间差异表达的基因有619条(15 .11% )。生物信息学分析显示,这些差异表达的基因可能与乳腺癌的发生和发展密切相关。结论 乳腺癌的发生、发展中存在多基因表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。 展开更多
关键词 基因表达分析 人类乳腺癌 正常乳腺组织 乳腺癌组织 生物信息学分析 多聚酶链反应 差异表达 基因表达调控 表达谱芯片 计算机分析 个体化治疗 人类基因 mRNA 分离纯化 发病机制 基因 表达 相关 癌发生 光信号 扫描仪
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激光捕获显微切割技术应用研究新进展 被引量:17
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作者 闫峰 李宗芳 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第7期860-864,共5页
对疾病发生过程中的组织损害要进行分子水平分析,首要步骤就是纯净目标细胞的分离。近年发展起来的激光捕获显微切割(lasercapturemicrodissection,LCM)技术可以在显微镜直视下快速、准确地获取所需的单一细胞亚群,甚至单个细胞,从而成... 对疾病发生过程中的组织损害要进行分子水平分析,首要步骤就是纯净目标细胞的分离。近年发展起来的激光捕获显微切割(lasercapturemicrodissection,LCM)技术可以在显微镜直视下快速、准确地获取所需的单一细胞亚群,甚至单个细胞,从而成功解决了组织中细胞异质性问题。本文介绍了LCM技术的原理及其优缺点,并对其在DNA分析和基因表达分析两个方面的应用研究新进展进行综述,同时对LCM技术的发展和完善提出了可能的方向。 展开更多
关键词 激光捕获显微切割 DNA分析 基因表达分析
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葡萄赤霉素合成相关基因克隆、亚细胞定位和表达分析 被引量:20
8
作者 王西成 任国慧 +4 位作者 房经贵 李阿英 刘洪 吴伟民 赵密珍 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2224-2231,共8页
【目的】分离和克隆‘藤稔’葡萄内根-贝壳杉烯氧化酶基因(VvKO)、GA2-氧化酶基因(VvGA2ox2和VvGA2ox4)、GA3β-羟化酶基因(VvGA3ox4)和GA20-氧化酶基因(VvGA20ox1)等5个重要赤霉素合成相关基因的ORF序列,并对其进行亚细胞定位与表达分... 【目的】分离和克隆‘藤稔’葡萄内根-贝壳杉烯氧化酶基因(VvKO)、GA2-氧化酶基因(VvGA2ox2和VvGA2ox4)、GA3β-羟化酶基因(VvGA3ox4)和GA20-氧化酶基因(VvGA20ox1)等5个重要赤霉素合成相关基因的ORF序列,并对其进行亚细胞定位与表达分析。【方法】采用电子克隆方法克隆相关基因,构建亚细胞定位表达载体,基因枪转化洋葱表皮细胞后激光共聚焦显微镜下观察。并用半定量和荧光定量RT-PCR方法研究各基因的时空表达。【结果】成功克隆了5个基因的完整ORF序列,对上述基因在葡萄不同组织器官中的表达水平进行分析发现,它们在组织器官间的表达有强弱差异。其中,VvGA2ox2主要在果实中表达,VvGA2ox4主要在叶片和果实中表达,而VvKO、VvGA3ox4和VvGA20ox1则在花、叶片和果实中均有一定的表达。VvKO、VvGA2ox2、VvGA2ox4和VvGA3ox4与GFP融合蛋白仅在核内产生绿色荧光;而VvGA20ox1与GFP融合蛋白在细胞核和细胞质膜上均产生绿色荧光信号。【结论】克隆的5个基因与葡萄的花、果实以及营养器官的发育存在不同程度的联系,其中4个基因仅呈现出细胞核内作用的特点,而VvGA20ox1则表现出细胞核和细胞质膜定位的现象。 展开更多
关键词 葡萄 赤霉素 亚细胞定位 荧光定量RT-PCR 基因表达分析
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甘蓝型油菜Cu/ZnSOD和FeSOD基因的克隆及菌核病菌诱导表达 被引量:17
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作者 杨鸯鸯 李云 +4 位作者 丁勇 徐春雷 张成桂 刘英 甘莉 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期71-78,共8页
依据拟南芥、芥菜型油菜和白菜已知超氧化物歧化酶(SOD)保守序列设计引物,用同源序列法和RT-RACE技术克隆甘蓝型油菜Cu/ZnSOD和FeSOD基因,经序列分析和基因片段拼接,得到Cu/ZnSOD和FeSOD基因的全长cDNA,分别为756 bp(GenBank登录号AY970... 依据拟南芥、芥菜型油菜和白菜已知超氧化物歧化酶(SOD)保守序列设计引物,用同源序列法和RT-RACE技术克隆甘蓝型油菜Cu/ZnSOD和FeSOD基因,经序列分析和基因片段拼接,得到Cu/ZnSOD和FeSOD基因的全长cDNA,分别为756 bp(GenBank登录号AY970822)和1 037 bp(GenBank登录号EF634058)。以cDNA序列设计引物,获得1 322 bp的Cu/ZnSOD基因组DNA(GenBank登录号DQ431853)和1 659 bp的FeSOD基因组DNA(GenBank登录号EF634057)。生物信息学分析表明,Cu/ZnSOD基因ORF框长459 bp,编码152个氨基酸残基的蛋白质,在基因组序列结构上具有7个外显子和6个内含子。而FeSOD基因ORF框长792 bp,编码263个氨基酸残基的蛋白质,在基因组序列结构上具有8个外显子和7个内含子。二者外显子和内含子交接处完全符合GT/AG规则。利用获得的Cu/ZnSOD的cDNA片段作探针,对菌核病菌诱导甘蓝型油菜叶片的mRNA进行Northern blot分析,结果显示在同一品种(系)中菌核病菌诱导后Cu/ZnSOD mRNA表达量比诱导前升高,抗(耐)型油菜Cu/ZnSOD mRNA表达量明显高于感病型。油菜叶片SOD酶活性分析结果也获得了完全一致的结果。以上结果表明,甘蓝型油菜SOD基因与菌核病抗性相关。 展开更多
关键词 Cu/Zn-超氧化物歧化酶 Fe-超氧化物歧化酶 甘蓝型油菜 菌核病菌 基因表达分析
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不同砂梨果实中糖酸含量及代谢相关基因表达分析 被引量:16
10
作者 蒋爽 岳晓燕 +6 位作者 滕元文 王晓庆 施春晖 徐芳杰 张学英 白松龄 骆军 《果树学报》 CSCD 北大核心 2016年第S1期65-70,共6页
【目的】探讨糖酸含量对梨果实口感的影响,并找出砂梨果实发育过程中可能的糖酸代谢关键基因。【方法】使用高效液相色谱仪对4个不同类型的砂梨果实中主要糖酸含量进行分析,从梨基因组注释数据中检索并分离获得糖酸代谢密切相关的基因家... 【目的】探讨糖酸含量对梨果实口感的影响,并找出砂梨果实发育过程中可能的糖酸代谢关键基因。【方法】使用高效液相色谱仪对4个不同类型的砂梨果实中主要糖酸含量进行分析,从梨基因组注释数据中检索并分离获得糖酸代谢密切相关的基因家族,并使用‘雪青’梨转录组数据对这些基因家族在果实不同发育时期进行表达分析。【结果】‘翠冠’梨中糖含量高,‘1-8-34’梨酸含量高。口感偏酸的‘新酥’梨和‘1-8-34’果实中的总糖含量与口感偏甜的‘金二十世纪’梨差异不显著。研究共分离获得糖酸代谢密切相关的10个基因家族共44成员,其中23个成员在不同果实发育时期发生表达。2个蔗糖磷酸合成酶(SPS1和SPS2)、1个磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC3)和2个苹果酸脱氢酶(MDH3和MDH4)在梨果实成熟期均表现出较高表达量。【结论】梨果实口感酸的主要原因是果肉中酸含量高。SPS1,SPS2,PEPC3,MDH3和MDH4在梨果实糖酸合成中起关键作用。 展开更多
关键词 基因表达分析
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世界卫生组织2016急性白血病分型解读 被引量:16
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作者 张瑞东 王林娅 郑胡镛 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期15-18,共4页
自2008年世界卫生组织(WHO)更新造血与淋巴组织肿瘤分类后,许多与急性白血病相关的独特生物标志相继被发现,这些生物标志绝大部分来源于基因表达分析和二代测序,显著地改善了WHO分类中亚型的诊断标准以及与预后的相关性。
关键词 急性白血病分型 世界卫生组织 解读 基因表达分析 生物标志 肿瘤分类 淋巴组织 诊断标准
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蒺藜苜蓿LBD转录因子基因家族全基因组分析 被引量:16
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作者 贾喜涛 刘文献 +3 位作者 谢文刚 刘志鹏 刘志敏 王彦荣 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2176-2187,共12页
LBD是植物中所特有的转录因子基因家族,在调控植物侧生组织发育、营养代谢以及响应逆境胁迫等方面具有重要作用。该研究利用生物信息学手段,从全基因组水平筛选和鉴定了蒺藜苜蓿LBD基因家族,并对基因结构、系统进化、进化压力、保守域... LBD是植物中所特有的转录因子基因家族,在调控植物侧生组织发育、营养代谢以及响应逆境胁迫等方面具有重要作用。该研究利用生物信息学手段,从全基因组水平筛选和鉴定了蒺藜苜蓿LBD基因家族,并对基因结构、系统进化、进化压力、保守域、染色体定位以及基因表达模式等进行了分析。研究结果共鉴定出2类5亚类共计56个蒺藜苜蓿LBD家族基因,在8条染色体上均有分布,但分布不均匀。该家族成员外显子数目都不超过2个,结构简单,基因间在进化时存在负向选择作用。基因表达模式分析发现,该家族成员的表达具有一定的时空特异性,并受干旱和氮素调控。该研究结果对蒺藜苜蓿LBD基因功能研究及进化分析具有重要的意义。 展开更多
关键词 蒺藜苜蓿 LBD转录因子 系统进化 基因表达分析
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谷子MYB类转录因子SiMYB42提高转基因拟南芥低氮胁迫耐性 被引量:15
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作者 丁庆倩 王小婷 +10 位作者 胡利琴 齐欣 葛林豪 徐伟亚 徐兆师 周永斌 贾冠清 刁现民 闵东红 马有志 陈明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期327-338,共12页
Myeloblastosis(MYB)类转录因子是高等植物中最大的转录因子家族之一,在植物发育及防御反应过程中发挥重要作用,还参与植物对干旱等非生物胁迫的响应。谷子(Setaria italica L.)起源于中国,具有抗旱、耐瘠薄的特性,是研究单子叶作物非... Myeloblastosis(MYB)类转录因子是高等植物中最大的转录因子家族之一,在植物发育及防御反应过程中发挥重要作用,还参与植物对干旱等非生物胁迫的响应。谷子(Setaria italica L.)起源于中国,具有抗旱、耐瘠薄的特性,是研究单子叶作物非生物胁迫抗性的理想材料。本研究对耐低氮胁迫谷子品种郑204经低氮处理后进行转录组分析,鉴定出一个在低氮胁迫条件下明显上调的MYB类转录因子SiMYB42。系统发育树结果表明,SiMYB42属于R2R3-MYB亚族,具有2个MYB保守域;表达模式分析显示,SiMYB42在低氮、高盐、干旱和ABA胁迫条件下表达量显著上调;亚细胞定位、quantitative real-time PCR及转录激活活性分析结果表明,SiMYB42蛋白定位于植物的细胞核和细胞膜中,主要在谷子的叶部或根部表达,具有转录激活活性;基因功能分析结果表明,在正常条件下,转SiMYB42基因拟南芥与野生型Columbia-0拟南芥(WT)无明显差异,但在低氮条件下,转SiMYB42基因拟南芥的主根长、根系表面积及鲜重均显著高于WT,结果证明SiMYB42基因可以提高转基因植物对低氮胁迫的耐性;下游基因表达分析结果显示,在转SiMYB42基因拟南芥中,参与植物氮素转运的硝酸盐转运基因NRT2.1、NRT2.4和NRT2.5的表达水平均高于WT,启动子分析结果显示NRT2.1、NRT2.4和NRT2.5基因启动子序列中均具有MYB结合位点。以上结果证明,SiMYB42可以通过调控下游硝酸盐转运体基因的表达提高植物在低氮条件下的耐性。本研究揭示了SiMYB42基因在低氮胁迫反应途径中的作用,为进一步了解谷子低氮胁迫响应的调控网络奠定了基础。 展开更多
关键词 谷子(Setaria ITALICA L.) MYB类转录因子 低氮胁迫 基因表达分析 基因功能分析
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基因芯片分析技术(一) 被引量:12
14
作者 常智杰 张淑平 《生物学通报》 北大核心 2000年第7期5-7,共3页
基因芯片技术是近年发展起来的一项新技术。文中较详细地阐述了基因芯片的概念、种类。
关键词 基因芯片 生物技术 制作工艺 基因表达分析
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短枝型苹果赤霉素受体基因MdGID1a及其启动子克隆和表达分析 被引量:14
15
作者 宋杨 张艳敏 +3 位作者 吴树敬 冯守千 王传增 陈学森 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期2237-2244,共8页
以短枝型富士苹果‘龙富短枝’(Malus×domestica Borkh.‘Longfu Duanzhi’)枝条为试材,采用RT-PCR结合RACE技术,克隆获得苹果赤霉素受体基因MdGID1a,GenBank基因数据库的登录号为JF516247。该基因编码区共1 035 bp,推测其编码345... 以短枝型富士苹果‘龙富短枝’(Malus×domestica Borkh.‘Longfu Duanzhi’)枝条为试材,采用RT-PCR结合RACE技术,克隆获得苹果赤霉素受体基因MdGID1a,GenBank基因数据库的登录号为JF516247。该基因编码区共1 035 bp,推测其编码345个氨基酸。氨基酸序列分析显示,其具有HSL基因家族的保守氨基酸结构域HGG和GXSXG,与其它植物赤霉素受体基因具有较高的同源性。其启动子序列包含植物激素和光等响应元件。实时定量qRT-PCR分析表明,MdGID1a在短枝型‘龙富短枝’和普通型‘长富2号’枝条不同生长阶段、在叶片、枝条、果实、花和叶芽中的表达水平存在明显差异。苹果赤霉素受体基因MdGID1a在短枝型苹果枝条伸长过程中具有一定的调控作用。 展开更多
关键词 苹果 赤霉素受体基因 基因表达分析 启动子
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乳腺癌激素耐受细胞系LCC2的基因表达分析 被引量:13
16
作者 陈剑英 张波 +1 位作者 王国斌 陈道达 《中华普通外科杂志》 CSCD 北大核心 2004年第12期744-746,共3页
目的 研究乳腺癌激素治疗耐受产生中相关基因群的表达及其功能。方法 用 80 0 0种人类基因PCR产物制成BioDoor80 0 0型表达谱芯片 ,分离纯化乳腺癌激素耐受细胞系LCC2和乳腺癌细胞系MCF 7mRNA ,制备表达谱探针 ,用ScanArray30 0 0荧... 目的 研究乳腺癌激素治疗耐受产生中相关基因群的表达及其功能。方法 用 80 0 0种人类基因PCR产物制成BioDoor80 0 0型表达谱芯片 ,分离纯化乳腺癌激素耐受细胞系LCC2和乳腺癌细胞系MCF 7mRNA ,制备表达谱探针 ,用ScanArray30 0 0荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,利用计算机分析MCF 7细胞系和乳腺癌激素耐受细胞系LCC2之间差异表达的基因。结果 在 80 0 0种基因中 ,MCF 7细胞和乳腺癌激素耐受细胞系LCC2之间差异表达的基因有 1892条 (2 3 6 5 % )。生物信息学分析显示 ,这些差异表达基因可能与乳腺癌激素治疗耐受的产生有相关性。结论 对于乳腺癌相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制和激素治疗耐受机制。 展开更多
关键词 耐受 乳腺癌 细胞系 激素治疗 MCF-7细胞 相关基因 肿瘤 差异表达 基因表达分析 7mRNA
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白木香倍半萜合成酶基因As-SesTPS的克隆及生物信息学与表达分析 被引量:13
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作者 吴宏清 王磊 +4 位作者 何欣 白玲 高晓霞 严寒静 章卫民 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期94-101,共8页
目的从白木香Aquilaria sinensis总RNA中克隆倍半萜合成酶基因,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对白木香总RNA进行反转录聚合酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,... 目的从白木香Aquilaria sinensis总RNA中克隆倍半萜合成酶基因,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对白木香总RNA进行反转录聚合酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行相似性比较和同源性分析,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。通过半定量PCR检测该基因在白木香树干中不同部位的表达情况。结果获得As-SesTPS基因,ORF长1 629 bp,编码542个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera的大根香叶烯-D合成酶[(-)-germacrene D synthas]相似性最高,且包含RRx8W和DDxxD的保守序列。As-SesTPS蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,且仅在白木香结香部位表达。结论首次从白木香中克隆得到可能编码大根香叶烯-D合成酶的基因,为白木香倍半萜生物合成代谢途径的研究提供参考。 展开更多
关键词 白木香 倍半萜合成酶 基因克隆 生物信息学 基因表达分析
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作物染色体导入系的构建及其应用 被引量:11
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作者 廖长见 王颖姮 潘光堂 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第F11期139-144,共6页
染色体导入系,也称染色体片段代换系、回交重组自交系或近等基因系,是借助分子辅助选择方法,通过回交和自交,从供体中导入一个或几个小的染色体片段进入轮回亲本。相对于传统的遗传群体,导入系群体大大降低了供体材料的遗传背景的干扰,... 染色体导入系,也称染色体片段代换系、回交重组自交系或近等基因系,是借助分子辅助选择方法,通过回交和自交,从供体中导入一个或几个小的染色体片段进入轮回亲本。相对于传统的遗传群体,导入系群体大大降低了供体材料的遗传背景的干扰,提高了QTL分析的灵敏度和准确性,是QTL鉴定、精细定位、互作分析、图位克隆、性状改良及杂种优势利用和基因表达分析的理想的实验材料。本文就染色体导入系的研究情况进行了详细的综述。 展开更多
关键词 染色体导入系 QTL分析 基因表达分析
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柑橘大实蝇内参基因的评估 被引量:11
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作者 王佳 赵静 刘映红 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1375-1380,共6页
【目的】柑橘大实蝇Bactrocera minax(Enderlein)是一种危害严重的柑橘害虫。本研究旨在筛选柑橘大实蝇在特定条件下体内稳定表达的内参基因,以确保使用实时荧光定量PCR分析目标基因表达的可靠性。【方法】选择10种候选内参基因用于... 【目的】柑橘大实蝇Bactrocera minax(Enderlein)是一种危害严重的柑橘害虫。本研究旨在筛选柑橘大实蝇在特定条件下体内稳定表达的内参基因,以确保使用实时荧光定量PCR分析目标基因表达的可靠性。【方法】选择10种候选内参基因用于进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR),利用5种软件对柑橘大实蝇在不同虫态下(低龄幼虫、3龄幼虫、1日龄蛹、80日龄蛹、160日龄蛹、雄成虫、雌成虫)以及成虫不同部位(成虫头、胸、腹、整体)中候选内参基因的Ct值进行分析,明确其表达的稳定性。【结果】在柑橘大实蝇不同虫态和成虫不同部位,10种候选内参基因的Ct值都处于15~30之间,各基因Ct值的不同表明各基因的表达量存在差异。综合分析各种软件对内参基因稳定性的排名,结合ge Norm软件对最佳内参基因数量的分析结果,推荐在不同虫态下采用UBQ,GAPDH和GST作为内参基因,在不同成虫部位中采用TUB,GAPDH和GST作为内参基因。【结论】为了获取可信的目标基因表达分析结果,建议根据不同条件选择使用不同的内参基因组合。本研究结果有利于进一步研究柑橘大实蝇在特定条件下的目标基因表达。 展开更多
关键词 柑橘大实蝇 内参基因 表达稳定性 基因表达分析 实时荧光定量PCR
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牧草盲蝽实时定量PCR内参基因的筛选 被引量:11
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作者 贾冰 马亿 +4 位作者 庞保平 单艳敏 鲍青龙 韩海斌 谭瑶 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1379-1391,共13页
【目的】筛选出适合牧草盲蝽Lygus pratensis在不同条件下稳定表达的内参基因。【方法】选取编码牧草盲蝽α-微管蛋白、β-微管蛋白、肌动蛋白、延伸因子、琥珀酸脱氢酶复合体A、泛素、转录起始因子TFIID亚基、谷胱甘肽S-转移酶、核糖... 【目的】筛选出适合牧草盲蝽Lygus pratensis在不同条件下稳定表达的内参基因。【方法】选取编码牧草盲蝽α-微管蛋白、β-微管蛋白、肌动蛋白、延伸因子、琥珀酸脱氢酶复合体A、泛素、转录起始因子TFIID亚基、谷胱甘肽S-转移酶、核糖体蛋白L32及TATA盒结合蛋白的10条基因为候选内参基因,采用qRT-PCR技术测定其在牧草盲蝽不同性别成虫、成虫不同组织、不同龄期、对功夫菊酯不同抗性成虫、不同温度及不同杀虫剂分别处理后的成虫共6类样品中的表达量;采用BestKeeper,geNorm,NormFinder及RefFinder 4种计算程序对各候选基因的表达稳定性进行评价。【结果】依据获得的有效qRT-PCR数据前提,利用不同计算方法综合分析得出:在牧草盲蝽成虫不同组织中和对功夫菊酯不同抗性成虫中最稳定表达的内参基因均为RPL32;不同温度处理、不同性别成虫中、不同杀虫剂处理和不同龄期牧草盲蝽中最稳定表达的内参基因分别为UBQ,SDHA,β-tubulin和TAF。通过geNorm软件判断配对变异数确定的内参基因最佳数目,结合RefFinder对基因表达稳定性综合排序的结果可得:牧草盲蝽不同成虫组织中、不同性别成虫中、不同龄期、对功夫菊酯不同抗性成虫中、不同温度及杀虫剂分别处理的成虫等各组的最优内参基因组合分别为RPL32+TAF,SDHA+GST,TAF+GST+UBQ,RPL32+GST,UBQ+ACT+β-tubulin和β-tubulin+TAF+RPL32。【结论】本研究获得的牧草盲蝽在不同条件下表达最稳定及最适内参基因组合,都可用于后续的基因定量表达研究。 展开更多
关键词 牧草盲蝽 QRT-PCR 内参基因 基因表达分析 表达稳定性
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