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马克斯克鲁维酵母FIM1基因组分析
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作者 罗通宇 曾俊源 +3 位作者 吕奕琳 周峻岗 余垚 吕红 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期303-312,316,共11页
马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本... 马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本研究使用重测序的DNA-seq数据校验了K.marxianus FIM1的基因组序列,随后补充了K.marxianus FIM1的注释,并使用比较基因组学的方法进一步完善了K.marxianus FIM1的基因组信息。根据重测序比对结果,删除了测序数据无法覆盖的位点61处,共4910bp。K.marxianus FIM1新序列总长为10909543bp,可覆盖酵母目保守基因库中99.5%的基因。同时对K.marxianus FIM1的非编码RNA、次级代谢产物基因簇的也进行了补充注释。进一步,我们使用基因组共线性分析的方法分析了K.marxianus FIM1在物种分化过程中基因排列顺序保守的区域,并将K.marxianus FIM1与NCBI公布的11株K.marxianus进行了种内基因组比较。发现12株K.marxianus早在约180万年前分化为两个亚型,它们共有的同源基因家族有4009个,基因组中核心基因平均占比为79.88%,预测K.marxianus为闭合型泛基因组,核心基因数为3760个,为K.marxianus FIM1遗传学的研究与遗传工程的改造提供了数据支持。 展开更多
关键词 马克斯克鲁维酵母 基因组校验 基因组注释 比较基因组学
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