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果实软化相关PG基因的进化分析和基因组定位 被引量：24
1
作者 魏潇 刘威生 +4 位作者 刘宁 章秋平 张玉萍 刘硕 刘有春 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1791-1799,共9页
利用NCBI数据库和蔷薇科基因组数据库中的数据对48个果实PG基因进行系统进化分析,结果表明3个进化支中都包含与果实软化相关的PG基因,属于A支和属于B支的PG基因有明显的功能差异。氨基酸序列分析显示,3个进化支中的PG基因存在多个差异位... 利用NCBI数据库和蔷薇科基因组数据库中的数据对48个果实PG基因进行系统进化分析,结果表明3个进化支中都包含与果实软化相关的PG基因,属于A支和属于B支的PG基因有明显的功能差异。氨基酸序列分析显示,3个进化支中的PG基因存在多个差异位点,A支和C支PG基因的N端比B支短60~70个氨基酸。PG基因结构（包括启动子、内含子和编码区）的变异对其功能差异有重要影响。对苹果和桃的PG基因进行了基因组精确定位,其附近存在果实软化相关性状标记。 展开更多
关键词 多聚半乳糖醛酸酶基因 果实软化 系统进化分析 基因组定位
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定位候选克隆 被引量：3
2
作者 廖成 赵慕钧 李载平 《生命的化学》 CAS CSCD 1999年第2期92-94,共3页
当前，人类基因组研究的重心正在由“结构”向“功能”转移，一个以基因组功能研究为主要内容的所谓“后基因组时代”（ｐｏｓｔ－ｇｅ－ｎｏｍｉｃｓ），也即功能基因组（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｅ－ｎｏｍｉｃｓ）时代，即将到来。如... 当前，人类基因组研究的重心正在由“结构”向“功能”转移，一个以基因组功能研究为主要内容的所谓“后基因组时代”（ｐｏｓｔ－ｇｅ－ｎｏｍｉｃｓ），也即功能基因组（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｅ－ｎｏｍｉｃｓ）时代，即将到来。如何获取基因的功能信息，即与人类重大... 展开更多
关键词 定位候选克隆 疾病相关基因 基因组定位
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水稻纹枯病菌谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学及表达分析 被引量：4
3
作者 张云欢 郑文博 +3 位作者 赵美 王陈骄子 周而勋 舒灿伟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期45-51,共7页
通过生物信息学方法及表达分析对水稻纹枯病菌谷胱甘肽S转移酶基因(Rsgst)的功能进行探索。通过水稻纹枯病菌RSIADB基因组数据库查找Rsgst序列,确定该基因在水稻纹枯病菌基因组中的精确位置。利用生物信息学软件预测Rsgst编码蛋白氨基... 通过生物信息学方法及表达分析对水稻纹枯病菌谷胱甘肽S转移酶基因(Rsgst)的功能进行探索。通过水稻纹枯病菌RSIADB基因组数据库查找Rsgst序列,确定该基因在水稻纹枯病菌基因组中的精确位置。利用生物信息学软件预测Rsgst编码蛋白氨基酸序列的基本信息,并使用MEGA 5.0软件构建同源蛋白的系统发育树,最后用qRT-PCR检测Rsgst在菌核发育过程中的基因表达量,同时测定GST的酶活性。结果表明,Rsgst全长1 207 bp,该基因共编码277个氨基酸残基,其编码蛋白分子量为30.90 ku,理论等电点为9.42。该蛋白二级结构中以α-螺旋为主,占41.52%。系统发育树表明,水稻纹枯病菌GST蛋白与担子菌类玉米丝黑穗病菌GST蛋白亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,Rsgst在水稻纹枯病菌菌核发育过程中表达量不断上调,基因最高表达量是在第60小时,为7.64,而Rsgst的最高酶活性是在第5天,其酶活为0.375 U/μg。结果可为预测水稻纹枯病菌中Rsgst基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 水稻纹枯病菌 谷胱甘肽S-转移酶 菌核发育 酶活测定 基因组定位
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北京基因组所合作完成鲤鱼基因组序列图谱绘制
4
《中国科学院院刊》 2014年第6期768-769,共2页
中科院北京基因组所于军研究组与其合作者完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,这也是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究团队完成了雌核发育鲤鱼的基因组深度测序、精细图谱绘制和基因组注释。在遗传图谱信息... 中科院北京基因组所于军研究组与其合作者完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,这也是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究团队完成了雌核发育鲤鱼的基因组深度测序、精细图谱绘制和基因组注释。在遗传图谱信息的基础上,科研人员利用基因组组装结果,将鲤鱼基因组定位到染色体上,得到了较完整的鲤鱼精细图谱。其基因组由16.9亿碱基组成, 展开更多
关键词 全基因组序列 基因组图谱 鲤鱼 北京 合作 异源四倍体 基因组注释 基因组定位
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蚊基因组定位研究进展
5
作者 周国理 《国外医学（寄生虫病分册）》 1999年第1期10-14,共5页
了解蚊基因组结构全貌,首先要进行基因组的定位工作。传统的基因定位主要是遗传学定位和同工酶标记定位。本文着重从RFLP标记定位、原位杂交定位、微卫星标志定位、染色体显微切割DNA标记定位和RAPD标志定位五个方面综述了蚊基因组定位... 了解蚊基因组结构全貌,首先要进行基因组的定位工作。传统的基因定位主要是遗传学定位和同工酶标记定位。本文着重从RFLP标记定位、原位杂交定位、微卫星标志定位、染色体显微切割DNA标记定位和RAPD标志定位五个方面综述了蚊基因组定位的研究进展。 展开更多
关键词 蚊虫 基因组定位 RFLP 原位杂交 微卫星
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灰葡萄孢Bctre1的基因组定位、蛋白质结构预测及表达分析 被引量：1
6
作者 沈彦辉 陈宏坤 +2 位作者 高璐阳 徐广飞 付强强 《山东农业科学》 2020年第3期13-18,共6页
本研究选取灰葡萄孢菌株BC05.10为试材,克隆Bctre1基因的核苷酸序列并对其进行生物信息学分析,同时采用荧光定量PCR法研究该基因在不同侵染时期、分生孢子萌发过程中以及不同碳源、海藻糖诱导下的表达情况。结果表明:该基因ID号为54282... 本研究选取灰葡萄孢菌株BC05.10为试材,克隆Bctre1基因的核苷酸序列并对其进行生物信息学分析,同时采用荧光定量PCR法研究该基因在不同侵染时期、分生孢子萌发过程中以及不同碳源、海藻糖诱导下的表达情况。结果表明:该基因ID号为5428296,全长3341bp,位于scaffold_17负链的495880~499211位置,与核盘菌Sstre1的同源关系较近;BcTRE1蛋白由1033个氨基酸残基编码组成,该蛋白N端具有2个6发卡结构的超糖苷酶家族和1个C端糖基水解酶家族63。荧光定量PCR结果显示,随着侵染时间的延长Bctre1表达量显著增加(P<0.05),48h后表达量增加不显著;Bctre1在分生孢子萌发24h时表达量最高;Bctre1在海藻糖为单一碳源的培养基中表达量最高,在海藻糖诱导下12h后Bctre1表达量显著增加(P<0.05)。综上,Bctre1与侵染寄主过程中分生孢子萌发及不同碳源利用密切相关,在侵染后期对促进菌丝生长发挥重要作用。 展开更多
关键词 灰葡萄孢 Bctre1 基因组定位 蛋白结构 表达分析
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小鼠sidt2基因的可变剪接验证
7
作者 刘舒云 李洁 +9 位作者 陈留存 曹国军 李少华 赵强 丁红梅 高亚萍 刘农乐 王芳 杨光 邵宁生 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2008年第5期418-420,423,共4页
目的:验证小鼠基因sidt2中sidt2(l)和sidt2(s)为同一基因经可变剪接所得的结果。方法:对小鼠sidt2基因进行生物信息学分析及基因组PCR,确定其基因组定位情况;通过提取总RNA、RT-PCR,了解sidt2在小鼠多种组织中的表达情况;构建可变剪接... 目的:验证小鼠基因sidt2中sidt2(l)和sidt2(s)为同一基因经可变剪接所得的结果。方法:对小鼠sidt2基因进行生物信息学分析及基因组PCR,确定其基因组定位情况;通过提取总RNA、RT-PCR,了解sidt2在小鼠多种组织中的表达情况;构建可变剪接报告载体,转染小鼠肝癌细胞Hepa1-6,并提取细胞总RNA、RT-PCR,检测其在细胞中的剪接行为,验证该基因存在可变剪接。结果及结论:证实小鼠sidt2存在可变剪接,其两条序列sidt2(l)和sidt2(s)为可变剪接的产物。 展开更多
关键词 sidt2 可变剪接 基因组定位 组织表达谱
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百脉根BIO和豌豆突变位点ELE2的比较基因组定位(英文) 被引量：3
8
作者 李信 赫圣博 +7 位作者 庄黎丽 Sato Shusei TabataSatoshi Ambrose Mike Rameau Catherine 杨军 胡筱荷 罗达 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期3-9,共7页
豆科两侧对称花的花瓣具有背腹(DV)的分化以及可变的器官内部(IN)非对称性,在大小与形状上显示出不同的发育特征;因而花瓣的发育为克隆决定植物器官的形状与大小的关键基因提供了很好的实验系统。本研究对百脉根中BIO基因进行研究。百脉... 豆科两侧对称花的花瓣具有背腹(DV)的分化以及可变的器官内部(IN)非对称性,在大小与形状上显示出不同的发育特征;因而花瓣的发育为克隆决定植物器官的形状与大小的关键基因提供了很好的实验系统。本研究对百脉根中BIO基因进行研究。百脉根bio突变体具有多效性,既影响花器官内部的对称性也影响器官的大小和育性,豌豆ele突变体的表型与bio相似。定位结果表明BIO和ELE2位于豆科基因组的共线性区段,提示BIO和ELE2可能是同源基因突变所致。本研究利用比较基因组定位方法,将BIO和ELE2候选基因锚定在豆科模式植物百脉根和蒺藜苜蓿基因组含有11个同源基因的BAC重叠群上。BIO和ELE2基因的克隆将有助于揭示豆科花瓣形态和大小调控的分子机理,进而为豆科作物遗传改良提供分子理论基础。 展开更多
关键词 器官的形状和大小 百脉根 BIO基因 ELE2基因 比较基因组定位
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基因组基因定位(基因DNA酶解图谱技术)的计算机方法研究
9
作者 蔡煜东 陈波 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 1994年第S1期118-120,共3页
本文提出基于酶解图谱技术的基因组基因定位的计算机方法，用于连接定位从克隆分析得到的数据．我们选择了若干例子作为研究对象，尝试了该方法的有效性．结果表明，计算机方法性能良好，可望成为大基因组基因定位的有用工具．
关键词 计算机方法 基因组基因定位 酶解图谱
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