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丽水市鼠类物携带钩端螺旋体的研究
1
作者 柳付明 陈秀英 +3 位作者 陈伟芝 王晓光 潘孝猛 於洋 《中国地方病防治》 CAS 2024年第5期434-435,450,共3页
目的了解丽水市鼠间钩端螺旋体的流行情况及基因溯源情况,为丽水市钩端螺旋体传染病的防控提供依据。方法2020—2023年间采用鼠笼法捕鼠,对捕获的小鼠进行分类鉴定,采集其肝脏和肾脏组织,进行实时荧光PCR钩端螺旋体核酸检测。阳性样本通... 目的了解丽水市鼠间钩端螺旋体的流行情况及基因溯源情况,为丽水市钩端螺旋体传染病的防控提供依据。方法2020—2023年间采用鼠笼法捕鼠,对捕获的小鼠进行分类鉴定,采集其肝脏和肾脏组织,进行实时荧光PCR钩端螺旋体核酸检测。阳性样本通过PCR扩增后进行16S rRNA基因检测,对16S rRNA基因片段进行进化分析、核苷酸同源性分析及遗传距离分析。结果2020—2023年间捕获鼠类动物13种803只,其中黑线姬鼠、褐家鼠、黄毛鼠、东方田鼠、黄胸鼠、社鼠、大家鼠和青毛鼠中均有检出钩端螺旋体,其阳性率分别为21.89%、5.11%、6.31%、15.67%、2.99%、14.29%、12.50%和25.00%,差异无统计学意义。7例钩端螺旋体的16S rRNA基因片段聚到同一分支,其中2023050和2023026聚为一簇,同源性较高;其中5例钩端螺旋体聚为一支。7例钩端螺旋体的16S rRNA基因片段之间的核苷酸同源性范围为98.97%~100%,平均遗传距离范围为0~0.01。结论目前丽水市主要携带钩端螺旋体的优势鼠种是黑线姬鼠和东方田鼠,黑线姬鼠和东方田鼠是丽水田间的优势鼠种,不同鼠种携带钩端螺旋体的基因相似度较高。应普及鼠传疾病防治知识,降低钩端螺旋体的感染风险。 展开更多
关键词 PCR 钩端螺旋体 16S rRNA 基因溯源 鼠传疾病
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深圳市1例黑热病病例实验室检测与分子鉴定
2
作者 黄达娜 刘小莲 +7 位作者 高世同 李媛 唐屹君 张倩 彭博 阳帆 牛丛 张仁利 《中国热带医学》 CAS 北大核心 2024年第2期218-222,共5页
目的对深圳市1例输入性黑热病病例进行实验室检测和分子溯源分析以确定感染虫株。方法收集2023年3月15日深圳市确诊1例黑热病病例的骨髓穿刺液和血液进行实验室检测。对患者骨髓穿刺液涂片姬姆萨染色后进行显微镜检查,对血液样品采用内... 目的对深圳市1例输入性黑热病病例进行实验室检测和分子溯源分析以确定感染虫株。方法收集2023年3月15日深圳市确诊1例黑热病病例的骨髓穿刺液和血液进行实验室检测。对患者骨髓穿刺液涂片姬姆萨染色后进行显微镜检查,对血液样品采用内脏利什曼原虫快速诊断试剂(rk39)进行血清抗体检查,并提取全血DNA,PCR扩增内转录间隔区Ⅰ(internal transcribed spacer-1,ITS-1)序列并测序比对,同时基于ITS-1序列构建系统进化树。结果对患者骨髓涂片显微镜检查查见大量利什曼原虫无鞭毛体,确诊为黑热病,患者血液采用rk39快速诊断试剂检测结果呈阳性,PCR扩增出ITS-1基因产物序列与预期大小一致,经NCBI数据库中比对,与婴儿利什曼原虫ITS-1基因序列相似度为100%,确定感染虫株为婴儿利什曼原虫。对扩增的ITS-1序列进行系统发育树构建发现与婴儿利什曼原虫聚到一个分支,且与所选的参比序列中的KC347299距离较近。结论深圳市1例黑热病病例是由婴儿利什曼原虫引起的,黑热病在我国仍时有发生,应加强非疫区医务人员诊断技术,积极配合使用新的诊断技术进行辅助诊断,同时应提高对利什曼原虫的防控能力。 展开更多
关键词 黑热病 利什曼原虫 实验室检测 基因溯源
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上海市1例输入性婴儿利什曼原虫引起的黑热病实验室检测与溯源分析 被引量：1
3
作者 王真瑜 张耀光 +4 位作者 朱民 江莉 潘浩 马晓疆 余晴 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第3期283-287,292,共6页
目的对上海市1例输入性黑热病病例进行实验室检测与基因溯源分析。方法收集该病例的临床资料,并进行流行病学调查。对患者的骨髓穿刺液涂片进行显微镜镜检,对血样进行快速免疫层析法检测和PCR检测。扩增产物测序后比对并构建系统发育树... 目的对上海市1例输入性黑热病病例进行实验室检测与基因溯源分析。方法收集该病例的临床资料,并进行流行病学调查。对患者的骨髓穿刺液涂片进行显微镜镜检,对血样进行快速免疫层析法检测和PCR检测。扩增产物测序后比对并构建系统发育树。结果该患者出生于并有往返于黑热病流行区的流行病学史,伴有不规则的反复发热、贫血及脾肿大等症状。骨髓穿刺液涂片查见大量利什曼原虫无鞭毛体。快速免疫层析法检测利什曼原虫Ig G抗体阳性。分别用引物K13A/K13B和LITSR/L5.8S对患者的血样进行利什曼原虫动基体基因和ITS-1基因扩增,分别得到120 bp和350 bp片段,与预期目的产物大小一致。对LITSR/L5.8S扩增产物片段测序进行比对分析,与婴儿利什曼原虫序列相似性为100%。基于ITS-1基因序列构建的系统发育树显示,该患者感染虫株与来源地山西省阳泉市的婴儿利什曼原虫虫株亲缘关系最近。结论根据基因序列和流行病学分析,明确该内脏利什曼病病例的病原体为婴儿利什曼原虫,为山西省阳泉市输入。 展开更多
关键词 黑热病 婴儿利什曼原虫 骨髓涂片 实验室检测 基因溯源
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新型冠状病毒感染疫情常态化防控期间一起聚集性发热疫情的病原鉴定与溯源分析 被引量：1
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作者 段玮 刘医萌 +8 位作者 赵佳琛 彭晓旻 石伟先 崔淑娟 张代涛 张莉 杨鹏 王全意 卢桂兰 《中国病毒病杂志》 CAS 2023年第2期120-125,共6页
目的 对新型冠状病毒感染(简称新冠感染)疫情常态化防控期间北京市丰台区某幼儿园聚集性发热疫情的病例标本进行病原学鉴定和基因特征分析。方法 2021年4月对北京市丰台区某幼儿园一起聚集性发热疫情采用描述性流行病学方法进行调查分析... 目的 对新型冠状病毒感染(简称新冠感染)疫情常态化防控期间北京市丰台区某幼儿园聚集性发热疫情的病例标本进行病原学鉴定和基因特征分析。方法 2021年4月对北京市丰台区某幼儿园一起聚集性发热疫情采用描述性流行病学方法进行调查分析,并采集患儿咽拭子样本,提取病毒核酸后,采用实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行新型冠状病毒核酸检测和其他常见的呼吸道病毒筛查;采用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription PCR,RT-PCR)扩增人偏肺病毒G蛋白基因序列,应用BioEdit进行病毒G蛋白基因的核苷酸和氨基酸变异分析,采用MEGA 5.0软件构建G蛋白基因的遗传进化树并分析人偏肺病毒分子分型特征。结果 该起疫情历时8 d,同一班级累计出现16例病例,班级罹患率53.3%(16/30)。共采集12份患儿的咽拭子样本,所有样本新型冠状病毒核酸检测均为阴性。呼吸道多病原检测结果显示:12份患儿样本中,6份为人偏肺病毒单一核酸阳性,另外1份为人偏肺病毒和腺病毒混合感染。获得2株G蛋白基因序列,序列比对分析为B2型人偏肺病毒。疫情株G蛋白基因序列与2016年日本流行株(LC337940、LC337935、LC1922349等)序列同源性为96.73%~98.01%。与2019年国内山东青岛株(OL625642、OL625644)、河南省流行株MN944096,核苷酸同源性达98.40%以上;和B2型人偏肺病毒参考株AY297748比较,161~166位点含EKEKEK 6个氨基酸序列插入。结论 此次聚集性发热疫情的病原体为B2型人偏肺病毒,疫情株与2016年日本株、2019年国内山东青岛、河南株高度同源。在新冠感染常态化防控期间,仍需加强呼吸道病原学监测工作。 展开更多
关键词 人偏肺病毒 G蛋白 聚集性发热疫情 流行病学调查 基因分子溯源
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2022年内蒙古自治区两起新型冠状病毒感染疫情的病毒基因组序列分析
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作者 杨国庆 敏超 +7 位作者 宋健 姜晓峰 跃华 南晓伟 闫真 卢爱桃 海岩 朱占松 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1630-1634,共5页
通过测序获得的新型冠状病毒目标基因序列与参考序列进行比对,分析内蒙古自治区的两例新型冠状病毒的基因变异情况并探索其感染来源。结果显示,两条序列分别属于不同的进化分支,Delta(AY.122)和Omicron(BA.1.1),hCoV-19/Inner Mongolia/... 通过测序获得的新型冠状病毒目标基因序列与参考序列进行比对,分析内蒙古自治区的两例新型冠状病毒的基因变异情况并探索其感染来源。结果显示,两条序列分别属于不同的进化分支,Delta(AY.122)和Omicron(BA.1.1),hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-591/2022基因组序列上共有48个单核苷酸多态性,与一株蒙古国毒株共享40个核苷酸突变位点;hCoV-19/Inner Mongolia/IVDC-592/2022基因组与一株英国毒株共享57个核苷酸突变位点,核苷酸突变位点一致性为 100%(57/57)。系统发育分析表明,目标基因序列与同期国内新型冠状病毒序列间并无直接关联,而与欧洲、蒙古国的分离株存在关联。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 基因 突变 基因组溯源
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