润滑油降解菌的分离、鉴定及降解特性 被引量：15

1

作者 张楠 陈波水 +4 位作者 杨致邦 余瑛 黄伟九 苏善平 方建华 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第6期748-753,共6页

以HVI 500润滑油为唯一碳源进行选择性富集培养,从油污染土壤中筛选出3株菌,分别命名为SN0901,SN0902和SN0903.采用重铬酸钾法测定含HVI 500润滑油培养液的ρ（CODCr）,用以评价分离菌对润滑油的降解能力.结果表明,由于润滑油降解而使... 以HVI 500润滑油为唯一碳源进行选择性富集培养,从油污染土壤中筛选出3株菌,分别命名为SN0901,SN0902和SN0903.采用重铬酸钾法测定含HVI 500润滑油培养液的ρ（CODCr）,用以评价分离菌对润滑油的降解能力.结果表明,由于润滑油降解而使培养液ρ（CODCr）降低,即3株菌均为HVI 500润滑油降解菌.根据形态学观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列比对分析,初步确定3株菌分别属于假单胞菌属（Pseudomonas）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和博德特氏菌属（Bordetella）.采用倾注平板法对不同温度下降解菌的菌落计数,采用重铬酸钾法测定不同pH下培养液的ρ（CODCr）.结果显示,温度和pH对菌株降解作用影响显著,3株菌最适宜的降解温度为30~34℃,pH为6.0~7.8,但每株菌的最适宜降解温度和pH稍有不同. 展开更多

关键词 生物降解 降解菌 基因序列比对 润滑油

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奶牛支原体病的诊断 被引量：10

2

作者 郭磊 何生虎 +4 位作者 邵倩 杨萌萌 蒋魏娟 安泓霏 付少刚 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第12期200-204,共5页

2011年,宁夏某牛场奶牛出现以发烧、呼吸困难、严重乳房炎、关节炎为主要特征的病例,病程近3个月。根据临床症状及病理剖检和治疗情况,怀疑为支原体感染。采用支原体分离培养、血清学检查(ELISA)、核酸检测(PCR)及16SRNA序列比对对病原... 2011年,宁夏某牛场奶牛出现以发烧、呼吸困难、严重乳房炎、关节炎为主要特征的病例,病程近3个月。根据临床症状及病理剖检和治疗情况,怀疑为支原体感染。采用支原体分离培养、血清学检查(ELISA)、核酸检测(PCR)及16SRNA序列比对对病原体进行检测。结果表明,该病的病原为牛支原体和无乳支原体混合感染。 展开更多

关键词 奶牛 支原体 酶联免疫吸附试验 聚合酶链反应 基因序列比对

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苯酚降解菌的分离、鉴定及降解特性 被引量：4

3

作者 张楠 陈波水 +3 位作者 杨致邦 余瑛 黄伟九 方建华 《后勤工程学院学报》 2010年第1期22-26,37,共6页

以苯酚为唯一碳源进行选择性富集培养，从油污染土壤中筛选出2株菌，命名为Phe0901和Phe0902。在32℃、pH值为7．0、200r／min摇床振荡培养72h，用4-氨基安替比林分光光度法测定2菌株培养液中苯酚含量，结果表明2株茵均能彻底降解初始... 以苯酚为唯一碳源进行选择性富集培养，从油污染土壤中筛选出2株菌，命名为Phe0901和Phe0902。在32℃、pH值为7．0、200r／min摇床振荡培养72h，用4-氨基安替比林分光光度法测定2菌株培养液中苯酚含量，结果表明2株茵均能彻底降解初始质量浓度为1000mg／L的苯酚培养液，即Phe0901和Phe0902为苯酚降解菌。经形态学观察、生理生化实验及16SrDNA基因序列比对分析，初步确定Phe0901为假单胞℃属（Pseudomonas）成员；Phe902为芽孢杆菌属（Bacillus）成员。在不同温度下用比浊法探讨降解菌株的生长情况，在不同pH值下用4-氨基安替比林分光光度法测定苯酚降解率，结果表明在32℃、pH值为7．0～7．8时适宜Phe0901的降解，Phe0901培养44h能彻底降解1000mg／L的苯酚；在32oC、pH值为7．0时适宜Phe0902的降解，Phe0902培养70h能彻底降解1000mg／L的苯酚。 展开更多

关键词 生物降解 降解菌 基因序列比对 苯酚

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一株润滑油降解放线菌的分离鉴定及特性 被引量：3

4

作者 张楠 陈波水 +2 位作者 杨致邦 余瑛 黄伟九 《石油学报（石油加工）》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第6期934-939,共6页

以HVI500矿物基础油为唯一碳源进行选择性富集培养,从石油污染土壤中筛选出1株菌,命名为HVI0901。采用CODCr法测定了含HVI500矿物基础油培养液的COD值,由于HVI500矿物基础油被降解而使培养液的COD值降低,确定HVI0901为HVI500矿物基础油... 以HVI500矿物基础油为唯一碳源进行选择性富集培养,从石油污染土壤中筛选出1株菌,命名为HVI0901。采用CODCr法测定了含HVI500矿物基础油培养液的COD值,由于HVI500矿物基础油被降解而使培养液的COD值降低,确定HVI0901为HVI500矿物基础油降解菌。通过形态学观察、生理生化实验和16S rDNA基因序列比对分析,初步确定HVI0901属于戈登氏菌属(Gordonia)。采用倾注平板法计数不同温度条件下HVI0901的菌落,用CODCr法测定不同pH值条件下HVI500矿物基础油培养液的COD值,探讨了温度和pH值对HVI0901降解基础油的影响。结果表明,HVI0901在不同温度和pH值条件下的降解能力不同,在32℃、pH值为7.8时,其降解HVI500矿物基础油的作用最佳。 展开更多

关键词 戈登氏菌属 生物降解 基因序列比对 化学需氧量 润滑油

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BWA Plus:一个基于频繁序列的下一代基因比对工具 被引量：2

5

作者 陈垚亮 洪骥 +1 位作者 崔万云 肖仰华 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2011年第S3期391-394,共4页

如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖... 如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性. 展开更多

关键词 BWA PLUS 基因序列比对 数据挖掘 生物信息学

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基于Spark的基因短序列比对模型 被引量：2

6

作者 冯晓龙 高静 《计算机仿真》 北大核心 2020年第2期231-236,共6页

针对生物信息分析中基因短序列比对任务计算耗时长的问题,采用Spark平台、RDD数据集以及分布式文件系统HDFS设计了一种分布式计算模型。采用分而治之的策略将庞大的计算任务分割为多个互不重叠的小任务在分布式集群上并行执行。通过基... 针对生物信息分析中基因短序列比对任务计算耗时长的问题,采用Spark平台、RDD数据集以及分布式文件系统HDFS设计了一种分布式计算模型。采用分而治之的策略将庞大的计算任务分割为多个互不重叠的小任务在分布式集群上并行执行。通过基于位置偏移量等分的数据分区算法实现数据的分发;通过将基因短序列封装入RDD数据集的方法实现了短序列的逐条处理;通过将基因比对算法传入RDD的Map函数的方法实现了基因序列的比对。计算模型的实现使得串行比对算法在分布式集群上可扩展,并显著降低了计算耗时,计算结果可与后续的生物信息分析工作相兼容。实验结果证明计算模型具有较好的稳定性和可扩展性,在Spark集群上取得了优秀的加速比。 展开更多

关键词 基因序列比对 短序列映射 分布式计算 并行计算

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Smith-Waterman算法优化改进与Spark并行化研究 被引量：2

7

作者 李雷孝 刘燕凤 高静 《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2019年第5期76-85,共10页

Smith-Waterman算法是1种精确度最高、广泛应用于文本搜索的生物学序列比对算法。在对Smith-Waterman算法深入研究的基础上,从减少计算任务量和降低计算复杂度两个方面对算法进行优化改进,将优化改进算法基于Spark平台进行算法并行化设... Smith-Waterman算法是1种精确度最高、广泛应用于文本搜索的生物学序列比对算法。在对Smith-Waterman算法深入研究的基础上,从减少计算任务量和降低计算复杂度两个方面对算法进行优化改进,将优化改进算法基于Spark平台进行算法并行化设计,并通过准确性测试、算法运行速度测试、算法速度比较测试、算法可扩展性测试等实验分析优化改进算法和并行化算法的性能。实验结果表明:优化改进和并行化后的算法在保证准确性的前提下,极大地提高了算法运行速度和可扩展性。 展开更多

关键词 基因序列比对 SMITH-WATERMAN算法 优化改进 Spark并行化

原文传递

基因序列比对法验证实时荧光定量PCR阳性结果真伪 被引量：2

8

作者 武娟 曹斌斌 +6 位作者 李丹 张祺 左涛 赵玉然 Uyttendaele Mieke 薛长湖 唐庆娟 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第4期212-217,共6页

实时荧光定量PCR(q PCR)是检测食源性病毒的常用方法,其高度的灵敏性导致检测过程中容易产生假阳性结果。基因序列比对法是比利时根特大学食品微生物与食品保藏实验室新近建立的验证q PCR阳性结果真伪的一种方法。本研究以检测贝类诺如... 实时荧光定量PCR(q PCR)是检测食源性病毒的常用方法,其高度的灵敏性导致检测过程中容易产生假阳性结果。基因序列比对法是比利时根特大学食品微生物与食品保藏实验室新近建立的验证q PCR阳性结果真伪的一种方法。本研究以检测贝类诺如病毒GII.4(No V GII.4)为例,采用基因序列比对法验证q PCR阳性结果的真伪。在q PCR检测时添加102copies/m L的No V GII.4质粒作为标准阳性对照,旨在排除由于q PCR的高灵敏性而产生的假阳性结果。研究结果表明,在8份No V阳性的贝类样品中,2份为No V GII.4真阳性,2份可能为No V GII.4的变异株,1份为受到质粒污染的假阳性,其余3份为引物二聚体所致假阳性。基因序列比对法作为一种验证q PCR阳性结果真伪的高效、可行的方法,值得推广。 展开更多

关键词 实时荧光定量PCR 假阳性 诺如病毒GII.4 基因序列比对

原文传递

基于Spark云计算及混沌遗传的基因序列比对研究与实现 被引量：1

9

作者 刘清雪 罗宇航 《软件》 2021年第3期40-42,共3页

针对现有比对方法速度和准确率不高问题,采用混沌遗传算法快速搜索最优解,Spark云计算进行并行化比对,大幅降低比对执行时间以及提高比对准确度,为解密生物遗传密码提供有效工具。

关键词 Spark云计算 混沌遗传 基因序列比对

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云南省玉米灰斑病菌的分子鉴定 被引量：1

10

作者 黄惠川 杨敏 +4 位作者 王岩 何霞红 李成云 朱有勇 朱书生 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期28-35,共8页

本研究利用ITS区、tef1基因、cmdA基因和HIS基因4个基因部分序列对2009-2011年间采自云南省主要灰斑病发生区域和吉林省部分区域的玉米灰斑病菌进行比较分析。结果表明,无论是4个基因序列单独聚类还是拼接序列聚类均把云南省灰斑病发生... 本研究利用ITS区、tef1基因、cmdA基因和HIS基因4个基因部分序列对2009-2011年间采自云南省主要灰斑病发生区域和吉林省部分区域的玉米灰斑病菌进行比较分析。结果表明,无论是4个基因序列单独聚类还是拼接序列聚类均把云南省灰斑病发生区域采集的菌株与Cercospora zeina聚为一群,而吉林省采集的灰斑病菌则与Cercospora zeae-maydis聚为一群。聚类分析还表明云南省不同玉米产区的灰斑病菌遗传背景单一,在所有聚类树中均聚为一群,且自举支持值均>99%。 展开更多

关键词 玉米灰斑病 分子鉴定 基因序列比对

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基于最小边集的De Bruijn图定位算法

11

作者 于长永 金建宇 +1 位作者 刘鹏 赵宇海 《东北大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期153-159,共7页

针对基因序列比对问题提出了一种DBG(de Bruijn图)模型,称为MiniDBG.它可以存储最小边集的位置列表,并通过位置列表有效地定位图上的任何节点、边和路径,从而实现对基因的序列比对.介绍了MiniDBG模型及基于该模型的路径定位算法,并对算... 针对基因序列比对问题提出了一种DBG(de Bruijn图)模型,称为MiniDBG.它可以存储最小边集的位置列表,并通过位置列表有效地定位图上的任何节点、边和路径,从而实现对基因的序列比对.介绍了MiniDBG模型及基于该模型的路径定位算法,并对算法进行了证明.同时将MiniDBG与基于BWT和基于位置列表的路径定位方法进行了比较,实验结果表明,在频繁比对的情况下,MiniDBG的性能优于其他两种方法. 展开更多

关键词 基因序列比对 De Bruijn图 最小边集 位置列表 路径定位算法

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舟山海岛地区蜱媒病原体多样性及其基因同源性分析

12

作者 李科峰 梁思慧 +2 位作者 戴亚欣 刘洁楠 仝振东 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2022年第5期330-334,共5页

目的了解舟山海岛地区蜱类所携带的病原体多样性及其基因同源性。方法2020年4—11月,采用布旗法收集舟山海岛地区发热伴血小板减少征病例居住地周围环境中的游离蜱,采用畜体检查法采集家畜身上的寄生蜱。蜱样本提取RNA或DNA进行荧光RT-... 目的了解舟山海岛地区蜱类所携带的病原体多样性及其基因同源性。方法2020年4—11月,采用布旗法收集舟山海岛地区发热伴血小板减少征病例居住地周围环境中的游离蜱,采用畜体检查法采集家畜身上的寄生蜱。蜱样本提取RNA或DNA进行荧光RT-PCR检测,以嗜吞噬细胞无形体、立克次体、查菲埃里克体、新型布尼亚病毒、汉坦病毒、汉城病毒、沃尔巴克体、山羊无形体为引物进行PCR扩增初筛。扩增序列测序后进行同源性分析,以邻接法构建系统进化树。结果共采集蜱样本99只,其中游离蜱样本39只,寄生蜱样本60只。在蜱样本中检出嗜吞噬细胞无形体、立克次体、沃尔巴克体和山羊无形体核酸阳性。此次检出的沃尔巴克体与日本报道的沃尔巴克体(AB025965)同源性为98.70%;立克次体与中国云南立克次体03(KY433580)、日本立克次体LA16同源性为99.83%;嗜吞噬细胞无形体有2个进化分支:一个进化分支与安徽桐城(MK045683)及韩国济州岛(GU064903)的嗜吞噬细胞无形体同源性为100.00%,另一个进化分支与安徽金寨的嗜吞噬细胞无形体(MK045694)同源性为99.70%。结论舟山海岛地区是嗜吞噬细胞无形体、山羊无形体和日本立克次体的自然疫源地,暴露居民存在感染风险。 展开更多

关键词 蜱 蜱媒病原体 核酸检测 基因序列比对 同源性

原文传递

基于GPU的FOA的并行计算在基因分类中的应用

13

作者 邱生林 刘成忠 《信息通信》 2019年第9期270-271,273,共3页

对于生物信息学的研究越来越多,在生物信息学的研究中又以对基因学的研究较多,在对基因进行研究的时候,对基因进行分类就是一个重要的基础,对基因进行分类就是对其的基因序列比对最为关键。随着科学技术的发展,基因序列比对的技术也在... 对于生物信息学的研究越来越多,在生物信息学的研究中又以对基因学的研究较多,在对基因进行研究的时候,对基因进行分类就是一个重要的基础,对基因进行分类就是对其的基因序列比对最为关键。随着科学技术的发展,基因序列比对的技术也在不断的进步,从基因序列比对过程的速度和基因序列比对的结果的准确度都在不断的提高,针对现今的技术设想了一种通过基因序列比对进行分类的模型,就是通过GPU与果蝇优化算法并行的方法对支持向量机进行参数优化,然后对基因序列进行比对,将基因分类。 展开更多

关键词 基因序列比对 GPU 果蝇优化算法 并行计算 支持向量机

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基于计算机系统平台上的动态时间规整算法在基因比对中的应用

14

作者 孙弢 《无线互联科技》 2014年第10期169-169,共1页

信息技术在各个领域的广泛应用也促使生物科学技术的变革,利用计算机系统平台解决基因表达数据时间序列的相似查询有多种方法,本文介绍了一个最常用的算法——在动态时间规整算法基础上进行优化的多分段动态时间规整算法,本文主要研究... 信息技术在各个领域的广泛应用也促使生物科学技术的变革,利用计算机系统平台解决基因表达数据时间序列的相似查询有多种方法,本文介绍了一个最常用的算法——在动态时间规整算法基础上进行优化的多分段动态时间规整算法,本文主要研究使用多分段的动态时间规整算法对酵母的基因表达数据进行序列比对,主要从计算速度,时间复杂度,比对精度等方面进行了实验分析。 展开更多

关键词 计算机系统平台 算法 基因序列比对

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