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题名分子结构与基因序列数据综合可视化方法研究
被引量：1
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作者
宋成龙
邹辰
王文珂
李思昆
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机构
国防科学技术大学高性能计算国家重点实验室
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出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2013年第12期26-33,共8页
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基金
国家自然科学基金资助项目(61202335)
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文摘
随着系统生物学的兴起和迅速发展,为了探索不同生物层次信息之间的关联关系,对不同层次生物科学计算数据综合可视化的需求日益迫切。提出了一种通过构建集成框架实现分子结构与基因组序列数据的综合可视化方法。综合可视化集成框架可实现不同层次可视化工具统一管理以及统一用户交互界面,通过定义关联数据描述方法,建立已有的分子结构与基因组序列数据间的关联性,有效支持分子结构数据与基因序列数据的综合可视化功能开发。应用该方法开发了一个分子结构数据与基因序列数据综合可视化原型系统,实现了分子结构数据与基因序列数据的同步显示、基因片段与相应分子局部空间结构综合显示等综合可视化功能。初步应用与分析表明,所提出的综合集成可视化方法扩展性好,所实现的综合可视化功能在研究分子结构及基因序列数据关联关系中具有良好的应用前景。
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关键词
科学可视化
分子结构可视化
基因序列可视化
综合可视化
集成框架
数据关联
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Keywords
scientific visualization
molecular structure visualization
genomic sequence visualization
synthesized visualization
integration framework
data relevance
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分类号
TP391.9
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名分子结构与基因序列数据综合可视化方法研究
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作者
邹辰
宋成龙
王文珂
李思昆
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机构
国防科学技术大学计算机学院
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出处
《计算机技术与发展》
2014年第6期1-5,9,共6页
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基金
国家"973"重点基础研究发展计划项目(2009CB723803)
国家自然科学基金资助项目(61202335)
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文摘
随着系统生物学的兴起和迅速发展,为了探索不同生物层次信息之间的关联关系,对不同层次生物科学计算数据综合可视化的需求日益迫切。不同层次的生物数据的组织管理是实现综合可视化的基础和关键技术,因此文中面向生物信息可视化领域的需求,基于综合可视化集成框架,提出了一种分子结构与基因序列数据的元数据组织模型与关联数据自动生成方法。该方法通过定义包括分子结构、基因序列以及分子结构/基因序列关联信息三类数据的元数据模型,建立了该两个层次和领域数据的关联关系,确定了关联数据描述格式;利用先进的XML技术实现了分子领域和基因序列领域元数据的自动提取和转换。在此基础之上开发了一个分子结构数据与基因序列数据综合可视化原型系统,取得了良好的试用效果。
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关键词
分子结构可视化
基因序列可视化
综合可视化
元数据
数据模型
可扩展标记语言
数据转换
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Keywords
molecular structure visualization
gene sequence visualization
synthesized visualization
metadata
metadata model
XML
data conversion
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分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名基于元胞自动机图的2019-nCoV溯源研究
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作者
薛广富
肖绚
许召春
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机构
景德镇陶瓷大学生物大数据实验室
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出处
《计算生物学》
2020年第3期31-40,共10页
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文摘
病毒溯源是研究病毒人际传播规律和演化历史,发现病毒的传播机理,并寻找病毒源头是控制疫情的核心科研攻关环节。本文采用元胞自动机将病毒的基因组数据转换为图像,使用Canny边缘检测方法生成特征图像,采用SSIM值评估病毒序列特征图像的相似性,基于病毒序列图像相似性的聚类热图和A-T含量曲线,发现蝙蝠冠状病毒RaTG13和穿山甲冠状病毒在各个指标中都与2019-nCoV更为接近,进而推测出2019-nCoV可能来自蝙蝠,穿山甲可能是该病毒的中间宿主。
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关键词
元胞自动机
基因序列可视化
2019-nCov
CANNY边缘检测
结构相似性
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Keywords
Cellular Automata
Gene Sequence Visualization
2019-nCoV
Canny Edge Detection Method
Struc-tural Similarity
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分类号
TP3
[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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