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用非联配方法预测人类转录调节模体
1
作者
吕军
罗辽复
+1 位作者
张颖
赵巨东
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第11期1044-1050,共7页
通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算...
通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算法——基于距离的保守k-mer搜索算法(distance-basedconservativek-mersearchingalgorithm,DCKSalgorithm).应用该算法,对人7-mer转录调节模体进行预测,预测结果敏感性为90%,特异性为78%,相关系数为0.65.
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关键词
转录调节模体
非联配途径
基于
距离
的
保守
k
-
mer
搜索算法
二次判别分析
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职称材料
题名
用非联配方法预测人类转录调节模体
1
作者
吕军
罗辽复
张颖
赵巨东
机构
内蒙古大学物理系
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第11期1044-1050,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(90403010).~~
文摘
通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算法——基于距离的保守k-mer搜索算法(distance-basedconservativek-mersearchingalgorithm,DCKSalgorithm).应用该算法,对人7-mer转录调节模体进行预测,预测结果敏感性为90%,特异性为78%,相关系数为0.65.
关键词
转录调节模体
非联配途径
基于
距离
的
保守
k
-
mer
搜索算法
二次判别分析
Keywords
transcription regulatory motifs, non-alignment based approach, distance-based conservative
k
-
mer
searching algorithm, quadratic discriminant analysis
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用非联配方法预测人类转录调节模体
吕军
罗辽复
张颖
赵巨东
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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