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以质粒载体构建土壤宏基因组文库的研究 被引量：4
1
作者 樊奔 崔中利 +2 位作者 邱珊莲 曹慧 李顺鹏 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期513-516,共4页
关键词 土壤总dna 宏基因组 dna文库 活性物质
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基于荧光定量PCR的土壤总DNA提取次数研究 被引量：1
2
作者 陆文利 杨超 颜卫东 《实验室科学》 2018年第3期57-59,63,共4页
探究在不借助其它仪器设备和试剂的条件下,土壤总DNA提取的优化方案。结合荧光定量PCR技术和高通量测序技术对土壤总DNA的提取次数进行研究;发现3次提取的DNA样品的核酸累计量和16S rRNA基因的拷贝数分别占总量的94.84%、85.37%,前4次... 探究在不借助其它仪器设备和试剂的条件下,土壤总DNA提取的优化方案。结合荧光定量PCR技术和高通量测序技术对土壤总DNA的提取次数进行研究;发现3次提取的DNA样品的核酸累计量和16S rRNA基因的拷贝数分别占总量的94.84%、85.37%,前4次提取的DNA样品的测序分析结果显示各样品中细菌的相对丰度差异不显著。因此,建议绝对定量分析的实验进行2次以上的DNA提取,定性分析和相对定量分析实验则只需1次提取即可。 展开更多
关键词 定量PCR 土壤总dna dna提取
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一条土壤来源S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因克隆与进化分析
3
作者 吕玉红 凌锌 岳昌武 《遵义医学院学报》 2011年第5期461-464,共4页
目的获取土壤来源基因编码s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为通过基因工程生产s-腺苷甲硫氨酸创造条件。方法设计基因特异简并引物,以土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到一条基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明该基因为... 目的获取土壤来源基因编码s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为通过基因工程生产s-腺苷甲硫氨酸创造条件。方法设计基因特异简并引物,以土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到一条基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明该基因为放线菌来源基因。结果该基因全长编码区为1209bp,推测该基因编码全长为402个氨基酸残基,等电点(PI)为4.68、分子量为43452道尔顿,含有S-腺苷甲硫氨酸合成酶全酶必备的3个完整功能区的酸性蛋白质。进化分析表明该蛋白与天蓝色链霉菌A3(2)来源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因相似性高达98%。结论成功从土壤总DNA中克隆得到1条链霉菌同源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为进一步利用该蛋白奠定了基础。 展开更多
关键词 S-腺苷甲硫氨酸合成酶 土壤总dna 进化分析
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链霉菌查尔酮合成酶基因克隆及原核表达载体构建
4
作者 肖静 吕玉红 +7 位作者 李园园 陈雪梅 彭廷文 周春伶 曾令荣 保玉心 凌锌 岳昌武 《重庆文理学院学报（社会科学版）》 2013年第3期66-69,共4页
根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明:该基因为放线菌来源chs基因.分别在该基因5'... 根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明:该基因为放线菌来源chs基因.分别在该基因5'末端和3'末端分别引入的限制酶NcoI和EcoR I酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple-T/chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089 bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点(PI)为5.41、分子量为3 965道尔顿含有CHS保守功能区的酸性蛋白质.分析表明,该基因与Streptomyces lividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93﹪,氨基酸序列相似性高达87.70﹪.测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中. 展开更多
关键词 查尔酮合成酶 土壤总dna 基因克隆 原核表达
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PCR-DGGE法研究新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性的影响 被引量：2
5
作者 王静 何钢 +1 位作者 王蕾 杜琳倩 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期152-157,共6页
以短埂大参土壤为研究对象,以水淹为胁迫因子,将短埂大参土壤进行A:单一水淹处理,B:水淹施加新型氧肥处理,C:正常浇水不施加新型氧肥处理,处理时间为36 d。对各处理第6、12、18、24、30、36天土壤中细菌16S rDNA基因的PCR扩增产物进行D... 以短埂大参土壤为研究对象,以水淹为胁迫因子,将短埂大参土壤进行A:单一水淹处理,B:水淹施加新型氧肥处理,C:正常浇水不施加新型氧肥处理,处理时间为36 d。对各处理第6、12、18、24、30、36天土壤中细菌16S rDNA基因的PCR扩增产物进行DGGE分析。结果表明,同时期的A处理与B处理样品的DGGE条带相似度随处理时间延长,相似度降低,B处理的第12、18、24天样品的DGGE条带数比A多且较亮;B处理的香农-威纳指数(Shannon指数)比A处理的Shannon指数高,差值呈"低-高-低"的趋势;同时期的B处理与C处理样品DGGE条带相似度较低;各处理在各检测时间内多样性表现不同,A样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度普遍较低,B样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较高且较稳定,C样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较低。说明新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性影响较显著。 展开更多
关键词 新型氧肥 土壤微生物总dna 16S rdna DGGE
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