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苜蓿根瘤菌固氮酶基因启动子P1转录起始点下游顺序(DS)的特性 被引量:2
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作者 高云峰 吴桐 +2 位作者 朱家璧 俞冠翘 沈善炯 《中国科学(C辑)》 CSCD 1996年第2期100-106,共7页
自生状态的苜蓿根瘤菌(Rhizobium meliloti)nifHDK操纵子的启动子P1能被微氧诱导而呈高水平表达,而fixABCX操纵子的启动子P2则呈微弱的表达.P1和 P2的 DNA顺序从转录起始点到上游-160处具有 85%的同源性,但从转录起始点到翻译起始点的... 自生状态的苜蓿根瘤菌(Rhizobium meliloti)nifHDK操纵子的启动子P1能被微氧诱导而呈高水平表达,而fixABCX操纵子的启动子P2则呈微弱的表达.P1和 P2的 DNA顺序从转录起始点到上游-160处具有 85%的同源性,但从转录起始点到翻译起始点的核苷酸顺序则完全不同.用P1转录起始点下游从+17到+61核苷酸的DNA片段(DS)取代P2区的相应的DNA顺序,在自生状态微氧诱导条件下能提高P2的表达水平,在大肠杆菌中有NifA存在时P2亦呈高水平表达,说明P1和P2区的DS顺序是决定P1和P2自生状态微氧诱导条件下表达或异源表达差异的根本原因.在共生状态下P2的表达不依赖启动子下游顺序.采用引物延伸法测定 P2的转录起始点,发现 P2区当引入 P1区的 DS后不改变它的转录起始点.由于P2不论有DS的插入与否均不影响其在根瘤菌共生状态的正常表达,因此P2在自生状态的根瘤菌中与共生状态时的表达调节将有所不同. 展开更多
关键词 苜蓿根瘤菌 启动子 固氮酶基因 转录 下游顺序
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沙冬青根瘤菌固氮酶基因nifH PCR-RFLP分析 被引量:2
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作者 毕江涛 贺达汉 +2 位作者 谢瑞梅 位秀丽 韦革宏 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期315-321,共7页
利用固氮基因nifH PCR扩增,nifH PCR-RFLP及扩增产物序列分析方法对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌代表菌株的nifH进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明,在80%相似水平上42株根瘤菌nifH PCR-RFLP基因图谱中有5个基... 利用固氮基因nifH PCR扩增,nifH PCR-RFLP及扩增产物序列分析方法对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌代表菌株的nifH进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明,在80%相似水平上42株根瘤菌nifH PCR-RFLP基因图谱中有5个基因型聚类群。对不同基因型代表菌株的nifH PCR产物进行序列测定和系统发育关系分析,测试菌株在系统发育地位上与中慢生根瘤菌和中华根瘤菌相近,测试菌株与温带中慢生根瘤菌(Mesorhizobium temperatum isolate HAMBI 2583)序列相似性范围为95.6%-96.9%,与草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti strain CCBAU10062)基因序列相似性范围为99.8%-100%,基因序列同源性较高。本研究中nifH基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌受染色体基因背景、地理环境以及菌株个体的进化而存在一定的差异。 展开更多
关键词 沙冬青 根瘤菌 固氮酶基因 限制性片段长度多态性分析 遗传多样性 序列分析 系统发育关系
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粪产碱菌nif H,nif D和部分nif K的克隆、定位及序列分析 被引量:1
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作者 张海予 萧凤回 +4 位作者 朱新生 林敏 方宣钧 尤崇杓 萧凤回 《中国科学(C辑)》 CSCD 1997年第6期492-496,共5页
提取粪产碱菌(Alcaligenes faecalis)总DNA,经限制性内切酶酶切和琼脂糖凝胶电泳,以含肺炎克氏杆菌(Klebsiella pneumoniae)nif H和nif H-D基因的DNA片段为探针进行Southern杂交,筛选出与nif HDK同源的4.6kb片段,克隆到pBluesript SK^+... 提取粪产碱菌(Alcaligenes faecalis)总DNA,经限制性内切酶酶切和琼脂糖凝胶电泳,以含肺炎克氏杆菌(Klebsiella pneumoniae)nif H和nif H-D基因的DNA片段为探针进行Southern杂交,筛选出与nif HDK同源的4.6kb片段,克隆到pBluesript SK^+载体上,构建了重组质粒pBZl.经亚克隆、酶切、DNA序列分析后发现,粪产碱菌具有与其它固氮菌相似的结构特征,其nif HDK共用1个启动子,具有上游激活序列UAS,RNA聚合酶σ^(54)因子识别序列、1个A-T富集区和SD序列.nifH和nif D的阅读框架分别为888和1476bp,GC含量各为61.6%和60.2%.nifH-nif D和nif D-nif K的基因间隔区长度分别为101和105bp,各存在1个7bp的反向重复和1个SD序列.由阅读框架(ORF)推导的铁蛋白和钼铁蛋白α亚基的氨基酸序列与其它固氮菌相比有较高的同源性,高度保守的氨基酸残基所处的位置也很相似.同源性比较说明,粪产碱菌与棕色固氮菌(Azotobacter vinelandii)同源性最高. 展开更多
关键词 粪产碱菌 固氮酶基因 克隆 序列分析
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基因工程菌株nifDK基因敲除
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作者 甄涛 张先成 于德水 《黑龙江科学》 2016年第17期9-10,共2页
以慢生型大豆根瘤菌(B radyrhizobium japonicum)H W-05的基因组D N A作为模板,PC R扩增固氮酶基因nif D K上下游片段,融合后与p K18m obsac B载体相连。采用三亲本杂交的方法,将构建的载体转化到慢生大豆根瘤菌中,构建此工程菌株为研... 以慢生型大豆根瘤菌(B radyrhizobium japonicum)H W-05的基因组D N A作为模板,PC R扩增固氮酶基因nif D K上下游片段,融合后与p K18m obsac B载体相连。采用三亲本杂交的方法,将构建的载体转化到慢生大豆根瘤菌中,构建此工程菌株为研究大豆的固氮能力奠定了基础。 展开更多
关键词 大豆根瘤菌 固氮酶基因 三亲本杂交
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非豆科植物固氮菌—Frankia的基因组研究进展 被引量:8
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作者 王树凤 陈益泰 《土壤》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期382-387,共6页
弗兰克氏菌(Frankia)能够与大约25个属的非豆科植物共生进行结瘤固氮,在生态系统中具有重要意义。本文对Frankia的基因组学研究进展进行了综述,包括Frankia基因组的结构、功能及其表达特点,同时比较了来源于不同菌株的固氮基因的差异,... 弗兰克氏菌(Frankia)能够与大约25个属的非豆科植物共生进行结瘤固氮,在生态系统中具有重要意义。本文对Frankia的基因组学研究进展进行了综述,包括Frankia基因组的结构、功能及其表达特点,同时比较了来源于不同菌株的固氮基因的差异,并提出今后的发展趋势。 展开更多
关键词 弗兰克氏菌 固氮酶基因 谷氨酰胺合成基因 RRNA基因 质粒
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三亚湾壮实鹿角珊瑚组织内共附生固氮菌多样性分析 被引量:3
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作者 陈蕾 张燕英 +4 位作者 董俊德 凌娟 潘虎 张偲 龙丽娟 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第17期1596-1603,共8页
以海南省三亚鹿回头珊瑚礁自然保护区中一种常见的壮实鹿角珊瑚(Acropora robusta)为研究对象,用PCR-RFLP方法研究其组织内共附生固氮微生物固氮酶nifH基因的多样性;用TaqⅠ和HinfⅠ这两种限制性内切酶对所获得的196个阳性克隆子进行RFL... 以海南省三亚鹿回头珊瑚礁自然保护区中一种常见的壮实鹿角珊瑚(Acropora robusta)为研究对象,用PCR-RFLP方法研究其组织内共附生固氮微生物固氮酶nifH基因的多样性;用TaqⅠ和HinfⅠ这两种限制性内切酶对所获得的196个阳性克隆子进行RFLP分析,得到24个不同的OTUs(operational taxonomicunits),文库覆盖率为87.65%.利用Clustal W与Mega软件对nifH基因构建的系统进化树聚成了3大类:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和绿菌门(Choloria),大部分的文库序列(70.83%)与变形菌门的α亚簇和β亚簇具有较高的相似性,其中α-变形菌簇占66.67%,是本文库中的优势种;次优势类群为厚壁菌门,占整个文库OTUs的16.67%;绿菌门仅占12.5%.此外,在这株珊瑚样本中获得的24个克隆子中有13条nifH基因序列与它们最相近序列的相似性小于97%.综上结果表明该壮实鹿角珊瑚组织内的共生固氮菌的具有较高的多样性,而且还可能含有大量未被培养的新的固氮基因. 展开更多
关键词 壮实鹿角珊瑚 固氮 固氮酶基因nifH PCR-RFLP 多样性
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固氮施氏假单胞菌电子传递复合体rnf基因簇的功能鉴定 被引量:1
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作者 陆超 刘伟 +7 位作者 黄义 杨智敏 尚立国 张宏扬 战嵛华 陆伟 燕永亮 林敏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期44-51,共8页
能量供应是限制生物固氮效率的重要因素,电子传递复合体是生物固氮过程中能量产生的重要组成部分。基因组分析表明,在联合固氮菌施氏假单胞菌A1501基因组中存在两套编码电子传递复合体rnf,分别为基因簇rnf1和rnf2,其中rnf1位于固氮基因... 能量供应是限制生物固氮效率的重要因素,电子传递复合体是生物固氮过程中能量产生的重要组成部分。基因组分析表明,在联合固氮菌施氏假单胞菌A1501基因组中存在两套编码电子传递复合体rnf,分别为基因簇rnf1和rnf2,其中rnf1位于固氮基因岛上,rnf2基因簇位于核心基因组上。为了明确两套电子传递体在生物固氮过程中的功能,分别构建了rnf1和rnf2基因簇的突变株并测定了相关表型。结果发现,在基本培养基中两个基因簇的突变都不影响菌体生长,可能相互之间存在着功能互补;固氮酶活性测定结果表明,位于固氮基因岛中的rnf1基因簇缺失造成固氮酶活下降80%以上,而rnf2基因簇的缺失对酶活无显著影响。进一步采用启动子-lac Z融合表达策略探究了基因簇rnf1对固氮酶结构基因nif H转录的影响,发现rnf1极性突变株中nif H的启动子转录活性仅为野生型的17.59%,推测rnf1缺失造成了固氮条件下能量产生匮乏,胞内碳氮比失衡,进而造成固氮系统表达受抑制。 展开更多
关键词 施氏假单胞菌A1501 电子传递链rnf 固氮酶 固氮酶基因nifH
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基于RFLP技术的鹿角杯形珊瑚共附生固氮菌多样性分析 被引量:1
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作者 黄小芳 陈蕾 +4 位作者 张燕英 凌娟 龙丽娟 张偲 董俊德 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第20期5875-5886,共12页
对三亚湾鹿回头与西沙石岛的常见鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)的固氮酶nif H基因多样性进行了分析,并对其共附生固氮微生物多样性进行了比较。利用Taq I和HaeⅢ两种限制性内切酶分别对三亚湾珊瑚的粘液(SYN)、组织(SYZ)和西沙... 对三亚湾鹿回头与西沙石岛的常见鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)的固氮酶nif H基因多样性进行了分析,并对其共附生固氮微生物多样性进行了比较。利用Taq I和HaeⅢ两种限制性内切酶分别对三亚湾珊瑚的粘液(SYN)、组织(SYZ)和西沙珊瑚组织(XSZ)的阳性克隆子进行聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析,得到了23,25和13个OTUs,文库的覆盖率分别为90.3%,87.5%和94.1%,多样性指数Shannon-Wiener指数(H)分别为2.28,3.02和2.08,Evenness指数(E)分别为0.5,0.65和0.56。研究结果表明:1)3个文库重要组成部分都是绿菌门(Chlorobia)和变形菌门(Proteobacteria)α-亚门、γ-亚门、δ-亚门细菌;2)3个文库绝大部分OTUs的最相似序列来自珊瑚礁、海绵、水体、沉积物等环境中的不可培养细菌,反映鹿角杯形珊瑚组织和粘液可能蕴含着丰富的尚未被培养的固氮菌资源;3)发现了两大重要的类群——分别与绿菌门和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)细菌序列最相似的类群,它们通过为珊瑚共生体提供有机氮源参与到珊瑚白化的调节或恢复过程中,在珊瑚共生体营养物质的循环中充当重要角色;4)从多样性指数分析可以看出,SYZ的固氮微生物多样性高于SYN,SYZ的固氮微生物多样性高于XSZ,反映了鹿角杯形珊瑚生活的地理位置不同,固氮菌共附生的生态位不同(如珊瑚粘液、组织等不同部位),都将导致珊瑚共附生固氮菌多样性的差异。 展开更多
关键词 鹿角杯形珊瑚 固氮 固氮酶基因nifH PCR-RFLP 生物多样性
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nifH基因能够在高等植物叶绿体原核环境中表达 被引量:1
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作者 张中林 钱凯先 沈桂芳 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2001年第12期1026-1030,共5页
以高等模式植物烟草为材料,对固氮酶铁蛋白基因nifH在叶绿体中的表达进行了研究.构建了nifH基因叶绿体转化载体,并利用基因枪轰击法对烟草叶片进行了转化.基因枪轰击后,共获得6株壮观霉素抗性再生植株.PCR检测及So... 以高等模式植物烟草为材料,对固氮酶铁蛋白基因nifH在叶绿体中的表达进行了研究.构建了nifH基因叶绿体转化载体,并利用基因枪轰击法对烟草叶片进行了转化.基因枪轰击后,共获得6株壮观霉素抗性再生植株.PCR检测及Southern杂交鉴定结果表明,aadA和nifH等外源基因已整合进入受体植物叶绿体基因组中; Western免疫沉淀法的测定结果则证明,nifH基因能够在叶绿体原核环境中表达. 展开更多
关键词 叶绿体 NIFH基因 基因表达 高等植物 原核表达 固氮酶铁蛋白基因 烟草
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