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栖热菌噬菌体TSP4密码子偏嗜性及其对基因异源表达的影响
1
作者
薛寒
张琦
+3 位作者
李秋鹏
季秀玲
魏云林
林连兵
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期107-112,119,共7页
为了探索噬菌体TSP4、栖热菌模式菌株Thermus thermophilus HB27中6种蛋白编码序列和Escherichi-a coli基因组遗传密码子使用偏嗜性,探索TSP4基因密码子偏嗜性对其基因异源表达的影响本研究利用生物学软件Editseq和RSCU算法统计噬菌体T...
为了探索噬菌体TSP4、栖热菌模式菌株Thermus thermophilus HB27中6种蛋白编码序列和Escherichi-a coli基因组遗传密码子使用偏嗜性,探索TSP4基因密码子偏嗜性对其基因异源表达的影响本研究利用生物学软件Editseq和RSCU算法统计噬菌体TSP4密码子使用频率并分析其偏嗜性,与栖热菌HB27的同源基因以及常温菌E.coli基因组的密码子使用偏嗜性进行对比分析.结果显示,噬菌体TSP4与栖热菌HB27优势密码子相似度高达85%,而与E.coli的相似性仅有65%.为了验证分析结果,选取TSP4基因组中一个潜在分子伴侣基因序列在E.coli BL21和E.coli Rosetta(补充了BL21菌株中缺失的6个稀有密码子)中进行异源表达.噬菌体TSP4与其宿主菌HB27之间密码子高相似性说明在长期的进化过程中TSP4在基因水平上形成对宿主的一种适应性机制.异源表达结果显示,分子伴侣基因在E.coli BL21中未见明显表达,但在Rosetta中高效表达,说明Rosetta中补充的6个稀有密码子明显有助于分子伴侣基因的表达,该结果也进一步证明密码子偏嗜性是否一致在很大程度上影响基因的表达.
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关键词
噬菌体
tsp
4
栖热菌HB27
密码子偏嗜性
异源表达
大肠杆菌Rosetta菌株
原文传递
嗜热噬菌体TSP4的一种非通读转录现象
2
作者
林连兵
郑健
+1 位作者
张琦
魏云林
《昆明理工大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2014年第1期67-71,共5页
转录是生物体基本的生命现象,原核生物的转录普遍存在"通读"的现象,多个ORF(Open Reading Frame)共同转录形成一条多顺反子mRNA.在转录时,当一次转录终止后,转录复合物解体,RNA聚合酶需要再次识别模板DNA上的启动子区并与之...
转录是生物体基本的生命现象,原核生物的转录普遍存在"通读"的现象,多个ORF(Open Reading Frame)共同转录形成一条多顺反子mRNA.在转录时,当一次转录终止后,转录复合物解体,RNA聚合酶需要再次识别模板DNA上的启动子区并与之结合形成转录复合物才能启动下一次转录.然而,在研究嗜热噬菌体TSP4基因组中间隔仅8个残基的两个ORF(ORF47和ORF46)的转录时发现,这两个ORF的转录并没有得到一条与这两个ORF对应的mRNA,而是分别转录出两个独立的mRNA.对这一段DNA序列的基因克隆表达结果表明,仅有ORF47表达出蛋白.可见RNA聚合酶对这两个ORF的转录不是通读,而是被它们之间的长度仅为8 bp间隔序列所中断并独立转录成两个mRNA.嗜热噬菌体TSP4的独特非通读转录现象是否与其基因组小、结构紧凑以及调控机制相对简单有关,值得进一步研究.
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关键词
嗜热
噬菌体
tsp
4
启动子
转录通读
多顺反子mRNA
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职称材料
题名
栖热菌噬菌体TSP4密码子偏嗜性及其对基因异源表达的影响
1
作者
薛寒
张琦
李秋鹏
季秀玲
魏云林
林连兵
机构
昆明理工大学生命科学与技术学院生物工程技术研究中心
出处
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期107-112,119,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(30660009,30960022)
中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室开放课题资助(SKLMR-20100605)
文摘
为了探索噬菌体TSP4、栖热菌模式菌株Thermus thermophilus HB27中6种蛋白编码序列和Escherichi-a coli基因组遗传密码子使用偏嗜性,探索TSP4基因密码子偏嗜性对其基因异源表达的影响本研究利用生物学软件Editseq和RSCU算法统计噬菌体TSP4密码子使用频率并分析其偏嗜性,与栖热菌HB27的同源基因以及常温菌E.coli基因组的密码子使用偏嗜性进行对比分析.结果显示,噬菌体TSP4与栖热菌HB27优势密码子相似度高达85%,而与E.coli的相似性仅有65%.为了验证分析结果,选取TSP4基因组中一个潜在分子伴侣基因序列在E.coli BL21和E.coli Rosetta(补充了BL21菌株中缺失的6个稀有密码子)中进行异源表达.噬菌体TSP4与其宿主菌HB27之间密码子高相似性说明在长期的进化过程中TSP4在基因水平上形成对宿主的一种适应性机制.异源表达结果显示,分子伴侣基因在E.coli BL21中未见明显表达,但在Rosetta中高效表达,说明Rosetta中补充的6个稀有密码子明显有助于分子伴侣基因的表达,该结果也进一步证明密码子偏嗜性是否一致在很大程度上影响基因的表达.
关键词
噬菌体
tsp
4
栖热菌HB27
密码子偏嗜性
异源表达
大肠杆菌Rosetta菌株
Keywords
bacteriophage
tsp
4
Thermus thermophilus HB27
codon usage bias
heterologous expression
E.coli Rosetta
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
嗜热噬菌体TSP4的一种非通读转录现象
2
作者
林连兵
郑健
张琦
魏云林
机构
昆明理工大学生命科学与技术学院
出处
《昆明理工大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2014年第1期67-71,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31160035
31260034)
文摘
转录是生物体基本的生命现象,原核生物的转录普遍存在"通读"的现象,多个ORF(Open Reading Frame)共同转录形成一条多顺反子mRNA.在转录时,当一次转录终止后,转录复合物解体,RNA聚合酶需要再次识别模板DNA上的启动子区并与之结合形成转录复合物才能启动下一次转录.然而,在研究嗜热噬菌体TSP4基因组中间隔仅8个残基的两个ORF(ORF47和ORF46)的转录时发现,这两个ORF的转录并没有得到一条与这两个ORF对应的mRNA,而是分别转录出两个独立的mRNA.对这一段DNA序列的基因克隆表达结果表明,仅有ORF47表达出蛋白.可见RNA聚合酶对这两个ORF的转录不是通读,而是被它们之间的长度仅为8 bp间隔序列所中断并独立转录成两个mRNA.嗜热噬菌体TSP4的独特非通读转录现象是否与其基因组小、结构紧凑以及调控机制相对简单有关,值得进一步研究.
关键词
嗜热
噬菌体
tsp
4
启动子
转录通读
多顺反子mRNA
Keywords
Thermus Siphoviridae phage
4
promoter
transcription readthrough
polycistronic
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
栖热菌噬菌体TSP4密码子偏嗜性及其对基因异源表达的影响
薛寒
张琦
李秋鹏
季秀玲
魏云林
林连兵
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
0
原文传递
2
嗜热噬菌体TSP4的一种非通读转录现象
林连兵
郑健
张琦
魏云林
《昆明理工大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2014
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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