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1953-2016年基孔肯雅病毒的系统进化及蛋白质多样性分析 被引量：2
1
作者 聂恩琼 郭小芹 +1 位作者 张应涛 陆家海 《热带医学杂志》 CAS 2017年第2期148-151,160,共5页
目的对1953-2016年基孔肯雅病毒的主要流行株进行分子进化特征和氨基酸位点变异情况分析,为防控基孔肯雅病毒的流行提供理论依据。方法在NCBI数据库检索1953-2016年基孔肯雅流行株,按照暴发情况筛选代表性毒株35株,使用Scan Prosite软... 目的对1953-2016年基孔肯雅病毒的主要流行株进行分子进化特征和氨基酸位点变异情况分析,为防控基孔肯雅病毒的流行提供理论依据。方法在NCBI数据库检索1953-2016年基孔肯雅流行株,按照暴发情况筛选代表性毒株35株,使用Scan Prosite软件对基孔肯雅病毒蛋白的功能区域进行预测,用Clustal X和Mega 6.06生物软件对于筛选的35株代表株的核苷酸和氨基酸序列进行分析,构建种系进化树并分析氨基酸变异情况析。结果进化树显示35株基孔肯雅病毒对应其3个基因型分支为3簇,分别对应基孔肯雅病毒的3个基因型:东/中/南非型(19株)、亚洲型(13株)和西非型(3株),各蛋白同源计分比值均为0.96以上。E2关键抗原表位(共19个氨基酸)也有变异,其中19株东/中/南非型毒株序列有1处位点(H18Q)发生替换,西非型毒株未发生变化,13株亚洲型毒株也显示有1处位点(N5H)变化。结论基孔肯雅病毒进化较为保守,但在其重要功能区域出现一些位点的突变,关注其进化情况对于基孔肯雅防控工作有积极意义。 展开更多
关键词 基孔肯雅病毒 同源计分比值 变异
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亚洲地区登革1型病毒基因型及蛋白多样性分析 被引量：1
2
作者 袁贵丽 吴建勇 +2 位作者 王国玲 原丽红 陆家海 《热带医学杂志》 CAS 2018年第4期445-448,472,共5页
目的了解我国及周边亚洲地区登革1型病毒株(DENV-1)的基因型及蛋白多样性特征,为今后登革1型病毒的流行监测和防控提供理论基础。方法从NCBI Virus Variation登革病毒数据库筛选出亚洲登革病毒1型全基因组序列共85条,利用生物信息学软件... 目的了解我国及周边亚洲地区登革1型病毒株(DENV-1)的基因型及蛋白多样性特征,为今后登革1型病毒的流行监测和防控提供理论基础。方法从NCBI Virus Variation登革病毒数据库筛选出亚洲登革病毒1型全基因组序列共85条,利用生物信息学软件MEGA 7构建系统发生树,应用重组检测软件RDP 4.0检测可能存在的重组事件,计算同源计分比值(BSR)进行蛋白多样性分析。结果进化树显示亚洲地区登革1型病毒分为6种基因型(Ⅰ-Ⅵ),其中Ⅰ型为优势流行基因型,Ⅵ型为新出现的基因型。同时,共发现26个重组事件,主要以基因型间的重组为主。各蛋白BSR均为0.95以上,NS2B蛋白同源计分比值最高(0.99)。结论亚洲地区登革1型病毒存在多种基因型共同流行,进化较为保守;NS2B蛋白的高度保守性,可成为抗登革病毒药物研发的理想靶点。 展开更多
关键词 亚洲 登革1型病毒 系统进化 重组 同源计分比值
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