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基于支持向量机的蛋白质同源寡聚体分类研究 被引量:15
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作者 张绍武 潘泉 +1 位作者 陈润生 张洪才 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第6期879-883,共5页
基于支持向量机和贝叶斯方法 ,从蛋白质一级序列出发对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究 ,结果表明 :基于支持向量机 ,采用“一对多”和“一对一”策略 ,其分类总精度分别为 77 3 6%和 93 43 % ,分... 基于支持向量机和贝叶斯方法 ,从蛋白质一级序列出发对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究 ,结果表明 :基于支持向量机 ,采用“一对多”和“一对一”策略 ,其分类总精度分别为 77 3 6%和 93 43 % ,分别比基于贝叶斯协方差判别法的分类总精度 50 64%提高 2 6 72和 42 79个百分点 .从而说明支持向量机可用于蛋白质同源寡聚体分类 ,且是一种非常有效的方法 .对于多类蛋白质同源寡聚体分类 ,基于相同的机器学习方法 (如支持向量机 ) ,采用“一对一”策略比“一对多”效果好 . 展开更多
关键词 支持向量机 蛋白质 同源寡聚体 分类 贝叶斯协方差判别法
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基于氨基酸组成分布的蛋白质同源寡聚体分类研究 被引量:9
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作者 施建宇 潘泉 +1 位作者 张绍武 程咏梅 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期49-56,共8页
基于一种新的特征提取方法——氨基酸组成分布,使用支持向量机作为成员分类器,采用“一对一”的多类分类策略,从蛋白质一级序列对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在10-CV检验下,基于氨基酸组成分布,其总分类精度和精度指数分别... 基于一种新的特征提取方法——氨基酸组成分布,使用支持向量机作为成员分类器,采用“一对一”的多类分类策略,从蛋白质一级序列对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在10-CV检验下,基于氨基酸组成分布,其总分类精度和精度指数分别达到了86.22%和67.12%,比基于氨基酸组成成分的传统特征提取方法分别提高了5.74和10.03个百分点,比二肽组成成分特征提取方法分别提高了3.12和5.63个百分点,说明氨基酸组成分布对于蛋白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法;将氨基酸组成分布和蛋白质序列长度特征组合,其总分类精度和精度指数分别达到了86.35%和67.23%,说明蛋白质序列长度特征含有一定的空间结构信息。 展开更多
关键词 氨基酸组成分布 二维主成分分析 支持向量机 同源寡聚体
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基于加权自相关函数特征提取法的多类蛋白质同源寡聚体分类研究 被引量:2
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作者 张绍武 潘泉 +1 位作者 赵春晖 程咏梅 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期721-726,共6页
我们提出一种新的特征提取方法,即用蛋白质序列的氨基酸组成成分和一系列的氨基酸残基指数加权自相关函数构成特征向量,表示蛋白质序列,与支持向量机算法组合对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究,得到... 我们提出一种新的特征提取方法,即用蛋白质序列的氨基酸组成成分和一系列的氨基酸残基指数加权自相关函数构成特征向量,表示蛋白质序列,与支持向量机算法组合对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究,得到较好的分类结果。在Jackknife检验下,采用支持向量机算法,基于此新特征提取法所构成的参数集QIANA、QIANB、MEEJ、ROBB和SNEP的总分类精度分别为77.63%、77.16%、76.46%、76.70%、75.06%,分别比传统氨基酸组成成分特征提取法(参数集为COMP)提高6.39、5.92、5.22、5.46、3.82个百分点。对于参数集QIANA,支持向量机的总分类精度为77.63%,比协方差算法提高16.29个百分点。这些结果表明:(1新特征提取法是有效和可行的,基于此特征提取法构成的特征向量包含蛋白质四级结构信息,且可能捕获了埋藏在缔合亚基作用部位接触表面的基本信息;(2)对于蛋白质同源寡聚体分类研究,支持向量机是非常有效的。 展开更多
关键词 特征提取 加权自相关函数 支持向量机 同源寡聚体
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基于次生特征提取方法预测蛋白质同源寡聚体
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作者 李启鹏 张绍武 +1 位作者 潘泉 陈伟 《北京生物医学工程》 2010年第1期16-22,共7页
寡聚蛋白质相对于单体蛋白质具有许多优势,广泛地参与多种生命活动。本文提出次生特征提取方法,使用支持向量机作为分类器,采用"一对一"的多类分类策略,基于蛋白质一级序列提取特征方法,对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表... 寡聚蛋白质相对于单体蛋白质具有许多优势,广泛地参与多种生命活动。本文提出次生特征提取方法,使用支持向量机作为分类器,采用"一对一"的多类分类策略,基于蛋白质一级序列提取特征方法,对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于次生特征和氨基酸组成成分特征构成的特征集,加权情况下,其总分类精度最高达到了78.41%,比氨基酸组成成分特征提高13.09%,比参考文献最好特征集BG提高了6.86%,比最好原生特征集CM1提高了5.53%。此结果说明次生特征提取方法对于蛋白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法。 展开更多
关键词 同源寡聚体 支持向量机 特征提取 原生特征 次生特征
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基于分组重量编码的蛋白质同源寡聚体分类研究
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作者 张振慧 王正华 王勇献 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第2期91-93,共3页
基于一种新的特征提取方法——分组重量编码(Encoding on the basis of Grouped Weight,简记为EBGW),采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对四类同源寡聚体蛋白进行分类研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于分组重量编... 基于一种新的特征提取方法——分组重量编码(Encoding on the basis of Grouped Weight,简记为EBGW),采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对四类同源寡聚体蛋白进行分类研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于分组重量编码的分类方法总体分类精度达到70.92%,比基于氨基酸组成和加权伪氨基酸成分特征提取方法分别提高20.28和7.53个百分点,说明分组重量编码对于蛋白质同源寡聚体分类是一种高效的特征提取方法。 展开更多
关键词 分组重量编码 同源寡聚体 组分耦合算法
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基于多策略滑动伸缩窗特征提取方法预测蛋白质同源寡聚体
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作者 李启鹏 张绍武 +1 位作者 潘泉 陈伟 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期335-342,共8页
寡聚蛋白质广泛地参与多种生命活动,对其预测研究有重要的意义。文章从蛋白质序列出发,提出多策略滑动伸缩窗特征提取方法,采用"一对一"的多类分类策略,对蛋白质同源寡聚体进行预测研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于支... 寡聚蛋白质广泛地参与多种生命活动,对其预测研究有重要的意义。文章从蛋白质序列出发,提出多策略滑动伸缩窗特征提取方法,采用"一对一"的多类分类策略,对蛋白质同源寡聚体进行预测研究。结果表明,在Jackknife检验下,基于支持向量机的多策略滑动伸缩窗特征和氨基酸组成成分构成的特征集在加权情况下,其总分类精度最高达到了75.37%,比单纯的氨基酸组成成分法提高10.05%,比参考文献最好特征BG_Zhang提高了3.82%。说明多策略滑动伸缩窗特征提取方法对于蛋白质同源寡聚体分类,是一种非常有效的特征提取方法。 展开更多
关键词 同源寡聚体 支持向量机 特征提取 多策略滑动伸缩窗 多策略滑动伸缩窗特征
原文传递
基于小波支持向量机的蛋白质同源寡聚体分类研究
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作者 孙兴玉 黄建华 邱建丁 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第A03期376-376,共1页
蛋白质具有的功能在很大程度上取决于其空间结构,因此对蛋白质空间结构的研究有着重要的意义。目前,蛋白质空间结构的解析主要有X射线晶体学方法、多维核磁共振法和基于结构知识的蛋白质结构预测方法。X射线晶体学方法是迄今为止研究... 蛋白质具有的功能在很大程度上取决于其空间结构,因此对蛋白质空间结构的研究有着重要的意义。目前,蛋白质空间结构的解析主要有X射线晶体学方法、多维核磁共振法和基于结构知识的蛋白质结构预测方法。X射线晶体学方法是迄今为止研究蛋白质结构最有效的方法,但是所需的蛋白质晶体难以培养,且晶体结构测定的周期较长。 展开更多
关键词 蛋白质结构预测 同源寡聚体 支持向量机 X射线晶 空间结构 分类 小波 结构测定
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