用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了合浦珠母贝Pinctada fucata基因组微卫星标记的分离与筛选研究。合浦珠母贝基因组DNA经限制性内切酶MseI酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15探针与其杂...用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了合浦珠母贝Pinctada fucata基因组微卫星标记的分离与筛选研究。合浦珠母贝基因组DNA经限制性内切酶MseI酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15和载体引物进行第2次筛选,获得阳性克隆357个,测序结果表明,297个克隆(83.2%)含有微卫星序列,包括479个微卫星DNA结构域。其中完美型微卫星有370个(77.3%),非完美型95个(19.8%),复合型14个(2.9%)。合成引物49对,有31对(63%)扩增出目的产物,其中9对在种群中(n=32)具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0.375―0.809之间,平均为0.536;等位基因数在2―9个之间,平均为4.889个;观测杂合度介于0.200―0.600之间,平均为0.415;期望杂合度的变化范围为0.454―0.844,平均为0.598。表明FIASCO技术适合于合浦珠母贝微卫星标记的分离与筛选。展开更多
文摘采用生物素标记的（AC）15探针和磁珠富集法构建合浦珠母贝（Pinctada fucata）基因组DNA微卫星富集文库。随机挑选2097个克隆进行筛选,得到483个候选克隆（23.03%）,对其中135个阳性克隆测序分析发现122个克隆含有微卫星重复单元（90.37%）。进一步通过序列比对,最终得到65个具有特异微卫星序列的阳性克隆（53.28%）,其中包含85个微卫星 DNA结构域,其中完美型（perfect）70个,占82.36%；非完美型（imperfect）7个,占8.24%；混合型（compound）8个,占9.41%,重复次数主要分布在5-20（95.74%）,平均重复次数为7.83,（AC/GT）n重复所占比例最高（75.53%）。基于微卫星两端的侧翼序列,利用Primer Premier 5.0设计引物,获得11对具有多态性的微卫星引物。本研究为开展合浦珠母贝分子育种及资源评价分析提供了基础资料。
文摘用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了合浦珠母贝Pinctada fucata基因组微卫星标记的分离与筛选研究。合浦珠母贝基因组DNA经限制性内切酶MseI酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15和载体引物进行第2次筛选,获得阳性克隆357个,测序结果表明,297个克隆(83.2%)含有微卫星序列,包括479个微卫星DNA结构域。其中完美型微卫星有370个(77.3%),非完美型95个(19.8%),复合型14个(2.9%)。合成引物49对,有31对(63%)扩增出目的产物,其中9对在种群中(n=32)具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0.375―0.809之间,平均为0.536;等位基因数在2―9个之间,平均为4.889个;观测杂合度介于0.200―0.600之间,平均为0.415;期望杂合度的变化范围为0.454―0.844,平均为0.598。表明FIASCO技术适合于合浦珠母贝微卫星标记的分离与筛选。
