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竹亚科叶绿体DNA条形码筛选
被引量：
8
1
作者
张玉霄
许宇星
+2 位作者
马朋飞
张丽娜
李德铢
《植物分类与资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期743-750,共8页
竹亚科是一个形态上鉴定困难且易于混淆的类群。DNA条形码技术为这一类群的鉴定提供了一个辅助手段。核心条形码(rbcL+matK)在竹亚科中的鉴别率很低,因此,有必要针对竹亚科筛选有效的DNA条形码片段。本研究根据已发表的竹亚科叶绿体基...
竹亚科是一个形态上鉴定困难且易于混淆的类群。DNA条形码技术为这一类群的鉴定提供了一个辅助手段。核心条形码(rbcL+matK)在竹亚科中的鉴别率很低,因此,有必要针对竹亚科筛选有效的DNA条形码片段。本研究根据已发表的竹亚科叶绿体基因组序列,筛选出16个片段,包括1个基因片段和15个基因间隔区,选取青篱竹族和箣竹族的10属22种30个个体,进行引物通用性、测序成功率和变异位点分析。研究结果表明:(1)引物具有较高的扩增成功率,但部分片段中由于存在poly结构造成测序失败;(2)片段中的插入/缺失可以编码,作为信息位点;(3)trnG-trnT(t)具有最多变异位点,建议可作为竹亚科优先选择的DNA条形码;(4)在开展不同类群的DNA条形码和分子系统学研究时,可以按照"trnG-trnT(t)+X"的方式选择合适的叶绿体DNA片段。
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关键词
竹亚科
DNA条形码
插入
缺失
分子系统学
叶绿体
片段
筛选
原文传递
题名
竹亚科叶绿体DNA条形码筛选
被引量：
8
1
作者
张玉霄
许宇星
马朋飞
张丽娜
李德铢
机构
中国科学院昆明植物研究所生物多样性与生物地理学重点实验室
中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质资源库
西北农林科技大学生命科学学院
中国科学院大学
出处
《植物分类与资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期743-750,共8页
基金
国家自然科学基金(31100148)
NSFC-云南联合基金(U1136603)
+2 种基金
科技部科技基础性工作专项项目(2013FY112600)
科技部国家高技术研究发展计划(863计划)主题项目(2012AA021801)
中国科学院大科学装置项目(2009-LSFGBOWS-01)
文摘
竹亚科是一个形态上鉴定困难且易于混淆的类群。DNA条形码技术为这一类群的鉴定提供了一个辅助手段。核心条形码(rbcL+matK)在竹亚科中的鉴别率很低,因此,有必要针对竹亚科筛选有效的DNA条形码片段。本研究根据已发表的竹亚科叶绿体基因组序列,筛选出16个片段,包括1个基因片段和15个基因间隔区,选取青篱竹族和箣竹族的10属22种30个个体,进行引物通用性、测序成功率和变异位点分析。研究结果表明:(1)引物具有较高的扩增成功率,但部分片段中由于存在poly结构造成测序失败;(2)片段中的插入/缺失可以编码,作为信息位点;(3)trnG-trnT(t)具有最多变异位点,建议可作为竹亚科优先选择的DNA条形码;(4)在开展不同类群的DNA条形码和分子系统学研究时,可以按照"trnG-trnT(t)+X"的方式选择合适的叶绿体DNA片段。
关键词
竹亚科
DNA条形码
插入
缺失
分子系统学
叶绿体
片段
筛选
Keywords
Bambusoideae
DNA barcoding
Indels
Molecular phylogeny
Plastid region selection
分类号
Q949 [生物学—植物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
竹亚科叶绿体DNA条形码筛选
张玉霄
许宇星
马朋飞
张丽娜
李德铢
《植物分类与资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
8
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