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剖面隐马氏模型训练算法的改进
1
作者
王斌宾
史定华
《应用数学与计算数学学报》
2006年第1期26-32,共7页
利用剖面隐马氏模型获得多序列联配,一般需要经过初始化、训练、联配三个过程.然而,目前广泛采用的Baum-Welch训练算法假设各条可观察序列互相独立,这与实际情况有所不符.本文对剖面隐马氏模型,给出可观察序列在互相不独立情况下的改...
利用剖面隐马氏模型获得多序列联配,一般需要经过初始化、训练、联配三个过程.然而,目前广泛采用的Baum-Welch训练算法假设各条可观察序列互相独立,这与实际情况有所不符.本文对剖面隐马氏模型,给出可观察序列在互相不独立情况下的改进Baum-Welch算法,在可观察序列两种特殊情况下(互相独立和一致依赖),得到了改进算法的具体表达式,讨论了一般情况下权重的选取方法.最后通过一个具体的蛋白质家族的多序列联配来说明改进算法的效果.
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关键词
剖面隐马氏模型
Baum—Welch算法
多
序列
联配
可
观察
序列
的
相依
性
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职称材料
题名
剖面隐马氏模型训练算法的改进
1
作者
王斌宾
史定华
机构
上海大学理学院数学系
出处
《应用数学与计算数学学报》
2006年第1期26-32,共7页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)专项经费资助(课题编号:2002AA234021)
文摘
利用剖面隐马氏模型获得多序列联配,一般需要经过初始化、训练、联配三个过程.然而,目前广泛采用的Baum-Welch训练算法假设各条可观察序列互相独立,这与实际情况有所不符.本文对剖面隐马氏模型,给出可观察序列在互相不独立情况下的改进Baum-Welch算法,在可观察序列两种特殊情况下(互相独立和一致依赖),得到了改进算法的具体表达式,讨论了一般情况下权重的选取方法.最后通过一个具体的蛋白质家族的多序列联配来说明改进算法的效果.
关键词
剖面隐马氏模型
Baum—Welch算法
多
序列
联配
可
观察
序列
的
相依
性
Keywords
profile hidden Markov model
Baum-Welch algorithm
multiple sequence alignment
dependence of observable sequences
分类号
O211.62 [理学—概率论与数理统计]
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题名
作者
出处
发文年
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1
剖面隐马氏模型训练算法的改进
王斌宾
史定华
《应用数学与计算数学学报》
2006
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