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基因分型方法在结核分枝杆菌分型中的应用进展
1
作者 方梓昊 赵文丽 +5 位作者 徐雁南 郑佳雄 纪丽微 刘苏洋 林健雄 常巧呈 《山东医药》 CAS 2024年第15期103-107,共5页
结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、... 结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、对样本质量要求高和实验操作繁琐等;间隔区寡核苷酸分型技术操作简便且成本较低,稳定性较高,但其分型能力同样不足,结果可能趋向同型化;长序列多态性分型可以简便、快速鉴别牛型、人型和北京基因型菌株,并且在遗传进化研究中发挥重要作用;可变数目串联重复序列分型的分辨率高、可重复性好,可以根据不同情况优化位点组合,已经成为结核分子流行病学研究的重要方法;单核苷酸多态性分型具有高通量、高分辨率和结果准确性高等优点,在结核分子流行病学上的应用非常广泛,有望成为Mtb分型的下一个金标准。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌分型 基因分型 IS6110限制性片段长度多态性分型 间隔区寡核苷酸分型 长序列多态性分型 可变数目串联重复序列分型 单核苷酸多态性分型
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用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用 被引量：1
2
作者 陈昕昶 陈嘉臻 张文宏 《微生物与感染》 2018年第6期342-349,共8页
近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重... 近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9+3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为40.0%,特异度为77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDRTB,有待进一步研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 泛耐药结核分枝杆菌 全基因组测序 可变数目串联重复序列分型 基因型
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云南省昭通地区结核分枝杆菌临床分离株遗传多样性和耐药分子特征
3
作者 钱源 范怀艳 +1 位作者 何志坚 王梅 《传染病信息》 2024年第1期35-40,共6页
目的调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征。方法2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定... 目的调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征。方法2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定法通过荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)熔解曲线法鉴定所有分离株。用多色熔解曲线分析技术进行间隔区寡核苷酸分型(interval oligonucleotide typing,Spoligotyping)。用分枝杆菌散布重复单元(mycobcterial interspersed repetitive units,MIRU)-可变数目串联重复序列分型(variable number of tandem repeat typing,VNTR)(MIRU-VNTR)24位点分型法进行基因分型。使用PCR和靶向测序检测耐药基因突变。结果北京菌株占所有MTB菌株的69.80%(208/298)。其他谱系包括T、LAM、MANU2、CAS、NEW-1和SITVITWEB数据库中未发现的孤儿型,分别占5.70%(17/298)、3.36%(10/298)、0.67%(2/298)、0.34%(1/298)、8.39%(25/298)及11.74%(35/298)。北京菌株对左氧氟沙星的耐药率略高于非北京菌株(P=0.042),而北京菌株与非北京菌株2种基因型菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺、卡那霉素耐药率差异无统计学意义(P>0.05)。MIRU-VNTR 24位点分型分析结果显示,33个菌株可分为13株聚类,其聚类率为39.39%。每个等位基因的Hunter-Gaston指数在0~0.814之间,其中18个位点对非北京菌株具有中高鉴别能力。但只有10个位点对北京菌株具有中高鉴别能力。结论MTB菌株在中国云南省昭通地区表现出较高的遗传多样性,北京菌株是MTB和耐药结核病菌株的优势谱系。 展开更多
关键词 云南省昭通地区 结核分枝杆菌 基因多样性 分枝杆菌散布重复单元-可变数目串联重复序列分型24位点分型 MTB间隔区寡核苷酸分型
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中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立 被引量：4
4
作者 赵林 陈美玲 +4 位作者 卢昕 李杰 赵宏群 阚飙 逄波 《疾病监测》 CAS 2019年第6期495-500,共6页
目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列(VNTR)位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合... 目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列(VNTR)位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低(71.90%),VP1-17不具备多态性(Nei值=0.00),VP2-07的稳定性差;6个位点的组合(VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8)分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论 6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 多位点可变数目串联重复序列分型 可变数目串联重复序列 流行病学 暴发
原文传递
某院耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLVA基因分型及流行状况研究
5
作者 陈扬 胡大春 +4 位作者 崔颖 王林 刘德华 邵剑春 穆士杰 《国际检验医学杂志》 CAS 2016年第5期586-587,590,共3页
目的通过构建适合临床实验室常规应用的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株同源性多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,建立昆明地区临床分离MRSA菌株的MLVA基因分型基础数据库,分析医院MRSA感染流行情况。方法收集昆明市第... 目的通过构建适合临床实验室常规应用的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株同源性多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,建立昆明地区临床分离MRSA菌株的MLVA基因分型基础数据库,分析医院MRSA感染流行情况。方法收集昆明市第一人民医院临床微生物室2010年10月至2013年12月分离的111株MRSA菌株,对7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和产物电泳分析,归类各菌株的基因型别。结果 VNTR09-01位点测序结果显示9bp的重复子,重复规律性不强、易突变;111株分离株被分为25个基因型别(A^Y),其中G、A、B为主要型别,分别占47.7%、13.5%、8.1%;呼吸内科、神经外科、重症监护室(ICU)和乳腺科存在MRSA集中流行趋势。结论 MLVA分型方法可推广应用于本研究中7个VNTR位点多态性检测,部分科室存在MRSA同源菌集中流行情况,值得高度关注。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 基因分型 多位点可变数目串联重复序列分型
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