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干酪乳杆菌Zhang在逆境条件下基因表达的差异分析 被引量：4
1
作者 张猛 贾星 +2 位作者 张和平 马学波 包秋华 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期62-69,共8页
为了探讨益生菌干酪乳杆菌Zhang在低温、低pH值胁迫下转录水平上的基因表达差异。本文选取干酪乳杆菌Zhang中与糖代谢、氨基酸代谢、细胞膜脂肪酸以及应激蛋白等相关的12个主要基因为研究对象,将干酪乳杆菌Zhang用MRS液体培养基活化3代... 为了探讨益生菌干酪乳杆菌Zhang在低温、低pH值胁迫下转录水平上的基因表达差异。本文选取干酪乳杆菌Zhang中与糖代谢、氨基酸代谢、细胞膜脂肪酸以及应激蛋白等相关的12个主要基因为研究对象,将干酪乳杆菌Zhang用MRS液体培养基活化3代后置于4℃条件下进行逆境胁迫,间断性取样,采用反转录PCR对选定基因的表达水平进行动态监测。结果表明,干酪乳杆菌Zhang在低温、低pH值胁迫下,3个糖代谢相关基因(苹果酸乳酸酶基因、6-磷酸葡萄糖脱氢酶基因、UTP-葡萄糖-1-磷酸尿苷酰转移酶)、1个细胞膜脂肪酸相关基因(环丙烷脂肪酸合成酶基因)、1个应激蛋白相关基因(分子伴侣Gro EL基因)共5个基因表达上调;而DNA引发复制酶基因、3个氨基酸代谢相关基因(阳离子转运酶基因、D-谷氨酸代谢基因、ABC转运体ATP结合蛋白基因)、2个细胞膜脂肪酸基因(磷脂合成基因、短链醇脱氢酶基因)、磷酸转移酶系统丝氨酸特异性转运蛋白基因等7个基因表达下降。这为解析干酪乳杆菌Zhang在胁迫条件下的生理、生化特性的改变及其抗性机制提供了参考依据。 展开更多
关键词 干酪乳杆菌Zhang 逆境胁迫 差异基因 反转录qpcr
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基于无性期18S rDNA特异性引物检测5种疟原虫qPCR的建立和应用
2
作者 李美 肖宁 夏志贵 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CSCD 北大核心 2023年第1期36-43,共8页
目的建立基于疟原虫无性期(A期)18S rDNA检测感染人的5种疟原虫的qPCR,并评价其检测效果。方法从GenBank中下载5种疟原虫A期、子饱子期(S期)、卵囊期(O期)和人的18S rDNA序列进行比对,划分保守区和变异区,在保守区设计疟原虫属特异性引... 目的建立基于疟原虫无性期(A期)18S rDNA检测感染人的5种疟原虫的qPCR,并评价其检测效果。方法从GenBank中下载5种疟原虫A期、子饱子期(S期)、卵囊期(O期)和人的18S rDNA序列进行比对,划分保守区和变异区,在保守区设计疟原虫属特异性引物,在变异区设计种特异性引物。以5种疟原虫DNA、田鼠巴贝虫和婴儿利什曼原虫DNA为模板进行qPCR扩增,筛选特异性引物对。应用qPCR法筛选特异性引物对的最佳退火延伸温度和引物浓度。分别构建5种原虫A期18S rDNA短片段(筛选出的引物对扩增产物)和长片段(属特异性引物扩增产物)质粒,以连续浓度梯度的短片段质粒DNA[(5×10^(1))~(5×10^(8))拷贝/μl]、长片段质粒DNA[(5×10^(4))~(5×10^(9))拷贝/μl]为模板分别进行qPCR扩增,测定筛选出的引物对的扩增效率、最低检出限[包括最低质粒浓度、循环数阈值(Ct值)、变异系数]、无扩增时非目标DNA的最高浓度、可检出的混合DNA中不同虫种间的最大拷贝浓度比值。以5倍稀释的18份疟原虫血样DNA[恶性疟原虫(Pf)6份、间日疟原虫(Pv)6份、卵形疟原虫(Po)4份、三日疟原虫(Pm)2份、诺氏疟原虫(Pk)1份]为模板,应用筛选出的特异性引物分别进行qPCR、一步反转录qPCR和巢式PCR扩增,计算最低检出限时的原虫密度。用筛选出的特异性引物进行应用验证,对70份疟疾患者血样DNA(Pf 26份、Pv 14份、Pm 14份、Po 9份、Pk 3份、混合感染4份)、65份疟原虫阴性人血样DNA以及阿米巴(1份)、田鼠巴贝虫(1份)和杜氏利什曼原虫DNA(3份)进行qPCR扩增,以样品提供者的检测结果为标准,计算qPCR检测的敏感度、特异度、符合率。不同PCR方法检测结果的比较采用卡方检验、t检验、Mann-Whitney检验或Wilcoxon秩和检验。结果序列比对结果显示,5种疟原虫A期18S rDNA序列的一致性为89.3%~96.7%,高于S期的60.0%~92.1%,可分为9个保守区和8个变异区。除Pv O期和Pm 展开更多
关键词 疟原虫 染料法qpcr 一步反转录qpcr 最低检出限
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