基于高通量测序的两种高寒草甸土壤原核生物群落特征研究 被引量：17

1

作者 卢慧 赵珩 +4 位作者 盛玉钰 丛微 王秀磊 李迪强 张于光 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期8080-8087,共8页

土壤微生物在生态系统中具有重要的生态功能,研究青藏高原高寒草甸的土壤原核生物群落组成及其主要影响因子,对揭示青藏高原独特的微生物地理区系和预测全球环境变化的影响有重要意义。利用Illumina Miseq高通量测序技术,结合分子生态网... 土壤微生物在生态系统中具有重要的生态功能,研究青藏高原高寒草甸的土壤原核生物群落组成及其主要影响因子,对揭示青藏高原独特的微生物地理区系和预测全球环境变化的影响有重要意义。利用Illumina Miseq高通量测序技术,结合分子生态网络,对青藏高原高寒沼泽化草甸和高寒草甸的土壤原核生物的群落组成特征进行了分析。结果共检测到23145个OTUs,可分为2个古细菌类群和33个已知的细菌类群;其中变形菌门、酸杆菌门、放线菌门和拟杆菌门为土壤的优势菌群,相对丰度累计超过79%;高寒草甸原核生物的多样性高于高寒沼泽化草甸,两种草甸类型原核生物群落特征具有显著差异性(P<0.001)。分子生态网络分析表明,高寒草甸网络具有较长的平均路径距离和较高的模块性,使其比高寒沼泽化草甸网络更能抵抗外界环境变化,在应对气候变化时具有更高的稳定性;典范对应分析(CCA)和分子生态网络的分析结果均表明,土壤p H值是影响土壤原核生物群落特征的主要影响因子。综上所述,土壤微生物群落的组成变化对于评估其对全球气候变化的响应具有重要的指示作用,土壤原核生物群落特征在不同的高寒草甸土壤中具有显著差异,了解其变化规律和影响因子,能为高寒草甸生态系统的适应性管理和应对气候变化提供理论依据。 展开更多

关键词 青藏高原 高通量测序 原核生物群落 高寒草甸

下载PDF 职称材料

宁波三江口水域原核生物群落结构分析 被引量：8

2

作者 胡安谊 李姜维 +2 位作者 杨晓永 王弘杰 于昌平 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第7期2487-2495,共9页

首次应用16S rRNA基因-Illumina Miseq高通量测序技术对甬江流域宁波三江口区域的表层水体原核生物群落进行了分析,共获得215 504条高质量序列.多样性指数分析表明,该流域的水体原核生物群落具有较高的遗传多样性和丰富度.菌群分类分析... 首次应用16S rRNA基因-Illumina Miseq高通量测序技术对甬江流域宁波三江口区域的表层水体原核生物群落进行了分析,共获得215 504条高质量序列.多样性指数分析表明,该流域的水体原核生物群落具有较高的遗传多样性和丰富度.菌群分类分析发现,β-变形菌纲(β-Proteobacterium)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是主要的优势菌群,其相对丰度占总群落的78.88%.对比不同站位的原核生物群落,发现水文环境可能是影响三江口水域原核生物群落组成和结构的重要因素之一.与以往报道对比分析表明,甬江流域分布有多种污水和粪便污染指示菌,其中余姚江污染指示菌的丰度最高,说明其受污染的风险可能较高.病原菌BLASTN分析表明,在种和亚种水平上,分别检出76和18种潜在病原菌,占序列总量的2.19%和0.40%.本研究为系统认识甬江流域原核生物群落结构及生态功能提供了重要基础数据. 展开更多

关键词 甬江流域 原核生物群落 16S rRNA基因-Illumina Miseq测序 污染指示菌 潜在病原

原文传递

温室中患白粉病与健康草莓植株根际原核生物群落的比较研究 被引量：7

3

作者 杨俊誉 魏世杰 +8 位作者 苏代发 张振荣 陈杉艳 罗志伟 沈雪梅 赖泳红 Arslan Jamil 童江云 崔晓龙 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期85-91,共7页

【目的】比较温室大棚中患白粉病的草莓(DRZ)与健康草莓(HRZ)植株根际土壤原核生物(细菌和古菌)群落的多样性与结构差异。【方法】基于土壤原核生物16S rRNA基因V3~V4变异区通用引物序列,应用高通量测序技术进行比较分析。【结果】在97... 【目的】比较温室大棚中患白粉病的草莓(DRZ)与健康草莓(HRZ)植株根际土壤原核生物(细菌和古菌)群落的多样性与结构差异。【方法】基于土壤原核生物16S rRNA基因V3~V4变异区通用引物序列,应用高通量测序技术进行比较分析。【结果】在97%的相似水平下2个样本共获得OTU个数为2631,涵盖了2域2界39门82纲161目326科600厲的原核生物;与健康样本相比,患病土壤原核生物的OTU数目及多样性指数均较低;在门分类水平上,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门均为2个样本的优势菌群,两者群落种类大致相同,但群落相对丰度均发生显著变化(P<0.01),同时首次发现了患病植株根际土壤中古菌的门类相对丰度显著高于健康植株;在属分类水平上,分析了2个样本中相对丰度Top 50的菌群,表明原核生物群落结构和相对丰度均发生了显著变化(P<0.01),其中假单胞菌属、链霉菌属和“norank类群”可能是潜在的拮抗菌类群,沃尔巴克氏体属和立克次体属可能是寄生于温室草莓白粉病传播媒介中的类群。【结论】阐明了温室中患白粉病草莓与健康草莓根际原核生物的多样性变化,并解释了病害发生和传播的原因及草莓食用的安全问题,对防控白粉病的发生和快速筛选草莓白粉病拮抗菌提供理论依据。 展开更多

关键词 草莓白粉病 根际微生物 原核生物群落 温室 高通量测序

下载PDF 职称材料

黄土-古土壤原核生物群落对古气候变化的响应

4

作者 刘秀花 孙钰涵 +4 位作者 卢杰 刘小康 马延东 贺屹 胡安焱 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1800-1823,共24页

【目的】黄土-古土壤序列是记录第四纪气候环境变化的良好载体,其内部的土壤微生物特征是蕴含土壤环境变化的重要信息。由于黄土与古土壤成壤环境的气候差异,微生物群落结构特征可能会有不同的响应,但针对该问题的研究还十分有限。【方... 【目的】黄土-古土壤序列是记录第四纪气候环境变化的良好载体,其内部的土壤微生物特征是蕴含土壤环境变化的重要信息。由于黄土与古土壤成壤环境的气候差异,微生物群落结构特征可能会有不同的响应,但针对该问题的研究还十分有限。【方法】选择任家坡(R)和九州台(J)两地黄土(RL和JL)-古土壤(RS和JS)序列,运用高通量测序技术和线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)识别土壤原核生物群落结构和类群差异,基于原核生物分类单元功能注释(functional annotation of prokaryotic taxa,FAPROTAX)数据库进行群落功能预测,以及利用Mantel test探讨影响土壤原核生物群落稳定的环境因子。【结果】土壤中碳氮营养物质与气候变化的代用指标磁化率、Rb/Sr变化趋势一致,含量整体表现为古土壤(RS和JS)高,对应的黄土(RL和JL)低,这一特征在任家坡古土壤(RS)中尤为显著;在同一气候时期,九州台较任家坡更为干冷,并且九州台古土壤沉积阶段也受到较强冬季风的影响,使其气候冷干与暖湿转变呈渐变型。原核生物群落结构中酸杆菌门(Acidobacteria)、泉古菌门(Crenarchaeota)、绿弯菌门(Chloroflexi)等具有嗜热嗜温性质的细菌和古菌在任家坡黄土-古土壤(RL和RS)中丰度较高,芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)等耐旱、适宜极端环境中生存的细菌和古菌在九州台黄土-古土壤中(JL和JS)丰度较高。同时,生命产能、氮、锰、铁、氯元素循环相关功能基因在任家坡古土壤(RS)中表达量最高,而碳、氢、硫元素循环相关功能基因在任家坡黄土(RL)中表达量最高。与任家坡相比,九州台原核生物群落具有物种多样性高、功能种类少的特点。Mantel test分析进一步表明,有机碳(soil organic carbon,SOC 展开更多

关键词 黄土-古土壤序列 原核生物群落 结构 功能 古气候

原文传递

微生物的温度依赖性

5

作者 陈锦荣 江丽君 《生物制品快讯》 2004年第7期14-15,共2页

关键词 微生物 温度依赖性 原核生物群落 永冻层

下载PDF 职称材料

温带草原生态系统土壤原核生物特征对自然水分梯度的响应

6

作者 Xin Chen Yujue Wang +3 位作者 Yuting Shen Weiguo Sang Nengwen Xiao Chunwang Xiao 《Journal of Plant Ecology》 SCIE CSCD 2023年第6期236-248,共13页

土壤水分是影响生态系统功能的重要因素,其不仅可以维持微生物的活性,还可以通过改变植被多样性,控制土壤养分的扩散和运输,最终改变微生物群落。为探索土壤含水量对土壤原核生物群落的影响,本研究在中国内蒙古呼伦湖南岸的草原生态系... 土壤水分是影响生态系统功能的重要因素,其不仅可以维持微生物的活性,还可以通过改变植被多样性,控制土壤养分的扩散和运输,最终改变微生物群落。为探索土壤含水量对土壤原核生物群落的影响,本研究在中国内蒙古呼伦湖南岸的草原生态系统中建立了一个覆盖自然土壤水分梯度的研究区域,并将其细分为高含水量(4.80%±1.18%)、中含水量(2.17%±0.09%)和低含水量(1.85%±0.14%)三个梯度。环境因子是通过实地调查和实验室分析获得的。土壤原核生物是通过高通量测序技术测定的。植被特征和土壤理化性质对原核生物丰富度多样性有显著影响,其中土壤含水量是最重要的影响因素。在中含水量梯度中,差异原核生物的数量最少,且门水平原核微生物的多样性和相对丰度最高。这表明中含水量梯度下的原核生物群落的内在变异较小,整体活性较高。此外,高含水量和低含水量梯度的原核生物多样性和门水平相对丰度较低。表型预测结果表明,这两组条件下的原核微生物群落具有更强的耐受性。总之,原核生物群落对呼伦湖南岸草地生态系统的自然水分梯度有明显响应,土壤水分过高或过低都会增加原核生物的抗逆性。 展开更多

关键词 呼伦湖 温带草原 自然土壤水分梯度 土壤原核生物群落 表型预测

原文传递

高通量测序技术解析五粮液窖泥原核微生物群落结构 被引量：34

7

作者 赵东 郑佳 +3 位作者 彭志云 吕学兰 杨康卓 张建敏 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1-8,共8页

为清晰认识五粮液特殊窖泥微生态群落结构及功能,利用Illumina NextSeq 500高通量深度测序平台首次分析了五粮液不同窖泥原核微生物群落16S rDNA V4高变区序列;优化了QIIME程序并整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)的数量,分... 为清晰认识五粮液特殊窖泥微生态群落结构及功能,利用Illumina NextSeq 500高通量深度测序平台首次分析了五粮液不同窖泥原核微生物群落16S rDNA V4高变区序列;优化了QIIME程序并整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)的数量,分析了不同窖泥中原核微生物群落的丰度、多样性;利用系统发育分析确定了优势菌群的系统发育地位。该研究结果表明,从五粮液窖泥中共获得7 555 164条高质量目标片段。在相同的测序深度条件下(300 000条),五粮液窖泥原核微生物主要由细菌和古菌构成,共检出22个门,52个纲,89个目,168个科,330个属原核微生物,细菌占92.3%,古菌占7.6%。厚壁菌门(Fimicutes)是所有样品的绝对优势菌群(85.6%),共检出74个属,Clostridium、Lactobacillus,Coprococcus,Caldicoprobacter,Soehngenia是丰度最高的细菌属。结合系统发育分析确定窖泥中优势菌群为Lactobacillus,Caldicoprobacter,Caloramater,Clostridium,Caloribacterium,Garciella,Eubacterium,Syntrophomonas,Sedimentbacter,Sporanaerobacter,Tissierella,Methanosarcina,Methanobacterium,Methanobrevibacter,Methanoculleus。五粮液窖泥中蕴藏了显著区别于其他浓香型白酒窖泥的原核微生物群落,尤其是群系复杂的厚壁菌门细菌,较高丰度的产己酸菌群和促进己酸生成的甲烷菌群。 展开更多

关键词 五粮液 窖泥 原核微生物群落 高通量测序

下载PDF 职称材料

浓香型白酒新、老窖池池壁泥与池底泥原核菌群结构分析 被引量：26

8

作者 张会敏 王艳丽 +7 位作者 孟雅静 李安军 周庆伍 胡心行 刘国英 李兰 黄艳 邢新会 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第18期180-187,共8页

通过Illumina-MiSeq高通量测序16SrDNA V4可变区,分析新老窖池的池底泥和池壁泥的原核菌群结构。新窖池池壁泥中的菌群结构最单一,主要为乳酸杆菌属(Lactobacillus,85.59%)和产己酸菌属(Caproiciproducens,5.63%);其次为新窖池的池底泥... 通过Illumina-MiSeq高通量测序16SrDNA V4可变区,分析新老窖池的池底泥和池壁泥的原核菌群结构。新窖池池壁泥中的菌群结构最单一,主要为乳酸杆菌属(Lactobacillus,85.59%)和产己酸菌属(Caproiciproducens,5.63%);其次为新窖池的池底泥、老窖池的池壁泥和老窖池的池底泥。老窖池池底泥的原核菌群组成最丰富,最显著的特征为氨基酸菌(Aminobacterium,11.85%)、沉积菌属(Sedimentibacter,2.08%)和未知菌属(37.6%)的含量最多。4组窖泥样本中,老窖池池底泥的pH值(5.69)和铵态氮含量(2.54 g/kg)最高,乙醇和各种有机酸酯的含量最小,这是成熟老窖池池底泥菌群所形成的完善代谢链的作用结果。窖泥样本的理化性质为分析窖泥菌群的老熟过程提供了依据。老窖泥的16S rDNA拷贝数比新窖泥高1~2个数量级,表明老窖泥的原核菌群丰度较高。通过冗余相关分析发现:乙酸(32.9%)和水分(20.6%)与窖泥原核菌群的相关性最高且极显著(P<0.01),说明乙酸和水分在窖泥原核菌群的老熟进程中具有重要作用。 展开更多

关键词 浓香型白酒 池底泥 池壁泥 理化因子 原核微生物群落

下载PDF 职称材料

浓香型白酒发酵新老窖泥理化因子和原核微生物群落结构差异分析 被引量：24

9

作者 张会敏 王艳丽 +5 位作者 孟雅静 王银辉 李安军 王志强 张治洲 邢新会 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第6期207-214,共8页

分析中国浓香型白酒发酵新老窖泥的理化性质差异和其中的原核微生物群落组成差异。老窖泥的pH值、铵态氮、乙酸和K+含量相对较高;新窖泥的乙醇、丙酸、乳酸、己酸乙酯、可溶性Ca^2+和总酯含量相对较高。新窖泥中Lactobacillus含量更丰富... 分析中国浓香型白酒发酵新老窖泥的理化性质差异和其中的原核微生物群落组成差异。老窖泥的pH值、铵态氮、乙酸和K+含量相对较高;新窖泥的乙醇、丙酸、乳酸、己酸乙酯、可溶性Ca^2+和总酯含量相对较高。新窖泥中Lactobacillus含量更丰富;老窖泥中Clostridium、Syntrophomonas、Methanoculleus、Aminobacterium和Sedimentibacter含量更丰富。Pearson相关性分析表明,与新窖泥菌群相比,老窖泥菌群内部关系更复杂。窖泥理化性质与菌群结构之间的典型相关分析表明:pH值、铵态氮、乙酸和K+含量与老窖泥菌群呈强正相关,乳酸、总酯、乙醇、丙酸和Ca^2+含量与新窖泥菌群呈强正相关。本研究为人工/退化窖泥的改良提供了理论基础。 展开更多

关键词 浓香型白酒 理化因子 窖泥 原核微生物群落

下载PDF 职称材料

浓香型白酒窖泥微生物群落多样性及理化因素对其影响 被引量：22

10

作者 胡晓龙 余苗 +6 位作者 王康丽 田瑞杰 杨旭 王永亮 张治刚 赵西民 何培新 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2021年第2期178-185,204,共9页

采用Illumina Miseq高通量测序技术解析豫酒某浓香型酒企4年和40年窖池的窖壁、窖底泥原核微生物群落多样性和组成。结果表明,窖泥样品操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量、Chao1指数和ACE指数没有显著性(P>0.05)差... 采用Illumina Miseq高通量测序技术解析豫酒某浓香型酒企4年和40年窖池的窖壁、窖底泥原核微生物群落多样性和组成。结果表明,窖泥样品操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量、Chao1指数和ACE指数没有显著性(P>0.05)差异,40年窖底泥香农(Shannon)指数和辛普森(Simpson)指数显著性(P<0.05)偏低。窖泥优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、广古菌门(Euryarchaeota)和放线菌门(Actinobacteria);优势菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、产己酸菌属(Caproiciproducens)、不动菌属(Acinetobacter)、理研菌属(Petrimonas)等共12个菌属,隶属于4个门,且集中在厚壁菌门(Firmicutes)。厚壁菌门(Firmicutes)在40年窖底泥中占绝对优势,Bacteroidetes和Euryarchaeota在4年窖底泥和40年窖壁泥中含量都较高;Lactobacillus为40年窖壁、窖底泥第一大优势菌属,而4年窖壁泥和窖底泥第一优势菌属分别为Acinetobacter和Caproiciproducens。冗余分析(redundancy analysis,RDA)显示,总酸(30.7%)和pH值(15.7%)与窖泥优势菌群的相关性最高且显著(P<0.05),说明总酸和pH值可能是影响上述不同类型窖泥优势菌群空间分布的主要理化因子。 展开更多

关键词 高通量测序 窖泥 原核微生物群落 冗余分析 空间分布 理化因子

下载PDF 职称材料

猪粪原料沼气工程系统中的原核微生物群落结构 被引量：18

11

作者 芮俊鹏 李吉进 +4 位作者 李家宝 王远鹏 柯蓝婷 张时恒 李香真 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1868-1875,共8页

采集了中国不同地区的13个猪粪原料沼气工程系统的沼液,利用16S rRNA基因扩增子高通量测序技术研究了原核微生物群落组成及多样性。结果表明,Firmicutes是猪粪原料沼气工程系统中的主导微生物,其次为Bacteroidetes、Proteobacteria和Chl... 采集了中国不同地区的13个猪粪原料沼气工程系统的沼液,利用16S rRNA基因扩增子高通量测序技术研究了原核微生物群落组成及多样性。结果表明,Firmicutes是猪粪原料沼气工程系统中的主导微生物,其次为Bacteroidetes、Proteobacteria和Chloroflexi。在相似的温度条件下,铵态氮与磷酸盐的比例是影响猪粪原料沼气工程系统原核微生物群落结构及多样性的主要因素。较高的铵磷比会富集Firmicutes门的菌群,尤其是Clostridium sensu stricto属;而较低的铵磷比则有利于Bacteroidetes和Proteobacteria。不同营养类型产甲烷菌对高浓度铵态氮耐受程度不同(氢营养型产甲烷菌>Methanosarcina>Methanosaeta),影响着产甲烷菌群落组成。产甲烷菌和互营菌的群落组成是影响沼气发酵产气效率的重要生物因素,高比例的氢型产甲烷菌和丙酸互营菌更有利于提高产甲烷效率。 展开更多

关键词 沼气工程 猪粪 16S rRNA扩增子高通量测序 原核微生物群落 生物反应器 发酵 甲烷

下载PDF 职称材料

新老窖池黄水的差异性及静置培养对其影响 被引量：14

12

作者 张会敏 孟雅静 +5 位作者 王艳丽 李安军 刘国英 袁志强 张严 邢新会 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期215-222,共8页

分析浓香型新老窖池新鲜黄水封闭静置培养前后的理化性质和菌群组成。新老窖池新鲜黄水相比,后者丁酸、己酸、戊酸、乙酸等有机酸和铵态氮的含量较高。新老窖池黄水经过5个月的封闭静置培养,淀粉、还原糖和酸度值降低,而铵态氮增加;此外... 分析浓香型新老窖池新鲜黄水封闭静置培养前后的理化性质和菌群组成。新老窖池新鲜黄水相比,后者丁酸、己酸、戊酸、乙酸等有机酸和铵态氮的含量较高。新老窖池黄水经过5个月的封闭静置培养,淀粉、还原糖和酸度值降低,而铵态氮增加;此外,老窖池黄水己酸和戊酸值降低;新窖池黄水的乙醇值显著降低,同时丁酸和乙酸的值显著增加。新老窖池新鲜黄水中乳酸杆菌(Lactobacillus)均占绝对优势(>95%),封闭静置培养后,Lactobacillus分别降低至68.55%和52.5%,同时其他菌属的丰度增加,其中包括很多对窖泥老熟有益的厌氧菌。聚类分析表明:与窖龄相比,是否静置培养对黄水菌群的影响更大。冗余分析表明:还原糖与菌群结构的相关性最强,其解释度高达65%。本研究证明了封闭静置培养对黄水菌群的老熟作用,为将来定向培养黄水以促进新窖泥的老熟提供了可能性。 展开更多

关键词 浓香型白酒 理化因子 黄水 原核微生物群落 窖泥老熟

下载PDF 职称材料

基于高通量测序的窖泥原核微生物群落结构及其理化因子相关性分析 被引量：12

13

作者 张明珠 吴学凤 +7 位作者 穆冬冬 许博阳 孙伟 蒋俊树 闫晓明 郑志 姜绍通 李兴江 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第18期111-118,共8页

为揭示各项理化特性对窖泥细菌群落结构的影响,分析不同年份窖泥的理化因子差异及与其原核微生物群落的相关性。结果表明:20 a窖池池壁和池底窖泥中的水分、pH值、铵态氮及有效磷和速效钾的含量均显著高于2 a窖泥,但其钙含量却显著低于... 为揭示各项理化特性对窖泥细菌群落结构的影响,分析不同年份窖泥的理化因子差异及与其原核微生物群落的相关性。结果表明:20 a窖池池壁和池底窖泥中的水分、pH值、铵态氮及有效磷和速效钾的含量均显著高于2 a窖泥,但其钙含量却显著低于2 a窖泥。30 a池壁和池底窖泥与2 a相比,除水分含量和腐殖质外,其他指标均存在显著差异。理化因子与菌群的相关性分析发现,水分含量、pH值和铵态氮对菌群的影响最为显著,与Lactobacillus呈极显著负相关(P<0.01),与Aminobacterium、Syntrophomonas和Sedimentibacter等6个菌属呈显著正相关(P<0.05)。新窖泥中不同的微生物菌群在长期往复的发酵过程中相互作用,优势菌属逐步占据主导低位并达到动态平衡,形成优质窖泥。本实验系统研究窖泥原核微生物群落多样性在窖泥老熟及退化过程中的变化趋势,借助微生物和理化因子之间的相关性分析,为窖池的养护机制及优质窖泥的制作提供一定理论依据。 展开更多

关键词 原核微生物群落 窖泥 理化因子 Pearson相关性 高通量测序

下载PDF 职称材料

浓香型窖泥原核微生物群落多样性及其在窖池中的空间异质性 被引量：12

14

作者 胡晓龙 王康丽 +7 位作者 余苗 田瑞杰 范海报 孙继祥 张军 杨旭 马歌丽 魏涛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期77-84,共8页

利用高通量测序技术解析河南某浓香型白酒企业35年窖龄窖泥原核微生物群落多样性及其在窖壁上层、中层、下层和窖底窖泥中的分布。厚壁菌门(71.1%)和拟杆菌门(16.3%)为供试窖泥的主要优势菌门;78.1%(共32个)的优势属隶属梭菌纲和拟杆菌... 利用高通量测序技术解析河南某浓香型白酒企业35年窖龄窖泥原核微生物群落多样性及其在窖壁上层、中层、下层和窖底窖泥中的分布。厚壁菌门(71.1%)和拟杆菌门(16.3%)为供试窖泥的主要优势菌门;78.1%(共32个)的优势属隶属梭菌纲和拟杆菌纲,其中产己酸菌属含量最高(27.3%),且存在大量未鉴定菌属(17.5%)。对α-和β-的多样性分析表明,窖泥原核微生物群落:(1)物种多样性和丰度存在空间分布差异但不显著(P>0.05);(2)门、纲、属和操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)水平组成均具明显的空间异质性。冗余分析(redundancy analysis,RDA)显示,pH和有效磷可能是影响窖泥微生物群落空间分布的主要理化因素。该文较系统地研究了窖泥微生物群落多样性的窖池空间分布规律及其影响因素,为探究不同位置窖泥对白酒生产的具体影响和贡献提供理论依据,同时丰富了河南产区窖泥原核微生物群落多样性的内容。 展开更多

关键词 老窖泥 原核微生物群落 空间分布 浓香型白酒 高通量测序

下载PDF 职称材料

榨菜发酵过程中原核微生物群落结构及其理化因子的动态演替 被引量：11

15

作者 吴晓红 高生平 +1 位作者 蒋彩云 王清政 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期27-34,共8页

利用16S rRNA高通量测序技术探究榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替,同时利用物理化学方法追踪发酵过程中理化因子的变化,并进行冗余分析。结果表明,随着榨菜发酵的不断进行,乳杆菌属的相对丰度从0. 92%增加至74. 77%,是发酵过程中的... 利用16S rRNA高通量测序技术探究榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替,同时利用物理化学方法追踪发酵过程中理化因子的变化,并进行冗余分析。结果表明,随着榨菜发酵的不断进行,乳杆菌属的相对丰度从0. 92%增加至74. 77%,是发酵过程中的绝对优势属。明串珠菌属在发酵初始时的相对丰度可达3. 61%,在整个发酵过程中呈先增加后降低的变化趋势,可起到启动剂的作用。冗余分析表明:发酵初期的群落与p H及还原糖含量呈正相关;发酵中期的群落与亚硝酸盐、丙酮酸和琥珀酸含量呈正相关;而发酵后期的群落与总酸和其他有机酸含量呈正相关。该研究较系统地揭示了榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替规律及其影响因素,可为进一步精确人工调控提供理论依据和筛选特性菌种提供数据参考。 展开更多

关键词 榨菜 原核微生物群落 理化因子 高通量测序 冗余分析

下载PDF 职称材料

白酒发酵副产物黄水原核微生物组成及理化特性研究

16

作者 唐艳平 高秀兵 +1 位作者 倪婕 张凤琴 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第3期72-78,共7页

黄水是固态发酵白酒的副产物,其具有丰富的微生物资源。该研究采用常规理化检测方法和高通量测序技术全面分析了不同来源黄水在理化特性和原核微生物结构组成的异同。结果表明,不同车间黄水的pH、总酸、不挥发酸、酒精度、还原糖和淀粉... 黄水是固态发酵白酒的副产物,其具有丰富的微生物资源。该研究采用常规理化检测方法和高通量测序技术全面分析了不同来源黄水在理化特性和原核微生物结构组成的异同。结果表明,不同车间黄水的pH、总酸、不挥发酸、酒精度、还原糖和淀粉含量等理化指标均差异极显著(P<0.01),并且不同车间黄水原核微生物群落的多样性、丰富度和结构组成差异显著(P<0.05)。乳酸杆菌属(Lactobacillus)是所有原核微生物的优势属,其相对丰度为72.34%~98.52%,与总酸、酒精度、不挥发酸和淀粉含量呈正相关。黄水中含有魏斯氏菌属(Weissella)、肠球菌属(Enterococcus)和副拟杆菌属(Parabacteroides),这些微生物与pH和还原糖含量呈正相关。此外,不同车间黄水原核微生物群落差异会影响原酒酸酯的含量,乳酸杆菌属与原酒总酸和总酯含量呈极显著正相关(P<0.01)。不同车间黄水原核微生物群落结构差异与理化因子显著相关,了解理化因子对原核微生物的影响,可为以黄水为原料筛选功能菌株提供数据基础。理化因子显著影响黄水原核微生物群落组成,不同车间黄水原核微生物群落结构差异与理化因子显著相关。 展开更多

关键词 黄水 发酵 白酒 原核微生物群落 理化特性

下载PDF 职称材料

基于DGGE方法分析低氯化钠浓度对发酵白菜原核微生物群落结构的影响 被引量：5

17

作者 燕平梅 张小冰 +4 位作者 柴政 乔宏萍 赵文婧 王丹丹 王琪 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期144-151,共8页

为了探究氯化钠浓度对发酵白菜体系中微生物群落结构的影响。以4%、6%和8%氯化钠浓度发酵白菜,通过DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)方法及Quantity One软件分析原核微生物群落结构;通过回收DGGE电泳中荧光强度强、不同... 为了探究氯化钠浓度对发酵白菜体系中微生物群落结构的影响。以4%、6%和8%氯化钠浓度发酵白菜,通过DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)方法及Quantity One软件分析原核微生物群落结构;通过回收DGGE电泳中荧光强度强、不同时间差异的电泳带,经克隆后测定碱基序列、与Gen Bank库序列对比鉴定。结果表明6%氯化钠浓度发酵白菜微生物多样性指数H(Shannon)、丰富度指数R(Species Richness)在发酵全过程中低于4%、8%组,均匀度指数E(Species Evenness)较4%、8%组的稳定。说明氯化钠浓度6%的发酵泡菜在整个发酵期微生物群落结构相对稳定且微生物种类小于氯化钠浓度4%、8%组。从DGGE电泳带荧光强度和存在的时间可知:在氯化钠浓度6%的发酵白菜体系中,Leuconostoc citreum(柠檬明串珠菌)、Uncultured bacterium(非培养细菌)、Leuconostoc mesenteroides(肠系膜明串珠菌)是白菜发酵中期、后期的优势微生物,Leuconostoc citreum(柠檬明串珠菌)、Leuconostoc mesenteroides(肠系膜明串珠菌)是乳酸菌。氯化钠浓度4%和8%发酵白菜中乳酸菌未成为优势微生物。说明氯化钠浓度6%较4%和8%发酵白菜原核微生物群落的变化接近于自然发酵蔬菜微生物变化规律,研究结果表明6%氯化钠浓度有利于白菜的发酵。 展开更多

关键词 发酵 白菜 DGGE 原核微生物群落

下载PDF 职称材料

赤水晒醋醋酸发酵过程原核微生物群落及理化因子相关性分析 被引量：4

18

作者 鲁梅 宋从从 +3 位作者 石桂珍 杨青 李德青 窦祎凝 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期219-225,共7页

为了研究赤水晒醋醋酸发酵过程原核微生物群落结构的变化情况,采用高通量测序技术分析了醋醅中原核微生物群落的组成,检测了醋酸发酵过程基础理化指标(总酸、乙醇、还原糖和乳酸)的变化,并分析了理化因子与原核微生物属之间的相关性。... 为了研究赤水晒醋醋酸发酵过程原核微生物群落结构的变化情况,采用高通量测序技术分析了醋醅中原核微生物群落的组成,检测了醋酸发酵过程基础理化指标(总酸、乙醇、还原糖和乳酸)的变化,并分析了理化因子与原核微生物属之间的相关性。结果表明,赤水晒醋醋酸发酵过程中醋酸乳杆菌属(Acetilactobacillus)和葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)的相对丰度随着醋酸发酵的进行由0.11%和低于0.01%上升至36.779%和4.760%,乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)的相对丰度随着醋酸发酵的进行先上升后下降;蓝藻细菌属(Acaryochloris)、未分类的红螺菌属(Rhodospirillaceae_nclassified)、农杆菌属(Agrobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)等原核微生物属的相对丰度随着醋酸发酵的进行呈下降趋势。总酸由0.61%(以乙酸计)上升至5.35%(以乙酸计),乙醇由5.78%下降至0.33%;还原糖和乳酸含量均呈先上升后下降的趋势。主坐标分析将醋醅样品按照发酵天数聚在一起,并随着发酵的进行在第一主坐标轴上移动;聚类分析将发酵过程分为前期(第0~3天)、中期(第6~12天)和末期(第15天)这3个阶段;相关性分析表明乳杆菌属(Lactobacillus)主要与乳酸和还原糖含量呈正相关,醋杆菌属(Acetobacter)、柠檬乳杆菌属(Limosilactobacillus)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和醋酸乳杆菌属(Acetilactobacillus)主要与酸度呈正相关,而农杆菌属(Agrobacterium)、黄单胞菌属(Xanthomonas)和甲基杆菌属(Methylobacterium)等菌属主要与酸度呈负相关,且与乙醇含量呈正相关。该研究对揭示赤水晒醋的发酵规律和解析赤水晒醋的发酵机理具有重要意义。 展开更多

关键词 赤水晒醋 醋酸发酵 高通量测序技术 原核微生物群落 相关性分析

下载PDF 职称材料

青藏高原湖泊沉积物中有机碳组分构成及其对微生物群落结构的影响 被引量：1

19

作者 姚秉富 杨渐 +2 位作者 吕秋莹 王北辰 蒋宏忱 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2291-2311,共21页

【目的】探究湖泊沉积物中有机碳组分构成及其对湖泊微生物群落结构的影响。【方法】本研究采集了青藏高原29个湖泊共81个沉积物样品,通过硫酸水解法分析样品中易降解和难降解有机碳含量及其与环境变量之间的相关性;同时使用高通量测序... 【目的】探究湖泊沉积物中有机碳组分构成及其对湖泊微生物群落结构的影响。【方法】本研究采集了青藏高原29个湖泊共81个沉积物样品,通过硫酸水解法分析样品中易降解和难降解有机碳含量及其与环境变量之间的相关性;同时使用高通量测序技术分析样品中原核微生物和真菌群落的多样性和组成及其与易降解和难降解有机碳含量的相关关系。【结果】本研究的青藏高原湖泊沉积物中易降解有机碳Ⅰ(labile organic carbon Ⅰ, LOCⅠ)、易降解有机碳Ⅱ(labile organic carbon Ⅱ, LOCⅡ)和难降解有机碳(recalcitrant organic carbon, ROC)的含量分别为0.03–29.62 mg/g、0.02–23.38 mg/g和0.64–75.72 mg/g,ROC是沉积物有机碳的主要组分(占比为54.97%±19.50%)。LOCⅠ含量与海拔、总氮、总磷、钙离子、活性钙和活性铁含量显著相关(P<0.05);LOCⅡ含量与总氮、钙离子和活性钙含量显著相关;而ROC含量与海拔、总氮、总磷、钙离子和活性钙含量显著相关。其中,钙离子和活性钙的浓度与3种有机碳组分的含量均存在显著正相关,暗示有机质与钙结合的方式可能是青藏高原湖泊沉积物有机碳保存的重要机制。LOCⅠ、LOCⅡ和ROC含量与沉积物中原核微生物群落α多样性均呈显著正相关;ROC含量与真菌群落α多样性呈显著正相关。LOCⅠ含量与α变形杆菌(Alphaproteobacteria)、放线菌(Actinobacteria)、厌氧绳菌(Anaerolineae)、海藻球形菌(Phycisphaerae)和红嗜热菌(Rhodothermia)的相对丰度显著相关;LOCⅡ含量与Anaerolineae、γ变形菌(Gammaproteobacteria)和Phycisphaerae相对丰度显著相关;ROC含量与Actinobacteria和Anaerolineae的相对丰度显著相关。LOCⅠ含量是影响原核微生物和真菌群落组成的显著环境因子,其解释量分别为1.1%和0.3%。环境因素解释了样品间原核微生物群落7.2%和真菌群落3.9%的变化,而空间因子解释了原核微生物群落14.6%和真 展开更多

关键词 青藏高原湖泊 沉积物 易降解有机碳 难降解有机碳 原核微生物群落 真菌群落

原文传递

典型管控有机污染场地土壤剖面微生物群落分布特征及与环境因子关系解析

20

作者 于光文 缪爱华 +4 位作者 赵振华 秦之瑞 高星 谭海军 康旭 《环境工程》 CAS CSCD 北大核心 2023年第S02期1128-1132,1136,共6页

有机污染场地是目前全球重要的土壤环境污染研究热点,然而,目前针对有机污染场地中的多种有机污染物影响下的土壤微生物分布特征研究尚少。利用高通量测序技术,研究了典型有机污染场地中原核微生物的多样性和垂向分布特征、物种之间的... 有机污染场地是目前全球重要的土壤环境污染研究热点,然而,目前针对有机污染场地中的多种有机污染物影响下的土壤微生物分布特征研究尚少。利用高通量测序技术,研究了典型有机污染场地中原核微生物的多样性和垂向分布特征、物种之间的共现模式,并探讨了物种组成与环境因子之间的关系。结果表明:有机污染场地中有机污染物会降低土壤原核微生物多样性并促使群落结构垂向趋同化。场地土壤原核微生物主要由变形菌门(Proteobacteria),绿弯菌门(Chloroflexi),厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)和Patescibacteria组成。共存网络分析结果表明:物种之间正相关关系(合作关系)占主导地位,在抵抗外界有机污染压力时起关键作用。此外,物种-环境因子网络分析表明:有机污染场地中2种高浓度有机污染物对土壤原核微生物群落类群有重要影响。 展开更多

关键词 垂直分布 物种共存 原核微生物群落 有机污染物 污染场地

原文传递