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猪成纤维细胞敲减卵泡抑素基因后的生物信息学分析
1
作者 张冬杰 孙亚蒙 +3 位作者 汪亮 李忠秋 杨国伟 刘娣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第3期801-809,共9页
在哺乳动物中,卵泡抑素(follistatin,FST)不仅参与生殖调控,还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关。为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能,本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并利... 在哺乳动物中,卵泡抑素(follistatin,FST)不仅参与生殖调控,还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关。为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能,本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并利用在线生物学软件对差异基因进行GO功能注释及生物学通路富集分析。结果发现,敲减FST基因后共有370个基因显著上调,287个基因显著下调。与细胞增殖、凋亡相关的HOXA6、PARP14、ZBP1、NDUFB9、RAB13、FAM83D、THBS1和BTF3基因以及与疾病相关的ZNF354C、RNF213、IFIT1、CCL5和VPS13C基因均发生了显著变化。这些差异基因共得到51个GO功能注释,生物过程分类下的生物调节、细胞过程、代谢过程、单一生物过程和细胞组分分类下的细胞器、细胞区域、细胞及分子功能分类下的黏合条目下聚集的差异基因数量最多,均>200个。共发现12条显著富集的通路,包括3条与细胞增殖相关的通路(p53信号通路、细胞周期和真核生物中核糖体的生物发生),4条与疾病相关的通路(阿尔茨海默氏病、沙门氏菌感染、亨廷顿病和非小细胞肺癌),2条与肌肉收缩相关的通路(血管平滑肌收缩和心肌收缩)以及泛素介导的蛋白水解作用、肌动蛋白细胞骨架的调节和缝隙连接通路。以上研究结果表明,在成纤维细胞中敲减FST基因后,与细胞增殖分化和部分疾病相关的基因和生物学通路被显著富集,暗示FST基因在成纤维细胞的创伤修复过程中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 猪 成纤维细胞 卵泡抑素基因 基因敲减 二代测序
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猪卵泡抑素基因特异表达载体的构建及鉴定
2
作者 刘娣 尹雪 +3 位作者 张冬杰 汪亮 孙亚蒙 张晓卉 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期83-86,共4页
采用RT-PCR方法扩增猪的FST基因完整编码区,采用双酶切和连接方法构建可在肌肉细胞中特异表达的真核载体,并转染C2C12细胞系进行验证。结果表明,猪FST基因全长1 032 bp,与网上已提交序列相似度为99.13%,成功构建可在肌肉细胞中特异表达... 采用RT-PCR方法扩增猪的FST基因完整编码区,采用双酶切和连接方法构建可在肌肉细胞中特异表达的真核载体,并转染C2C12细胞系进行验证。结果表明,猪FST基因全长1 032 bp,与网上已提交序列相似度为99.13%,成功构建可在肌肉细胞中特异表达的真核载体pEGFP-C1-α-actin-FST,转染C2C12细胞后,通过实时定量PCR检测,表明FST基因过表达可抑制MSTN基因表达。 展开更多
关键词 猪 卵泡抑素基因 特异表达载体 实时定量PCR 过表达
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人卵泡抑素基因短发夹RNA表达质粒的构建及其干扰效果的初步鉴定
3
作者 莫毅 梁方方 +3 位作者 陈月凤 江如兰 叶健 谢丹尼 《中国计划生育学杂志》 2013年第4期231-233,共3页
目的:构建人卵泡抑素(FS)基因短发夹RNA(shRNA)真核表达质粒,并瞬时转染方式初步鉴定其干扰效果。方法:依据GenBank数据库提供的人FS基因mRNA核苷酸序列,利用Ambion网站上siRNA软件设计shRNA干扰靶序列,将该序列克隆到线性化的pLKO.1质... 目的:构建人卵泡抑素(FS)基因短发夹RNA(shRNA)真核表达质粒,并瞬时转染方式初步鉴定其干扰效果。方法:依据GenBank数据库提供的人FS基因mRNA核苷酸序列,利用Ambion网站上siRNA软件设计shRNA干扰靶序列,将该序列克隆到线性化的pLKO.1质粒载体上,构建pLKO.1-FS-shRNA重组质粒,并进行酶切和测序鉴定。确认质粒构建成功后,用脂质体(Lipofectamine TM 2000)将重组质粒瞬时转染3AO人卵巢癌细胞系,并用实时定量反转录PCR法检测重组质粒对FS基因的表达抑制效果。结果:构建的shRNA序列经DNA测序证实与设计序列完全一致;实时定量反转录PCR结果显示pLKO.1-FS-shRNA重组质粒瞬时转染的3AO人卵巢癌细胞后,细胞中的FS基因转录受到抑制,抑制率达59%。结论:成功构建了靶向人FS基因的shRNA干扰靶序列重组质粒(PLKO.1-FS-shRNA),转染后对人卵巢癌细胞系FS基因的表达具抑制效果,该实验为进一步研究FS基因的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 卵泡抑素基因 RNA干扰 小发夹RNA
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牛卵泡抑素基因克隆及真核表达载体构建 被引量：1
4
作者 康峰 苏广华 +3 位作者 苏建国 段彪 王子东 李光鹏 《中国牛业科学》 2011年第5期9-12,共4页
[目的]克隆牛的卵泡抑素基因(Follistatin,FSTN)基因,构建真核表达载体。[方法]用Trizol法从牛的卵巢中提取总RNA,反转录成cDNA,用带有酶切位点牛FSTN的特异性引物扩增其完整编码区序列,连接到T载体、测序,序列无误后亚克隆入真核表达载... [目的]克隆牛的卵泡抑素基因(Follistatin,FSTN)基因,构建真核表达载体。[方法]用Trizol法从牛的卵巢中提取总RNA,反转录成cDNA,用带有酶切位点牛FSTN的特异性引物扩增其完整编码区序列,连接到T载体、测序,序列无误后亚克隆入真核表达载体pIRES2-AcGFP1中,酶切及PCR鉴定载体。[结果]经酶切及PCR鉴定表明成功构建了真核表达载体pIRES2-AcGFP1-FSTN。[结论]成功构建了真核表达载体pIRES2-AcGFP1-FSTN,为促进肌肉生长的转基因优质肉牛品种培育奠定了基础。 展开更多
关键词 牛卵泡抑素基因 基因克隆 真核表达载体构建
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卵泡抑素相关基因在结肠癌中的表达及其临床意义 被引量：1
5
作者 何雪铼 熊海波 +5 位作者 侯能易 罗仁杰 余松 胡雪梅 许杰 庞明辉 《四川大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期361-364,共4页
目的探讨卵泡抑素相关基因(follistatin related-gene,FLRG)在结肠癌中的表达及其与结肠癌临床病理特征的关系。方法选取2018年12月—2019年12月收治的行根治性手术的结肠癌患者的肿瘤组织、癌旁及正常组织各80例,采用免疫组织化学染色... 目的探讨卵泡抑素相关基因(follistatin related-gene,FLRG)在结肠癌中的表达及其与结肠癌临床病理特征的关系。方法选取2018年12月—2019年12月收治的行根治性手术的结肠癌患者的肿瘤组织、癌旁及正常组织各80例,采用免疫组织化学染色及实时荧光定量PCR方法检测FLRG的表达,并分析其表达水平与结肠癌病理特征的关系。结果FLRG在结肠癌组织中的表达高于癌旁组织及正常组织,在癌旁组织中的表达高于正常组织,差异均有统计学意义(P<0.05)。FLRG的表达在结肠癌患者不同性别、不同年龄、不同肿瘤生长位置及分化程度间无明显差异(P>0.05),结肠癌伴远处转移的患者FLRG表达水平高于无远处转移患者(P<0.05),临床分期较晚的患者FLRG表达水平高于临床分期较早的患者(P<0.05)。结论FLRG在结肠癌组织中表达上调,可能参与肿瘤发生发展的调控,是潜在的预后靶点。 展开更多
关键词 结肠癌 卵泡抑素相关基因 临床病理特征
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基于加权基因共表达网络分析鉴定PE患者的潜在生物标志物
6
作者 张慧杰 曲洪美 马江磊 《巴楚医学》 2024年第1期44-49,共6页
目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WG... 目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WGCNA筛选与PE相关的重点差异表达基因(DEGs),利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析来探索重点基因的生物学作用。构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络筛选关键枢纽基因,并通过风险预测模型和受试者工作特征(ROC)曲线评价这些枢纽基因对PE的预测效果。结果:共获得138个DEGs,其中包括100个上调和38个下调DEGs。通过WGCNA确定了23个与PE发病最相关的重点DEGs。GO和KEGG通路分析显示,这些重点DEGs在调节促性腺激素分泌、白细胞分化、造血功能、内分泌功能及B细胞的激活等生物学作用中发挥重要作用。在PPI网络中,卵泡抑素相关基因3(FSTL3)、酪氨酸激酶受体1(FLT1)、抑制素亚单位A(INHBA)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)和瘦素(LEP)等成为节点最多的基因。风险预测和ROC曲线表明,FSTL3和LEP具有较高的风险得分和诊断价值。结论:FSTL3和LEP可以作为预测和诊断PE的生物标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 加权基因共表达网络分析 生物标志物 卵泡抑素相关基因3 瘦素
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卵泡抑素相关基因3对肿瘤相关巨噬细胞在乳腺癌增殖、迁移和侵袭中的机制研究 被引量：2
7
作者 吕凌云 彭宇 +4 位作者 鲁亚琴 房贺 陈艳 姜玉 汪志平 《海军医学杂志》 2022年第7期697-703,共7页
目的探究卵泡抑素相关基因3(follistatin-related gene 3,FSTL3)对肿瘤相关巨噬细胞(tumour-associated macro-phages,TAMs)在乳腺癌增殖、迁移和侵袭中的作用及其相关机制。方法收集2018年3月至2021年3月在海军军医大学第一附属医院21... 目的探究卵泡抑素相关基因3(follistatin-related gene 3,FSTL3)对肿瘤相关巨噬细胞(tumour-associated macro-phages,TAMs)在乳腺癌增殖、迁移和侵袭中的作用及其相关机制。方法收集2018年3月至2021年3月在海军军医大学第一附属医院21例乳腺癌患者的肿瘤及其癌旁组织,并提取巨噬细胞。使用佛波酯(phorbol-12-myristate-13-acetate,PMA)、PMA/干扰素-γ(interferon-γ,IFN-γ)和PMA/白细胞介素-4(interleukin-4,IL-4)诱导THP-1为初始、M1型和M2型巨噬细胞,分别为PMA组、PMA/IFN-γ组、PMA/IL-4组;采用脂质体转染法将si-FSTL3、si-NC转染至THP-1,再使用PMA/IL-4诱导转染后的THP-1,分别为si-FSTL3组、si-NC组。采用流式细胞术鉴定巨噬细胞分型。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(quanlita-tive real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)和Western blotting检测各组细胞FSTL3的mRNA和蛋白表达情况。收集各组巨噬细胞上清与购买的乳腺癌细胞系MCF7共孵育,通过细胞计数试剂盒(cell counting kit8,CCK8)检测MCF7细胞增殖能力,使用细胞划痕、Transwell实验检测MCF7细胞迁移和侵袭能力。结果与癌旁组织比较,乳腺癌患者TAMs的FSTL3基因表达增加,差异具有统计学意义(P<0.001),表型呈M2型极化。与PMA组相比,PMA/IL-4组高表达FSTL3,其上清共孵育的MCF7细胞增殖、迁移和侵袭能力增加,差异均具有统计学意义(P<0.001)。与si-NC组相比,si-FSTL3组向M2型极化能力减弱,其上清共孵育的MCF7细胞的增殖、迁移和侵袭能力减弱,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论FSTL3通过正向调控TAMs向M2型极化,促进乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 肿瘤相关巨噬细胞 卵泡抑素相关基因3 乳腺癌 增殖 迁移 侵袭
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