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基于肿瘤相关巨噬细胞的子宫内膜癌预后模型建立和验证 被引量：1
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作者 何心勤 张霞 +1 位作者 陈丽红 江洪 《现代妇产科进展》 北大核心 2023年第12期894-903,共10页
目的:利用生物信息学方法研究探讨肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)相关基因在子宫内膜癌(EC)的发生发展,发现新的EC肿瘤生物标志物,构建新的EC风险模型。方法:从公共数据库中获得EC患者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集。在EC肿瘤和健康组织,... 目的:利用生物信息学方法研究探讨肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)相关基因在子宫内膜癌(EC)的发生发展,发现新的EC肿瘤生物标志物,构建新的EC风险模型。方法:从公共数据库中获得EC患者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集。在EC肿瘤和健康组织,检测组织和巨噬细胞中的差异表达基因(DEGs)。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定巨噬细胞相关的关键基因,通过多种算法筛选交叉基因,确定为新的EC生物标志物。根据这些生物标志物计算风险评分,从而将EC分为高风险组和低风险组。在单变量和多变量Cox分析中评估了风险评分和临床特征,为构建列线图提供了独立的预后因素。结果:发现805个巨噬细胞DEGs、5691个额外DEGs、733个关键基因和43个常见基因。筛选出FBP1、LTB、PTGER4、PARVG、CCR7和HLA-DMB共6个生物标志物,构建了EC风险模型。确定了风险评分、年龄和肿瘤分期,生成了UCEC直方图。结论:确定了六个与TAM相关的预后生物标志物,并构建了一个风险模型,可为子宫内膜癌的治疗和研究提供依据。 展开更多
关键词 子宫内膜癌(EC) 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) 预后模型 单细胞测序(scrna-seq) 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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单细胞RNA测序联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病中的核心基因
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作者 薛廷 郑乐婷 +2 位作者 董菲 周广 钟小宁 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期97-105,共9页
目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及... 目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及组间树突状细胞差异表达基因(DC-DEG)鉴定。GSE38974差异分析得到的差异基因(DEG)与DC-DEG取交集获取共有DC-DEG,评估共有DC-DEG对COPD的诊断效能和共有DC-DEG富集分析及其与GSE38974免疫细胞浸润中激活的树突状细胞(DC)、浆细胞样树突状细胞(pDC)和Th17细胞的相关性。肺气肿小鼠模型肺组织对共有DC-DEG的mRNA表达量进行实验验证。结果 GSE173896得到组间DC-DEG 18个,GSE38974得到646个DEG,两者取交集得到3个DC-DEG,包括白细胞介素1受体拮抗剂(IL1RN)、 S100钙结合蛋白A8(S100A8)和S100A9,曲线下面积(AUC)值分别为0.841、 0.804和0.966。基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)主要富集于慢性炎症反应、含胶原蛋白的细胞外基质、晚期糖基化终产物受体(RAGE)结合、 Toll样受体(TLR)结合、白细胞介素17(IL-17)信号通路等。IL1RN、 S100A8和S100A9均与激活的DC、 pDC及Th17细胞呈正相关。实验验证结果显示肺气肿小鼠肺组织IL1RN、 S100A8和S100A9的mRNA相对表达量上调。结论 IL1RN、 S100A8和S100A9可能是DC在COPD发病机制中的核心基因,为后续COPD的免疫治疗提供潜在靶点和理论依据。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病(COPD) 单细胞RNA测序(scrna-seq) 树突状细胞(DC) 核心基因
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单细胞转录组测序在哮喘研究中应用的研究进展 被引量：3
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作者 魏颖(综述) 吾尼且木·吐拉克 +2 位作者 滕方舟 汤蔚峰 董竞成(审校) 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期404-409,共6页
哮喘是一种异质性疾病,传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平,不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是在单细胞水平对全转录组进行扩增与... 哮喘是一种异质性疾病,传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平,不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,sc RNA-seq)是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术,能够获得每个细胞的m RNA表达信息,发现不同的细胞亚群及相关信息,揭示细胞间基因表达的异质性及鉴定稀有细胞类型,为深入研究和理解哮喘发病机制提供了新的技术手段。本文对sc RNA-seq技术在哮喘研究中的应用做一概述,以期为深入研究哮喘这一异质性疾病的发病机制提供新的视角和研究思路。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序(scrna-seq) 哮喘 异质性
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基于单细胞转录组测序技术筛选牛体内囊胚性别特异性基因 被引量：1
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作者 崔宝山 黄飞 +2 位作者 王杰 李楠 高庆华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第12期1473-1481,共9页
【目的】探究牛体内雌性和雄性囊胚在mRNA水平上的特异性差异,挖掘雌性和雄性囊胚发育差异相关候选基因。【方法】参考GenBank中牛牙釉质基因(AMEL)序列(AMELX基因,登录号:NM_001014984.1;AMELY基因,登录号:NM_174240.2)设计引物,以胚... 【目的】探究牛体内雌性和雄性囊胚在mRNA水平上的特异性差异,挖掘雌性和雄性囊胚发育差异相关候选基因。【方法】参考GenBank中牛牙釉质基因(AMEL)序列(AMELX基因,登录号:NM_001014984.1;AMELY基因,登录号:NM_174240.2)设计引物,以胚胎内细胞DNA为模板,采用巢式PCR扩增技术鉴定单个牛体内囊胚的性别。选用确定性别的单个雌性和雄性囊胚为试验材料,采用Smart-Seq2扩增技术构建单个胚胎测序文库,应用Illumina HiSeq Xten高通量测序平台对单个胚胎进行单细胞转录组测序(scRNA-Seq),并进行了基因差异表达、GO功能和KEGG通路分析。【结果】通过巢式PCR扩增胚胎内细胞中的AMEL基因,确定了胚胎性别;基因表达分析筛选出两组之间差异表达基因(DEGs)6 160个,其中雌性特异性基因675个,雄性特异性基因305个;GO功能注释发现雌性特异性基因显著注释在核苷酸结合、信号转导调控、多细胞生物发育、细胞骨架等条目,雄性特异性基因显著注释在氧化磷酸化、线粒体、线粒体内膜、核糖体等条目;KEGG通路富集分析发现7条与雌性和雄性囊胚发育差异相关的通路,分别为代谢途径、糖酵解、磷酸戊糖途径、细胞衰老、氧化磷酸化、调节干细胞多能性的信号通路和Wnt信号通路;并利用GO和KEGG结果筛选出5个在牛体内囊胚期胚胎发育过程中具有直接或间接作用的基因:FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B。【结论】牛体内雌性和雄性囊胚之间存在广泛的转录差异,性别特异性基因FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B可能是直接或间接影响胚胎发育的关键基因。 展开更多
关键词 牛体内囊胚 单细胞转录组测序(scrna-seq) 性别特异性基因 富集分析
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基于单细胞转录组测序技术对鄂尔多斯细毛羊次级毛囊形态发生诱导期的研究 被引量：1
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作者 赫雪 谷英 +6 位作者 斯登丹巴 德德玛 窦骁宁 吴怡 雷志惠 潘和平 岳耀敬 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第11期4296-4306,共11页
【目的】试验旨在解析鄂尔多斯细毛羊胚胎期次级毛囊诱导期形态发生过程中主要细胞类型的分子特征和分化过程。【方法】对采集的3只鄂尔多斯细毛羊(胎龄87 d)体侧部(肩胛骨后缘处)的皮肤样本进行HE染色,鉴定毛囊的发育时期;部分皮肤样... 【目的】试验旨在解析鄂尔多斯细毛羊胚胎期次级毛囊诱导期形态发生过程中主要细胞类型的分子特征和分化过程。【方法】对采集的3只鄂尔多斯细毛羊(胎龄87 d)体侧部(肩胛骨后缘处)的皮肤样本进行HE染色,鉴定毛囊的发育时期;部分皮肤样本经过混样后进行单细胞转录组测序(scRNA-Seq),应用t-分布随机近邻嵌入(tSNE)分析细胞簇,分别使用胶原Ⅰ型α1链(Col1a1)和角蛋白15(Krt15)鉴定真皮谱系细胞和表皮谱系细胞,并使用皮肤组织不同细胞的标记基因进行细胞类型分析;对测序数据进行拟时序分析,探究其分化过程中差异基因的表达;通过GO功能富集分析进一步验证基因的功能。【结果】HE染色结果发现,鄂尔多斯细毛羊在胎龄87 d处于次级毛囊诱导期。通过scRNA-Seq在胎龄87 d的细毛羊体侧部皮肤细胞样品中获得10603个细胞和18704个基因的scRNA-Seq数据可用于下游分析。tSNE分析发现,皮肤组织中共有15个细胞簇;Col1a 1和Krt 15标记基因鉴定表明,真皮细胞和表皮细胞具有高度异质性。拟时序分析构建毛囊形态发生过程中真皮/表皮细胞谱系细胞的分化轨迹和基因动态表达图谱表明,在真皮谱系细胞由成纤维细胞(Fb)向成熟真皮聚凝物(DC)的分化过程中,多个不同阶段的标记基因FST重组蛋白(Fst)、抑制素亚基βα(Inhba)和转录阻遏物GATA结合1(Trps1)均在拟时序轨道上特异性表达,并富集了Wnt、Noggin和骨形态发生蛋白(BMP)等与毛囊形态发生相关的信号通路;在表皮谱系细胞分化过程中,基质和毛囊间表皮(IFE)的标记基因角蛋白10(Krt10)、同源基因C13(HOXC13)和音猬因子信号(SHH)在表皮谱系细胞拟时序轨道的2个分支上均特异性表达,且富集在细胞增殖和细胞黏附等相关通路。【结论】在细毛羊次级毛囊诱导期,真皮谱系细胞由成纤维细胞分化至真皮聚凝物,表皮谱系细胞处于基质和毛囊间表� 展开更多
关键词 鄂尔多斯细毛羊 次级毛囊 单细胞转录组测序(scrna-seq) 毛囊发育
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