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永川毛霉型豆豉在发酵过程中微生物总量与区系变化规律 被引量:15
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作者 索化夷 赵欣 +4 位作者 骞宇 陈娟 李键 张玉 阚建全 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第19期124-131,共8页
采用巢式聚合酶链式反应配合变性梯度凝胶电泳技术对永川豆豉发酵过程中微生物区系生态演化进行解析。结果表明:永川豆豉在制曲过程中霉菌和细菌呈对数增长,进入后发酵阶段菌落总数快速下降,并保持在较低水平。永川豆豉在制曲前期有多... 采用巢式聚合酶链式反应配合变性梯度凝胶电泳技术对永川豆豉发酵过程中微生物区系生态演化进行解析。结果表明:永川豆豉在制曲过程中霉菌和细菌呈对数增长,进入后发酵阶段菌落总数快速下降,并保持在较低水平。永川豆豉在制曲前期有多种乳酸菌生长,后期乳酸菌受霉菌增长抑制,种类减少。在后发酵阶段奥德赛芽孢杆菌(Bacillus odysseyi)、乳酸杆菌(Lactobacillus oligofermentans)和乳酸杆菌(Lactobacillus lindneri)是优势菌群。同时在制曲初期也发现了费格森埃希菌(Escherichia fergusonii)等杂菌生长。永川豆豉制曲阶段优势霉菌是总状毛霉(Mucor racemosus),同时伴有有性根霉(Rhizopus sexualis)、匍枝根霉(Rhizopus stolonifer)、大孢联轭霉(Syzygites megalocarpus)、米根霉(Rhizopus oryzae)的生长,后发酵阶段有接合酵母(Zygosaccharomyces sp.)的参与。 展开更多
关键词 永川豆豉 微生物区系 聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳
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巢式PCR和实时荧光定量PCR在莱姆病宿主动物监测中的应用评价 被引量:13
2
作者 张琳 苗广青 +2 位作者 侯学霞 李博 郝琴 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2018年第5期425-427,共3页
目的应用巢式PCR和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测啮齿动物中伯氏疏螺旋体的带菌率,对2种方法在莱姆病宿主动物监测中的应用效果进行评价。方法2017年7-9月,在新疆维吾尔自治区(新疆)古尔图地区野外放置鼠夹,采集啮齿动物,并鉴别种类... 目的应用巢式PCR和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测啮齿动物中伯氏疏螺旋体的带菌率,对2种方法在莱姆病宿主动物监测中的应用效果进行评价。方法2017年7-9月,在新疆维吾尔自治区(新疆)古尔图地区野外放置鼠夹,采集啮齿动物,并鉴别种类;采用巢式PCR和qRT-PCR 2种方法检测标本携带伯氏疏螺旋体情况,并对2种方法的检测结果进行统计学分析。对巢式PCR检测的阳性标本进行测序和序列比对分析,以初步确定伯氏疏螺旋体的基因型别。结果共检测啮齿动物标本134份,巢式PCR和qRT-PCR检测阳性率分别为13.43%和12.69%,差异无统计学意义(χ~2=0.000,P=1.000);阳性标本均为长尾黄鼠,总阳性率为20.15%,其中8份标本经2种方法检测结果均为阳性;10份巢式PCR检测为阳性的标本经qRT-PCR检测为阴性,9份qRT-PCR检测为阳性的标本经巢式PCR检测为阴性。采用q RT-PCR方法共检出伯氏疏螺旋体阳性17份,阳性样本Ct值为33.49~37.89。结论2种方法均可用于啮齿动物的伯氏疏螺旋体检测,同时使用2种方法可提高伯氏疏螺旋体的检出率。巢式PCR方法检测可以了解新疆古尔图地区啮齿动物感染伯氏疏螺旋体的基因型别;而qRT-PCR方法则可对标本中的细菌载量进行定量分析。 展开更多
关键词 伯氏疏螺旋体 啮齿动物 聚合酶链式反应 实时荧光定量聚合酶链式反应
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北京地区流行的HIV-1 CRF01AE株基因特征研究 被引量:11
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作者 叶景荣 卢红艳 +2 位作者 白立石 辛若雷 曾毅 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1231-1234,共4页
目的 分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法 采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并... 目的 分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法 采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并通过计算组间距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析病毒株的遗传特征.结果 在CRF01 AE株序列系统进化树中存在4个主要的亚簇,Homo-Max亚簇包含67例样本,同参考株CM240组间基因 离散率为5.4%,组内离散率为2.8%;Hetero亚簇包含6例样本,组间基因离散率为4.8%,组内离散率为4.2%.Mix亚簇包含8例样本,组间基因离散率为4.2%,组内离散率为5.2%.Homo-Min亚簇包含18例样本,组间基因离散率为4.4%,组内离散率为2.8%.Homo-Max、Hetero和Homo-Min亚簇无其他国家的序列,Mix亚簇与越南和泰国CRF01 AE株关系密切;核苷酸多态性分析结果显示,以Mix亚簇为参照,Homo-Max、Homo-Min和Hetero亚簇分别有37、29和11个位点的核苷酸组成,差异有统计学意义.结论 北京地区流行的CRF01_AE病毒株中首次观察到4个独立的亚簇;Homo-Max亚簇株为最主要的CRF01_AE株;Mix亚簇株与来自于泰国和越南的CRF01 AE株有较高同源性. 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒 亚型 聚合酶链式反应
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转基因玉米59122品系的特异性检测 被引量:8
4
作者 许文涛 杨蓉 +4 位作者 陆姣 张南 罗云波 何景 黄昆仑 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期139-142,共4页
使用反向聚合酶链式反应(PCR)技术克隆了转基因玉米59122的外源基因与玉米基因组之间的两段侧翼序列,并据其左侧侧翼序列设计了具品系特异性的引物,运用半巢式PCR技术建立了59122的品系特异性二重PCR检测方法,扩增片段100bp,横跨pat终... 使用反向聚合酶链式反应(PCR)技术克隆了转基因玉米59122的外源基因与玉米基因组之间的两段侧翼序列,并据其左侧侧翼序列设计了具品系特异性的引物,运用半巢式PCR技术建立了59122的品系特异性二重PCR检测方法,扩增片段100bp,横跨pat终止子与转基因玉米侧翼基因之间。以转基因玉米59122、MON863、MON810、GA21、NK603,转基因大豆Roundup Ready和转基因油菜GT73等为材料,证明本方法与其他转基因作物具有高特异性。本方法在检测59122时,确定出连接体系中线性DNA的最佳质量浓度为1ng/μL左右,检出限达到0.1%,灵敏度为38个单倍体基因组拷贝数。因此可准确、快速、高效地检测转基因玉米及其产品,或作为常规PCR定性检测后的验证方法。 展开更多
关键词 转基因作物 品系特异性检测 聚合酶链式反应 反向聚合酶链式反应 二重聚合酶链式反应
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不良妊娠结局孕妇人微小病毒B19感染与垂直传播的研究 被引量:6
5
作者 黄咏梅 李增庆 乔福元 《中国优生与遗传杂志》 2003年第6期92-94,共3页
目的 探讨武汉地区妊娠妇女人微小病毒B19的感染状况、临床表现及母婴垂直传播途径。方法 以不良妊娠结局孕妇作为病例组 ,以同期妊娠顺利孕妇作为对照。采用非结构蛋白DNA巢式PCR检测方法及传统的结构蛋白巢式PCR方法作为并联实验 ,... 目的 探讨武汉地区妊娠妇女人微小病毒B19的感染状况、临床表现及母婴垂直传播途径。方法 以不良妊娠结局孕妇作为病例组 ,以同期妊娠顺利孕妇作为对照。采用非结构蛋白DNA巢式PCR检测方法及传统的结构蛋白巢式PCR方法作为并联实验 ,检测孕妇血清及部分妊娠产物中的人微小病毒B19DNA。结果 不良妊娠结局孕妇血清标本中B19病毒DNA检出率为 2 6 32 % (2 0 / 76 ) ,对照组血清标本检出率为 6 98% (12 / 172例 ) ,二者差异具有显著性。B19病毒感染孕妇常见的临床表现有 :孕期反复出现“流感样症状”、“咽喉炎、少数孕妇的面部及躯体出现丘疹样红斑、关节痛 ,平素健康状况较差及贫血者更易感染。在部分自然流产的绒毛组织、死胎及畸胎的胎盘组织、胎儿组织中检测到B19病毒DNA。结论 武汉地区妊娠妇女存在人微小病毒B19的感染 ,并可通过胎盘传播给胎儿 ,导致不良妊娠结局。 展开更多
关键词 人微小病毒B19 聚合酶链式反应 妊娠 垂直传播 不良妊娠
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布鲁氏菌病患者血液中布鲁氏菌与临床症状 和抗体水平关联性研究 被引量:6
6
作者 包桂英 陈俊杰 +5 位作者 张天承 朴东日 赵鸿雁 姜海 范玉 田国忠 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期432-435,共4页
目的 应用巢式聚合酶链式反应(PCR)方法检测布鲁氏菌病(布病)患者血液中布鲁氏菌DNA,分析其与临床症状和抗体水平之间的关系。方法对门诊就诊患者进行个案调查,包括临床症状、既往史、接触史、用药史等。布病可疑患者,采集血液,分离血清... 目的 应用巢式聚合酶链式反应(PCR)方法检测布鲁氏菌病(布病)患者血液中布鲁氏菌DNA,分析其与临床症状和抗体水平之间的关系。方法对门诊就诊患者进行个案调查,包括临床症状、既往史、接触史、用药史等。布病可疑患者,采集血液,分离血清,进行血清试管凝集试验(SAT),检测布鲁氏菌抗体,按照《布鲁氏菌病诊断》(WS269-2019)进行布病临床诊断。同时对患者抗凝全血进行细菌DNA提取,应用巢式PCR方法检测血液中布鲁氏菌DNA。对不同症状、抗体水平血液中布鲁氏菌细菌数之间的关系进行统计学分析。结果118例布病患者中,男性78例,女性40例。患者的临床症状主要有发热、乏力、头痛、胸背酸痛、腰痛、四肢酸痛、关节肌肉疼痛、出汗、失眠和睾丸痛等。118例布病患者血液标本中,布鲁氏菌DNA阳性率为63.56%(75/118),布鲁氏菌细菌数中位数(MED)为7拷贝/mL血液,四分位数(IQR)为2~17拷贝/mL血液。118例布病患者中,SAT检测阳性率为38.14%(45/118)。118例布病患者中,新发病例和复诊病例分别占55.08%(65/118)和44.92%(53/118),新发病例和复诊病例血液中布鲁氏菌DNA阳性率分别为72.31%(47/65)和52.83%(28/53)。47例新发病例血液标本中布鲁氏菌细菌数MED为3拷贝/mL血液,IQR为2~26拷贝/mL血液;28例复诊病例血液标本中布鲁氏菌细菌数MED为4拷贝/mL血液,IQR为2~12拷贝/mL血液。结论巢式PCR方法检测布病疑似患者血液中布鲁氏菌DNA,有助于布鲁氏菌感染或血清抗体阴性患者的诊断,血液中布鲁氏菌DNA的检测和血清学检查相结合可以有效地诊断布病。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 症状 布鲁氏菌 布鲁氏菌抗体 聚合酶链式反应
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肺炎衣原体感染与小儿哮喘发作 被引量:6
7
作者 鲁继荣 王玥 +3 位作者 张一宁 付文永 王敏 张宏婵 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期33-34,40,共3页
为了解肺炎衣原体 (Cpn)感染与小儿哮喘之间的关系 ,并探讨哮喘患儿Cpn感染的诊断及治疗 ,采用微量免疫荧光(MIF)试验及巢式聚合酶链式反应 (nPCR)2种方法对45例哮喘发作期患儿及20例正常对照组进行Cpn检测。结果 :①哮喘组14例nPCR检... 为了解肺炎衣原体 (Cpn)感染与小儿哮喘之间的关系 ,并探讨哮喘患儿Cpn感染的诊断及治疗 ,采用微量免疫荧光(MIF)试验及巢式聚合酶链式反应 (nPCR)2种方法对45例哮喘发作期患儿及20例正常对照组进行Cpn检测。结果 :①哮喘组14例nPCR检测阳性 ,对照组1例阳性 ,两者相比差异有显著性 (P<0.05) ,表明Cpn感染与小儿哮喘发作密切相关。②14例nPCR检测阳性患儿在随后的发作中5例 (35.71 %)仍为阳性 ,表明哮喘患儿中慢性或重复Cpn感染较常见。③就诊或住院后5例Cpn感染哮喘患儿接受了大环内酯类抗生素治疗 ,其中3例病情缓解 ,表明对Cpn感染哮喘患儿进行抗Cpn治疗是必要的。④经全自动荧光测序 ,随机抽取的2例阳性标本和Cpn标准株 (CWL_29)的nPCR产物DNA序列完全一致。 展开更多
关键词 肺炎衣原体 微量免疫荧光 聚合酶链式反应 哮喘
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水稻细菌性褐条病病原的鉴定 被引量:5
8
作者 徐丽慧 邱文 +2 位作者 张唯一 李斌 谢关林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期302-306,共5页
为明确从褐条病稻苗上分离出来的病原细菌并与西瓜果斑病菌相区分,对该病原特性进行了研究。分离获得6株褐条病致病菌,其中4株经主要细菌学特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析(FAME)、电镜观察、Nested-PCR鉴定及与3株水稻细... 为明确从褐条病稻苗上分离出来的病原细菌并与西瓜果斑病菌相区分,对该病原特性进行了研究。分离获得6株褐条病致病菌,其中4株经主要细菌学特性、菌落形态、致病性、Biolog、脂肪酸分析(FAME)、电镜观察、Nested-PCR鉴定及与3株水稻细菌性褐条病标准菌株和2株西瓜果斑病标准菌株的比较,证实了该病是由单极鞭革兰氏阴性细菌Aci-dovorax avenae ssp.avenae引起的。FAME将水稻细菌性褐条病菌误鉴定为西瓜果斑病菌,而用Biolog和nested-PCR鉴定能得到准确的鉴定结果。 展开更多
关键词 水稻细菌性褐条病 表型鉴定 电镜观察 聚合酶链式反应 褐条病病菌 西瓜果斑病菌
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卤虫携带白斑综合征病毒的研究 被引量:4
9
作者 邓灯 王伟继 +2 位作者 刘萍 孟宪红 孔杰 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期524-528,共5页
卤虫是虾、蟹苗种培育的关键动物性饵料,查清其能否携带白斑综合征病毒,对培育健康苗种至关重要。2002年7月至10月,自盐田中取野生卤虫,经暂养后选20尾抱卵雌虫,每尾置1个烧杯中,投喂单胞藻,产卵后取出亲体;20d后,每个烧杯中取5尾子一... 卤虫是虾、蟹苗种培育的关键动物性饵料,查清其能否携带白斑综合征病毒,对培育健康苗种至关重要。2002年7月至10月,自盐田中取野生卤虫,经暂养后选20尾抱卵雌虫,每尾置1个烧杯中,投喂单胞藻,产卵后取出亲体;20d后,每个烧杯中取5尾子一代个体,利用巢式体外DNA扩增技术对亲体和子一代成体进行WSSV病毒检测。检测结果显示:卤虫中可扩增出特异性的、与引物设计吻合的DNA片段;DNA测序分析表明,扩增片段的DNA序列与白斑综合征病毒序列一致;野生卤虫携带白斑综合征病毒的阳性率为58%,实验条件下野生卤虫后代的阳性率为43%;同一家系中,亲代与子代携带病毒的情况不完全一致,不能确定白斑综合征病毒可否通过繁殖,在卤虫世代间进行垂直传播。研究结果表明:卤虫很可能是白斑综合征病毒的携带者,苗种培育和养殖期间投喂卤虫可能造成虾、蟹感染白斑综合征病毒,卤虫检疫是培育健康苗种的关键措施。 展开更多
关键词 白斑综合征病毒 卤虫 聚合酶链式反应
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深圳部分吸毒人群HIV感染者HIV-1分子流行病学调查 被引量:5
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作者 张燕 赵广录 +4 位作者 黄旋 石向东 甘永霞 资芸芸 陈琳 《中国热带医学》 CAS 2009年第6期994-996,共3页
目的对深圳市2008年吸毒人群进行HIV-1分子流行病学调查研究,了解本地区吸毒人群HIV-1流行情况、亚型种类、毒株来源、变异情况等,为预防和控制HIV在吸毒人群中的流行提供有价值的资料。方法收集深圳市2008年份吸毒人群HIV-1抗体阳性样... 目的对深圳市2008年吸毒人群进行HIV-1分子流行病学调查研究,了解本地区吸毒人群HIV-1流行情况、亚型种类、毒株来源、变异情况等,为预防和控制HIV在吸毒人群中的流行提供有价值的资料。方法收集深圳市2008年份吸毒人群HIV-1抗体阳性样本21例,应用巢式聚合酶链式反应(nested-PCR)技术,对该样本膜蛋白基因(env基因)和核心蛋白(gag基因)进行扩增,并对其各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果21例HIV-1阳性样本中共存在CRF01-AE1种重组毒株以及A11种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为90.5%和9.5%;其中12份Env基因样本中,10份为CRF01-AE重组亚型,与国际参考株01AE.TH.90.CM240最近,基因离散率为(9.910±2.432)%,组内离散率为(12.747±3.066)%;2份为A1亚型,与国际参考株a1.gu.92.92ug037最近,基因离散率为(17.15±0.354)%,组内基因离散率0.900%。21份Gag基因样本中,19份为CRF01-AE重组亚型,与国际参考株01AE.TH.90.CM240最近,基因离散率为(5.083±1.341)%,组内离散率为(6.072±1.968)%;2份A1亚型,与国际参考株01ae.cn.97.97cngx2f最近,基因离散率为(11.550±0.636)%,组内离散率为2.200%。结论2008年深圳地区HIV-1抗体阳性吸毒人群中HIV-1流行株以CRF01-AE重组亚型为主,并首次在深圳地区吸毒人群中发现A1亚型。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒-1型 吸毒人群 亚型 聚合酶链式反应
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巢式PCR检测人微小病毒B19非结构蛋白DNA的应用价值 被引量:2
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作者 李增庆 黄咏梅 +1 位作者 乔福元 李武 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期412-415,共4页
目的 从临床流行病学的角度 ,对新的人微小病毒B19非结构蛋白DNA巢式聚合酶链式反应 (PCR)检测方法的效度及信度进行评价 ,探索其运用于临床筛查B19病毒感染的可行性。方法 以国内目前常用的结构蛋白DNA巢式PCR检测结果 ,并结合孕妇... 目的 从临床流行病学的角度 ,对新的人微小病毒B19非结构蛋白DNA巢式聚合酶链式反应 (PCR)检测方法的效度及信度进行评价 ,探索其运用于临床筛查B19病毒感染的可行性。方法 以国内目前常用的结构蛋白DNA巢式PCR检测结果 ,并结合孕妇的典型临床表现作为诊断标准 ,将 30例孕妇分为B19病毒感染组及非感染组 ,对非结构蛋白DNA巢式PCR的检测结果进行效度及信度评价。结果 新的检测方法血清标本的灵敏度可达 10 0 % ,组织标本的特异度及阳性预测值高于血清标本 ,联合试验有助于提高检测的灵敏度或特异度。结论 非结构蛋白DNA巢式PCR检测方法是一种特异、敏感、简便、快速诊断B19病毒感染的新方法。在临床筛查中 ,血清标本的检测优于组织标本。 展开更多
关键词 PCR 微小病毒 B19 非结构蛋白 DNA 聚合酶链式反应
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高灵敏度巢式PCR方法扩增HBV全长基因组 被引量:3
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作者 张天英 陈清瑞 +3 位作者 杨炳春 陈仕海 袁权 葛胜祥 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期947-950,共4页
探讨一种用于乙型肝炎病毒(HBV)基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法,适用于较低病毒拷贝数标本的HBVDNA扩增.通过设计两套通用巢式引物。实现对各基因型(A,B,C,D,E,G)HBV均具有较高的扩... 探讨一种用于乙型肝炎病毒(HBV)基因组扩增的灵敏度高、广谱性好的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法,适用于较低病毒拷贝数标本的HBVDNA扩增.通过设计两套通用巢式引物。实现对各基因型(A,B,C,D,E,G)HBV均具有较高的扩增效率;采用两步法分段扩增HBV基因组,对两段目的产物进行测序拼接获得HBV的全基因序列.应用本方法对4组病毒拷贝量(IU/mL)分别为:〉1.0×10^4,1.0×10^3~1.0×10^,2.0×10^2~1.0×10^3,〈2.0×10^2的100份血清标本进行全长基因组扩增,其中75份获得阳性结果,各组阳性率依次为:100%,66.7%,60%,25%.有效扩增灵敏度为2.0×10^2~1.0×10^3IU/mL;而一步法只在病毒拷贝量〉1.0×10^4 IU/mL的标本组中获得15份阳性结果,总的阳性率仅为15%,说明该方法扩增灵敏度明显高于一步法.因此。本方法为HBV流行病学调查研究HBV基因组序列提供了更高的灵敏度,可在流行病学调查中发挥重要作用. 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 基因组 聚合酶链式反应
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缅甸拉咱市2018年蚊类和按蚊疟原虫子孢子感染调查 被引量:2
13
作者 田鹏 孙晓东 +5 位作者 段凯霞 徐艳春 周耀武 郭祥瑞 李仕刚 林祖锐 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 北大核心 2023年第3期412-416,共5页
目的了解缅甸拉咱市蚊虫种类和按蚊疟原虫子孢子感染情况,为当地疟疾防治提供依据。方法2018年7-9月在缅甸拉咱市选择边境县2 km内的4个居民点为调查点,每个调查点选择5间人房作为捕蚊点,每月2次每次3 d在室内外各悬挂1台诱蚊灯通宵诱蚊... 目的了解缅甸拉咱市蚊虫种类和按蚊疟原虫子孢子感染情况,为当地疟疾防治提供依据。方法2018年7-9月在缅甸拉咱市选择边境县2 km内的4个居民点为调查点,每个调查点选择5间人房作为捕蚊点,每月2次每次3 d在室内外各悬挂1台诱蚊灯通宵诱蚊,捕获的蚊虫进行形态学鉴定。鉴定后的按蚊按5只/组,采用巢式聚合酶链式反应(PCR)检测按蚊疟原虫子孢子阳性率。结果共捕获蚊虫4属2041只,其中库蚊属占39.93%(815/2041),伊蚊属占0.78%(16/2041),阿蚊属占22.20%(453/2041),按蚊属占37.09%(757/2041)。共捕获按蚊10种,其中微小按蚊650只,占捕获按蚊总数的85.87%,为当地优势蚊种;其次为库态按蚊,占5.02%。PCR检测135组667只蚊虫,共有11组样品扩增出间日疟原虫目标片段,均标记为微小按蚊,检出率为8.15%。检测出的11组中,每组至少有1只微小按蚊携带间日疟原虫子孢子,推算微小按蚊疟原虫子孢子最低感染率为1.69%(11/650),其中扎突拱和纯木翁调查点最低感染率分别为1.74%和1.89%,但二者差异无统计学意义(χ^(2)=0.012,P=0.912);吉阳卡和盆龙样调查点疟原虫子孢子感染率均为0。结论微小按蚊是缅甸拉咱市优势按蚊,是当地主要传疟媒介,且疟原虫子孢子感染率较高。 展开更多
关键词 缅甸 拉咱市 蚊虫 按蚊 疟原虫子孢子 聚合酶链式反应
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巢氏PCR扩增低拷贝HBV全基因组方法的建立及应用 被引量:3
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作者 张孟 李倩 +3 位作者 周华君 孙长贵 成军 戴玉柱 《现代检验医学杂志》 CAS 2018年第3期44-49,共6页
目的建立一种用于低拷贝乙型肝炎病毒(HBV)不同基因型全基因组扩增的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法及应用评价。方法通过设计和改良一组对HBV各基因型(A,B,C,D,E,F,G)DNA均具有较高扩增效率的通用巢式简并引物,采用两步法分六段(... 目的建立一种用于低拷贝乙型肝炎病毒(HBV)不同基因型全基因组扩增的巢式聚合酶链式反应(nested PCR)方法及应用评价。方法通过设计和改良一组对HBV各基因型(A,B,C,D,E,F,G)DNA均具有较高扩增效率的通用巢式简并引物,采用两步法分六段(Ⅰa,Ⅰb,Ⅱa,Ⅱb,Ⅲ,Ⅳ)扩增低拷贝HBV基因组,比较不同反应条件对于PCR扩增产物的影响(退火温度,引物浓度),建立一种适合于低拷贝HBV全基因组扩增的方法;同时采用该方法对57份低浓度HBsAg乙肝感染者(HBsAg<10IU/ml)的全基因组进行扩增、测序、拼接并进行评价。结果该方法的灵敏度可达25IU/ml,重复性好,对57份低浓度HBsAg乙肝感染者进行扩增,其中全基因扩增49例(86.0%),各片段(Ⅰa,Ⅰb,Ⅱa,Ⅱb,Ⅲ,Ⅳ)扩增分别为:53例(93.0%),52例(91.2%),54例(94.7%),54例(94.7%),55例(96.5%)和49例(86.0%),说明该方法适用于慢性低浓度HBsAg乙肝感染者HBV DNA全基因扩增。结论该文为慢性低浓度HBsAg乙肝感染者的全基因系列分析提供了高灵敏度、高特异度的方法,可在低浓度HBsAg感染者流行病学调查中发挥重要作用,同时为巢氏PCR扩增反应体系的优化提供了参考。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 低拷贝 全基因 聚合酶链式反应
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北京市HIV-1 B’/C重组型分子流行特征分析 被引量:2
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作者 叶景荣 董晓根 +8 位作者 卢红艳 郝明强 苏雪丽 辛若雷 余双庆 冯霞 闫红 贺雄 曾毅 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第29期2301-2304,共4页
目的分析北京市HIV-1B’/C重组型毒株的分子流行特征。方法采集北京市2006-2010年新发现B’/C重组型HIV-1感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,并进行系统进化分析。结果成... 目的分析北京市HIV-1B’/C重组型毒株的分子流行特征。方法采集北京市2006-2010年新发现B’/C重组型HIV-1感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,并进行系统进化分析。结果成功扩增了159例标本,CRF07-BC147例,CRF08-BC12例,CRF07-BC系统进化树中存在3个主要的亚簇,IDU-Max亚簇包含89例样本,静脉吸毒传播占71.9%,同参考株97CN001组间离散率为2.8%;IDU-Min亚簇包含22例样本,静脉吸毒传播占77.3%,组间离散率为2.8%;MSM亚簇包含34例样本,男男同性传播占67.6%,组间离散率为3.1%;3个亚簇内均无其他国家的序列,只有IDU—Max亚簇包含1条来自中国台湾的序列;核苷酸多态性分析结果显示,以IDU.Max亚簇为参照,IDU.Min和MSM亚簇分别有32和41个位点的核苷酸组成存在著性差异。结论首次观察到北京市流行的CRF07-BC病毒株中存在3个独立的亚簇,异性传播和静脉吸毒传播序列混杂分布,而男同传播病例则聚集成1个亚簇,应当继续对B’/C重组型分子流行特征进行监测。 展开更多
关键词 HIV 分子流行病学 聚合酶链式反应
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应用巢式PCR法检测综合医院肺炎患者痰样本中的嗜肺军团菌 被引量:2
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作者 张宝莹 白雪涛 +1 位作者 刘凡 刘航 《中国卫生检验杂志》 CAS 2015年第13期2115-2117,共3页
目的调查综合医院肺炎患者嗜肺军团菌的感染情况。方法 2012年6月-2013年6月,选择北京市丰台区、江苏省常州市和无锡市、广东省深圳市综合性医院的肺炎住院患者为调查对象,采集肺炎患者的痰样本,问卷调查收集患者的基本信息,采用基于mi... 目的调查综合医院肺炎患者嗜肺军团菌的感染情况。方法 2012年6月-2013年6月,选择北京市丰台区、江苏省常州市和无锡市、广东省深圳市综合性医院的肺炎住院患者为调查对象,采集肺炎患者的痰样本,问卷调查收集患者的基本信息,采用基于mip基因的巢式PCR法检测肺炎患者痰样本中的嗜肺军团菌。结果共调查157例肺炎住院患者,痰样本嗜肺军团菌的阳性率是12.1%(19/157),北京市丰台区、江苏省无锡市、江苏省常州市和广东省深圳市4地区综合医院肺炎患者痰样本中嗜肺军团菌的阳性率分别为11.9%、11.8%、20.0%和6.5%,差异无统计学意义(χ2=3.404,P=0.333)。入院前没有户外活动和有户外活动的肺炎患者痰样本中,嗜肺军团菌的阳性率分别为9.4%和15.3%,差异无统计学意义(χ2=1.261,P=0.261)。结论综合医院肺炎患者存在嗜肺军团菌感染。 展开更多
关键词 嗜肺军团菌 聚合酶链式反应 肺炎患者 综合医院
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新疆石河子及周边地区棉花根际土壤丛枝菌根真菌多样性 被引量:2
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作者 陈凯丽 田秋恒 +4 位作者 刘志洋 王海 熊杰 雷勇辉 孙燕飞 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期69-78,共10页
【目的】丛枝菌根是陆地生态系统中普遍存在的植物根系与丛枝菌根真菌的共生体,能有效提高植物的抗逆性。棉花是新疆盐碱地种植的主要经济作物。为研究和利用新疆丛枝菌根资源,对新疆石河子及其周边棉花种植区丛枝菌根真菌的种类和数量... 【目的】丛枝菌根是陆地生态系统中普遍存在的植物根系与丛枝菌根真菌的共生体,能有效提高植物的抗逆性。棉花是新疆盐碱地种植的主要经济作物。为研究和利用新疆丛枝菌根资源,对新疆石河子及其周边棉花种植区丛枝菌根真菌的种类和数量进行了普查。【方法】采集新疆维吾尔自治区石河子市(北泉镇)及其周边的塔城地区沙湾县(柳毛湾镇、老沙湾镇、钟家庄镇)和昌吉回族自治州玛纳斯县(十户滩镇)共50份土样,通过单个孢子的形态学鉴定和分子鉴定(巢式聚合酶链式反应)对丛枝菌根真菌多样性进行分析。【结果】从新疆石河子及周边地区棉花根际土壤中分离出4属6种丛枝菌根真菌,以类球囊霉属(Paraglomus)为优势属。石河子市北泉镇的丛枝菌根真菌物种丰富度最高,沙湾县柳毛湾镇和钟家庄镇的种类组成和结构相似。【结论】明确了新疆石河子以及周边地区棉花根际土壤中丛枝菌根真菌的种类。该研究为充分利用和开发特色丛枝菌根资源奠定了基础。 展开更多
关键词 棉花 丛枝菌根真菌 多样性 单孢鉴定 聚合酶链式反应
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纳米免疫磁珠联合巢式PCR检测胰腺癌患者外周循环微转移的意义 被引量:2
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作者 胡亮 周家华 +3 位作者 易永祥 丁海 刘俊卯 赵亮 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1097-1101,共5页
目的:建立一种检测胰腺癌患者外周血循环微转移的有效方法。方法:用人胰腺癌细胞株PANC-1与正常人外周血单核细胞(PBMC)以不同比例混合,用EpCAM抗体的纳米免疫磁珠对各比例组进行阳性分选,分离富集出肿瘤细胞,用巢式RT-PCR(RT-nest-PCR... 目的:建立一种检测胰腺癌患者外周血循环微转移的有效方法。方法:用人胰腺癌细胞株PANC-1与正常人外周血单核细胞(PBMC)以不同比例混合,用EpCAM抗体的纳米免疫磁珠对各比例组进行阳性分选,分离富集出肿瘤细胞,用巢式RT-PCR(RT-nest-PCR)检测细胞中端粒酶亚催化单位(h-TERT)和c-met的表达,以确定该检测方法的敏感度;用以上纳米免疫磁珠联合RT-nest-PCR方法检测25例胰腺癌患和15例良性病患者PBMC中h-TERT和c-met的表达,并分析两者与胰腺癌患者临床病理因素的关系。结果:纳米免疫磁珠联合RT-nest-PCR法检测h-TERT和c-met的敏感度分别为1个肿瘤细胞/1×107个PBMC和1个肿瘤细胞/1×106个PBMC。良性疾病组h-TERT及c-met基因表达率均为0(0/15),胰腺癌组h-TERT和c-met基因表达率分别为100%(25/25)和80%(20/25),且c-met阳性表达率与肿瘤分期有关(P<0.05)。结论:免疫磁珠联合RT-nest-PCR法检测h-TERT和c-met是发现胰腺癌外周血循环微转移的高敏感度方法。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 微转移 纳米免疫磁珠 聚合酶链式反应 端粒亚催化单位 原癌基因蛋白质C-MET
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辽宁省2017年5例输入性卵形疟疾的实验室诊断 被引量:1
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作者 王博 毛玲玲 +5 位作者 王子江 李鑫 于维君 宋歌 王周超 孙英伟 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2019年第1期80-83,共4页
目的实验室鉴定和分析输入性卵形疟疾,比较不同实验室检测方法的结果并分析其基因型别,以避免卵形疟疾的误诊与漏诊。方法分别采用吉氏染色镜检、疟疾快速诊断试验(RDT)和巢式多重PCR 3种方法对辽宁省务工归来的5例输入性卵形疟疾患者... 目的实验室鉴定和分析输入性卵形疟疾,比较不同实验室检测方法的结果并分析其基因型别,以避免卵形疟疾的误诊与漏诊。方法分别采用吉氏染色镜检、疟疾快速诊断试验(RDT)和巢式多重PCR 3种方法对辽宁省务工归来的5例输入性卵形疟疾患者进行检测,并比较检测结果。对5例患者外周血中的疟原虫18S r RNA基因进行测序和同源性分析。结果 5例卵形疟疾患者通过吉氏染色镜检均观察到典型的卵形疟原虫形态,疟疾RDT和PCR检测结果均为阳性。对5例外周血中疟原虫的18S rRNA基因进行测序,获得1条长度均为800 bp的序列,通过GenBank比对,与已知卵形疟疾18S r RNA同源性达到99%。结论巢式PCR检测、疟疾RDT和疟疾染色镜检的结果一致,均为卵形疟原虫,需及时加强疟疾流行地区对疟原虫实验室镜检的检测能力水平,联合分子生物学检测技术可大大降低实验室误诊和漏诊。 展开更多
关键词 卵形疟疾 聚合酶链式反应 序列分析 镜检
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1992--2008年深圳HIV-1CRF01_AE重组株的流行趋势与进化规律 被引量:1
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作者 于微 赵广录 +2 位作者 张娟娟 陈琳 冯铁建 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期999-1003,共5页
目的了解HIV-1CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律。方法收集深圳地区1992--2008年HIV确认阳性血液样本489份,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术,对样本膜蛋白(Env)基因进行扩增,并对其基因区... 目的了解HIV-1CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律。方法收集深圳地区1992--2008年HIV确认阳性血液样本489份,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术,对样本膜蛋白(Env)基因进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定,判定亚型结果。对获得的CRF01_AE重组株核酸序列进行系统进化分析,并计算基因离散率。结果共有465份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株样本300份(占64.5%)。1992-1999、2000—2005和2006--2008年3个时间段CRF01_AE重组株所占比例分别为56.8%(21/37)、68.4%(78/114)和64.0%(201/314);在这3个时间段内,经异性性传播的比例分别为52.4%(11/21)、43.6%(34/78)和45.8%(92/201),经同性性传播的比率上升明显,分别为4.8%(1/21)、0.0%(0/78)和22.4%(45/201),经吸毒传播的比例分别为19.0%(4/21)、51.3%(40/78)和30.8%(62/210)。系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间聚集现象,并伴有传播途径的聚集及交叉感染现象。各时间段CRF01_AE重组株组内基因离散率分别为(8.783±4.717)%、(11.054±7.141)%、(13.218±4.080)%,有明显的增大趋势。结论HIV-1CRF01_AE重组株是深圳地区的主要流行株,主要经异性性行为、同性恋和吸毒人群传播,随着时间的推移毒株变异程度逐渐增大。 展开更多
关键词 HIV-1 聚合酶链式反应 CRF01_AE重组株 分子流行病学
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