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分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用 被引量：2
1
作者 孟现美 王加磊 +1 位作者 张少龙 张庆刚 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1167-1174,共8页
为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究... 为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固;另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据. 展开更多
关键词 HIV-I蛋白酶 抑制剂 分子动力学模拟 MM-PB GBSA方法 别构抑制剂
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分子动力学模拟别构抑制剂Efavirenz对HIV-1逆转录酶的作用 被引量：2
2
作者 孟现美 张少龙 张庆刚 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第2期436-444,共9页
为了理解非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)与HIV-1逆转录酶(RT)的相互作用机制,利用新力场ff12SB对未结合和结合Efavirenz(EFV)逆转录酶的三种RT大分子体系分别进行了100 ns的长时间动力学模拟。通过分析EFV对RT结构的影响、不同残基柔... 为了理解非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)与HIV-1逆转录酶(RT)的相互作用机制,利用新力场ff12SB对未结合和结合Efavirenz(EFV)逆转录酶的三种RT大分子体系分别进行了100 ns的长时间动力学模拟。通过分析EFV对RT结构的影响、不同残基柔性和不同体系构象的动力学行为等,发现EFV的结合会导致RT结构变化,从而影响RT的活性;证实了EFV的"分子楔"作用;还发现EFV的结合不但引起"拇指关节炎",而且引起轻度"手指关节炎";整个模拟过程中没有出现不同构象间的跃迁,但是无别构分子时的RT张开构象表现出明显的闭合倾向。这些结果有助于理解NNRTIs的抑制机制和RT构象变化的动力学性质。另外,还比较分析了模拟方法对计算结果的影响,对大分子体系的动力学模拟具有重要借鉴意义。 展开更多
关键词 HIV-I逆转录酶 逆转录酶抑制剂 别构抑制剂 分子动力学模拟 构象
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CDK2别构小分子抑制剂的虚拟筛选和体外活性研究 被引量：1
3
作者 邵媛媛 张璐 +1 位作者 沈瑛 张健 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期523-527,共5页
目的根据CDK2的晶体结构(PDB ID:3PXF),在已验证的别构口袋处,拟筛选出CDK2新型别构小分子抑制剂。方法通过计算机辅助药物设计方法,基于CDK2蛋白晶体别构位点进行虚拟筛选,综合分析化合物与CDK2的作用模式;构建CDK2体外激酶活性检测体... 目的根据CDK2的晶体结构(PDB ID:3PXF),在已验证的别构口袋处,拟筛选出CDK2新型别构小分子抑制剂。方法通过计算机辅助药物设计方法,基于CDK2蛋白晶体别构位点进行虚拟筛选,综合分析化合物与CDK2的作用模式;构建CDK2体外激酶活性检测体系,对化合物进行初步的体外生物活性研究。结果虚拟筛选得到打分前1 000名的化合物,最终挑选并购买10个候选化合物。其中,化合物S2和S5表现出较好的抑制效果,在100μmol/L的浓度下对CDK2活性的抑制率分别为57.59%和41.64%。结论综合利用虚拟筛选、结构分析以及生物活性测试,筛选出具有明显的CDK2抑制活性的先导化合物S2和S5,为设计开发新型的CDK2别构小分子抑制剂奠定了基础。 展开更多
关键词 CDK2 细胞周期 虚拟筛选 别构抑制剂
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激酶别构调节剂的研究进展 被引量：1
4
作者 胡雨彤 舒晓宏 张健 《中国科学：化学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期884-891,共8页
蛋白激酶(protein kinases),即蛋白质磷酸化酶(protein phosphokinases),是一类重要的催化蛋白质磷酸化反应的酶.蛋白激酶活性异常是导致肿瘤发生、生长和转移的重要原因之一.因此,以蛋白激酶作为抗癌靶点,研发新型抗肿瘤药物,己经成为... 蛋白激酶(protein kinases),即蛋白质磷酸化酶(protein phosphokinases),是一类重要的催化蛋白质磷酸化反应的酶.蛋白激酶活性异常是导致肿瘤发生、生长和转移的重要原因之一.因此,以蛋白激酶作为抗癌靶点,研发新型抗肿瘤药物,己经成为药物研发领域中最重要的研究方向之一,蛋白激酶调节剂也成为颇具潜力的抗肿瘤候选药物.目前已有一个蛋白激酶小分子别构调节剂作为癌症的靶向治疗药物获美国食品药品监督管理局批准上市.与以往的ATP竞争性调节剂相比,蛋白激酶别构抑制剂因选择性好、安全性高、动力学缓慢,而且临床副作用少,已成为现今蛋白激酶抑制剂研发的主要方向.鉴于蛋白激酶别构调节剂在癌症治疗领域展现出的潜在的价值,本文将对蛋白激酶别构调节剂的研究进展进行综述. 展开更多
关键词 蛋白激酶 别构抑制剂 别构作用机制
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我国科学家发现新型PGAM1别构调节抑制剂抑制非小细胞肺癌的生长和转移
5
《石河子科技》 2019年第5期5-5,共1页
2019年10月10日,上海交通大学医学院药理学与化学生物学系沈瑛副研究员课题组联合复旦大学药学院周璐副教授和上海中医药大学陈红专教授在Cell Metabolism杂志发表长文“A novel allosteric inhibitor of phosphoglycerate mutase 1 sup... 2019年10月10日,上海交通大学医学院药理学与化学生物学系沈瑛副研究员课题组联合复旦大学药学院周璐副教授和上海中医药大学陈红专教授在Cell Metabolism杂志发表长文“A novel allosteric inhibitor of phosphoglycerate mutase 1 suppresses growth and metastasis of non-small cell lung cancer”,率先报道磷酸甘油酸变位酶1(phosphoglycerate mutase 1,PGAM1)新型别构抑制剂对非小细胞肺癌的增殖、耐药和转移等生物学活性的多重抑制作用,揭示通过别构调节PGAM1同时干预PGAM1的代谢酶活性和非代谢酶依赖的蛋白-蛋白相互作用的抗肿瘤药理学新机制。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 别构调节 上海中医药大学 别构抑制剂 METASTASIS 代谢酶 生物学系 药理学
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