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PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
被引量：
3
1
作者
温炜
黄达锭
+1 位作者
鲍劲霄
张增辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2161-2169,共9页
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembr...
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有_(PD-1)K131.同时发现,与_(PD-1)K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量.
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关键词
程序性细胞死亡蛋白
丙氨酸扫描计算
单克隆抗体
分子力
学
广义
波恩
表面积
相互作用熵
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职称材料
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
被引量：
1
2
作者
贾梦珠
韩迪
+2 位作者
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第7期1556-1564,共9页
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(...
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。
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关键词
组蛋白去乙酰化酶4抑制剂
基于片段的药物设计
分子
动力
学
模拟
分子力
学
/
广义
波恩
模型
表面积
ADMET预测
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职称材料
题名
PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
被引量：
3
1
作者
温炜
黄达锭
鲍劲霄
张增辉
机构
华东师范大学化学与分子工程学院
上海纽约大学计算化学联合研究中心
美国纽约大学化学系
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2161-2169,共9页
基金
国家重点研发计划项目(批准号:2016YFA0501700)
国家自然科学基金重大研究计划培育项目(批准号:91753103)
国家自然科学基金重点项目(批准号:21933010)资助.
文摘
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有_(PD-1)K131.同时发现,与_(PD-1)K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量.
关键词
程序性细胞死亡蛋白
丙氨酸扫描计算
单克隆抗体
分子力
学
广义
波恩
表面积
相互作用熵
Keywords
PD-1
Computational alanine scanning
Monoclonal antibodies
MM/GBSA
Interaction entropy
分类号
O643 [理学—物理化学]
O642 [理学—化学]
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职称材料
题名
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
被引量：
1
2
作者
贾梦珠
韩迪
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
机构
新乡医学院医学工程学院
河南省临床与生物医学大数据融合技术工程实验室
河南省神经信息分析与药物智能设计国际联合实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第7期1556-1564,共9页
基金
国家自然科学基金(21603180)资助
河南省高校科技创新人才(22HASTIT050)资助
河南省科技攻关项目(202102310875)资助。
文摘
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。
关键词
组蛋白去乙酰化酶4抑制剂
基于片段的药物设计
分子
动力
学
模拟
分子力
学
/
广义
波恩
模型
表面积
ADMET预测
Keywords
HDAC4 inhibitor
fragment-based drug design
molecular dynamics simulation
MM/GBSA
ADMET prediction
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
温炜
黄达锭
鲍劲霄
张增辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
下载PDF
职称材料
2
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
贾梦珠
韩迪
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023
1
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职称材料
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