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狼毒化学成分基于Mpro靶点的虚拟筛选及抗SARS-CoV-2活性分析
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作者 肖斌 张梅芳 +6 位作者 罗昆 张维库 韩亚如 吴思 韩晓燕 杜冠华 折占飞 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2024年第6期14-19,I0004,共7页
目的 对瑞香狼毒和狼毒大戟中的化学成分进行基于新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome-coronavirus-2,SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的抑制剂虚拟筛选以及体外活性验证以为发现抗新型冠状病毒疾病(Corona Virus Disease 2019,... 目的 对瑞香狼毒和狼毒大戟中的化学成分进行基于新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome-coronavirus-2,SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的抑制剂虚拟筛选以及体外活性验证以为发现抗新型冠状病毒疾病(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)治疗药物提供参考。方法 以瑞香狼毒和狼毒大戟中的天然产物为研究对象,以Mpro为靶点,以Mpro晶体结构(PDB ID:6LU7)中的配体小分子N3为阳性对照,采用AutoDock Vina进行分子对接,对结合亲和力和结合构象进行分析并进行基于SARS-CoV-2 Mpro蛋白的体外抑制活性测试。结果 与N3(亲和力为-7.7 kcal/Mol)相比,双黄酮类化合物狼毒素和异狼毒素呈现了最高的Mpro靶点亲和力(-9.7 kcal/Mol),且优于利托那韦、更昔洛韦、利巴韦林、氯喹、达芦那韦、阿巴卡韦等已知抗病毒药物以及其他天然产物的亲和力。对接构象分析发现二者均能有效占据Mpro蛋白结合位点并形成若干重要的氢键结合,其中以异狼毒素为最优,这对于二者与Mpro靶点的结合以及Mpro靶点抑制构象的稳定起着重要作用。异狼毒素在50μM浓度下显示出优于狼毒素的较好的Mpro体外抑制活性。结论 狼毒素和异狼毒素具有基于Mpro靶点抑制SARS-CoV-2病毒的潜在活性,可作为结构优化和抗SARS-CoV-2体内外活性研究的先导化合物。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 瑞香狼毒 狼毒大戟 冠状病毒3cl水解酶 虚拟筛选
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基于Mpro和PLP筛选潜在抗新型冠状病毒中药研究 被引量:36
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作者 马婧 霍晓乾 +4 位作者 陈茜 朱卫星 姚美村 乔延江 张燕玲 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1219-1224,共6页
新型冠状病毒感染疫情发展迅速,中药在这场防治疫情的战争中发挥着积极作用,已有大量确有疗效的方剂应用于临床。然而由于中药具有多成分、多靶点、多途径协同作用的特点,传统的抗病毒中药筛选研究受限于实验室条件和实验周期,极大地限... 新型冠状病毒感染疫情发展迅速,中药在这场防治疫情的战争中发挥着积极作用,已有大量确有疗效的方剂应用于临床。然而由于中药具有多成分、多靶点、多途径协同作用的特点,传统的抗病毒中药筛选研究受限于实验室条件和实验周期,极大地限制了筛选速度。该文基于分子对接进行潜在抗新型冠状病毒中药的筛选,通过获取2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(3CL protease,Mpro)和冠状病毒木瓜样蛋白酶(papain-like protease,PLP)的晶体结构,对中药化学成分数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD 2009)进行基于分子对接的虚拟筛选,选择打分值排名前100的成分作为潜在抗新型冠状病毒活性的中药成分,并对成分来源中药进行频数统计,挑选命中成分数目较多的中药作为潜在抗新型冠状病毒活性的中药。研究结果显示,基于Mpro靶点筛选获得潜在抗新型冠状病毒活性成分12322个,代表性活性成分有紫菀五肽A、川芎嗪、丹酚酸B等,筛选得到的中药为生姜、紫菀、三七、川芎、丹参、干姜、瞿麦、大黄、肉苁蓉等;基于PLP靶点筛选获得潜在抗新型冠状病毒活性成分11294个,代表性活性成分有姜酮酚、白果醇、阿魏酸等,筛选得到的中药为党参、羌活、生姜、白果、川芎、瓜蒌、白芍、补骨脂、苦参、三七、当归等。结合文献报道的基于分子对接筛选的血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)靶点抑制活性候选中药,该文在湖南省新型冠状病毒肺炎中医药诊疗方案的基础上,将Mpro抑制、PLP抑制和ACE2抑制候选中药针对该疫情的合理应用进行了探讨,分析结果表明,PLP抑制活性筛选获得的瓜蒌及ACE2筛选获得的贝母包含于桑贝止嗽散、小陷胸汤之中,有清化热痰之功效,主治痰热壅肺所致的痰多咳喘或燥痰犯肺、干咳少痰、咯痰不爽,可应用于病毒作用初期外邪闭肺所致的咳嗽微� 展开更多
关键词 新型冠状病毒 分子对接 2019-nCoV冠状病毒3cl水解酶 冠状病毒木瓜样蛋白 血管紧张素转换2 中药
原文传递
基于网络药理学及高通量分子对接研究金花清感颗粒中结合SARS-CoV-2特定靶蛋白的活性化合物干预COVID-19的潜在分子机制 被引量:30
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作者 沈浮 付中应 +4 位作者 吴泳蓉 李玲 赵昱东 夏雨 邝高艳 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2020年第3期622-631,共10页
目的运用网络药理学及高通量分子对接技术,筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物,并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗... 目的运用网络药理学及高通量分子对接技术,筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物,并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体对接活性较高的的活性化合物,并获取其对应靶标,利用STRING数据库进行靶标的蛋白网络互作,运用数据包进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果金花清感颗粒共筛选有效活性化合物276种,涉及靶标基因325个。"药物-活性化合物-靶标"网络图中筛选出关键化合物11个,高通量分子对接筛选得到与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体结合活性较好的8个化合物,其靶基因的PPI网络主要涉及AKTI、HSP90AA1、RELA等核心靶蛋白。KEGG富集分析获得94条相关通路,主要包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、丙型肝炎、麻疹、人巨细胞病毒感染、EB病毒感染等病毒相关通路以及IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE等途径。结论金花清感颗粒中3-甲氧基光甘草定、粗毛甘草素C、甘草查尔酮B等活性成分与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体酶结合活性较强,并且通过多种生物学途径及通路发挥干预COVID-19的作用。 展开更多
关键词 金花清感颗粒 网络药理学 分子对接 人类新型冠状病毒3cl水解酶 ACE2受体 新型冠状病毒肺炎 机制
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