四个鲤鱼种群ITS-1序列的遗传变异分析 被引量：10

1

作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 周凯 李冰 王建新 朱健 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期271-276,共6页

对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.0085... 对我国四个鲤鱼种群的核糖体DNA内转录间隔区ITS-1进行了PCR扩增、测序.序列分析显示,370bp的ITS-1序列中GC含量明显高于AT含量,共检测到34个变异位点,96个样本得到14个单倍型,平均单倍型多样性为0.637±0.055,核苷酸多样性为0.00857±0.00200,遗传多样性表现较低.黑龙江野鲤种群与建鲤种群间遗传距离最远,为0.10129,黑龙江野鲤种群与黄河鲤种群间遗传距离最近,为0.02305.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.05373,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.ITS-1序列构建系统进化树显示,四个种群分为南北2支,黑龙江野鲤和黄河鲤种群聚为北方支,建鲤和荷包红鲤种群聚为南方一支. 展开更多

关键词 鲤鱼 内转录间隔区1(its-1) 种质资源 遗传变异

下载PDF 职称材料

基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析 被引量：5

2

作者 顾小龙 孙秀梅 +3 位作者 刘红彬 崔平 索勋 方素芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1123-1128,共6页

利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩... 利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩增ITS-1区后克隆、测序。将测序结果与GenBank发布的兔球虫ITS-1序列进行比对和遗传距离分析,绘制系统进化树。结果显示:大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫河北株ITS-1序列分别长320、330、351、336和341bp。5种兔球虫河北株与GenBank中同种兔球虫ITS-1序列相似性分别为96.9%、97.3%、96.9%、99.1%和99.4%。兔球虫形成单系群,该单系群分为2个姐妹谱,与卵囊残体有无相对应,其它形态学和生物学特征与系统进化无相关性。研究结果表明外残体的有无可作为兔球虫进化分类的特征。 展开更多

关键词 兔 艾美耳球虫 核糖体DNA 内转录间隔区1(its-1) 系统进化分析

下载PDF 职称材料

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4

3

作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多

关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(its-1) 基因克隆 基因序列

下载PDF 职称材料

黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3

4

作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页

黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多

关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(its-1) 基因克隆 二级结构

下载PDF 职称材料

基于DNA条形码的金槐系统发育和变异位点分析 被引量：4

5

作者 何爱芳 傅鹏 +2 位作者 陈恒宇 蒋柳晶 冯晓晴 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期183-191,共9页

目的:对来自不同居群的金槐资源的核糖体内转录间隔区2(ITS2)和叶绿体基因片段psbA-trnH、rbcL、matK进行系统发育分析,探索不同地理来源的金槐资源的遗传多样性。方法:用聚合酶链式反应(PCR)扩增获得金槐ITS2、psbA-trnH、rbcL和matK... 目的:对来自不同居群的金槐资源的核糖体内转录间隔区2(ITS2)和叶绿体基因片段psbA-trnH、rbcL、matK进行系统发育分析,探索不同地理来源的金槐资源的遗传多样性。方法:用聚合酶链式反应(PCR)扩增获得金槐ITS2、psbA-trnH、rbcL和matK的核酸序列,用邻接法(NJ)构建系统发育树,用Kimura 2-Parameter(K2P)模型分析遗传距离,用MEGA和BIOEDIT软件进行多重比对分析。结果:ITS2序列为278~279 bp;psbA-trnH为289 bp;rbcL为673 bp;matK为786~792 bp。ITS2和psbA-trnH都存在3个变异位点,rbcL没有变异位点,matK有13个变异位点。采用ITS2序列构建的系统发育树将金槐样品资源分为2个大类群,百宝实生树聚为一类,其余25份资源聚为一类。对于psbA-trnH序列,28份金槐资源的PCR扩增成功率为100%。psbA-trnH序列聚类结果显示,28份金槐资源可分为3个大的类群。庙头嫁接/实生树、枧塘嫁接树、文桥嫁接树、咸水实生树和大圩嫁接树组成一个类群;绍水实生树单独组成一个类群;其余21份资源组成一个类群。基于matK序列建立的发育树可将26份金槐资源分为2个类群,其中咸水实生树单独为一个分支,其余25份金槐资源聚为一支。对金槐的rbcL序列的聚类结果无法将28份资源区分开。基于ITS2+psbA-trnH+rbcL+matK组合序列构建的系统发育树可将金槐资源分为4个大类群,祁阳实生/嫁接树、道县实生树,庙头嫁接/实生树、永岁嫁接树、绍水实生树、石塘实生树、咸水实生树、枧塘实生树、文桥嫁接树、秧塘嫁接树、湘漓实生树聚为一支;文桥实生树聚为一支;大圩实生树聚为一支;其他金槐资源聚为一支。结论:系统发育和变异位点分析为金槐资源的进化研究、道地性评价奠定了理论基础,变异位点的分析可用于相关资源的鉴定。结果也表明将不同基因片段组合对植物进行鉴定,效果更佳。 展开更多

关键词 金槐 内转录间隔区(2its2) PSBA-TRNH RBCL MATK 系统发育 聚合酶链式反应(PCR)

原文传递

TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR快速检测光滑念珠菌 被引量：2

6

作者 郭毅 杨靖娴 +2 位作者 邵冬华 刘静 梁国威 《中国实验诊断学》 2016年第2期178-181,共4页

目的采用TaqMan-MGB探针作为检测信号,建立快速检测光滑念珠菌的实时荧光定量PCR方法。方法以光滑念珠菌核糖体RNA编码基因(rDNA)中的内转录间隔区2(ITS2)作为靶基因,设计特异性引物和TaqManMGB探针。在梯度光滑念珠菌纯菌液标本中评价... 目的采用TaqMan-MGB探针作为检测信号,建立快速检测光滑念珠菌的实时荧光定量PCR方法。方法以光滑念珠菌核糖体RNA编码基因(rDNA)中的内转录间隔区2(ITS2)作为靶基因,设计特异性引物和TaqManMGB探针。在梯度光滑念珠菌纯菌液标本中评价所建方法灵敏度和重复性;在102株光滑念珠菌临床分离株、非光滑念珠菌的其他4种念珠菌临床分离株、7种细菌临床分离株和人基因组的DNA中评价所建方法特异度;并在模拟光滑念珠菌血症的血标本中初步探讨其临床应用价值。结果所建方法对光滑念珠菌纯菌液的检测下限为101 CFU/ml,相应的批内、批间变异系数(CV)分别为1.68%和2.84%。对102株光滑念珠菌临床分离株检出率为100%;对非光滑念珠菌无交叉反应,显示该方法特异性为100%。对模拟光滑念珠菌血症血标本的最低检测下限为101 CFU/ml。结论所建方法具有特异性和灵敏度高、重复性好的特性,适于临床上光滑念珠菌血症的快速检测。 展开更多

关键词 光滑念珠菌 荧光定量PCR 内转录间隔区2(its 2) TAQMAN-MGB探针 血流感染

下载PDF 职称材料

白色念珠菌ITS2的实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及评价 被引量：2

7

作者 郭毅 杨靖娴 +2 位作者 邵冬华 刘静 梁国威 《医学研究杂志》 2016年第7期79-84,共6页

目的建立一种快速鉴定白色念珠菌的实时荧光定量PCR检测方法。方法在白色念珠菌核糖体RNA编码基因(r DNA)中的内转录间隔区2(ITS2)上设计特异性引物和Taq Man-MGB探针,通过实时荧光定量PCR分析系统建立白色念珠菌的检测方法,对其敏感度... 目的建立一种快速鉴定白色念珠菌的实时荧光定量PCR检测方法。方法在白色念珠菌核糖体RNA编码基因(r DNA)中的内转录间隔区2(ITS2)上设计特异性引物和Taq Man-MGB探针,通过实时荧光定量PCR分析系统建立白色念珠菌的检测方法,对其敏感度、重复性和特异性进行方法学评价,并在模拟白色念珠菌血症的血标本中初步探讨其应用价值。结果所建方法对白色念珠菌纯菌液的准确检测下限为101CFU/ml,相应的批内、批间变异系数(CV)分别为1.57%和2.20%。对135株白色念珠菌临床分离株、其他非白念菌株、细菌临床分离株和血液标本进行检测,结果显示该方法特异性为100%。另外,对于模拟白色念珠菌血症的血标本,该方法的最低检测下限为102CFU/ml。结论所建方法具有特异性和敏感度高、重复性好的特性,可适用于临床上白色念珠菌引起的血流感染的快速鉴定。 展开更多

关键词 白色念珠菌 实时荧光定量PCR 内转录间隔区2(its 2) 血流感染

下载PDF 职称材料

基于ITS2序列的火绒草药材分子鉴定研究 被引量：2

8

作者 赵玥 王光函 +3 位作者 张颖 靖博宇 邸子真 马跃海 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期1509-1514,共6页

目的 应用内转录间隔区2(ITS2)序列鉴定不同分布区、不同居群火绒草药材,明确火绒草种间、不同居群间和居群内火绒草样品遗传关系。方法 采用DNA提取试剂盒提取20个居群共220个火绒草药材基因组DNA。利用植物药DNA条形码通用引物ITS2序... 目的 应用内转录间隔区2(ITS2)序列鉴定不同分布区、不同居群火绒草药材,明确火绒草种间、不同居群间和居群内火绒草样品遗传关系。方法 采用DNA提取试剂盒提取20个居群共220个火绒草药材基因组DNA。利用植物药DNA条形码通用引物ITS2序列对提取的DNA进行扩增并测序。将所得序列使用MEGA6.0软件进行序列对比分析,用NJ TREE法构建系统聚类树。结果 火绒草样本ITS2序列长度为222 bp, GC含量为52.25%。居群内火绒草样品ITS2序列一致,无变异位点。不同居群火绒草样品可利用72 bp处“T”碱基来区分河南产地样本。ITS2序列构建NJ系统聚类树分析显示,辽宁分布区及河北分布区火绒草聚类在一起,河南分布区火绒草与辽宁及河北分布区样本有一定的遗传距离。结论 ITS2序列可以准确、有效地鉴定不同分布区、不同居群火绒草药材,为火绒草种质资源多样性研究提供分子依据。 展开更多

关键词 火绒草 内转录间隔区2(its2) 遗传关系 分子鉴定

下载PDF 职称材料

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

9

作者 周池 饶力群 杨华 《湖南农业科学》 2016年第5期1-4,共4页

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列... 采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2（ITS2）作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。 展开更多

关键词 青风藤 内转录间隔区2(its2) DNA条形码 中药材 鉴别

下载PDF 职称材料

基于形态特征和ITS序列对7个鹅膏菌属菌株的分类鉴定 被引量：36

10

作者 李海波 吴学谦 +2 位作者 魏海龙 付立忠 吴庆其 《菌物研究》 CAS 2007年第1期14-19,50,共7页

以采自浙江省丽水地区的7个鹅膏菌属菌株作为研究材料,在基于形态特征进行初步鉴定的基础上,对7种鹅膏菌的rDNAITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析。进一步对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的... 以采自浙江省丽水地区的7个鹅膏菌属菌株作为研究材料,在基于形态特征进行初步鉴定的基础上,对7种鹅膏菌的rDNAITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析。进一步对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的9个最相似物种的ITS序列连同7种鹅膏菌的ITS序列一起作系统发育分析。结果表明:基于ITS序列对f6、f9和f493个菌株的分子鉴定支持了基于形态特征的鉴定结果,对f5的分子鉴定不支持形态鉴定的结果,f8为鹅膏菌属内某种,f66为鹅膏菌属内某种,并与Amanitafulva,A.atrofusca,A.orientifulva3种鹅膏菌的亲缘关系较近,f7与另外6种鹅膏菌的亲缘关系相差甚远。研究结果提示基于分子水平上的ITS序列分析不能单方面作为大型真菌分类鉴定的可靠依据,可以作为基于传统形态学分类鉴定的辅助参考依据。 展开更多

关键词 鹅膏菌 rDNA 内转录间隔区(its) 序列分析 分类鉴定 大型真菌

下载PDF 职称材料

rDNA ITS区序列分子标记技术在植物学研究中的应用 被引量：23

11

作者 牛宪立 姬可平 +1 位作者 吴群 吕国庆 《生物信息学》 2009年第4期268-271,共4页

在植物学研究中,人们越来越多地采用核糖体DNA内转录间隔区(ITS)作为分子标记。本文对近10年来rDNA ITS序列在植物系统发育、分类与鉴定、种质资源以及病虫害的鉴定与防治中的应用等方面的研究进展进行了综述,并对ITS序列的应用前景进... 在植物学研究中,人们越来越多地采用核糖体DNA内转录间隔区(ITS)作为分子标记。本文对近10年来rDNA ITS序列在植物系统发育、分类与鉴定、种质资源以及病虫害的鉴定与防治中的应用等方面的研究进展进行了综述,并对ITS序列的应用前景进行了初步探讨。 展开更多

关键词 RDNA 内转录间隔区(its) 分子标记技术 植物鉴定

下载PDF 职称材料

四个红菇科菌株的rDNA ITS序列分析和系统发育研究 被引量：19

12

作者 付立忠 李海波 +3 位作者 魏海龙 吴庆其 吴大丰 吴学谦 《食用菌学报》 2007年第2期23-32,共10页

以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连... 以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连同4个红菇科菌株的ITS序列一起用于系统发育分析。序列比较结果表明,4个红菇科菌株的rDNAITS序列长度为673bp^766bp,GC含量为47.4%~49.48%,其中2个红菇属(Russula)菌株R32和R57间的ITS序列长度和GC含量差异极小,而与血红乳菇(Lactarius sanguifluus)菌株L37间的ITS序列长度和GC含量差异较大。系统发育分析表明,R57为花盖红菇(R.cyanoxantha)的一个菌株,红菇属的赭盖红菇(R.mustelina)、绿菇(R.virescens)和青灰红菇(R.parazurea)三者间的序列差异较小,亲缘关系较近;乳菇属(Lactarius)的血红乳菇同鲑色乳菇(L.salmonicolor)种间的序列差异较小,亲缘关系较近。 展开更多

关键词 红菇 rDNA内转录间隔区(its) 序列分析 系统发育 大型真菌

下载PDF 职称材料

评价ITS、BenA和CaM序列分析在曲霉菌种鉴定方面的应用 被引量：16

13

作者 李颖 徐英春 《中国真菌学杂志》 CSCD 2017年第2期74-77,共4页

目的评价内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白基因(BenA)和钙调蛋白基因(CaM)序列分析技术对曲霉的鉴定能力。方法对169株曲霉临床分离株分别进行ITS、BenA和CaM序列测定,并在Genbank数据库中进行比对分析以获得其菌种鉴定信息。结果 169株... 目的评价内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白基因(BenA)和钙调蛋白基因(CaM)序列分析技术对曲霉的鉴定能力。方法对169株曲霉临床分离株分别进行ITS、BenA和CaM序列测定,并在Genbank数据库中进行比对分析以获得其菌种鉴定信息。结果 169株曲霉经ITS、BenA和CaM序列分析分别有52.7%、66.3%、97.6%菌株鉴定至种水平,47.3%、33.7%、2.4%菌株鉴定至属水平,3个序列对曲霉均不存在无法鉴定情况。结论 ITS、BenA和CaM均可用于曲霉菌种鉴定,其中以CaM的鉴定能力最强。 展开更多

关键词 内转录间隔区(its) β-微管蛋白基因(BenA) 钙调蛋白基因(CaM) 序列分析 曲霉 菌种鉴定

下载PDF 职称材料

阿魏蘑、白灵菇及杏鲍菇亲缘关系的研究 被引量：13

14

作者 郑和斌 李晓宇 +1 位作者 吕作舟 肖毅云 《食用菌学报》 2005年第4期1-4,共4页

利用PCR产物克隆测序测定了阿魏蘑、白灵菇与杏鲍菇rDNA内转录间隔区(ITS)的序列,并对所测序列进行分析。结果表明,阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇三者之间具有较近的亲缘关系,白灵菇与杏鲍菇具有非常近的亲缘关系,但阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇为... 利用PCR产物克隆测序测定了阿魏蘑、白灵菇与杏鲍菇rDNA内转录间隔区(ITS)的序列,并对所测序列进行分析。结果表明,阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇三者之间具有较近的亲缘关系,白灵菇与杏鲍菇具有非常近的亲缘关系,但阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇为3个不同的种。 展开更多

关键词 内转录间隔区(its) 序列 分析 亲缘关系 物种

下载PDF 职称材料

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法对太白贝母鉴别检验的适用性探讨 被引量：8

15

作者 张文娟 尚柯 +1 位作者 魏锋 马双成 《中国现代中药》 CAS 2015年第9期905-910,共6页

目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从... 目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从性状上看,太白贝母栽培品与伪品往往非常相似,较难辨别;通过PCRRFLP方法可以正确、客观的鉴别太白贝母与常见伪品,基于ITS2的DNA条形码方法进一步验证了PCR-RFLP法的准确性。市场上太白贝母的伪品多为伊犁贝母。结论:PCR-RFLP鉴别法可准确鉴别太白贝母与其伪品;市场上太白贝母伪品较多,应加强监管。 展开更多

关键词 太白贝母 伊犁贝母 鉴别 性状 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP) 内转录间隔区(its)

下载PDF 职称材料

冬虫夏草与5种人工发酵菌丝体的DNA分子鉴别方法 被引量：7

16

作者 张文娟 王晓 +2 位作者 张萍 魏锋 马双成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1354-1357,共4页

目的:建立冬虫夏草与人工发酵菌丝体的鉴别方法。方法:通过聚合酶链式反应(PCR),扩增基因组上的核糖体基因内转录间隔区(ITS),继而用限制性内切酶XhoⅠ对该聚合酶链式反应产物进行酶切,将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像;通过聚... 目的:建立冬虫夏草与人工发酵菌丝体的鉴别方法。方法:通过聚合酶链式反应(PCR),扩增基因组上的核糖体基因内转录间隔区(ITS),继而用限制性内切酶XhoⅠ对该聚合酶链式反应产物进行酶切,将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像;通过聚合酶链式反应扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的编码基因,将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像。结果:冬虫夏草ITS的PCR产物能够被XhoⅠ酶切成2个片段。而5种人工发酵菌丝体中,有4种不能够被酶切;由于来源于冬虫夏草无性型中华被毛孢,百令胶囊可被酶切且切割条带大小与冬虫夏草组一致。冬虫夏草样品全部扩增得到COⅠ基因(COⅠ)片段,而5种人工发酵菌丝体均未扩增出该片段。结论:结合聚合酶链式反应限制性内切酶片段长度多态性法以及COⅠ聚合酶链式反应扩增,可以鉴别冬虫夏草与人工发酵菌丝体。 展开更多

关键词 冬虫夏草 DNA鉴别 聚合酶链式反应(PCR) 内转录间隔区(its) 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因

原文传递

用ITS序列识别牧草种质资源 被引量：6

17

作者 姚娜 谭嘉力 +2 位作者 赖志强 韦锦益 徐海雄 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期141-144,共4页

DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,... DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,同源性的分析表明各物种中的ITS序列变异显著,共找到99个可以用来区分物种的变异位点,系统进化树的结果表明利用ITS序列进行物种水平鉴定成功率达100%,能够作为DNA条形码识别植物物种。 展开更多

关键词 DNA条形码 核糖体内转录间隔区(its) 物种鉴别

原文传递

基于ITS序列的化妆品中污染真菌检测与鉴定 被引量：5

18

作者 李萌 高路 +1 位作者 何聪芬 董银卯 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2013年第15期3057-3059,3064,共4页

目的对化妆品中污染的微生物进行分子生物学方法鉴定,明确污染化妆品的真菌种类。方法对化妆品中的污染真菌进行分离培养,通过扩增ITS序列并测序,同时观察菌落形态及在光学显微镜下菌株形态,对其进行鉴定。结果从微生物污染化妆品样品... 目的对化妆品中污染的微生物进行分子生物学方法鉴定,明确污染化妆品的真菌种类。方法对化妆品中的污染真菌进行分离培养,通过扩增ITS序列并测序,同时观察菌落形态及在光学显微镜下菌株形态,对其进行鉴定。结果从微生物污染化妆品样品中分离培养到五株污染真菌,观察其在马铃薯葡萄糖琼脂培养基上的生长形态和在光学显微镜下观察其菌落形态,并通过扩增ITS序列对其进行鉴定,结果化妆品所污染的真菌分别为极细链格孢霉、短帚霉、青霉和枝状枝孢霉。结论本研究通过利用分子生物学手段对这些菌株进行了鉴定,明确了化妆品中易污染真菌的种类,为弄清化妆品真菌污染源,做好真菌污染的控制和防范工作提供了依据,同时为致病真菌检测相关规范的建立奠定了基础。 展开更多

关键词 化妆品 真菌 内转录间隔区(its)序列 鉴定

原文传递

内转录间隔区（ITS）序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力的评估 被引量：4

19

作者 李颖 郭莉娜 徐英春 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期607-610,共4页

目的 评价内转录间隔区（ITS）序列分析技术对丝状真菌临床分离株的鉴定能力.方法 对267株丝状真菌临床分离株进行ITS序列测定,经与GenBank联合MycoBank数据库进行序列同源性比对获得其菌种信息. 结果 全部菌株均成功获得ITS序列.ITS可... 目的 评价内转录间隔区（ITS）序列分析技术对丝状真菌临床分离株的鉴定能力.方法 对267株丝状真菌临床分离株进行ITS序列测定,经与GenBank联合MycoBank数据库进行序列同源性比对获得其菌种信息. 结果 全部菌株均成功获得ITS序列.ITS可将53.9％ （144/267）受试丝状真菌鉴定至种水平,44.2％ （118/267） 鉴定至属水平,5株菌因其ITS序列在不同菌属间均有〉95％相似度而无法鉴定.结论 ITS序列分析技术对丝状真菌临床分离株鉴定能力尚可,但因其通用性良好可作为丝状真菌属水平鉴定的优先检测基因.对于进一步的种水平鉴定,则应结合具体情况选用其他功能性基因片段. 展开更多

关键词 内转录间隔区(its) 序列分析 丝状真菌 鉴定

原文传递

基于ITS序列信息的草菇系统分类研究 被引量：3

20

作者 刘静华 陈庆泽 +3 位作者 范凯青 马誉旗 郑纯 刘主 《韶关学院学报》 2020年第9期34-38,共5页

关于草菇的科属名分类问题,由于传统学真菌分类的众多局限性,一直以来存在争论.从生物信息学的角度,采用相关的生物信息学软件对草菇及其近缘种的亲缘关系进行ITS序列分析,并由此构建系统发育树进行系统发育研究.结果表明:分别从构建的N... 关于草菇的科属名分类问题,由于传统学真菌分类的众多局限性,一直以来存在争论.从生物信息学的角度,采用相关的生物信息学软件对草菇及其近缘种的亲缘关系进行ITS序列分析,并由此构建系统发育树进行系统发育研究.结果表明:分别从构建的NJ、ME、ML系统树进行分析,均将草菇归类于小苞脚菇属较为合理,隶属于担子菌门(Basidiomycotina)层菌纲(Hymenomycetes)伞菌目(Agaricales)光柄菇科(Pluteaceae). 展开更多

关键词 草菇 内转录间隔区(its) 序列分析 生物信息学 系统发育

下载PDF 职称材料