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活细胞中内源RNA的荧光成像方法研究进展
1
作者 王琪 肖峰 周翔 《中国科学：化学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期349-358,共10页
RNA的活细胞成像可以为我们提供细胞生命活动过程中的基因表达和调控等重要信息.RNA定位和动力学的研究需要开发以高空间和时间分辨率观察RNA的工具.近年来,利用RNA结合蛋白、体外RNA进化等方法在活细胞内源RNA可视化方面取得了重大进展... RNA的活细胞成像可以为我们提供细胞生命活动过程中的基因表达和调控等重要信息.RNA定位和动力学的研究需要开发以高空间和时间分辨率观察RNA的工具.近年来,利用RNA结合蛋白、体外RNA进化等方法在活细胞内源RNA可视化方面取得了重大进展.本文中,我们回顾了活细胞RNA成像的发展历史,重点介绍基于荧光RNA适配体和CRISPR/Cas等可基因编码的活细胞内源RNA成像手段的机制、进展和优缺点.最后讨论和展望了该领域的挑战和未来前景. 展开更多
关键词 rna成像 基因编码 活细胞成像 内源rna rna适配体 CRISPR/Cas
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植物中RNA分子系统运输的研究进展 被引量：1
2
作者 贺红霞 麻鹏达 +1 位作者 杨美英 王兴智 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第3期204-209,共6页
RNA分子主要以单链的形式存在于生物体内,既担负着贮存及转移遗传信息的作用,又能作为核酶直接在细胞内发挥代谢功能. 在植物中RNA也可作为活跃的信号分子调控基因表达和发育. 介绍了包括病毒RNA、RNA沉默信号、特异内源RNA等RNA分子,... RNA分子主要以单链的形式存在于生物体内,既担负着贮存及转移遗传信息的作用,又能作为核酶直接在细胞内发挥代谢功能. 在植物中RNA也可作为活跃的信号分子调控基因表达和发育. 介绍了包括病毒RNA、RNA沉默信号、特异内源RNA等RNA分子,在植物体内的系统运输及其在植物基因表达调控中所起作用的研究进展. 展开更多
关键词 rna系统运输 植物基因表达调控 病毒rna rna沉默信号 内源rna
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非编码RNA作为ceRNA在人癌症中的功能及机制 被引量：19
3
作者 麦尔哈巴·阿不都热依木 潘燕 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期895-902,共8页
非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA),即无编码蛋白质潜力的RNA,包括短非编码RNA,例如微RNA(microRNA, miRNA),长非编码RNA(long coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)等,已被证明可以在RNA水平上调节细胞中多种生理及病... 非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA),即无编码蛋白质潜力的RNA,包括短非编码RNA,例如微RNA(microRNA, miRNA),长非编码RNA(long coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)等,已被证明可以在RNA水平上调节细胞中多种生理及病理过程。miRNA是约18~22个核苷酸大小的内源性非编码RNA分子,可以通过MRE与靶基因的3′非翻译区(untranslated region,UTR)中的互补序列结合,抑制蛋白质编码基因的表达,并导致mRNA转录物的更新、转换或降解。2011年,Salmena等提出,非编码RNA与具有编码蛋白质能力的RNA(mRNA)之间存在一种被称为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)的相互作用机制假说,即含有miRNA反应元件(MRE)的ncRNA通过与miRNA结合,解除miRNA对靶基因的抑制作用。这一假说对基因表达调控的传统认知进行了补充,在RNA水平上将多种ncRNA的作用补充到经典的miRNA调控mRNA翻译的过程,将其延伸为ceRNA-miRNA-mRNA的网络调控模式。近年来研究发现,ceRNA机制广泛存在于胃癌、结肠癌和膀胱癌等各类癌症中,并且在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移、凋亡、细胞周期等生物过程中发挥作用。本文将介绍ceRNA及其网络的机制与分子基础,并且结合两类非编码RNA——lncRNA及circRNA作为ceRNA分别在人类不同癌症类型中的近期研究进展作一综述,讨论该机制在肿瘤中的角色及作用,以期拓宽对肿瘤发生发展机制的视野,为癌症治疗提供新思路。 展开更多
关键词 非编码rna 竞争性内源rna 微rna 长非编码rna 环状rna
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环状RNA与人类疾病 被引量：21
4
作者 付丽云 胡耀仁 郭俊明 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期771-778,共8页
环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类广泛存在于各种生物细胞中具有调控基因表达功能的非编码RNA,具有结构稳定和组织特异性表达等特征.有些circRNA分子富含微小RNA结合位点,可通过充当竞争性内源RNA的角色来发挥作用,如CDR1as对miR-... 环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类广泛存在于各种生物细胞中具有调控基因表达功能的非编码RNA,具有结构稳定和组织特异性表达等特征.有些circRNA分子富含微小RNA结合位点,可通过充当竞争性内源RNA的角色来发挥作用,如CDR1as对miR-7的海绵作用与肺癌、乳腺癌、胶质瘤及肌萎缩性脊髓侧索硬化等疾病发生相关.c ANRIL可通过影响多梳家族参与动脉粥样硬化的发生.大量circRNA的发现及其结构和功能的阐明不仅可以使我们更加深入地了解疾病的发生机制,而且为相关疾病的预防、诊断和治疗提供了新的方向. 展开更多
关键词 环状rna 竞争性内源rna 微小rna海绵 基因表达调控
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环状RNA的研究现状及展望 被引量：19
5
作者 夏世金 高文 +2 位作者 胡明冬 刘露梅 邰先桃 《中华肺部疾病杂志（电子版）》 CAS 2014年第6期55-58,共4页
环状RNA（circular RNA,circRNA）或称环形RNA,是新近确认的一类特殊的非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）分子,是继microRNA （miRNA）后RNA家族的一颗极具发展潜力的正在升起的新星,也是RNA领域最新的研究热点,方兴未艾.通过与疾病关... 环状RNA（circular RNA,circRNA）或称环形RNA,是新近确认的一类特殊的非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）分子,是继microRNA （miRNA）后RNA家族的一颗极具发展潜力的正在升起的新星,也是RNA领域最新的研究热点,方兴未艾.通过与疾病关联的miRNA相互作用,circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用,有巨大潜力成为新型的临床诊断标志物. 展开更多
关键词 环状rna mirna海绵 非编码rna 可变剪接 外显子 内含子 竞争性内源rna 微小rna
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补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织circRNA-miRNA-mRNA转录网络的影响 被引量：18
6
作者 陈博威 唐荣梅 +2 位作者 易健 龙红萍 刘柏炎 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期143-153,共11页
目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLCQ-TOF/MS)分析补阳还五汤... 目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLCQ-TOF/MS)分析补阳还五汤化学成分;SD大鼠随机分为对照组、模型组、补阳还五汤(5 g/kg)组及丁苯酞组(54 mg/kg)组,除对照组外,其余各组采用大脑中动脉栓塞法复制脑缺血模型,给予药物干预7 d后,采用神经行为学评分、苏木素-伊红(HE)染色法及免疫组化法评估补阳还五汤疗效,采用竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)芯片筛选差异表达的circRNAs及mRNAs,通过基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析差异基因参与的主要生物学过程,采用qRT-PCR法验证基因芯片结果,最后构建circRNA-miRNA-mRNA转录网络。结果补阳还五汤中共鉴定出黄芪甲苷Ⅳ、芒柄花素、阿魏酸及芍药内酯苷等21个成分。大鼠脑缺血后出现神经功能障碍及海马神经细胞损伤,补阳还五汤能部分逆转上述损伤并提高海马齿状回区增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)及巢蛋白(Nestin)蛋白表达。ceRNA芯片筛选出大鼠脑缺血后有27个差异表达的circRNAs和767个差异表达的mRNAs,补阳还五汤治疗后有70个差异表达的circRNAs和692个差异表达的mRNAs。构建了由7个circRNAs、9个miRNAs及15个mRNAs组成的三元转录网络。生物信息学分析显示这些靶点可能通过自噬、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)信号通路等发挥作用。结论补阳还五汤可能通过影响脑缺血大鼠海马组织的circRNA-miRNA-mRNA转录网络促进海马神经前体细胞增殖,诱导神经再生,涉及多条通路及多个� 展开更多
关键词 补阳还五汤 脑缺血 环状rna 微小rna 竞争性内源rna 基因芯片 神经再生 黄芪甲苷Ⅳ 芒柄花素 阿魏酸 芍药内酯苷
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竞争性内源RNA的生物学功能及其调控 被引量：11
7
作者 李静秋 杨杰 +2 位作者 周平 乐燕萍 龚朝辉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期756-764,共9页
最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者... 最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者包括假基因转录物、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(Circular RNA,circ RNA)等。文章主要从ceRNA分类的角度,阐述各类ceRNA构成的调控网络发挥的生物学功能在病理和生理相关过程中的作用,以及可能影响ceRNA调控有效性的因素。 展开更多
关键词 竞争性内源rna 微rna反应元件 假基因 长链非编码rna 环状rna
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circRNA与肿瘤发生的研究进展 被引量：12
8
作者 张振 潘晴 +1 位作者 刘旭 李芬 《现代检验医学杂志》 CAS 2018年第2期157-159,164,共4页
环状RNA(Circular RNA,circRNA)是近年来发现的一种新的内源性非编码RNA。circRNA不具有5’末端帽子和3’末端多聚A尾,呈现闭合环状结构,这种特殊结构使circRNA具有高度的保守性和稳定性。circRNA主要由外显子形成,大量存在于真核细胞中... 环状RNA(Circular RNA,circRNA)是近年来发现的一种新的内源性非编码RNA。circRNA不具有5’末端帽子和3’末端多聚A尾,呈现闭合环状结构,这种特殊结构使circRNA具有高度的保守性和稳定性。circRNA主要由外显子形成,大量存在于真核细胞中。circRNA比线性的mRNA含有更丰富的转录本,能够在转录或转录后水平调控多种生命活动。而且,circRNA还可作为竞争性内源RNA(ceRNA)的组成部分,抑制miRNA的活性,从而调控基因转录、翻译等功能。作为一种新型调控分子及研究热点,circRNA在肿瘤等多种疾病中异常表达,有望成为新的诊断及预测肿瘤发生发展的生物标志物。 展开更多
关键词 环状rna 竞争性内源rna 肿瘤
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竞争性内源RNA与心血管疾病发病机制的研究进展 被引量：9
9
作者 朱斌路 姜红堃 《中华实用儿科临床杂志》 CSCD 北大核心 2018年第13期1033-1036,共4页
微小RNA（miRNA）通过与靶mRNA的3′非编码区（UTR）互补结合，抑制靶mRNA翻译或降低靶mRNA的稳定性，负性调节靶基因的表达；各类转录本，包括mRNA、假基因（pseudogene）、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）可通过miRNA反... 微小RNA（miRNA）通过与靶mRNA的3′非编码区（UTR）互补结合，抑制靶mRNA翻译或降低靶mRNA的稳定性，负性调节靶基因的表达；各类转录本，包括mRNA、假基因（pseudogene）、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）可通过miRNA反应元件（MRE）竞争性结合相同的miRNA，从而调节靶基因的表达，这些RNA转录本称为竞争性内源RNA（ceRNA），这种全新的转录后调控模式称为ceRNA假说。ceRNA不但参与正常细胞的增殖、分化和衰老，在肿瘤、心血管疾病（CVD）等病理过程中亦发挥重要作用。现针对近年来ceRNA在CVD方面的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 竞争性内源rna 心血管疾病 环状rna 长链非编码rna 微小rna
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长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制 被引量：12
10
作者 余淦 欧正岳 +3 位作者 陶启业 万国悦 陆宗浩 郎斌 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1494-1500,共7页
目的探讨长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制。方法通过逆转录实时定量PCR(q RT-PCR)分别检测PTENP1,PTEN,miR-17在膀胱癌中的基础表达并关联分析。利用Western blot检测膀胱癌细胞系T24与5637中超表达PTENP1后PTEN的表... 目的探讨长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制。方法通过逆转录实时定量PCR(q RT-PCR)分别检测PTENP1,PTEN,miR-17在膀胱癌中的基础表达并关联分析。利用Western blot检测膀胱癌细胞系T24与5637中超表达PTENP1后PTEN的表达变化。通过荧光素酶报告试验验证miR-17对PTENP1及PTEN的靶向作用。最后通过在膀胱癌细胞系T24和5637中共表达miR-17和PTENP1,建立稳定共表达细胞系进行增殖和迁移实验,探索长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌发生发展中的分子机制。结果 miR-17在膀胱癌中普遍呈现高表达趋势,PTENP1在膀胱癌中呈现普遍低表达趋势(P<0.05)。与此同时miR-17和PTENP1的基础表达为负相关,PTENP1与PTEN的基础表达为正相关。WB实验发现于膀胱癌细胞系T24和5637中过表达PTENP1后可以在翻译水平增加PTEN的表达,荧光素酶报道实验验证了miR-17可同时靶向PTENP1及PTEN,在膀胱癌中miR-17具有促癌功能,同时在膀胱癌细胞中我们发现miR-17可以部分回复PTENP1的抑癌功能。结论长链非编码RNA PTENP1在膀胱癌中发挥抑癌功能的分子机制可能是PTENP1结合miR-17作为竞争性内源RNA竞争,从而降低miR-17对抑癌基因PTEN的表达抑制。 展开更多
关键词 膀胱癌 PTENP1 分子机制 PTEN miR-17 竞争性内源rna
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宫颈癌RNA分子的研究进展 被引量：8
11
作者 陈昌贤 谢雨萱 +2 位作者 莫凌昭 宋红林 李力 《国际妇产科学杂志》 CAS 2018年第6期634-637,共4页
信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等在内的RNA分子之间彼此联系、互相协调,共同构成动态的分子网络,即竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。近年来研究揭示,ceRNA调控网络在促进宫颈癌的发生、发展... 信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等在内的RNA分子之间彼此联系、互相协调,共同构成动态的分子网络,即竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。近年来研究揭示,ceRNA调控网络在促进宫颈癌的发生、发展和转归等过程中发挥着重要的调控作用。ceRNA调控网络中的任何一种RNA分子出现异常,均有可能通过多条信号通路导致宫颈癌细胞增殖、浸润、迁移或凋亡。现就近年来取得的研究进展,重点对mRNA、miRNA、lncRNA和circRNA等RNA分子与宫颈癌的关系进行综述,旨在深入阐明宫颈癌发病相关RNA分子机制,从而为宫颈癌的诊断和治疗提供新思路。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 rna 信使 微rnaS 长链非编码rna 环状rna 竞争性内源rna调控网络
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竞争性内源RNA调控网络在椎间盘退变发病机制中的作用 被引量：1
12
作者 张政 王敬轩 袁硕 《生命的化学》 CAS 2024年第1期89-94,共6页
椎间盘退变主要是由于椎间盘中髓核细胞的一系列病理变化引起的,这些变化与细胞增殖、凋亡、衰老、自噬、炎症和细胞外基质重塑密切相关。长链非编码RNA和环状RNA是基因表达的新型调节因子,二者可作为竞争性内源性RNA与微小RNA竞争性结... 椎间盘退变主要是由于椎间盘中髓核细胞的一系列病理变化引起的,这些变化与细胞增殖、凋亡、衰老、自噬、炎症和细胞外基质重塑密切相关。长链非编码RNA和环状RNA是基因表达的新型调节因子,二者可作为竞争性内源性RNA与微小RNA竞争性结合形成一个复杂的竞争性内源RNA调节网络,在椎间盘退变过程中起生物调控作用,其中涉及软骨细胞增殖和凋亡、细胞外基质降解和外周血单核细胞相关的炎症反应。本文综述了微小RNA、长链非编码RNA和环状RNA构成的竞争性内源性RNA网络在椎间盘退变的发生和发展中的潜在分子机制,以期为IDD的治疗提供新的见解与思路。 展开更多
关键词 椎间盘退变 竞争性内源rna 微小rna 长链非编码rna 环状rna
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环状RNA:竞争性内源RNA新成员 被引量：9
13
作者 夏天 蒋孝明 +3 位作者 陈晓敏 邵永富 肖丙秀 郭俊明 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1695-1700,共6页
环状RNA(circRNA)广泛存在于各种生物细胞中,具有结构稳定、丰度高和组织特异性表达等特征。最近的研究表明,一些circRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA)来发挥基因表达调控的作用。circRNA利用其microRNA(miRNA)应答元件结合miRNA,以阻断miRN... 环状RNA(circRNA)广泛存在于各种生物细胞中,具有结构稳定、丰度高和组织特异性表达等特征。最近的研究表明,一些circRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA)来发挥基因表达调控的作用。circRNA利用其microRNA(miRNA)应答元件结合miRNA,以阻断miRNA对其靶标表达的抑制作用,从而调控其他相关RNA的表达水平。circRNA在基因表达调控中重要作用的发现不仅丰富了人们对ceRNA调控网络的认识,而且提示circRNA在药物开发和疾病诊治中具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 环状rna 竞争性内源rna MICROrna 基因表达调控
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lncRNA作为竞争性内源RNA在非小细胞肺癌中的作用 被引量：9
14
作者 潘金昌 孟小丹 龚朝辉 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1126-1135,共10页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)参与肿瘤的多种生理、病理进程.研究表明,lncRNA可通过与微小RNA (microRNA, mi RNA)反应元件相互作用,并与其他RNA分子形成竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,参与... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)参与肿瘤的多种生理、病理进程.研究表明,lncRNA可通过与微小RNA (microRNA, mi RNA)反应元件相互作用,并与其他RNA分子形成竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,参与基因的表达调控.lncRNA以ceRNA方式参与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的发生发展过程,为揭示NSCLC的分子机理开拓了新的思路,也为NSCLC的治疗提供新的靶点.本文在课题组前期发现NSCLC相关ceRNA基础上,主要讨论lncRNA作为ceRNA在NSCLC中高表达、低表达及治疗相关方面的作用. 展开更多
关键词 长链非编码rna 竞争性内源rna 非小细胞肺癌 耐药
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lncRNA MEG3作为miR-21的ceRNA在恶性肿瘤中的作用 被引量：9
15
作者 李醒 黄俊星 《国际肿瘤学杂志》 CAS 2020年第1期35-38,共4页
长非编码RNA(lncRNA)-母系表达基因3(MEG3)和微小RNA-21(miR-21)是抑癌和致癌因子。竞争性内源RNA(ceRNA)假说为研究RNA之间的相互作用提供了新的策略。MEG3可作为miR-21的ceRNA在乳腺癌、宫颈癌、胃癌、肺癌、白血病等恶性肿瘤的发生... 长非编码RNA(lncRNA)-母系表达基因3(MEG3)和微小RNA-21(miR-21)是抑癌和致癌因子。竞争性内源RNA(ceRNA)假说为研究RNA之间的相互作用提供了新的策略。MEG3可作为miR-21的ceRNA在乳腺癌、宫颈癌、胃癌、肺癌、白血病等恶性肿瘤的发生、发展、增殖、转移以及药物耐药、预后中发挥重要作用。 展开更多
关键词 肿瘤 rna 长链非编码 竞争性内源rna 母系表达基因3
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基于网络药理学与生物信息学探讨《古今录验》续命汤对急性脑梗死的作用机制 被引量：10
16
作者 蔡昱哲 彭珣 +4 位作者 李钰佳 彭岚玉 刘艺璇 刘迅 邓奕辉 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2022年第4期13-20,共8页
目的采用网络药理学和生物信息学方法探讨《古今录验》续命汤治疗急性脑梗死的作用机制,为其临床应用提供依据。方法通过TCMSP、中医药整合药理学研究平台v2.0(TCMIP)、PubChem、ChemSpider、SwissTargetPrediction、GEO、miRDB、miRTar... 目的采用网络药理学和生物信息学方法探讨《古今录验》续命汤治疗急性脑梗死的作用机制,为其临床应用提供依据。方法通过TCMSP、中医药整合药理学研究平台v2.0(TCMIP)、PubChem、ChemSpider、SwissTargetPrediction、GEO、miRDB、miRTarBasead、TargetScan数据库获取和挖掘《古今录验》续命汤的活性成分、预测靶点及急性脑梗死的差异表达长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)、信使RNA(mRNA),利用R软件ggalluvial包绘制竞争性内源RNA(ceRNA)网络。将得到的差异miRNA采用TransmiR v2.0数据库预测转录因子,采用ggplot2包对转录因子与药物作用靶点取交集。使用Cytoscape3.8.0软件及其插件Cytohubba与STRING数据库构建活性成分-关键转录因子网络、蛋白相互作用网络,并进行核心基因筛选。运用R语言Biomanager、ClusterProfiler包进行关键转录因子GO功能及KEGG通路富集分析,最后予以分子对接评估。结果收集并筛选出《古今录验》续命汤活性成分57个,潜在作用靶点816个,急性脑梗死差异lncRNA 48个,构建了由16个关键lncRNAs、16个关键miRNAs和17个关键mRNAs组成的ceRNA转录网络。通过差异miRNA预测出294个转录因子,与《古今录验》续命汤活性成分作用靶点取交集后得到关键转录因子43个。富集分析结果显示,这些靶基因参与了急性脑梗死的自噬、氧化应激、炎症反应、凋亡等病理生理过程,主要通过IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路发挥作用。结论《古今录验》续命汤可能通过调控IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等,靶向调控急性脑梗死的自噬、氧化应激、炎症反应、凋亡等病理过程。 展开更多
关键词 《古今录验》续命汤 急性脑梗死 竞争性内源rna 转录因子 分子对接
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糖尿病肾脏病竞争性内源RNA网络构建及潜在中药预测研究 被引量：5
17
作者 安琪 杨宇峰 石岩 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期620-630,共11页
目的 基于生物信息学构建糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)网络,预测治疗DN潜在有效中药。方法 利用GEO数据库与R语言获取DN差异表达长链非编码RNA(differentially expressed lncRNA... 目的 基于生物信息学构建糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)网络,预测治疗DN潜在有效中药。方法 利用GEO数据库与R语言获取DN差异表达长链非编码RNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)及差异表达信使RNA(differentially expressed mRNA,DEmRNA),借助miRcode、Target Scan、miRTarBase、mi RDB数据库整合“DElncRNA-微小RNA(microRNA,miRNA)”与“miRNA-DEmRNA”调控关系,通过Cytoscape 3.7.2软件构建ce RNA调控网络,采用Metascape平台分析ce RNA调控网络主要涉及生物过程及信号通路,借助String数据库与Cytoscape 3.7.2软件获取关键基因,并将其映射到Coremine Medical数据库中,预测治疗DN潜在中药,通过TCMSP、PubChem、UniProt、SwissTargetPrediction数据库结合文献收集整理预测中药的核心成分与对应靶点,构建“中药-活性成分-靶基因”网络,采用AutoDockTools、PyMOL对主要活性成分与关键基因进行分子对接。结果 最终获得由9个lncRNA、33个miRNA、106个m RNA所构成的ce RNA网络,主要涉及血小板衍生生长因子受体信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogenactivatedproteinkinases,MAPK)级联、对雌二醇的反应等生物过程以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、p53、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)等信号通路。中药预测结果显示,雷公藤、藤黄、黄芪、三七等多味中药与DN密切相关,槲皮素、藤黄酸、异藤黄酸、山柰酚、gambogellic acid与关键基因具有良好的亲和力。结论 ce RNA调控网络的构建有助于对DN发病机制的进一步理解,预测中药可能成为治疗DN潜在药物来源。 展开更多
关键词 糖尿病肾脏病 竞争性内源rna网络 中药预测 长链非编码rna 雷公藤 藤黄 黄芪 三七 槲皮素 藤黄酸 异藤黄酸 山柰酚 gambogellic acid
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肝癌环状RNA-100338/微小RNA-141-3p轴与磷酸肌醇3激酶/蛋白激酶B/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路的关系 被引量：10
18
作者 黄修燕 黄自丽 +3 位作者 黄瑾 王洪成 白岳青 汤钊猷 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期639-642,共4页
目的探讨肝癌(HCC)环状RNA(circRNA)竞争性内源RNA(ceRNA)分子机制及其关联信号通路。方法共收集10对HCC及癌旁组织,应用circRNA芯片检测其中4对HCC及癌旁组织,对circRNA芯片数据进行聚类分析,结合生物信息分析的结果筛选出目标circRNA... 目的探讨肝癌(HCC)环状RNA(circRNA)竞争性内源RNA(ceRNA)分子机制及其关联信号通路。方法共收集10对HCC及癌旁组织,应用circRNA芯片检测其中4对HCC及癌旁组织,对circRNA芯片数据进行聚类分析,结合生物信息分析的结果筛选出目标circRNA并用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证;基于公开的同类型测序数据库,采用Cytoscape软件构建微小RNA(miRNA,miR)-Target-Network、miRNA-Gene-Act-Network,分析与目标circRNA关联密切的信号通路;通过免疫组织化学方法验证信号通路的关键蛋白。结果肝癌及癌旁组织RNA提取及质检合格,环状RNA芯片检测肝癌及癌旁组织circRNA,图像清晰可见、扫描数据可靠;通过聚类分析及RT-qPCR验证结果获得circRNA_100338为候选靶标,吸附miR-141-3p,HCC中circRNA_100338水平(0.012±0.007)高于癌旁circRNA_100338水平(0.005±0.003)(P<0.05),HCC中miR-141-3p水平(0.885±0.354)低于癌旁miR-141-3p水平(4.066±1.628)(P<0.01);基于我们的芯片数据,联合同类型测序数据库(GSE25599、GSE77276)分析结果显示,miR-141-3p与RHEB的mRNA表达水平的负相关性值为-0.602,circRNA_100338与RHEB显著正相关(Correlation test,P<0.05),推断circRNA_100338/miR-141-3p调控PI3K/AKT/mTOR信号通路;免疫组化结果显示该信号通路关键蛋白RHEB在circRNA_100338高表达(circRNA_100338/GAPDH > 0.05)的HCC组织中表达增强(评分≥ 3),与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论肝癌circRNA_100338/miR-141-3p轴参与调控PI3K/Akt/mTOR信号通路,RHEB蛋白表达强度与circRNA_100338水平明显相关。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 竞争性内源rna 信号通路
原文传递
环状RNA与肿瘤研究进展 被引量：7
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作者 帅优 马佩 束永前 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2017年第4期282-286,共5页
目的环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一种不同于线性RNA的新型RNA,其广泛存在于各种生物细胞中。本研究总结了环状RNA的生物起源、作用机制以及其在肿瘤发生发展中的作用。方法应用中国知网和PubMed中英文数据库,以"circRNAs和... 目的环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一种不同于线性RNA的新型RNA,其广泛存在于各种生物细胞中。本研究总结了环状RNA的生物起源、作用机制以及其在肿瘤发生发展中的作用。方法应用中国知网和PubMed中英文数据库,以"circRNAs和肿瘤"等为关键词,检索2014-2016年的相关文献。纳入标准:(1)circRNAs的生物学合成;(2)circRNAs的作用机制;(3)circRNAs在肿瘤发生发展中的作用。根据纳入标准,符合分析的文献35篇。结果 circRNA是一类新型非编码RNA,共价闭合环路所形成的环状结构是它的特征。这类具有组织特异性的转录本主要来自宿主基因的外显子或内含子序列。尽管已提出circRNAs多种生物起源模式,但是对circRNAs的了解还只是冰山一角。circRNAs的表达与多种疾病有关,并且可能作为该疾病新型诊断或预后预测的生物标志物。circRNAs可以调节与肿瘤相关的miRNAs的表达,这种circRNA-miRNA-mRNA轴可以调控与癌症相关通路,既可促进也可以拮抗肿瘤的发生发展。结论深入研究环状RNA在肿瘤的发生发展中所起的作用,有望在肿瘤的诊断和靶向治疗以及预后判断方面提供新的思路。 展开更多
关键词 环状rna 非编码rna 竞争性内源rna 微小rna 基因表达调控
原文传递
长链非编码RNA的竞争性内源RNA调控模式在动脉粥样硬化中的研究进展 被引量：6
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作者 韩爽 陈宇 张伟丽 《中国动脉硬化杂志》 CAS 2021年第3期185-192,共8页
动脉粥样硬化是一种缓慢进行性的血管炎症性病变。越来越多的研究表明长链非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)与微小RNA(miRNA)结合,通过ceRNA网络调控靶基因信使RNA(mRNA)分子的表达水平和功能,在动脉粥样硬化的病理生理过程... 动脉粥样硬化是一种缓慢进行性的血管炎症性病变。越来越多的研究表明长链非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)与微小RNA(miRNA)结合,通过ceRNA网络调控靶基因信使RNA(mRNA)分子的表达水平和功能,在动脉粥样硬化的病理生理过程中发挥重要作用。lncRNA、miRNA和mRNA之间的互作调控机制复杂。本文综述了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络在动脉粥样硬化发病机制中的调控关系,阐述该调控网络在内皮细胞功能障碍、血管平滑肌细胞表型转化、巨噬细胞激活以及脂质代谢异常等病变中的重要作用,为动脉粥样硬化临床诊疗提供新思路。 展开更多
关键词 长链非编码rna 竞争性内源rna 微小rna 信使rna 动脉粥样硬化
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