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肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析
1
作者
李冰滢
刘畅
+7 位作者
李枫
张庆梅
罗彬
葛盈盈
农蔚霞
陈芳
肖绍文
谢小薰
《中国临床新医学》
2021年第6期600-605,共6页
目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的...
目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05)。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。
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关键词
肾嫌色细胞癌
内源
竞争性
rna
调控
网络
信使
rna
长非编码
rna
微小
rna
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职称材料
大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建
被引量：
1
2
作者
张文英
高浩然
+2 位作者
潘锐
常浩雯
徐乐
《长江大学学报（自然科学版）》
2022年第6期94-102,共9页
为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差...
为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块。模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程,以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路。通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测,得到168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对,进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络,发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能。最后,利用qRT-PCR验证了2个关系对:HORVU0Hr1G039470-miR2611-MSTRG.21252以及HORVU6Hr1G031480-miR1858-MSTRG.23227。
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关键词
大麦(Hordeum
vulgare
L.)
种子萌发
内源
竞争性
rna
调控
网络
lnc
rna
M
rna
MI
rna
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职称材料
题名
肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析
1
作者
李冰滢
刘畅
李枫
张庆梅
罗彬
葛盈盈
农蔚霞
陈芳
肖绍文
谢小薰
机构
广西医科大学组织学与胚胎学教研室
广西医科大学基础医学中心实验室
广西医科大学第一附属医院神经外科
出处
《中国临床新医学》
2021年第6期600-605,共6页
基金
广西区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室课题(编号:GKEZZ2019-08,GKE-ZZ202006)。
文摘
目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05)。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。
关键词
肾嫌色细胞癌
内源
竞争性
rna
调控
网络
信使
rna
长非编码
rna
微小
rna
Keywords
Chromophobe renal cell carcinoma(CRCC)
Competing endogenous
rna
s(ce
rna
)regulatory network
Messenger
rna
(m
rna
)
Long non-coding
rna
(lnc
rna
)
Micro
rna
(mi
rna
)
分类号
R737.11 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建
被引量：
1
2
作者
张文英
高浩然
潘锐
常浩雯
徐乐
机构
长江大学作物抗逆技术研究中心
出处
《长江大学学报（自然科学版）》
2022年第6期94-102,共9页
基金
国家自然科学基金项目“HvDGAT1基因调控大麦生殖期低温耐受性的分子机制”(31901438)。
文摘
为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块。模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程,以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路。通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测,得到168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对,进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络,发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能。最后,利用qRT-PCR验证了2个关系对:HORVU0Hr1G039470-miR2611-MSTRG.21252以及HORVU6Hr1G031480-miR1858-MSTRG.23227。
关键词
大麦(Hordeum
vulgare
L.)
种子萌发
内源
竞争性
rna
调控
网络
lnc
rna
M
rna
MI
rna
Keywords
Hordeum vulgare L.
seed germination
endogenous competitive
rna
regulatory network
lnc
rna
m
rna
mi
rna
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
S512.3 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析
李冰滢
刘畅
李枫
张庆梅
罗彬
葛盈盈
农蔚霞
陈芳
肖绍文
谢小薰
《中国临床新医学》
2021
0
下载PDF
职称材料
2
大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建
张文英
高浩然
潘锐
常浩雯
徐乐
《长江大学学报（自然科学版）》
2022
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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