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棉花基因组数据库中CPS&KS基因的查找与分析
1
作者
赵亮
狄佳春
陈旭升
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2016年第1期27-33,共7页
为了探究赤霉素合成关键酶CPS&KS类基因在棉花中的分布情况,分析了已发表的拟南芥CPS&KS基因编码的蛋白质氨基酸序列,发现该类基因存在2个保守结构域,Terpene_synth和Terpene_synth_C,其在Pfam数据库中的种子文件分别为PF01397...
为了探究赤霉素合成关键酶CPS&KS类基因在棉花中的分布情况,分析了已发表的拟南芥CPS&KS基因编码的蛋白质氨基酸序列,发现该类基因存在2个保守结构域,Terpene_synth和Terpene_synth_C,其在Pfam数据库中的种子文件分别为PF01397和PF03936。利用软件HMMER中的Hmmsearch程序在雷蒙德氏棉蛋白质数据库中调取72条序列,通过与拟南芥中的CPS&KS基因序列进行比对,最终在雷蒙德氏棉基因组中筛选到5个CPS&KS候选基因,这5个基因与四倍体棉花TM-1基因组At和Dt亚组的10个基因具有同源关系。通过对赤霉素敏感的棉花超矮杆突变体赤霉素处理前后转录组数据库分析比对,最终确定2个KS候选基因在转录组中表现为上调作用。
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关键词
棉花
赤霉素
合
成
酶
柯巴基焦磷酸
合
酶
(CPS)
内根-
贝壳
杉
烯
合
酶
(
ks
)
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题名
棉花基因组数据库中CPS&KS基因的查找与分析
1
作者
赵亮
狄佳春
陈旭升
机构
江苏省农业科学院经济作物研究所/农业部长江下游棉花与油菜重点实验室
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2016年第1期27-33,共7页
基金
国家青年科学基金项目(31401429)
江苏省青年基金项目(BK20140747)
文摘
为了探究赤霉素合成关键酶CPS&KS类基因在棉花中的分布情况,分析了已发表的拟南芥CPS&KS基因编码的蛋白质氨基酸序列,发现该类基因存在2个保守结构域,Terpene_synth和Terpene_synth_C,其在Pfam数据库中的种子文件分别为PF01397和PF03936。利用软件HMMER中的Hmmsearch程序在雷蒙德氏棉蛋白质数据库中调取72条序列,通过与拟南芥中的CPS&KS基因序列进行比对,最终在雷蒙德氏棉基因组中筛选到5个CPS&KS候选基因,这5个基因与四倍体棉花TM-1基因组At和Dt亚组的10个基因具有同源关系。通过对赤霉素敏感的棉花超矮杆突变体赤霉素处理前后转录组数据库分析比对,最终确定2个KS候选基因在转录组中表现为上调作用。
关键词
棉花
赤霉素
合
成
酶
柯巴基焦磷酸
合
酶
(CPS)
内根-
贝壳
杉
烯
合
酶
(
ks
)
Keywords
cotton
GA biosynthetase
ent-copalyl diphosphate aynthase （CPS）
ent-kaurene synthase （
ks
）
分类号
S562.035.3 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
棉花基因组数据库中CPS&KS基因的查找与分析
赵亮
狄佳春
陈旭升
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2016
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