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题名蛋白质共进化分析研究进展
被引量：3
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作者
吕品一
郑珩
劳兴珍
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机构
中国药科大学生物信息学教研室
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出处
《生物信息学》
2010年第1期34-37,共4页
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文摘
一些对蛋白质活性很重要的残基在进化过程中是高度保守的,另有一些残基通过共进化来维持蛋白质结构和功能上的稳定。由于共进化残基分析可在未知蛋白质结构时,仅依据序列推断残基间的相互作用,因此在蛋白质结构和功能预测上具有重要的研究意义。当前分析共进化残基的方法主要有基于相关系数的方法、基于微扰理论的方法、参数检验法等。然而,由于存在蛋白质系统进化的背景干扰,目前共进化残基分析的精度仍有待进一步提高。本文概述了蛋白质共进化分析的方法及其研究进展,并对其发展趋势进行了预测。
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关键词
共进化残基
共进化分析
生物信息学
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Keywords
Co-evolving Residues Coevolution Analysis Bioinformatics
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分类号
O242
[理学—计算数学]
Q51
[理学—数学]
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题名应用信息论方法分析蛋白质中共进化残基
被引量：2
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作者
林栋
叶波平
郑珩
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机构
中国药科大学生命科学与技术学院
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出处
《药物生物技术》
CAS
CSCD
2007年第4期281-286,共6页
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文摘
在蛋白质分子进化过程中,一些功能上十分重要的残基一旦变异,将引起蛋白质功能丧失,因而在源于不同物种的同源蛋白质中表现为高度的保守性。然而突变研究表明,蛋白质中一些非保守残基也可能是重要的功能残基,它们的变异可能为蛋白质序列中另一或另一些残基变异所补偿,从而维持了蛋白质结构和功能的稳定性。该文基于信息论中的互信息算法,对脯氨酰寡肽酶家族中的脯氨酰寡肽酶(Prolyl Oligopeptide)及其的酶活性区的多序列比对结果进行了共进化分析,分别使用MI、MI/H、R及R/H四种度量方式,并考察了不同截取值对于结果的影响。结果表明互信息的算法对于分析蛋白质的酶活性区域比分析整条蛋白质序列更为有效;在相同截取的情况下,R值可以更好地选择共进化残基,在不同的截取情况下,提高截取值可以提高MI及MI/H参数分析的精确度。
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关键词
互信息
香农熵
脯氨酰寡肽酶
进化分析
共进化残基
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Keywords
Mutual information, Shannon entropy, Prolyl oligopeptidase, Evolutionary analysis,Co-evolving residues
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分类号
O23
[理学—运筹学与控制论]
Q517
[理学—数学]
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