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高海拔生境下怀玉山高山马铃薯和本土农家薯的全基因组重测序分析 被引量：11
1
作者 尹明华 王钦 +7 位作者 张红蕾 蔡晓华 徐呈琦 陈芳丽 刘舒雅 张启薇 蔡红 陈荣华 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期1198-1207,共10页
为了探究怀玉山高山马铃薯只限于高海拔生境下的适应机制,本研究以高海拔生境下怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯采后块茎萌发的芽为材料,进行了全基因组重测序分析。结果表明:HAP的总SNP数量为2 835 211,SNP的密度为3.925 212,编码... 为了探究怀玉山高山马铃薯只限于高海拔生境下的适应机制,本研究以高海拔生境下怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯采后块茎萌发的芽为材料,进行了全基因组重测序分析。结果表明:HAP的总SNP数量为2 835 211,SNP的密度为3.925 212,编码区nsSNP总数为104 456;LAP的总SNP数量为3 968 618,SNP的密度为5.427 855,编码区nsSNP总数为141 060。经CV分析后,LAP和HAP共有319个nsSNP关联了315个基因,其中76个基因具有超过1个的nsSNP。nsSNP的防御反应、蛋白氨基酸磷酸化、蛋白激酶等GOterms显著富集。HAP的总Indel数量为159 797,编码区的Indel数量为1 850;LAP的总Indel数量为154 291,编码区的Indel数量为1 714;两组的总Indel数量远远小于两组的总SNP数。经差异分析后,共有1 629个Indel关联到了726个基因。Indel的防御反应、胁迫应答、细胞凋亡等GOterms显著富集。nsSNP和Indel的GOterms大多与高海拔生境和光合作用相关。nsSNP和Indel分布在端粒附近相对于中心粒具有更高密度的变异。LAP和HAP共获得了1 490个CNV,其中缺失(Deletion)为610个,中性(Neutral)为548个,扩增(Amplification)为332个。本研究结果可为高海拔生境下怀玉山高山马铃薯的SNP和Indel相关标记的开发、优异基因的挖掘提供重要理论依据。 展开更多
关键词 高海拔生境 怀玉山高山马铃薯 怀玉山本土农家薯 块茎萌发芽 全基因组重测序分析
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上饶早梨‘六月雪’和‘黄皮消’全基因组重测序分析 被引量：3
2
作者 洪森荣 曾清华 +4 位作者 谭鑫 陈永华 郑亚娇 徐迎昕 邱梦琴 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期227-235,共9页
以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种‘六月雪’‘Liuyuexue’和‘黄皮消’‘Huangpixiao’试管苗为材料,进行全基因组重测序分析。结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点(SNP)数量分别为6 171 357和6 140 603个,编码区内无义突变位点(ns... 以上饶早梨Pyrus pyrifolia 2个品种‘六月雪’‘Liuyuexue’和‘黄皮消’‘Huangpixiao’试管苗为材料,进行全基因组重测序分析。结果表明:2个样本的总单核苷酸多态位点(SNP)数量分别为6 171 357和6 140 603个,编码区内无义突变位点(nsSNP)分别为335 659和332 280个。对nsSNP的常见变异(common variant, CV)分析发现,共有2 282个nsSNP关联了2 067个基因。2个样本的总插入缺失位点(INDEL)分别为800 388和799 603个,其中15 509和15 274个位于编码区,共5 115个差异INDEL关联到了3 682个基因,烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus)耐药蛋白N,抗病蛋白等关键基因发生变异。差异nsSNP和差异INDEL富集得到的基因本体术语(GO terms)一致。本实验结果可为上饶早梨2个品种‘六月雪’和‘黄皮消’ SNP和INDEL相关标记的开发、优异基因的挖掘提供参考。 展开更多
关键词 园艺学 上饶早梨 '六月雪’ '黄皮消’ 全基因组重测序分析
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基于全基因组测序的外科重症监护室患者定植与感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌分析
3
作者 陈翔 高晓东 +5 位作者 周春妹 黄声雷 潘文彦 刘霄 梅静骅 史庆丰 《华西医学》 CAS 2024年第3期412-417,共6页
目的基于全基因组测序分析外科重症监护室患者定植与感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的耐药基因、毒力基因及同源性。方法对2021年3月复旦大学附属中山医院大外科重症监护室和肝外科... 目的基于全基因组测序分析外科重症监护室患者定植与感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的耐药基因、毒力基因及同源性。方法对2021年3月复旦大学附属中山医院大外科重症监护室和肝外科重症监护室分离的CRKP感染菌株和2021年1月—3月上述科室分离的CRKP定植菌株进行全基因组测序分析。对菌株携带的耐药基因、毒力基因及同源性进行分析。结果共纳入16株CRKP菌株,其中10株为定植株,6株为感染株。除β-内酰胺酶类耐药基因CTX外(16.7%vs.100.0%,P<0.05),CRKP感染株与定植株的其他耐药基因检出率差异均无统计学意义(P>0.05)。部分菌株的耐药基因聚类分析较为接近。全基因组测序分析显示,CRKP菌株均携带多种毒力基因,ent B、irp2、iro N、rmp A基因的检出率分别为100.0%、87.5%、37.5%和62.5%。CRKP感染株与定植株的毒力基因检出率差异均无统计学意义(P>0.05)。同源性分析显示部分菌株同源关系较接近,存在交叉传播的可能。结论外科重症监护室患者CRKP感染株与定植株的部分菌株有交叉传播的风险,今后应加强医院感染防控以降低感染的发生。 展开更多
关键词 主动筛查 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌 全基因组测序分析 同源性分析
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阿尔巴斯绒山羊产绒量性状相关基因挖掘的研究 被引量：5
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作者 吴海青 马跃军 +2 位作者 勿都巴拉 高娃 李玉荣 《畜牧与饲料科学》 2020年第1期34-41,共8页
绒山羊产绒量主要由遗传决定,产绒量低是制约绒山羊产业化发展的瓶颈。在同一群体中选择高产绒量(>1000 g)和低产绒量(<480 g)的山羊母羊各3只,其年龄均为3周岁,体重约34 kg;每只实验羊全基因组测序深度为30×,每个样本大约测... 绒山羊产绒量主要由遗传决定,产绒量低是制约绒山羊产业化发展的瓶颈。在同一群体中选择高产绒量(>1000 g)和低产绒量(<480 g)的山羊母羊各3只,其年龄均为3周岁,体重约34 kg;每只实验羊全基因组测序深度为30×,每个样本大约测得8×106 SNP。对比高产组和低产组,利用选择性消除区域基因分析方法筛选出18个基因组区域可能与产绒量相关,从这些区域中筛选出选择信号较强的4个羊绒产量性状相关候选基因,分别是CUL1、FBXL3、YY1、EZH2,这些基因参与昼夜节律信号通路、Wnt/β-catenin信号通路和TGF-β信号通路,而这3个信号通路正是参与绒山羊次级毛囊发育的重要信号通路。研究结果表明,以上4个基因和相应的SNP可以作为高产绒量绒山羊的基因组辅助育种标记,有助于缩短高产绒量绒山羊品种选育进程。 展开更多
关键词 产绒量 全基因组测序分析 昼夜节律信号通路 阿尔巴斯绒山羊
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一株巨菌草内生生防菌的分离、鉴定及其基因组测序分析 被引量：5
5
作者 宋昭昭 贾雨雷 +3 位作者 黄在兴 林标声 梅兰 林占熺 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第3期632-639,共8页
以巨菌草(Pennisetum giganteum sp.)内生细菌为试验材料,利用平板对峙法筛出对玉蜀黍平脐孺孢(Bipolaris maydis)具有较强拮抗作用的巨菌草内生菌,并采用Illumina Miseq PE150对该菌株进行基因组测序、基因组分析、基因预测与功能注释... 以巨菌草(Pennisetum giganteum sp.)内生细菌为试验材料,利用平板对峙法筛出对玉蜀黍平脐孺孢(Bipolaris maydis)具有较强拮抗作用的巨菌草内生菌,并采用Illumina Miseq PE150对该菌株进行基因组测序、基因组分析、基因预测与功能注释、直系同源簇[COG]聚类分析等。结果表明,抗菌作用最强的内生菌JK7-2为链霉菌(Streptomyces sp.),通过基因组测序分析,获得290 Conrigs,整个基因组大小约8.4 Mb,GC含量为73.17%,序列已提交至NCBI数据库SRA BioProject获得登录号:PRJNA451251。同时,预测其编码7 432个基因,并发现多个与链霉素、青霉素和四环素产生等代谢通路相关的基因。研究结果为深入研究巨菌草内生生防菌的抗菌机制以及挖掘生防菌次级代谢产物相关基因提供了理论依据。 展开更多
关键词 巨菌草 内生链霉菌 玉蜀黍平脐蠕孢 拮抗 基因组测序分析
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基于基因分析的产胞外多糖乳酸菌的筛选及其体外抗氧化研究 被引量：3
6
作者 吕青遥 雷霜江 +3 位作者 包善思 陈文文 陈怡均 焦士蓉 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2022年第3期8-13,共6页
以本实验室保藏的具有降解30%以上胆固醇的15株乳酸菌为筛选源,获得高产EPS的菌株并进行基因序列比对,同时研究其EPS体外抗氧化能力,为该菌的生产应用提供基础实验数据。采用苯酚-硫酸法与DNS法测定乳酸菌所产EPS含量。对高产EPS菌株进... 以本实验室保藏的具有降解30%以上胆固醇的15株乳酸菌为筛选源,获得高产EPS的菌株并进行基因序列比对,同时研究其EPS体外抗氧化能力,为该菌的生产应用提供基础实验数据。采用苯酚-硫酸法与DNS法测定乳酸菌所产EPS含量。对高产EPS菌株进行16S rRNA测序鉴定及全基因组测序分析。通过研究乳酸菌胞外多糖对DPPH自由基和ABTS自由基清除作用、FRAP、ORAC的测定,确定其体外抗氧化活性。经16S rRNA测序表明,得到C28为乳酸片球菌,R4、R40两株菌为屎肠球菌,C60、R5、R8、R10、R24、R27、R28、R39、R43、R47、J3均为鼠李糖乳杆菌,R38为植物乳杆菌。R5、R40产EPS能力最强产量达678.01±17.44 mg/L、710.73±23.25 mg/L(R5、R40两株菌产量没有显著差异)。不同菌株EPS在DPPH体系中抗氧化能力差异显著(P<0.05),其中R4、R5最强分别为19.89±0.54、18.58±0.65Trolox当量;R47在ABTS体系中最强达190.77±9.53 mg/g Trolox当量,R5为163.78±7.64 mg/g Trolox当量;R39在ORAC体系中最强达101.40±4.20 mg/g Trolox当量,R5为68.38±7.19 mg/g Trolox当量;R5铁还原体系中能力最强,达到7.65±0.64 mg/g Trolox当量。将鼠李糖乳杆菌R5基因序列与NCBI上与产EPS有关的相关基因序列进行比对,发现鼠李糖乳杆菌R5基因中有19个与EPS产生相关的基因,R5所产EPS是荚膜类多糖。综合产EPS能力和所产EPS的抗氧化能力结果,R5具有高产EPS和抗氧化活性,并确定其产多糖基因序列,为进一步高通量筛选高产EPS菌株和构建基因工程菌提供前期的实验基础。 展开更多
关键词 乳酸菌 EPS 抗氧化 全基因组测序分析
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产细菌素乳酸菌LS-1的全基因组测序分析
7
作者 涂会鑫 董文龙 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第11期42-46,共5页
前期研究从内蒙古手工奶酪中筛选出1株可拮抗金黄色葡萄球菌的乳酸菌Lacticaseibacillus saniviri(LS-1)。为探究LS-1的全基因组信息,挖掘其潜在细菌素编码基因簇,本试验对LS-1进行全基因组测序,对编码基因进行预测,并采用非冗余蛋白质(... 前期研究从内蒙古手工奶酪中筛选出1株可拮抗金黄色葡萄球菌的乳酸菌Lacticaseibacillus saniviri(LS-1)。为探究LS-1的全基因组信息,挖掘其潜在细菌素编码基因簇,本试验对LS-1进行全基因组测序,对编码基因进行预测,并采用非冗余蛋白质(Nr)和基因本体(GO)数据库进行功能注释;利用BAGEL4数据库预测分析细菌素合成基因簇。结果显示,LS-1的基因组大小为2356714 bp,GC含量为47.87%。共预测到2316个编码基因,其编码基因总长度为2058534 bp,平均长度为888 bp。LS-1所分泌细菌素属于Ⅲ类细菌素中的Enterolysin A(EnlA),推测EnlA可能通过裂解细胞壁来实现抑菌作用。本试验通过全基因组测序对LS-1基因组进行全面分析,从基因水平阐明其细菌素编码基因簇,进一步明确了菌株LS-1所产细菌素具有作为新型替抗产品的潜力。 展开更多
关键词 细菌素 乳酸菌 Lacticaseibacillus saniviri 全基因组测序分析 基因簇
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福建地区鸡滑液囊支原体的分离、药物敏感性及耐药株全基因组序列分析 被引量：3
8
作者 李俊 牛志强 +10 位作者 侯博 华利忠 韦艳娜 刘蓓蓓 王丽 谢星 张珍珍 熊祺琰 邵国青 李新国 冯志新 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第12期117-124,共8页
2018年自福建省疑似鸡滑液囊支原体感染病鸡中分离得到9株鸡滑液囊支原体,采用微量肉汤稀释法测定了其对9种抗菌药物的敏感性,对筛选出的多重耐药株(MS HB)进行了全基因组序列分析。结果显示,福建地区鸡滑液囊支原体临床株对泰万菌素和... 2018年自福建省疑似鸡滑液囊支原体感染病鸡中分离得到9株鸡滑液囊支原体,采用微量肉汤稀释法测定了其对9种抗菌药物的敏感性,对筛选出的多重耐药株(MS HB)进行了全基因组序列分析。结果显示,福建地区鸡滑液囊支原体临床株对泰万菌素和泰妙菌素较为敏感,对泰乐菌素、多西环素、土霉素和替米考星敏感性次之,而对氟苯尼考和恩诺沙星最不敏感。多重耐药株(MS HB)基因组大小为766081 bp;GC含量为28.02%;共注释到1464个基因,其中,包括多个毒力基因和1个耐药基因(ermQ),与敏感标准株WVU1853全基因组序列比对得出大环内酯类和氟喹诺酮类药物耐药基因的多个突变位点。研究结果丰富了对鸡滑液囊支原体流行病学的认识,并可为该地区临床治疗鸡滑液囊支原体感染的合理用药选择提供理论依据和实践指导。 展开更多
关键词 鸡滑液囊支原体 药物敏感性 全基因组测序分析
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大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因分布特征及其影响因素 被引量：1
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作者 黄薇 刘洋 +4 位作者 饶秋华 罗钦 王为刚 宋永康 罗土炎 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期197-208,共12页
为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用... 为揭示大黄鱼养殖海域沉积物中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的赋存特征及其影响因素,本研究通过野外调查采集了6个站点的大黄鱼养殖海域沉积物样品,利用宏基因组测序分析技术解析沉积物中ARGs的分布特征,同时运用化学分析技术和高通量测序技术对沉积物中的环境因子以及微生物群落结构进行分析,以进一步对ARGs与环境因子以及微生物群落结构的相关性进行研究。结果显示:大黄鱼养殖海域沉积物中共检出781个ARGs亚型,分属于38种抗生素抗性类型;不同站点的优势ARGs抗生素抗性类型基本一致,主要为四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类,引起细菌耐药性的主要机制为外排泵。进一步相关性分析结果显示,除PNGM-1与电导率和TN呈显著正相关(P<0.05)外,其余丰度前20的ARGs均与环境因子相关性不显著(P>0.05);而丰度前20的ARGs均与丰度前20的菌属呈显著或极显著相关关系(P<0.05或P<0.01)。研究表明,大黄鱼养殖海域沉积物中含有丰富的ARGs,微生物群落是影响沉积物中ARGs分布的重要因素。 展开更多
关键词 抗生素抗性基因 宏基因组测序分析技术 大黄鱼养殖海域 沉积物 微生物群落
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