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志贺氏菌属各亚群菌株基因组“共有骨架”组成的分析 被引量:6
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作者 刘红 彭俊平 +3 位作者 杨剑 孙立连 陈淑霞 金奇 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第23期2451-2456,共6页
不同原核生物在基因组组成上的差异是其生物学性状差异的基础,然而,进化中亲缘关系较近的菌群,其基因组除了含有群或株特异的基因外,还含有反映它们起源和进化痕迹的“共有骨架”结构,而这些“共有骨架”恰恰是它们基本生存能力和共有... 不同原核生物在基因组组成上的差异是其生物学性状差异的基础,然而,进化中亲缘关系较近的菌群,其基因组除了含有群或株特异的基因外,还含有反映它们起源和进化痕迹的“共有骨架”结构,而这些“共有骨架”恰恰是它们基本生存能力和共有生物学性状的基础.志贺氏菌在起源和进化上与大肠杆菌极为密切,目前倾向于将二者划为同一个种.利用大肠杆菌K~12全基因组及Sf301特异性ORFs的芯片研究了志贺氏菌4个群间的基因组组成.结果显示,分别有16%~22%K-12的ORFs序列没有在志贺氏菌的基因组中被检测出,而志贺氏菌的基因组中包含至少2800个保守的ORFs,组成了其共有的“共有骨架”.进一步分析提示,这些“共有骨架”是维持肠道细菌正常生命生理活动所必需的基本组成此外,只有20%的Sf301特异性ORFs同时存在于其他3个菌株中,揭示了各菌株间基因组的异质性和菌属内的遗传多样性. 展开更多
关键词 志贺氏菌属 大肠杆菌K-12 基因组微阵列 骨架序列
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SD大鼠长期高糖高脂复合饮酒诱发慢性高血压的外周血基因表达谱研究 被引量:2
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作者 季建伟 吕圭源 +4 位作者 高建莉 李波 苏洁 吴玉兰 陈素红 《浙江中医药大学学报》 CAS 2015年第6期423-429,共7页
[目的]采用全基因组微阵列技术(4x44K,Agilent Technologies)研究高糖高脂复合饮酒因素对SD大鼠外周血中m RNA基因表达谱的影响,探讨该复合因素诱导大鼠高血压的潜在机制。[方法]采用高糖高脂复合饮酒喂养SD大鼠8个月诱导大鼠慢性高血压... [目的]采用全基因组微阵列技术(4x44K,Agilent Technologies)研究高糖高脂复合饮酒因素对SD大鼠外周血中m RNA基因表达谱的影响,探讨该复合因素诱导大鼠高血压的潜在机制。[方法]采用高糖高脂复合饮酒喂养SD大鼠8个月诱导大鼠慢性高血压,正常对照组喂养普通饲料和饮水。测定造模前后大鼠的血压和血脂水平,随后每组随机抽取大鼠外周血样,进行基因表达谱分析。[结果]与正常组比较,高糖高脂复合饮酒能显著升高收缩压和舒张压,增加血浆中的TC水平。基因芯片结果显示,差异表达基因共有2209个,其中上调基因560个,下调1649个。对差异基因进行GO分析,结果表明高糖高脂复合饮酒模型组上调细胞结合、免疫调节等相关基因,下调细胞外基质、突触等相关基因。对差异基因进一步进行pathway分析,发现高糖高脂复合饮酒模型组上调黏附因子和抗原加工递呈等43条通路,下调花生四烯酸代谢和脂类代谢等13条通路。[结论]高糖高脂复合饮酒诱导SD大鼠血压升高可能与激活大鼠免疫应答、血管炎症、黏附因子以及抑制脂类代谢等功能有关。 展开更多
关键词 高血压 高糖高脂 长期饮酒 基因表达谱 基因组微阵列技术
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1例妊娠中期三倍体胎儿的产前诊断
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作者 周秉博 冯暄 +3 位作者 张钏 陈雪 郝胜菊 栾桦 《中国优生与遗传杂志》 2022年第1期114-117,共4页
目的利用不同检测方法对1例孕中期三倍体胎儿进行产前诊断,探讨三倍体的形成原因及各检测方法的优缺点。方法采集胎儿羊水,利用羊水细胞培养技术进行染色体核型分析,同时利用拷贝数变异检测(copy number variation sequencing,CNV-seq)... 目的利用不同检测方法对1例孕中期三倍体胎儿进行产前诊断,探讨三倍体的形成原因及各检测方法的优缺点。方法采集胎儿羊水,利用羊水细胞培养技术进行染色体核型分析,同时利用拷贝数变异检测(copy number variation sequencing,CNV-seq)和染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)技术分别进行全基因组拷贝数变异检测和染色体倍数检测。结果胎儿羊水细胞染色体核型分析结果为68,XX。CNV-seq检测结果显示46,XN(70%)和46,X,+10(30%)嵌合。CMA检测结果显示为arr[hg19](1-22)×3,(XX)×1(60%)和arr[hg19](1-22)×3,(X)×1,+10(40%)的嵌合。结论CMA检测不仅能够进行全基因组拷贝数变异检测,而且也可进行染色体数目异常和单亲二倍体的检测,相比CNV-seq更适用于产前遗传病检测。 展开更多
关键词 低深度基因组测序 基因组SNP微阵列芯片 三倍体综合征 嵌合体
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三例Y染色体重排致性发育异常患儿的遗传学分析 被引量:1
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作者 王红英 陈临琪 +4 位作者 陈元元 沈亦平 李莉 邵雪君 李海波 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2020年第11期1226-1232,共7页
目的探讨3例罕见Y染色体重排导致的性发育异常患儿的临床和遗传学致病机制,为临床诊疗和遗传咨询提供依据。方法对3例身材矮小、性发育异常患儿联合应用外周血G显带核型分析、多重PCR检测Y染色体SRY基因及无精症因子(azoospermia factor... 目的探讨3例罕见Y染色体重排导致的性发育异常患儿的临床和遗传学致病机制,为临床诊疗和遗传咨询提供依据。方法对3例身材矮小、性发育异常患儿联合应用外周血G显带核型分析、多重PCR检测Y染色体SRY基因及无精症因子(azoospermia factor,AZF)a、b、c区域缺失情况、SRY基因全基因测序、全基因组染色体微阵列分析(chromosomal mlcroarray analysis,CMA)、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)等遗传学技术进行检测分析。结果综合分析发现3例患儿的染色体异常,其核型分别为:46,X,t(X;Y)(p22.3;q11.2)、mos 45,X,der(7)pus dic(Y;7)(p11.3p22)del(7)(p21.2p21.3)del(7)(p12.3p14.3)[56]/45,X[44]和mos45,X[50]/46,X,idic(Y)(q11.22)[42]/47,X,idem×2[4]/47,XYY[2]。结论联合运用多种分子遗传学检测技术明确了3例DSD患者的遗传学病因,我们的研究结果为临床诊断和遗传咨询提供了重要依据。 展开更多
关键词 性发育异常 基因组染色体微阵列分析 Y染色体缺失
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