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题名新疆野兔DNA条形码筛选
被引量：3
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作者
张玉琮
曾婉琴
许盼
古丽米热·阿勒木江
单文娟
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机构
新疆大学生命科学与技术学院
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出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期270-278,共9页
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基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2018D01C060)。
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文摘
旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象,以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因,经PCR扩增和测序后,综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明,ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA,CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平,遗传频率分布图有着更宽的gap,系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看,ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4,候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。
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关键词
兔属动物
DNA条形码
CO1
ND4
16S
RRNA
ITS2
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Keywords
Lepus
DNA barcode
CO1
ND4
16S rRNA
ITS2
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分类号
S829.12
[农业科学—畜牧学]
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题名基于线粒体基因的新疆三种野兔分类及遗传多样性
被引量：2
- 2
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作者
单文娟
代慧英
张玉琮
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机构
新疆大学生命科学与技术学院
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出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期2403-2412,共10页
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基金
国家自然科学基金(31860599,31301006)。
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文摘
旨在利用分子遗传学方法探讨新疆3种野兔的系统发育关系和遗传多样性,以期明确其亲缘关系和分类地位,并评估其遗传多样性水平,为后续新疆野兔乃至中国野兔的保护遗传学等研究提供基础数据。本研究选用线粒体DNA的COI、ND4、16S rRNA 3个基因为分子标记,通过PCR扩增及测序技术分别测定采自新疆8个地区、4个地理组群共计57例野兔组织样本的3个基因序列,将序列校正拼接后用MEGA 7、DNAsp 6、Arlequin 3.1、MrBayes 3.2等软件进行数据分析。结果表明,将57例野兔样本的3个基因序列合并后共检测到43种单倍型,系统发育和中介网络图将相同及相邻地区的野兔划分为5个支系(Clade A-E)3大枝,且3大枝之间的遗传距离(4.21%~9.09%)均达到种间距离水平;其中,第3大枝中来自中部地区的野兔(Clade D)和新疆北部野兔(Clade E)的亲缘关系较近,二者之间的遗传距离≤2.26%,未达到种间遗传距离水平。新疆3种野兔中塔里木兔、藏兔帕米尔亚种和托氏兔西域亚种的单倍型多样性(h)较高,分别为0.979±0.014、0.972±0.064和0.972±0.064,而托氏兔西域亚种和中亚亚种的核苷酸多样性(π)较高,分别为0.033±0.018和0.023±0.015。基于线粒体3个基因的综合分析结果,结合已报道文献,本研究认为来自新疆西南部帕米尔高原的野兔应属于藏兔帕米尔亚种,支持将来自新疆北部阿勒泰及中部达坂城和托克逊地区的野兔分别划分为托氏兔西域亚种和托氏兔中亚亚种。新疆3种野兔具有丰富的遗传多样性和较明显的系统地理分布格局。
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关键词
新疆兔属动物
分类
遗传多样性
系统发育
MTDNA
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Keywords
Lepus in Xinjiang
classification
genetic diversity
phylogeny
mtDNA
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分类号
S813.1
[农业科学—畜牧学]
S829.1
[农业科学—畜牧兽医]
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