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基于软件多版本演化提取克隆谱系 被引量：10
1
作者 涂颖 张丽萍 +2 位作者 王春晖 侯敏 刘东升 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2015年第4期1169-1173,1178,共6页
针对单个版本克隆检测结果不足以体现克隆特征这一问题,从软件多版本中自动提取克隆谱系,获得克隆在软件演化过程中表现出的模式和特征。首先基于克隆代码Token表示及其所在文件名称、函数名称等位置属性,准确映射软件历时演化版本间的... 针对单个版本克隆检测结果不足以体现克隆特征这一问题,从软件多版本中自动提取克隆谱系,获得克隆在软件演化过程中表现出的模式和特征。首先基于克隆代码Token表示及其所在文件名称、函数名称等位置属性,准确映射软件历时演化版本间的克隆代码,进而识别克隆演化模式;然后匹配克隆类ID号,合并所有相邻版本间的映射结果及演化模式信息,得到克隆谱系。同时开发了相应的克隆谱系自动提取工具FCG对6款开源软件进行了测试,发现当前版本中克隆代码平均生命周期占所研究版本总数的70%以上,且大部分没有发生变化,说明大部分克隆能被较好地维护,但也存在少量不稳定的克隆可能导致软件缺陷,需要修改或重构。实验结果表明FCG可高效提取克隆谱系,有助于更好地理解克隆及有针对性地管理克隆。 展开更多
关键词 克隆代码 克隆谱系 多版本 克隆演化 软件维护
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基于版本间克隆映射的演化模式识别及谱系构建 被引量：4
2
作者 张久杰 翟晔 +2 位作者 王春晖 张丽萍 刘东升 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2016年第7期2021-2030,共10页
针对当前克隆谱系的构建方法较为复杂、演化模式亟需扩充等问题,提出了新的克隆代码演化模式,并根据软件版本间的克隆代码映射关系自动构建了克隆谱系。首先,针对软件每一版本进行克隆检测并利用潜在狄利克雷分配(LDA)抽取克隆代码的主... 针对当前克隆谱系的构建方法较为复杂、演化模式亟需扩充等问题,提出了新的克隆代码演化模式,并根据软件版本间的克隆代码映射关系自动构建了克隆谱系。首先,针对软件每一版本进行克隆检测并利用潜在狄利克雷分配(LDA)抽取克隆代码的主题信息;然后,根据克隆代码主题的相似度确定版本间克隆代码的映射关系;进而,根据已有的映射关系为克隆代码添加演化模式并分析演化特征;最终,结合映射信息与演化模式信息完成克隆谱系的构建。针对4款开源软件进行了克隆谱系的构建实验,实验结果表明所提克隆谱系构建方法可行,证实了新提出的演化模式在克隆代码演化过程中确实存在。实验发现约90%的克隆代码在软件演化过程中比较稳定,约67%的克隆群经历的发布版本数不超过发布版本总数的一半。实验结论及理论分析将为克隆代码的后续研究及克隆代码的维护与管理提供有力支持。 展开更多
关键词 克隆代码 主题建模 软件演化 演化模式 克隆谱系 软件维护
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部队医院多药耐药鲍氏不动杆菌主要流行克隆谱系的分析 被引量：3
3
作者 董喆 丁志平 +2 位作者 徐雅萍 闫中强 沈定霞 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第24期5118-5121,共4页
目的了解我国部队医院中多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系,揭示分子流行的趋势。方法基于鲍氏不动杆菌的靶标基因ompA、csuE和blaOXA-51-like设计2组特异性引物,并建立了基于序列分型的多重PCR方法;进一步选用该方法鉴定多药耐... 目的了解我国部队医院中多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系,揭示分子流行的趋势。方法基于鲍氏不动杆菌的靶标基因ompA、csuE和blaOXA-51-like设计2组特异性引物,并建立了基于序列分型的多重PCR方法;进一步选用该方法鉴定多药耐药鲍氏不动杆菌的主要流行克隆谱系。结果分离自我国6所部队医院的194株多药耐药鲍氏不动杆菌以Group 1序列型为主,所占的比例高达73.7%;除了Group 1序列型外,还发现了属于Group4、Group5、Group8、Group9、Group10序列型的菌株。结论我国部队医院的流行克隆谱系与欧洲克隆谱系Ⅱ具有高度的同源性;该实验研究中未发现属于Group 2和Group3的菌株,说明在我国部队医院中还未发现存在有属于欧洲克隆谱系Ⅰ和Ⅲ的菌株。 展开更多
关键词 多药耐药鲍氏不动杆菌 克隆谱系 多重聚合酶链反应 基于序列分型
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急性B淋巴细胞性白血病患儿外周血T淋巴细胞克隆谱系分析 被引量：2
4
作者 张蕊 李志刚 +2 位作者 吴敏媛 朱平 胡亚美 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期66-69,F001,共5页
目的　观察儿童急性B淋巴细胞性白血病化疗前后T淋巴细胞克隆谱系的异常。方法　逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)及高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测 8例正常对照组小儿及 12例急性B淋巴细胞性白血病患儿化疗前外周血T细胞受体 (TCR) β... 目的　观察儿童急性B淋巴细胞性白血病化疗前后T淋巴细胞克隆谱系的异常。方法　逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)及高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测 8例正常对照组小儿及 12例急性B淋巴细胞性白血病患儿化疗前外周血T细胞受体 (TCR) β链可变区 (BV)第三互补决定区(CDR3)的克隆谱系 ,4例患儿化疗后重新取材。结果　 (1) 12例患儿化疗前BV2和BV3表达较正常对照组增高 (P均 <0 0 5 ) ,BV17和BV18表达降低 (P均 <0 0 5 )。 4例患儿治疗前BV2 1家族低表达 ,缓解后表达进一步降低 (P <0 0 5 )。 (2 )正常对照组TCRBV多数家族CDR3谱型为正态分布 ,12例患儿TCRBVCDR3谱型异常发生率为 14 % ,高于正常对照组的 5 5 % (P <0 0 5 ) ,发生谱型异常较多的家族依次是BV14、BV1、BV16、BV2 0、BV13 1、BV13 2和BV6。 4例患儿第 1次化疗缓解后 3个月谱型异常的家族均恢复正态分布。结论　急性B淋巴细胞性白血病患儿部分T细胞克隆发生异常增生或缺失 ,提示白血病患儿细胞免疫功能异常 ,化疗初次缓解后 3个月T细胞克隆谱系基本恢复正常的正态分布 。 展开更多
关键词 急性B淋巴细胞性白血病 外周血 T淋巴细胞 克隆谱系 抗原 B细胞
原文传递
基于软件代码演化信息的克隆谱系提取方法
5
作者 陈桌 张丽萍 王春晖 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2016年第12期3461-3467,共7页
针对现有克隆演化模式分类不清晰、克隆谱系提取工具少且效率低等问题,提出了根据克隆代码映射关系和演化信息自动构建克隆谱系的方法。首先通过词频向量计算、代码行距以及克隆属性相结合分阶段映射版本间克隆;然后根据映射结果为克隆... 针对现有克隆演化模式分类不清晰、克隆谱系提取工具少且效率低等问题,提出了根据克隆代码映射关系和演化信息自动构建克隆谱系的方法。首先通过词频向量计算、代码行距以及克隆属性相结合分阶段映射版本间克隆;然后根据映射结果为克隆群和克隆片段添加演化模式;最后串联所有版本中的克隆映射关系和演化模式构建克隆谱系。对4款开源软件进行实验并人工验证,实验结果表明克隆谱系提取工具——ECG的可行性和高效性。此外,从提取结果中发现,在演化过程中约42%的克隆代码未发生变化,发生不一致变化的克隆代码约占3.48%,此类克隆可能会引入潜在bug需要被重点关注。该方法将为克隆代码质量评估和管理提供参考和支持。 展开更多
关键词 克隆代码 克隆映射 演化模式 克隆谱系 演化分析
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急性淋巴细胞白血病患儿化疗结束后T淋巴细胞克隆谱系分析
6
作者 张蕊 李志刚 +2 位作者 吴敏媛 朱平 胡亚美 《中国小儿血液与肿瘤杂志》 CAS 2010年第3期122-126,共5页
目的了解急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿化疗结束后T淋巴细胞免疫重建情况。方法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测8例正常对照及44例化疗结束后的ALL患儿外周血T细胞受体(TCR)β链可变区(BV)第三互补决定区(C... 目的了解急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿化疗结束后T淋巴细胞免疫重建情况。方法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)高压变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测8例正常对照及44例化疗结束后的ALL患儿外周血T细胞受体(TCR)β链可变区(BV)第三互补决定区(CDR3)的克隆谱系。结果白血病化疗结束至48个月TCRBV家族仍可见表达增高或降低(P均<0.05)。化疗结束后TCRBVCDR3谱型多态性基本恢复,但寡克隆增生情况仍明显高于正常对照组(P均<0.05),小于6个月组差异最明显(P均<0.05)。16例普通B细胞急淋(c-ALL)BV8、BV5.1、BV5.2和BV12发生克隆性增生的频率较高,9例前B细胞急淋(pre-B)BV6家族发生克隆性增生较多。结论白血病患儿化疗结束至48个月T细胞免疫尚未完全恢复;T细胞克隆谱系异常以寡克隆增生为主。 展开更多
关键词 白血病 淋巴细胞 急性 T细胞受体β链V区 CDR3克隆谱系 免疫重建
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