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Cloning and Characterization of Phytochrome A Gene Fa PHYA from Tall Fescue
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作者 王小利 吴佳海 +3 位作者 舒健虹 蔡一鸣 刘晓霞 李小冬 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第9期1851-1856,共6页
The sequence fragment of PHYA, obtained from transcriptome sequencing,was used as the template, and the full-length c DNA sequence of PHYA gene in tall fescue was amplified using 3'RACE and 5'RACE techniques. The c ... The sequence fragment of PHYA, obtained from transcriptome sequencing,was used as the template, and the full-length c DNA sequence of PHYA gene in tall fescue was amplified using 3'RACE and 5'RACE techniques. The c DNA sequence of PHYA gene has a complete open reading frame(ORF, 293-6 682 bp), and it encodes a protein composed of 1 129 amino acids. The N-terminal of Fa PHYA is composed of GAF and Phytochrome domains, and its C-terminal contains two repeated PAS domains, one histidine kinase A domain and one histidine kinase-like ATPase domain. The homology analysis showed that the amino acid sequences of Fa PHYA of tall fescue and PHYAs of gramineous plants have higher homologies(85%), indicating close genetic relationships. However, the homologies between FaPHYA of tall fescue and PHYAs of monocotyledons are lower, indicating far genetic relationships. 展开更多
关键词 Tall fescue Phytochrome A gene CLONING BIOINFORMATICS
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茎瘤芥光敏色素PHYB基因片段的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 向浏欣 梁婷 蔡应繁 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第16期154-157,共4页
通过RT-PCR技术在茎瘤芥幼苗叶片中克隆了茎瘤芥光敏色素PHYB基因片段,命名为BjPHYB1(GenBank登录号:JQ178243)。结果表明,该片段长1 544 bp,编码514个氨基酸;该氨基酸序列包含两个完整的PHYB保守结构域PHYTOCHROMEREGION和PAS DOMAIN,... 通过RT-PCR技术在茎瘤芥幼苗叶片中克隆了茎瘤芥光敏色素PHYB基因片段,命名为BjPHYB1(GenBank登录号:JQ178243)。结果表明,该片段长1 544 bp,编码514个氨基酸;该氨基酸序列包含两个完整的PHYB保守结构域PHYTOCHROMEREGION和PAS DOMAIN,且与甘蓝和拟南芥PHYB同源性分别为98%和96%;系统进化树分析表明BjPHYB1与同科植物的PHYB亲缘关系较近。茎瘤芥PHYB基因片段为首次克隆,为今后对该基因功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 茎瘤芥 光敏色素B基因 克隆 序列分析
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光敏色素在水稻生长发育中的作用 被引量:13
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作者 顾建伟 刘婧 +2 位作者 薛彦久 臧新 谢先芝 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期130-135,共6页
光敏色素是植物体内的重要光受体,主要感受红光和远红光,调节着植物生命循环中许多重要发育过程。水稻光敏色素基因家族包括3个成员,即PHYA、PHYB和PHYC。对水稻光敏色素突变体的研究表明,3个水稻光敏色素基因在水稻光形态建成中既有独... 光敏色素是植物体内的重要光受体,主要感受红光和远红光,调节着植物生命循环中许多重要发育过程。水稻光敏色素基因家族包括3个成员,即PHYA、PHYB和PHYC。对水稻光敏色素突变体的研究表明,3个水稻光敏色素基因在水稻光形态建成中既有独特作用又有交叉作用。根据已有报道和作者在该领域的研究工作,总结了光敏色素在水稻幼苗去黄化、根的向地性和延伸、株型、花期和育性等发育过程中的作用,并提出了水稻光敏色素研究领域急需解决的问题。 展开更多
关键词 水稻 光敏色素基因 光形态建成 功能
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光敏核不育水稻光敏色素基因的RFLP分析 被引量:6
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作者 梁成志 童哲 +1 位作者 宋文源 朱立煌 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1994年第9期664-670,共7页
以籼稻“IR36”(Oryza sativa L.ssp.indica)光敏色素基因phyA 的cDNA 克隆作探针,对光敏核不育水稻“农垦58S”和对照水稻“农垦58”(O.sativa L.ssp.japonica)... 以籼稻“IR36”(Oryza sativa L.ssp.indica)光敏色素基因phyA 的cDNA 克隆作探针,对光敏核不育水稻“农垦58S”和对照水稻“农垦58”(O.sativa L.ssp.japonica)进行RFLP分析,限制性内切酶Eco RⅤ、DraⅠ、HindⅢ、XbaⅠ、MspⅠ等都没有显示出多态性,而用HpaⅡ显示出了多态性。MspⅠ和HpaⅡ是一对同裂酶(识别位点为CCGG),但二者对识别位点上第2个胞嘧啶(即CpG)甲基化的敏感性不同。实验结果表明,“农垦58S”phyA 基因中CpG甲基化程度低于“农垦58”,即在“农垦58S”phyA 基因中某些CpG 发生了脱甲基化。此外,以“IR36”、“农垦58”、“农垦58S”的DNA 作模板,用PCR方法在phyA 基因转录起始位点上游扩增出一大小均为0.4 kb 的DNA片段(称为PCRF)。测序结果表明,“农垦58S”的PCR2 比“IR36”的PCR1 多一个碱基,且另有8 个碱基不同。以“IR36”的PCRF作探针进行RFLP分析,在“农垦58S”和“农垦58”中杂交得到的片段都不同于“IR36”中得到的片段。根据“IR36”phyA基因? 展开更多
关键词 水稻 光敏色素基因 RFLP
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谷子光敏色素基因光周期、非生物胁迫响应特性及关键自然变异位点鉴定 被引量:3
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作者 贾小平 张博 +6 位作者 何占祥 李剑峰 张小梅 葛迪 王振山 桑璐曼 宋志伟 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1929-1945,共17页
比较分析光敏色素基因家族成员对光周期、非生物胁迫响应模式并鉴定其有利自然变异类型,为全面了解光敏色素基因家族在光周期调控谷子生长发育及应对非生物胁迫中的作用机制、开展关键性状的分子辅助选择奠定基础。文中利用RT-PCR技术... 比较分析光敏色素基因家族成员对光周期、非生物胁迫响应模式并鉴定其有利自然变异类型,为全面了解光敏色素基因家族在光周期调控谷子生长发育及应对非生物胁迫中的作用机制、开展关键性状的分子辅助选择奠定基础。文中利用RT-PCR技术从超晚熟谷子农家种‘毛粟’中克隆了3个光敏色素基因SiPHYA、SiPHYB和SiPHYC;在进行生物信息学分析后,利用荧光定量PCR技术研究了3个基因的光周期调控模式及对聚乙二醇(polyethylene glycol,PEG)模拟干旱、自然干旱、脱落酸(abscisic acid,ABA)、高温、Na Cl五种非生物胁迫的响应特性;最后检测这3个基因在160份谷子材料的突变位点,通过单倍型分析确定基因的功能效应。结果表明,获得了基因SiPHYA、SiPHYB和SiPHYC包含完整编码区的c DNA序列,长度分别为3 981、3 953、3 764 bp,其中基因SiPHYB和SiPHYC具有较近的进化关系。基因SiPHYA、SiPHYB和SiPHYC均受光周期调控,但光周期对SiPHYB、SiPHYC昼夜表达模式的影响要强于SiPHYA;短日照条件临近抽穗SiPHYA、SiPHYB表达水平显著低于长日照,暗示其在谷子长日照抑制抽穗中发挥作用。SiPHYB和SiPHYC共同响应PEG模拟干旱、自然干旱、ABA、高温4种胁迫;SiPHYA和SiPHYB以不同方式响应盐胁迫,SiPHYC没有参与谷子盐胁迫响应过程。基于160份谷子材料重测序数据发现基因SiPHYB高度保守,基因SiPHYA含有两个错义突变:单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP) 7 034 522;,SNP7 036 657;,导致延迟抽穗、增加株高。基因SiPHYC含有一个错义突变(SNP5 414 823;),导致短日照缩短抽穗期,长日照延长抽穗期,对株高、穗长的增加作用不受光温环境影响。光周期对基因SiPHYA、SiPHYB和SiPHYC具有不同的调控作用,除了盐胁迫,SiPHYB和SiPHYC共同响应多种非生物胁迫,相比参考基因型,SiPHYA、SiPHYC突变延迟抽穗、增加株高和穗长。 展开更多
关键词 谷子 光敏色素基因 非生物胁迫 表达分析 单倍型
原文传递
甘蓝型油菜光敏色素(PHY)家族基因的鉴定及表达分析 被引量:2
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作者 李雯谦 解盼 +6 位作者 刘蔚 康郁 廖莉 任睿 钱论文 官春云 何昕 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期45-56,共12页
光敏色素(phytochrome,PHY)作为植物体内感受红光和远红光的受体,在植物的避荫反应及生物、非生物胁迫响应中起重要的调节作用。鉴定甘蓝型油菜中PHY家族基因并解析其分子机理,有助于提高油菜光能利用率,培育抗逆性强、适合密植直播和... 光敏色素(phytochrome,PHY)作为植物体内感受红光和远红光的受体,在植物的避荫反应及生物、非生物胁迫响应中起重要的调节作用。鉴定甘蓝型油菜中PHY家族基因并解析其分子机理,有助于提高油菜光能利用率,培育抗逆性强、适合密植直播和机收的油菜品种。为了研究PHY基因在甘蓝型油菜(Brassica napus L.)中的家族特征,以5个拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtPHY基因为基础序列,在甘蓝型油菜、甘蓝(B.oleracea)、白菜(B.rapa(Lour.)Rupr.)、黑芥(B.nigra)、芥菜型油菜(B.juncea)和埃塞俄比亚芥(B.carinata)中分别鉴定出11个、6个、5个、5个、10个和9个PHY基因。生物信息学分析结果显示PHY基因在芸薹属中高度保守。在甘蓝型油菜11个BnaPHY基因中,PHYA亚组成员主要在根中表达,PHYB亚组主要在叶片中表达。此外PHYA和PHYB均显著受高温和低温胁迫的调控,而非生物胁迫和激素处理对PHY基因表达的影响不明显。春化处理中的PHYB亚组表达量下调,PHYC和PHYE亚组表达量则上调,而在PHYA亚组只有部分基因表达量上调。大部分PHY基因表达明显受核盘菌抑制,有两个PHYA成员的表达明显受核盘菌诱导。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 光敏色素基因(PHY) 光响应 非生物逆境
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茶树光敏色素基因家族成员的生物信息学及其表达量与黄酮含量的相关性分析 被引量:2
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作者 莫晓丽 周子维 +3 位作者 把熠晨 武清扬 赖钟雄 孙云 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1173-1182,共10页
【目的】分析茶树光敏色素(PHY)基因(CsPHY)的生物学信息及不同采摘时间点茶叶中光敏色素基因表达量与黄酮含量的相关性,为茶叶适时采摘及品质调控提供理论参考。【方法】从茶树基因组数据库(CSA)中筛选出CsPHY基因家族成员,对其进行生... 【目的】分析茶树光敏色素(PHY)基因(CsPHY)的生物学信息及不同采摘时间点茶叶中光敏色素基因表达量与黄酮含量的相关性,为茶叶适时采摘及品质调控提供理论参考。【方法】从茶树基因组数据库(CSA)中筛选出CsPHY基因家族成员,对其进行生物信息学分析,并通过邻接法(NJ)构建系统发育进化树。以一天中不同时间点0:00(R0)、6:00(R6)、12:00(R12)和18:00(R18)采摘的乌龙茶品种肉桂鲜叶为试材,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CsPHY基因家族成员在不同时间点的表达量,并采用三氯化铝比色法检测茶叶中黄酮含量的日变化,以皮尔逊(Pearson)相关系数评估CsPHY基因相对表达量与黄酮含量的相关性。【结果】共筛选获得6个CsPHY基因家族成员,编码蛋白的氨基酸数量674~1142个,分子量为76126.75~126714.53Da,等电点(pI)为5.74~5.96,脂溶性系数为91.11~95.27,其中,CsPHY1基因属于PHYC亚族,CsPHY2和CsPHY4基因属于PHYA亚族,CsPHY3和CsPHY5基因属于PHYB亚族,CsPHY6基因属于PHYE亚族,说明CsPHY2和CsPHY4蛋白属于PhyI型光敏色素,CsPHY1、CsPHY3、CsPHY5和CsPHY6蛋白属于PhyII型光敏色素。6个CsPHY蛋白均与双子叶植物PHY蛋白的亲缘关系较近,其中,CsPHY2蛋白与水晶兰PHYA亚族蛋白的亲缘关系较近,CsPHY4蛋白与美味猕猴桃PHYA亚族蛋白的亲缘关系较近;CsPHY3和CsPHY5蛋白均与美味猕猴桃PHYB亚族蛋白的亲缘关系较近,且CsPHY5蛋白与葡萄PHYB亚族蛋白的亲缘关系相近;CsPHY1蛋白与河岸葡萄PHYC亚族蛋白的亲缘关系较近,CsPHY6蛋白与中华猕猴桃和河岸葡萄PHYE亚族蛋白的亲缘关系较近。CsPHY1、CsPHY3、CsPHY4和CsPHY5基因在R6时的表达量最高,其中,CsPHY4和CsPHY5基因在R6时的表达量显著高于其他时间点的表达量(P<0.05,下同),而CsPHY2和CsPHY6基因分别在R12和R18时的表达量达最高,其中CsPHY6基因在R18时的表达量显著高于R12时的表达量。在R0~R18时段内茶树鲜叶中� 展开更多
关键词 茶鲜叶 采摘时间 光敏色素基因 QRT-PCR 黄酮
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茎瘤芥PHYA基因与茎瘤芥茎膨大关系的初步研究 被引量:1
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作者 毕晶磊 朱利泉 +4 位作者 孙全 王微娜 向浏欣 何晓红 江怀仲 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期139-142,146,F0002,共6页
从茎瘤芥基因组中克隆了全长PHYA基因,构建了植物超表达载体,通过农杆菌GV3101转化茎瘤芥——永安小叶,得到PCR反应呈阳性的转基因株系。结果发现,在自然生长环境下,转基因植株发生了多种形态变异,如植株矮化、花期提前、叶片变大且色... 从茎瘤芥基因组中克隆了全长PHYA基因,构建了植物超表达载体,通过农杆菌GV3101转化茎瘤芥——永安小叶,得到PCR反应呈阳性的转基因株系。结果发现,在自然生长环境下,转基因植株发生了多种形态变异,如植株矮化、花期提前、叶片变大且色泽浓绿、转基因植株茎膨大延缓等。初步推断PHYA基因参与调控茎瘤芥植物茎膨大过程,过量表达PHYA基因可能会抑制茎膨大过程。 展开更多
关键词 茎瘤芥 光敏色素基因 超表达 茎膨大
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