本实验旨在利用基因芯片对里岔黑猪进行保种分析和群体结构分析,理清该品种的遗传结构和血统关系,以更好地保护和利用里岔黑猪这一重要的地方猪种质资源。实验利用“中芯一号”基因芯片对里岔黑猪省级保种场的109头能繁公母猪进行SNP测...本实验旨在利用基因芯片对里岔黑猪进行保种分析和群体结构分析,理清该品种的遗传结构和血统关系,以更好地保护和利用里岔黑猪这一重要的地方猪种质资源。实验利用“中芯一号”基因芯片对里岔黑猪省级保种场的109头能繁公母猪进行SNP测定,进而实施群体遗传多样性、遗传结构、近交程度和家系分析。结果显示,里岔黑猪的有效群体含量为5.88;通过主成分分析、G矩阵和聚类分析,里岔黑猪整个群体分为8个公猪家系和1个非公猪家系(28头母猪不属于这8个公猪家系)。在109头里岔黑猪中共检测到4250个基因组上的长纯合片段(Runs of Homozygosity, ROH),ROH长度在300~450 Mb之间的个体数目最多,占39.45%,平均ROH长度为343.56(±18.251)Mb;ROH数量40~50个的个体最多,占34.86%,平均为38.99(±1.461)个;将每个个体ROH数据汇总后计算出该群体的近交系数平均值为0.14。研究表明,胶州市茂华里岔黑猪良种场的群体在长期选育过程中遗传多样性丰富,但群体中近交现象明显,为确保其优良性状能够长期延续,可结合芯片数据,通过轮回杂交的方式,减缓群体近交系数的增长,或者从其他里岔黑猪保种场引入公猪,进行血统更新。展开更多
了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比...了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比例为0.828,期望杂合度为0.360,观测杂合度为0.359,说明该群体遗传变异较小,整齐度较高;G矩阵表明该群体中存在近亲交配的趋势;在检测到的1431个长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)中,ROH长度在50~100 Mb的个体数量最多,占比达36.67%,该群体平均近交系数为0.11。结合基因组亲缘关系分析和聚类分析结果,现有30只公鸡样本可以划分为10个家系,其中25只母鸡分别划入不同家系,另外5只母鸡和所检测的公鸡亲缘关系系数均小于0.1,亲缘关系都比较远,因此,将它们归入了“其他”分类中。综上所述,该保种固原鸡群体遗传变异较小,选育程度较高,为降低群体的近交增量,后期的保种过程中需考虑亲缘关系再进行配种。展开更多
文摘本实验旨在利用基因芯片对里岔黑猪进行保种分析和群体结构分析,理清该品种的遗传结构和血统关系,以更好地保护和利用里岔黑猪这一重要的地方猪种质资源。实验利用“中芯一号”基因芯片对里岔黑猪省级保种场的109头能繁公母猪进行SNP测定,进而实施群体遗传多样性、遗传结构、近交程度和家系分析。结果显示,里岔黑猪的有效群体含量为5.88;通过主成分分析、G矩阵和聚类分析,里岔黑猪整个群体分为8个公猪家系和1个非公猪家系(28头母猪不属于这8个公猪家系)。在109头里岔黑猪中共检测到4250个基因组上的长纯合片段(Runs of Homozygosity, ROH),ROH长度在300~450 Mb之间的个体数目最多,占39.45%,平均ROH长度为343.56(±18.251)Mb;ROH数量40~50个的个体最多,占34.86%,平均为38.99(±1.461)个;将每个个体ROH数据汇总后计算出该群体的近交系数平均值为0.14。研究表明,胶州市茂华里岔黑猪良种场的群体在长期选育过程中遗传多样性丰富,但群体中近交现象明显,为确保其优良性状能够长期延续,可结合芯片数据,通过轮回杂交的方式,减缓群体近交系数的增长,或者从其他里岔黑猪保种场引入公猪,进行血统更新。
文摘了解固原鸡的保种效果,为更好地保护和利用固原鸡这一重要地方种质资源提供参考和帮助。从固原鸡群体中随机采集公鸡、母鸡各30只血样,采用“京芯一号”55K芯片技术对固原鸡进行保种分析。结果显示,固原鸡群体有效含量为8.9,多态标记比例为0.828,期望杂合度为0.360,观测杂合度为0.359,说明该群体遗传变异较小,整齐度较高;G矩阵表明该群体中存在近亲交配的趋势;在检测到的1431个长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)中,ROH长度在50~100 Mb的个体数量最多,占比达36.67%,该群体平均近交系数为0.11。结合基因组亲缘关系分析和聚类分析结果,现有30只公鸡样本可以划分为10个家系,其中25只母鸡分别划入不同家系,另外5只母鸡和所检测的公鸡亲缘关系系数均小于0.1,亲缘关系都比较远,因此,将它们归入了“其他”分类中。综上所述,该保种固原鸡群体遗传变异较小,选育程度较高,为降低群体的近交增量,后期的保种过程中需考虑亲缘关系再进行配种。
