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基于组合的序列特征识别蛋白质复杂超二级结构βαβ模体
1
作者 孙利霞 胡秀珍 +1 位作者 李少波 李昆 《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》 2015年第3期177-183,共7页
从已知蛋白质结构的氨基酸序列出发,利用DSSP和PROMTIF构建了蛋白质复杂超二级结构strand-loop-helix-loop-strand模体数据集。数据集含1458条蛋白质链,其中βαβ模体数为3632个,非βαβ模体数为3148个。将亲疏水组分、优化的位点氨... 从已知蛋白质结构的氨基酸序列出发,利用DSSP和PROMTIF构建了蛋白质复杂超二级结构strand-loop-helix-loop-strand模体数据集。数据集含1458条蛋白质链,其中βαβ模体数为3632个,非βαβ模体数为3148个。将亲疏水组分、优化的位点氨基酸组分、预测的模体信息和二级结构信息共同作为序列特征输入支持向量机,5交叉检验的预测总精度和马氏相关系数达到了79.7%和0.59;独立检验的预测总精度和马氏相关系数达到了73.4%和0.47。 展开更多
关键词 βαβ模体 SVM算法 位点氨基酸 亲疏水组分 超二级结构
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基于优化特征参量的蛋白质βαβ模体识别分析
2
作者 姜雪 于巍 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第2期20-23,共4页
选取了来自1 423个相似性小于33%的蛋白质序列的1 459个βαβ模体和2 419个非βαβ模体,通过分析模体中各二级结构单元的分布情况,确定固定序列模式长。基于优化的氨基酸信息,利用离散增量算法识别βαβ模体。运用10-fold交叉检验和... 选取了来自1 423个相似性小于33%的蛋白质序列的1 459个βαβ模体和2 419个非βαβ模体,通过分析模体中各二级结构单元的分布情况,确定固定序列模式长。基于优化的氨基酸信息,利用离散增量算法识别βαβ模体。运用10-fold交叉检验和独立检验方法对算法进行检验,识别总精度分别达到79.4%和78.6%。 展开更多
关键词 蛋白质 βαβ模体 离散增量 优化的参量 优化位点氨基酸 识别精度
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用五维特征空间预测蛋白质结合位点界面氨基酸
3
作者 龚新奇 曹婷颐 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1837-1845,共9页
为了正确理解和预测蛋白质的结合位点氨基酸,基于氨基酸的物理、化学特征,提出利用五维特征空间预测界面氨基酸的新方法.首先,根据氨基酸标准化后的特征值划分小区域;然后,将氨基酸铺在五维空间;最后,对五维空间中的小区域聚类形成簇.... 为了正确理解和预测蛋白质的结合位点氨基酸,基于氨基酸的物理、化学特征,提出利用五维特征空间预测界面氨基酸的新方法.首先,根据氨基酸标准化后的特征值划分小区域;然后,将氨基酸铺在五维空间;最后,对五维空间中的小区域聚类形成簇.结果表明:界面氨基酸和含界面氨基酸单体对某些簇有明显的偏好,将该类簇标记后,通过测试集测试得到较好的预测结果.该方法不仅提出结合位点的预测方法,而且有助于加深对蛋白质相互作用的理解. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 结合位点氨基酸预测 多维空间 聚类
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