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基于ICU可疑感染患者探讨mNGS与传统病原学检测的相关性研究 被引量：4
1
作者 李群 董晨明 +6 位作者 张芳 鲍英存 刘美 马玉梅 袁琪茜 杨晓玲 张官文 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第5期568-573,共6页
目的 对可疑感染患者同时进行宏基因组二代测序(Metagenomics Next Generation Sequencing,mNGS)与传统病原学检测,对比检测结果并评估其异同点,为指导治疗和改善抗生素管理提供新的诊断证据和思路。方法 回顾性收集2018年7月至2020年8... 目的 对可疑感染患者同时进行宏基因组二代测序(Metagenomics Next Generation Sequencing,mNGS)与传统病原学检测,对比检测结果并评估其异同点,为指导治疗和改善抗生素管理提供新的诊断证据和思路。方法 回顾性收集2018年7月至2020年8月兰州大学第二医院重症监护病房(ICU)内可疑感染患者电子病历系统信息、mNGS及传统病原学结果、药物、合并疾病、治疗效果等资料,根据检测方法分为mNGS组和传统病原组,由于传统培养可培养出细菌和真菌,传统病原组进一步根据是否行培养分为细菌组和非细菌组。根据结果评估mNGS与传统病原学结果的差异、病原体的一致性、mNGS结果报告后是否调整治疗以及其治疗效果。结果 剔除排除标准后共纳入90例可疑感染患者,符合可疑感染诊断标准的患者的7 d、28 d、院内死亡率分别为13.3%、14.4%和27.8%。患者感染部位最多见于肺部感染(87.8%),mNGS与传统病原组结果均显示细菌最多(43.3%、52.2%),其中,鲍曼不动杆菌(25.6%)、铜绿假单胞菌(10.0%)、肺炎克雷伯菌(6.7%)较为常见,其次为病毒(40%、12.2%),真菌(23.3%、17.8%),分枝杆菌(13.3%、21.1%),立克次体(3.3%、0.0%),寄生虫(2.2%、0.0%),支原体(1.1%、2.2%)。mNGS组与传统病原组(结合外送检查、影像学检查等)病原体阳性检出率均为70%,传统病原组中细菌组阳性率为51.1%。两组病原体一致率46.7%。mNGS组在检测细菌、真菌、分枝杆菌与传统病原组结果基本一致,而在检测病毒方面结果具有明显差异。进一步分析可见mNGS组在检测病毒方面比传统病原组具有优越性(Kappa检验,P<0.05)。预后分析发现,机械通气影响7 d、28 d以及院内死亡率,而且影响细菌组以及mNGS组培养结果。结论 本研究通过对比传统病原学检测结果,证实mNGS不仅具有一致性,在敏感性上更具有显著优势,mNGS在检测病毒方面比传统组具有优越性。预后分析� 展开更多
关键词 可疑感染 宏基因二代基因测序 传统病原学 重症监护病房(ICU)
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脑脊液宏基因组第二代测序在艾滋病疑似中枢神经系统感染患者中的诊断效能研究
2
作者 何香溪 谢小馨 +2 位作者 符燕华 宋业兵 龙海 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2023年第6期391-396,共6页
目的了解脑脊液病原宏基因组第二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)技术对艾滋病患者疑似中枢神经系统感染的诊断效能。方法收集2021年3月至2023年2月贵阳市公共卫生救治中心的100例艾滋病疑似中枢神经系统感染患... 目的了解脑脊液病原宏基因组第二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)技术对艾滋病患者疑似中枢神经系统感染的诊断效能。方法收集2021年3月至2023年2月贵阳市公共卫生救治中心的100例艾滋病疑似中枢神经系统感染患者的临床资料和实验室检测结果,同时将脑脊液样本送检mNGS和传统病原学检测,分别计算2种检测方法的灵敏度、特异性和Youden指数等,绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线并计算曲线下面积,比较2种检测方法的诊断效能。结果100例患者中68例临床最终诊断为中枢神经系统感染。mNGS诊断灵敏度为76.5%(52/68),特异性为100.0%(32/32),Youden指数为0.765,阳性预测值为98.1%(52/53),阴性预测值为68.1%(32/47);传统病原学检测呈阳性,其灵敏度为25.0%(17/68)、特异性为84.4%(27/32)、Youden指数为0.094,阳性预测值为53.1%(17/32)、阴性预测值为34.6%(27/78)。ROC曲线显示,mNGS诊断CNS的曲线下面积为0.838,高于传统病原学检测诊断的0.616。结论mNGS对艾滋病患者疑似中枢神经系统感染的诊断有较高灵敏度和特异性,较传统病原学检测方法有更高的诊断率。 展开更多
关键词 获得性免疫缺陷综合征 中枢神经系统感染 脑脊液 宏基因组 传统病原学 ROC曲线
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宏基因二代测序在经验性治疗失败肺部感染患者中的应用
3
作者 周娟 尤佳琪 +1 位作者 尹小燕 乔建瓯 《中国医师进修杂志》 2024年第8期679-684,共6页
目的探讨宏基因二代测序(mNGS)技术在经验性治疗失败肺部感染患者中的应用。方法回顾性对上海交通大学医学院附属第九人民医院2021年9月至2023年11月收治的64例经验性治疗失败肺部感染患者进行分析, 采集患者痰液、支气管肺泡灌洗液等... 目的探讨宏基因二代测序(mNGS)技术在经验性治疗失败肺部感染患者中的应用。方法回顾性对上海交通大学医学院附属第九人民医院2021年9月至2023年11月收治的64例经验性治疗失败肺部感染患者进行分析, 采集患者痰液、支气管肺泡灌洗液等进行传统病原学检测及肺泡灌洗液mNGS检测, 比较传统病原学检测方法与mNGS检测方法对经验性治疗失败肺部感染患者病原体检测的差异。结果 64例经验性治疗失败肺部感染患者中, 肺泡灌洗液mNGS微生物检测阳性率高于传统病原学检测[87.50% (56/64)比57.81%(37/64)], 差异有统计学意义(P<0.01)。在mNGS检出的微生物中最常见为细菌感染, 以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、副流感嗜血杆菌为主。mNGS在混合感染的检出率高于传统病原学检测[(65.63% (42/64)比15.63%(10/64)], 差异有统计学意义(χ^(2) = 33.17, P<0.01)。18例患者经mNGS技术检出耐药基因, 共检出21种耐药基因。有53.13%(34/64)的患者根据mNGS检测结果进行抗生素调整后病情好转。结论 mNGS技术可有效提高经验性治疗失败肺部感染患者微生物阳性检出率, 且可辅助评估抗菌药物耐药性基因, 指导临床抗菌药物调整, 从而提升治疗效果。 展开更多
关键词 呼吸道感染 宏基因二代测序 传统病原学检测 支气管肺泡灌洗液
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靶向高通量测序技术(tNGS)在下呼吸道感染病原体检测中的诊断价值
4
作者 廖毓香 朱水泉 +1 位作者 伍桂雄 郭娟 《系统医学》 2024年第6期81-83,87,共4页
目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺... 目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺泡灌洗液tNGS与传统病原学检测(Traditional Pathogen Testing,CMTs),以CMTs为金标准,分析tNGS的灵敏度、准确度、特异度、阳性预测值及一致性。结果295例疑似下呼吸道感染患者的检出结果显示,tNGS检测的阳性检出结果为290例,CMTs的阳性检出结果为289例。tNGS的灵敏度为99.31%,准确度为98.98%,特异度为80.00%,阳性预测值为99.65%。kappa值为0.722,提示两种检测方法具有较高的一致性。结论tNGS技术在疑似下呼吸道感染患者中具有较高的诊断价值。 展开更多
关键词 病原诊断 下呼吸道感染 靶向高通量测序 传统病原学检测
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宏基因组二代测序技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值研究 被引量：2
5
作者 周焱 周欣 齐旭升 《中国现代药物应用》 2023年第13期84-88,共5页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值。方法回顾性分析71例重症肺炎患儿的临床资料,均进行mNGS检测及传统病原学检测(TPD)。比较mNGS与TPD病原体及细菌检测结果,并分析mNGS细菌检测阳性的影响因素... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值。方法回顾性分析71例重症肺炎患儿的临床资料,均进行mNGS检测及传统病原学检测(TPD)。比较mNGS与TPD病原体及细菌检测结果,并分析mNGS细菌检测阳性的影响因素及TPD细菌检测阳性的影响因素。结果71例患儿经mNGS病原体检测阳性66例,阳性率为93.0%;TPD病原体检测阳性51例,阳性率为71.8%。两者病原体检测结果一致性较差(Kappa=0.234),mNGS病原体检测阳性率显著高于TPD,差异具有统计学意义(P=0.001<0.05)。TPD细菌检测阳性率为38.0%(27/71),培养时间为(79.2±15.7)h;mNGS细菌检测阳性率为67.6%(48/71),检出时间为(54.0±16.9)h。两者细菌检测阳性率一致性较差(Kappa=0.299),mNGS细菌检测阳性率显著高于TPD,检出时间显著短于TPD,差异均有统计学意义(P<0.05)。71例患儿经mNGS细菌检测阳性48例(67.6%)作为mNGS阳性组,阴性23例(32.4%)作为mNGS阴性组;mNGS阳性组的月龄5.5(2.3,18.8)个月显著小于阴性组的18.0(3.0,54.0)个月,白细胞计数(WBC)13.2(8.5,18.6)×10^(9)/L、血小板计数(PLT)(466.2±258.7)×10^(9)/L显著高于mNGS阴性组的9.6(5.7,13.8)×10^(9)/L、(295.7±192.1)×10^(9)/L,差异均有统计学意义(P<0.05);两组性别、血红蛋白(Hb)、乳酸脱氢酶(LDH)、降钙素原(PCT)、抗生素使用率、氧合指数、先天性心脏病发生率、机械通气率、PICU住院天数、治愈出院率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。71例患儿经TPD细菌检测阳性27例(38.0%)作为TPD阳性组,阴性44例(62.0%)作为TPD阴性组;TPD阳性组的抗生素使用率55.6%(15/27)显著低于TPD阴性组的81.8%(36/44),WBC13.5(10.8,22.5)×10^(9)/L显著高于TPD阴性组的10.0(6.1,14.6)×10^(9)/L,差异均有统计学意义(P<0.05);两组性别、月龄、Hb、PLT、LDH、PCT、氧合指数、先天性心脏病发生率、机械通气率、PICU住院天数、治愈出院率并比较差异均无统计学意义(P>0.05)� 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 传统病原学检测 重症肺炎 支气管肺泡灌洗液
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支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值 被引量：1
6
作者 周群 费黎明 尤青海 《临床肺科杂志》 2023年第7期1009-1014,共6页
目的探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法回顾性研究2021年11月至2022年12月的32... 目的探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料,其BALF的mNGS均提示真菌,17例为肺曲霉感染,15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性,对比mNGS和常规方法的检测阳性率,评估mNGS对治疗的指导价值。结果与非肺曲霉感染组相比,肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原,其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉感染患者根据mNGS结果调整了抗感染治疗方案,76.5%的患者添加抗曲霉菌药物,2例患者通过动态监测mNGS确定了抗曲霉治疗疗程。结论BALF的mNGS是鉴定非中性粒细胞减少肺曲霉感染的高效实用手段,在发现共病原及调整治疗方案上尤具优势。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 支气管肺泡灌洗液 传统病原学方法 非中性粒细胞减少肺曲霉感染
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宏基因组学第二代测序对肺部感染的临床指导价值 被引量：1
7
作者 王霞 胡丹平 +3 位作者 赵德军 颜金农 朱慧琳 陈恩国 《全科医学临床与教育》 2021年第11期1010-1012,共3页
目的探讨宏基因组学第二代测序(mNGS)对肺部感染的临床指导意义。方法收集43例住院肺部感染患者的临床数据,均采用mNGS技术和传统病原学检测技术进行病原体检测,评价mNGS技术在微生物病原体种类数、灵敏度、检测时长方面的优势。结果mNG... 目的探讨宏基因组学第二代测序(mNGS)对肺部感染的临床指导意义。方法收集43例住院肺部感染患者的临床数据,均采用mNGS技术和传统病原学检测技术进行病原体检测,评价mNGS技术在微生物病原体种类数、灵敏度、检测时长方面的优势。结果mNGS在微生物总的检出种类数量明显高于传统检测技术,差异有统计学意义(χ^(2)=7.85,P<0.05)。43例患者通过mNGS技术检测,28例检测出病原体并判读为致病原,灵敏度为65.12%,包括非重症患者18例,灵敏度为64.29%;重症患者10例,灵敏度为66.67%。通过传统检测技术检测出16例,灵敏度为37.21%;包括非重症患者9例,灵敏度32.14%;重症组7例,灵敏度46.67%。mNGS检测总灵敏度、非重症患者和重症患者的灵敏度均明显高于传统检测技术,差异均有统计学意义(χ^(2)分别=9.65、9.72、6.18,P均<0.05)。mNGS检测时间平均为(2.31±0.62)d,传统检测技术平均为(3.84±0.93)d,mNGS检测用时明显少于传统检测技术,差异有统计学意义(t=4.29,P均<0.05)。结论mNGS技术在检测微生物病原体种类数、灵敏度、检测时长方面均优于传统成熟技术,结合临床表现调整治疗方案患者可以明显受益。 展开更多
关键词 宏基因组学第二代测序 肺部感染 抗生素 传统病原学检测
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