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肿瘤相关基因hyrdC基因重组腺病毒的构建和鉴定 被引量:2
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作者 杨庭松 毕建威 +3 位作者 黄盛东 袁扬 龚德军 朱宏亮 《中国医师进修杂志(外科版)》 2007年第3期13-16,共4页
目的利用AdEasy腺病毒载体系统构建携带hyrdC基因的高滴度重组腺病毒,为进一步研究hyrdC基因的功能及机制做准备。方法以逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)法扩增hyrdC基因,构建腺病毒重组质粒pShutth—CMV—hyrdC,线性化后采用电穿孔... 目的利用AdEasy腺病毒载体系统构建携带hyrdC基因的高滴度重组腺病毒,为进一步研究hyrdC基因的功能及机制做准备。方法以逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)法扩增hyrdC基因,构建腺病毒重组质粒pShutth—CMV—hyrdC,线性化后采用电穿孔法与腺病毒骨架质粒pAdEasy-1共同转化BJ5183感受态大肠杆菌,挑选重组质粒将其转染293细胞,获得高滴度重组腺病毒Ad—hyrdC。结果成功地制备了高滴度携带hyrdC基因的重组腺病毒。结论采用AdEasy腺病毒载体系统能够构建携带hyrdC基因的重组腺病毒,为进一步研究hyrdC基因的功能及机制奠定了基础。 展开更多
关键词 重组腺病毒 腺病毒载体 人类肿瘤相关基因
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纤维连接蛋白1在胃癌中的表达及临床意义 被引量:6
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作者 孙阳 赵春临 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第6期629-633,共5页
目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 ... 目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 和 TCGA 数据分析胃癌与癌旁组织 FN1 的表达。根据 TCGA 表达谱数据及 FN1 表达分为:低表达(<-0.475)、中表达(-0.475~1.036)、高表达(>1.036)。分析 FN1在胃癌组织中的表达和临床病理关系;应用 TCGA数据和Kaplan Meier在线分析FN1的表达水平与胃癌患者的预后关系;TCGA数据采用基因集富集分析(GSEA)方法预测FN1的相关通路。结果 FN1低、中、高表达的中位生存时间分别为 63.5、55.7和 39.4个月,低表达和高表达者中位生存时间差异具有统计学意义(P<0.01)。Kaplan-Meier Plotter 在线数据集分析结果显示,FN1 高表达者中位生存时间短于低表达者(P< 0.01),即FN1表达越高,预后越差。FN1的表达是胃癌患者的独立预后因素(HR=0.480,95%CI:0.336~0.686)。FN1高表达样本富集到KRAS(FDR=0.0025)、P53(FDR=0.0052)、TGF-β(FDR=0.0052)、细胞黏附(FDR=0.0)、细胞外基质(FDR=0.0043)、骨架蛋白调控(FDR=0.0057)等基因集(P均<0.01)。结论 FN1的高表达是胃癌预后不良的因素,可作为预测胃癌转移和预后的有效生物标志物。FN1高表达导致KRAS、P53、TGF-β、ECM、细胞黏附和细胞骨架蛋白调节通路异常可能是其作用机制。 展开更多
关键词 胃癌 人类肿瘤相关基因表达汇编数据库 癌症基因组图谱数据库 纤维连接蛋白1 预后 基因
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高通量数据分析DNA损伤诱导转录样蛋白4在脑多形性胶质母细胞瘤中表达及临床意义 被引量:3
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作者 张少校 吴瑛 《临床军医杂志》 CAS 2017年第10期1018-1021,共4页
目的探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制。方法分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeq V2数据,以及GBM样本数据集GSE769... 目的探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制。方法分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeq V2数据,以及GBM样本数据集GSE7696的系列矩阵数据。应用Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归分析方法确定DDIT4L的预后价值,采用基因集富集分析方法分析DDIT4L相关的信号通路。结果 DDIT4L高表达是提示GBM术后患者预后不良的独立因素,其高表达与烟酸-烟酰胺代谢、组氨酸代谢、氮代谢、苯丙氨酸代谢相关通路增强有关。结论 DDIT4L高表达的GBM患者预后不良,可能通过对GBM中的烟酸-烟酰胺、组氨酸、氮或苯丙氨酸代谢的调节而发挥促肿瘤作用。 展开更多
关键词 人类肿瘤相关基因表达汇编 多形性胶质母细胞瘤 DNA损伤诱导转录样蛋白4 癌症基因组图谱
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胃癌组织ATP1 A2的表达及机制探讨 被引量:3
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作者 李智 王硕 +5 位作者 侯科佐 臧丹 郑春雷 车晓芳 曲秀娟 刘云鹏 《山东医药》 CAS 北大核心 2016年第24期5-8,I0001,共5页
目的观察胃癌组织ATP酶α2亚基(ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeq V2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)... 目的观察胃癌组织ATP酶α2亚基(ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeq V2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例,通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据,将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序,按33%、67%者将数据三等分,低于33%者为低表达,高于67%者为高表达,两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系,比较低、中、高表达者中位生存时间,利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关(P均>0.05),与T分期、N分期、p TNM分期及组织分化程度有关(P均<0.05);ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36.9和26个月,三者间比较P<0.01。GEO数据集纳入的300例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、p TNM分期及Lauren分型均有关(P均<0.05);ATP1A2高表达者的中位生存时间为31个月,较低表达和中表达者中位生存时间明显延长(P<0.01)。ATP1A2高表达富集了黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等相关的基因通路(P<0.05或<0.01)。结论胃癌组织中ATP1A2高表达,其高表达预示患者预后不良;ATP1A2高表达导致黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等基因通路异常可能是其作用机制。 展开更多
关键词 胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 ATP酶α2亚基
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利用GEO数据集分析USP51在胃癌中的表达及临床意义
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作者 臧丹 曲秀娟 +5 位作者 王硕 郭天舒 杨子长 徐璐 李智 刘云鹏 《现代肿瘤医学》 CAS 2018年第20期3252-3256,共5页
目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series mat... 目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,只保留临床资料和生存信息完整的患者病例,共收录胃癌患者295例。分析不同USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性,以及对胃癌预后的影响。采用基因集富集分析方法分析和预测受USP51调控的相关基因。结果:USP51表达水平与胃癌患者年龄、T分期、p TNM分期及Lauren分型均有关(P均<0. 05),与胃癌患者性别及N分期无关(P均> 0. 05)。随着USP51表达程度的增加,胃癌患者总生存时间(overall survival,OS)明显缩短(P <0. 001)。USP51高表达富集了黏着斑通路、钙离子信号通路、细胞黏附分子和细胞外基质等相关的基因通路(P <0. 05,FDR <0. 25)。结论:在胃癌中,USP51高表达是一种预后不良因素,推测其可以作为判断胃癌患者预后的有效生物标志物以及治疗靶点。 展开更多
关键词 胃癌 人类肿瘤相关基因表达汇编 USP51 预后
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利用TCGA及GEO数据集分析claudin11在胃癌中的表达及临床意义 被引量:4
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作者 王硕 李智 +5 位作者 郑春雷 曲秀娟 刘静 曲晶磊 车晓芳 刘云鹏 《武警后勤学院学报(医学版)》 CAS 2016年第6期424-427,F0003,共5页
【目的】研究claudin11在胃癌中的表达及临床价值,预测claudin11参与肿瘤发生发展的机制。【方法】从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(gene expression omnibu,GEO)数据库收集胃癌数据集,下... 【目的】研究claudin11在胃癌中的表达及临床价值,预测claudin11参与肿瘤发生发展的机制。【方法】从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(gene expression omnibu,GEO)数据库收集胃癌数据集,下载claudin11基因表达谱及临床信息。分析claudin11表达和临床病理学参数的相关性及对预后的影响。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法预测claudin11的调控基因。【结果】在TCGA数据集中claudin11表达水平与年龄(P=0.031)、T分期(P=0.007)、有无淋巴结转移(P=0.039)、TNM分期(P=0.03)及分化程度(P<0.001)相关。Claudin11高表达患者总生存期明显短于低表达患者(P<0.001)。Claudin11高表达样本富集了细胞黏附、紧密连接、细胞外基质、骨架蛋白调控等相关等基因集。【结论】Claudin11在胃癌中是一种不良预后因素,可以作为判断预后的标志物。 展开更多
关键词 胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 claudin11 预后
原文传递
基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义 被引量:1
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作者 周树伟 苏蓓蓓 +2 位作者 冯跃庆 杜学铅 赵辉 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第17期2989-2995,共7页
目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas,THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的数据挖掘,探索垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor-tran... 目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas,THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的数据挖掘,探索垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor-transforming gene 1,PTTG1)在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料,GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中,PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01);PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05);PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05);PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001);PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达,PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义,可以作为乳腺癌预后判断的标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 癌症基因组图谱 人类蛋白组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 垂体肿瘤转化基因1 预后
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