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基于网络分析细辛毒理学 被引量:17
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作者 高皓 贾党生 +2 位作者 郝俊霞 毕开顺 李佐静 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期180-187,共8页
目的:采用网络毒理学的方法,通过建立化合物、蛋白、基因和毒物反应的网络关系,分析细辛中有毒物质的毒理作用机制,预测未知毒性。方法:通过在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库查询到的细辛候选化合物,以及在比较毒物基因组... 目的:采用网络毒理学的方法,通过建立化合物、蛋白、基因和毒物反应的网络关系,分析细辛中有毒物质的毒理作用机制,预测未知毒性。方法:通过在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库查询到的细辛候选化合物,以及在比较毒物基因组学数据库(CTD)中查询到的毒物信息的比对,筛选出细辛中13种有毒成分,并用Pharm Mapper Server中查询到13种成分相应的靶点蛋白等详细信息。使用Cytospace软件对这13种化学成分以及对应靶点蛋白,构建了网络结构图,发现了其中联系度最高的几种靶点蛋白。使用Cytospace软件中的Clue GO+Clue Pedia插件,进行gene ontology(GO)基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出了细辛中有毒物质可能通过哪些通路对人体有害。结果:细辛中毒性成分可能通过p53,白细胞介素(IL)-17,核转录因子(NF)-kappa B,肿瘤坏死因子(TNF)-α信号通路,细胞凋亡通路诱导肿瘤以及癌的形成;通过对神经元的调节,对中枢神经系统产生抑制作用;还可能通过IL-17,TNF-α和细胞凋亡调节引起其他自身免疫系统疾病。结论:探讨细辛的毒理机制,并预测了细辛可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了一个方法。 展开更多
关键词 细辛 网络毒理学 基因本位分析 京都基因基因组百科全书通路富集分析
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基于网络分析的鱼腥草毒性作用机制 被引量:5
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作者 李洁 郑小松 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1047-1055,共9页
目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数... 目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数据库(the comparative toxicogenomics database,CTD)筛选出鱼腥草中6种有毒活性成分,并用Swiss Target Prediction服务器预测有毒活性成分的靶点信息,进而使用Cytoscape软件构建了有毒活性成分-靶点互作网络以及靶点之间的互作网络。使用DAVID(the database for annotation,visualization and integrated discovery)数据库,进行基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书通路富集分析,得出了鱼腥草中有毒物质可能通过哪些通路对人体产生危害。结果研究结果显示,鱼腥草有毒活性成分对应的联系度最高的蛋白PTGS2、PRSS1、MAPT、SLC6A2等以及有毒活性成分可能通过Toll样受体信号通路、MAPK信号通路、Nod样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、mTOR信号通路引起过敏反应;可能抑制中枢神经系统;还可能通过对细胞凋亡的调节引起其他自身免疫系统疾病。结论初步探究了鱼腥草的毒理机制,并预测了鱼腥草可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了新思路。 展开更多
关键词 鱼腥草 网络毒理学 基因本位分析 京都基因基因组百科全书通路富集分析
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体外连续传代对人脐带间充质干细胞分泌组蛋白表型的影响 被引量:3
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作者 魏璇 段永娟 +5 位作者 吴沂璇 蔡玉丽 金琳琳 胡甜园 章婧嫽 张英驰 《中华实用诊断与治疗杂志》 2023年第5期448-454,共7页
目的 应用生信分析技术分析不同代次人脐带来源间充质干细胞(human umbilical cord derived mesenchymal stem cells, hUC-MSCs)分泌组蛋白表型差异,探讨体外连续传代对hUC-MSCs分泌组蛋白表型的影响。方法 取第4、6、10、15代(简写为P4... 目的 应用生信分析技术分析不同代次人脐带来源间充质干细胞(human umbilical cord derived mesenchymal stem cells, hUC-MSCs)分泌组蛋白表型差异,探讨体外连续传代对hUC-MSCs分泌组蛋白表型的影响。方法 取第4、6、10、15代(简写为P4、P6、P10、P15)hUC-MSCs的培养上清液,应用高通量人生长因子芯片(QAH-GF-1)、高通量人炎性因子芯片(QAH-INF-3)试剂盒检测80种细胞因子蛋白表达,微阵列数据分析软件Q-Analyzer自动计算出蛋白表达量。将检测浓度最佳置信度占比为50%~100%的蛋白浓度视为质控合格的可靠值,筛选出质控合格的蛋白,应用TBtools 1.105软件绘制层次聚类热图,分析不同代次hUC-MSCs培养上清液中蛋白的表达趋势,记录表达量随体外传代次数增多而增高或降低的蛋白,应用GraphPad Prism 8.0.1软件进行单因素方差分析,以P<0.05为标准筛选出差异表达蛋白,应用在线工具Metascape和微生信进行基因本体(gene ontology, GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析。结果 (1)人炎性因子芯片(QAH-INF-3)中有25种蛋白、人生长因子芯片(QAH-GF-1)中有14种蛋白质控合格。(2)质控合格蛋白的聚类分析结果显示,白细胞介素(interleukin, IL)-6、IL-11、IL-13、IL-17、M-CSF、GM-CSF、TNFR2、Eotaxin-1、MIP-1β、EGFR、SCFR、GDNF、Ⅰ-309、GDF-15、MCP-1及IL-1α共16种蛋白表达随体外扩增代次增加呈逐代下调趋势,IL-7表达随体外扩增代次增加呈逐代上调趋势。(3)P4、P6、P10和P15代hUC-MSCs培养上清液中IL-6、IL-11、IL-13、IL-17、M-CSF、GM-CSF、TNFR2、Eotaxin-1、MIP-1β、EGFR、SCFR、GDNF、Ⅰ-309、GDF-15及MCP-1蛋白表达量比较差异均有统计学意义(P<0.05),IL-1α、IL-7蛋白表达量比较差异均无统计学意义(P>0.05)。P4代hUC-MSCs培养上清液中IL-6、IL-11、IL-13、IL-17、M-CSF、GM-CSF、TNFR2、Eotaxin-1、MIP-1β、EGFR、SCFR、GDNF、Ⅰ-309、GDF-15及MCP 展开更多
关键词 人脐带来源间充质干细胞 分泌蛋白 连续传代 基因本体分析 京都基因基因组百科全书富集分析
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高尿酸血症状态下低度炎症的病理特点研究
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作者 褚梦真 王雨 +4 位作者 林志健 黄晶 刘亚迪 殷晓阳 张冰 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第13期1881-1888,共8页
目的:探讨高尿酸血症(HUA)状态下低度炎症的病理特点。方法:根据体质量随机将迪法克鹌鹑分为正常组、模型组,每组10只。以普通饲料:酵母浸膏粉=4∶1制备食饵,并以该食饵喂养模型组鹌鹑,正常组鹌鹑则自由饮食饮水。分别于造模第10、20、3... 目的:探讨高尿酸血症(HUA)状态下低度炎症的病理特点。方法:根据体质量随机将迪法克鹌鹑分为正常组、模型组,每组10只。以普通饲料:酵母浸膏粉=4∶1制备食饵,并以该食饵喂养模型组鹌鹑,正常组鹌鹑则自由饮食饮水。分别于造模第10、20、30天检测血清尿酸,血清炎症介质白细胞介素-1β(IL-1β)、IL-33、IL-2、IL-13、IL-8、IL-17、IL-6、IL-10、IL-12/P40、IL-16、IL-21、C反应蛋白(CRP)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、趋化因子CC配体2(CCL2)及γ干扰素(IFN-γ)、神经突起生长导向因子2(Netrin-2)、五聚蛋白3(Pentraxin 3),观察各炎症介质强度变化;造模第30天,取鹌鹑肝、回肠、肾各脏器组织,进行HE染色后观察组织病理形态变化;造模第20天,用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析差异炎症介质功能及相关信号通路;用Pearson相关性分析方法分析差异炎症介质与血清尿酸水平的相关性。结果:与正常组比较,模型组鹌鹑血清尿酸水平高(P<0.05),以血清IL-17、IL-6、IL-33等为主的白细胞介素类,以IL-8、CCL2为主的趋化因子类,IFN-γ、TNF-α、CRP及GM-CSF水平均升高(P<0.05),而IL-13、IL-10水平降低(P<0.05)。造模第20天,GO/KEGG富集分析结果显示,HUA状态下的低度炎症可能是尿酸代谢靶点群,通过IL-17、Janus激酶信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)等信号通路激活、细胞因子-细胞因子间相互作用,从而诱导IL-6、TNF-α等炎症介质产生。2组组织病理变化结果显示,与正常组相比,模型组回肠组织黏膜下层可见炎性细胞浸润,肝、肾组织未见明显差异。差异炎症介质与血清尿酸水平的相关性分析结果显示,鹌鹑血清中IL-6、TNF-α、CRP、IL-33、IL-17、IL-8、IFN-γ、CCL2、GM-CSF、IL-1β、IL-2、IL-6水平均与血清尿酸水平正相关,IL-10、IL-13水平与血清尿酸水平负相关。结论:HUA鹌鹑模型 展开更多
关键词 高尿酸血症 低度炎症 病理特点 鹌鹑 炎症介质 蛋白芯片技术 酶联免疫吸附试验法 基因本体/京都基因基因组百科全书富集分析
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补肾活血法治疗腰椎间盘突出症的用药规律和潜在分子机制预测 被引量:3
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作者 刘剑 杨雷 +1 位作者 沈浮 聂颖 《世界中医药》 CAS 2022年第13期1869-1878,共10页
目的:挖掘补肾活血法治疗腰椎间盘突出症(LDH)的处方用药规律,利用网络药理学方法对机制进行预测分析。方法:检索国家知识基础设施数据库(CNKI)相关文献,采用中医传承计算平台软件分析处方药物性味归经、关联规则、聚类分析,挖掘核心药... 目的:挖掘补肾活血法治疗腰椎间盘突出症(LDH)的处方用药规律,利用网络药理学方法对机制进行预测分析。方法:检索国家知识基础设施数据库(CNKI)相关文献,采用中医传承计算平台软件分析处方药物性味归经、关联规则、聚类分析,挖掘核心药物及类方,中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集核心药物的活性成分及潜在靶标,GeneCards,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库搜集LDH疾病靶点,利用STRING数据库分析核心药物干预LDH的核心靶蛋白,并进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:纳入104首处方共计233味中药,挖掘得到12个核心药物及5个核心类方,主要来源于补肾活血汤、身痛逐瘀汤和六味地黄汤,得到槲皮素、木犀草素、山柰酚等178个有效活性成分,涉及干预LDH的交集靶标52个,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络模型涉及JUN、AKT1、IL-6、MAPK1、VEGFA、FOS、MAPK14等核心靶蛋白,补肾活血类方、滋阴补肾类方、活血化瘀的特征性靶蛋白分别为多巴胺D3受体、胰岛素、维生素D受体,健脾补肾类方与白细胞介素17A、肿瘤坏死因子关系密切。活血通络类方中核心靶蛋白为C-X-C基序趋化因子配体8、核因子κB亚基1。KEGG富集分析涉及肿瘤坏死因子、白细胞介素-17、促分裂原活化的蛋白激酶、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子-1等炎症相关通路,以及Th17细胞分化、T细胞受体信等免疫相关通路。结论:补肾活血法治疗LDH常与通络、健脾、滋阴之法协同运用,其机制可能与抑制局部炎症反应及调节全身免疫平衡等多靶标、多途径共同作用有关。 展开更多
关键词 腰椎间盘突出症 补肾活血法 方剂 数据挖掘 网络药理学 用药规律 作用机制 京都基因基因组百科全书富集分析
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基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制
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作者 石育弘 王鑫 +3 位作者 张建平 董小鹏 潘海邦 曾昭洋 《中国烧伤创疡杂志》 2023年第3期178-184,共7页
目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准... 目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准化处理获得靶点基因简写;检索GeneCards等数据库中糖尿病溃疡发病机制的相关基因靶点,使用Venny在线工具对生肌玉红膏作用靶点和糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点进行交集处理,获得生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的潜在作用靶点;使用STRING数据库构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点靶标蛋白质⁃蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络;使用Bioconductor生物信息软件包对生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡核心作用靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对结果进行可视化处理。结果共获得生肌玉红膏作用靶点基因1842个、糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点857个,分析处理后获得交集靶点(生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点)108个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点PPI网络结果显示,关键作用靶点共包含白细胞介素(IL)⁃6、RAC⁃α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶⁃1(AKT⁃1)等28个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络结果显示,关键化学成分包含槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮等10个;GO功能注释结果显示,共涉及生物过程(BP)条目2403个、细胞组成(CC)条目64个、分子功能(MF)条目155个;KEGG通路富集分析结果显示,共涉及通路170条。结论生肌玉红膏中的槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮、毛蕊异黄酮等多种活性化学成分可能通过作用于IL⁃6、AKT⁃1等多靶点调节晚期糖基化终末产物(AGE)⁃晚期糖基化� 展开更多
关键词 糖尿病溃疡 生肌玉红膏 网络药理学 基因本体功能注释 京都基因基因组百科全书通路富集分析
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