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基于直接和间接PPI信息预测人类核蛋白亚核定位 被引量：1
1
作者 王雷 王颜超 +2 位作者 辛润 徐嘉良 李前忠 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期509-514,共6页
构建了含有五个亚核区域共426条蛋白质的单定位人类核蛋白数据库.选取蛋白质相互作用信息分数为信息参数,提出通过引入蛋白质一级间接相互作用预测蛋白质亚核定位的新算法,对人类核蛋白亚核定位进行了预测.对染色质、核仁两区域351条蛋... 构建了含有五个亚核区域共426条蛋白质的单定位人类核蛋白数据库.选取蛋白质相互作用信息分数为信息参数,提出通过引入蛋白质一级间接相互作用预测蛋白质亚核定位的新算法,对人类核蛋白亚核定位进行了预测.对染色质、核仁两区域351条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为91.04%.对染色质、核仁、核基质、核斑四区域413条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为79.75%. 展开更多
关键词 人类核蛋白 亚核定位 蛋白质相互作用 蛋白质一级间接相互作用
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内脏伤害性刺激后大鼠臂旁核内Fos样神经元的亚核定位 被引量：1
2
作者 李雷 张露青 +2 位作者 肖明 韩群颖 丁炯 《解剖学研究》 CAS 2006年第1期12-14,共3页
目的观察内脏伤害性刺激后大鼠臂旁核内Fos阳性神经元的亚核分布。方法给予大鼠2%甲醛溶液灌胃后,用Fos蛋白免疫组织化学方法观察臂旁核内Fos阳性神经元在各亚核内的分布情况。结果Fos阳性神经元在臂旁核内的分布具有亚核特异性:外侧核... 目的观察内脏伤害性刺激后大鼠臂旁核内Fos阳性神经元的亚核分布。方法给予大鼠2%甲醛溶液灌胃后,用Fos蛋白免疫组织化学方法观察臂旁核内Fos阳性神经元在各亚核内的分布情况。结果Fos阳性神经元在臂旁核内的分布具有亚核特异性:外侧核外亚核、Kolliker-Fuse核和外侧核背亚核有大量分布;外侧核中央亚核有少量分布;其余各亚核偶见或未见分布。结论臂旁核的外侧核外亚核、Kolliker-Fuse核和外侧核背亚核在内脏伤害性刺激的传递过程中起中继作用。 展开更多
关键词 臂旁核 即早基因 内脏伤害性刺激 大鼠 亚核定位
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基于近似熵的伪氨基酸组成预测蛋白质亚核定位
3
作者 张同亮 丁永生 +1 位作者 顾全 孙登宽 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期239-244,共6页
了解真核细胞中细胞核内蛋白质的定位情况对于新发现蛋白质的功能注释具有重要意义。随着蛋白质数据库中蛋白质序列数量的急速增加,采用计算方法来预测蛋白质亚核定位已经成为蛋白质科学领域研究的热点。根据Chou提出的伪氨基酸组成离... 了解真核细胞中细胞核内蛋白质的定位情况对于新发现蛋白质的功能注释具有重要意义。随着蛋白质数据库中蛋白质序列数量的急速增加,采用计算方法来预测蛋白质亚核定位已经成为蛋白质科学领域研究的热点。根据Chou提出的伪氨基酸组成离散模型,提出了一种新的蛋白质亚核定位预测方法。计算蛋白质序列的近似熵作为附加特征构建伪氨基酸组成,表示蛋白质序列特征,AdaBoost分类算法作为预测工具。与已报道的亚核定位预测方法的性能相比,这种方法具有更高的准确率。 展开更多
关键词 蛋白质亚核定位 伪氨基酸组成 近似熵 ADABOOST分类器
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利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位
4
作者 刘立元 陈月辉 +1 位作者 马炳先 曹毅 《济南大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2010年第4期376-379,共4页
针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质... 针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征,训练了5个基于EFKNN的基分类器,并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集,利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白,正确率为70.0%,表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。 展开更多
关键词 蛋白质亚核定位 集成学习 进化模糊K近邻 粒子群优化算法 Jackknife验证
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基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测
5
作者 李小苇 刘太岗 +1 位作者 陶珮莹 王春华 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2016年第15期83-87,共5页
获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置... 获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置特异性得分矩阵利用自互协方差变换构建蛋白质序列的特征向量,采用递归特征消除法进行特征选择,选用支持向量机作为预测工具,并在两个经典数据集SC714和LD504上进行了夹克刀测试。实验结果表明,该方法比大多数已报道的预测方法具有更高的预测准确率。 展开更多
关键词 蛋白质亚核定位 位置特异性得分矩阵 自互协方差变换 递归特征消除
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