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中国3个主栽烟草品种的差异蛋白质组学研究 被引量:5
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作者 徐莹 晏国全 +1 位作者 张扬 余红秀 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第16期3084-3097,共14页
【目的】从全蛋白质组学水平研究烟草,筛选具有重要特性的蛋白质,阐明其相关代谢通路,使得烟草的基础科学研究和品种培育工作有所突破。【方法】利用苯酚法提取中国3个主栽烟草品种红花大金元、K326和云烟87叶片的蛋白质,酶解后采用串... 【目的】从全蛋白质组学水平研究烟草,筛选具有重要特性的蛋白质,阐明其相关代谢通路,使得烟草的基础科学研究和品种培育工作有所突破。【方法】利用苯酚法提取中国3个主栽烟草品种红花大金元、K326和云烟87叶片的蛋白质,酶解后采用串联质量标签技术(tandem mass tag,TMT)标记,结合二维液相色谱串联质谱技术(2D LC-MS/MS)对3个烟草品种叶片的蛋白质组成进行分析,运用Proteome Discoverer软件提取谱图后在MASCOT搜索引擎上鉴定蛋白质和肽段,并对鉴定的蛋白质进行系统的生物信息学分析,包括数据相关性分析、分层聚类分析和主成分分析,同时按照2倍上下调的原则采用火山图筛选不同品种烟草中表达差异显著的蛋白质,最后利用KEGG通路分析烟草中重要蛋白质的分布及功能。【结果】鉴定红花大金元、K326和云烟87烟草样品的蛋白质Group总数为3 079,蛋白质ID数为10 343。从分层聚类分析和主成分分析中蛋白质的整体表达情况可见,K326和云烟87蛋白质表达情况较相似,而红花大金元与前两者相差较大。后续的差异蛋白质筛选也验证了该结果,表现为云烟87和K326之间仅存在29个差异表达的蛋白质,其中13个蛋白质覆盖8条代谢通路,包括类黄酮生物合成,参与类黄酮合成路径的查尔酮合成酶在K326中的相对含量显著高于云烟87。红花大金元和云烟87之间有160个蛋白质差异表达,其中103个蛋白质覆盖42条代谢通路,包括谷胱甘肽代谢,相对定量结果显示谷胱甘肽代谢途径相关的3种酶,谷胱甘肽过氧化物酶、磷脂过氧化氢物谷胱甘肽过氧化物酶和谷胱甘肽S-转移酶在红花大金元中的含量均显著低于云烟87。红花大金元和K326之间存在119个差异蛋白质,其中89个蛋白质覆盖41条代谢通路,包括外源物质细胞色素P450代谢。筛选获得的重要差异蛋白质的相对定量结果显示一些与抗性相关的� 展开更多
关键词 烟草 差异蛋白质组学 串联质量标签 二维液相色谱串联质谱
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定量蛋白质组学筛选及分析山慈菇酯提物抗4T1乳腺癌的新启示 被引量:5
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作者 曹晓东 张楠 +3 位作者 杨冬冬 刘颖 王赫 张子英 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第2期246-255,共10页
探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进... 探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进行检测,并筛选4T1组织中发生显著变化的差异蛋白。利用多重数据库对Cr Ap/CON差异蛋白进一步进行生物信息学分析,QPCR检测癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9、Tmsb4x和GADPH的mRNA表达量。蛋白质组学共获得15个上调蛋白,1个下调蛋白,其中有4个上调差异蛋白与免疫调节功能密切相关。胸腺素β-4下调,而Toll 4受体结合蛋白、Toll样受体结合蛋白、肥大细胞表达膜蛋白1上调,基因本体论注释分析和功能聚类分析显示这些差异蛋白可能与Cr Ap产生抗乳腺癌作用相关;S100-a8、S100-a9蛋白上调可能与Cr Ap产生促凋亡作用和免疫调节过程相关。此外,KEGG富集通路多与免疫调控过程相关,其中癌症的转录失调通路、IL-17信号通路可能与Cr Ap抗4T1作用和免疫调节机制密切相关。QPCR结果显示Cr Ap能显著提高乳腺癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9的表达,而降低Tmsb4x。TMT定量蛋白质组学能有效筛选Cr Ap抗4T1的差异蛋白,其中Cr Ap抗4T1乳腺癌机制和相关的免疫调控作用有望成为新的研究方向。 展开更多
关键词 4T1乳腺癌 蛋白质组学 串联质量标签 山慈菇
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乳腺癌血清标志物的TMT标记定量蛋白质组学筛选及分析 被引量:4
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作者 李曦洲 方敏 +1 位作者 盛湲 于恩达 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期622-627,共6页
目的探讨乳腺癌患者血清中蛋白的表达变化,筛选并分析乳腺癌诊断的生物学标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对68例Ⅱ期乳腺癌患者及62例健康女性的血清蛋白进行检测,并进行蛋白质定量分析,筛选乳腺癌患者血清中... 目的探讨乳腺癌患者血清中蛋白的表达变化,筛选并分析乳腺癌诊断的生物学标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对68例Ⅱ期乳腺癌患者及62例健康女性的血清蛋白进行检测,并进行蛋白质定量分析,筛选乳腺癌患者血清中发生显著变化的差异蛋白。利用Uni Prot数据库和Proteome Discoverer软件及在线工具STRING对差异蛋白进一步行生物信息学分析,应用蛋白质印迹法和q PCR对变化倍数显著的差异蛋白VIME(上调为健康对照女性的3.918倍)和RAF1(下调为健康对照女性的0.251)进行验证。结果共获得67种差异蛋白,其中26种表达上调,41种表达下调。基因本体论(GO)注释分析和功能聚类分析显示上述差异蛋白与肿瘤的血管生成、新陈代谢进程、生物黏附能力等相关。蛋白质印迹法和q PCR验证结果显示RAF1蛋白和mRNA在Ⅱ期乳腺癌患者血清中的表达水平均低于健康对照女性,而VIME蛋白和mRNA的表达均高于健康对照女性,与筛选结果一致。结论定量蛋白质组学TMT法能有效筛选Ⅱ期乳腺癌患者血清中的差异蛋白,其中VIME和RAF1蛋白有望成为乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 蛋白质组学 串联质量标签 生物学肿瘤标志物
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阿霉素抗4T1乳腺癌荷瘤小鼠的免疫调控机制 被引量:3
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作者 张楠 曹晓东 +2 位作者 刘颖 杨冬冬 张子英 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2522-2533,共12页
为了探讨阿霉素(Adriamycin,ADM)对4T1乳腺癌荷瘤鼠BALB/c的免疫调节作用,采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术检测ADM对4T1乳腺癌差异蛋白的影响,利用多重数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。根据蛋白质组学结果,寻找差异... 为了探讨阿霉素(Adriamycin,ADM)对4T1乳腺癌荷瘤鼠BALB/c的免疫调节作用,采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术检测ADM对4T1乳腺癌差异蛋白的影响,利用多重数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。根据蛋白质组学结果,寻找差异蛋白中与免疫调节功能相关的靶点,通过酶联免疫吸附测定(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)观察ADM对乳腺癌组织中Th1细胞(Helper T cells 1,Th1)和Th2细胞(Helper T cells 2,Th2)的影响;通过流式细胞术分析ADM对CD4+T细胞、CD8+T细胞和调节性T细胞(Regulatory T cells,Tregs)的影响;HE染色观察ADM对4T1乳腺癌荷瘤鼠胸腺的改变。ADM上调170种差异蛋白,下调58种差异蛋白。有73种差异蛋白与免疫调控过程相关,KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集于细胞因子及受体相关的重要蛋白通路、白介素17 (Interleukin 17,IL-17)通路和癌症的转录调控通路。与免疫功能相关的差异蛋白与CD4+T细胞、CD8+T细胞和Tregs细胞的功能有关,而这些细胞的分型影响乳腺癌的预后。ADM极显著升高白介素2(Interleukin2,IL-2),CD4+T细胞、CD8+T淋巴细胞含量(P<0.01),显著降低Tregs细胞含量(P<0.05)。ADM抗乳腺癌的免疫调节蛋白有Ighm、Igkc、S100A8、S100A9和Tmsb4x。 展开更多
关键词 乳腺癌 4T1细胞 蛋白质组学 串联质量标签 阿霉素
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食管癌患者血浆外泌体蛋白标志物TMT定量蛋白质组学筛选及分析 被引量:2
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作者 卢喜 年亮 +2 位作者 谭遥 王海峰 俞婷婷 《解剖学研究》 CAS 2021年第3期206-212,共7页
目的探讨食管癌患者血浆外泌体蛋白的表达变化,筛选并分析食管癌诊断的生物标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对3例食管鳞状细胞癌患者及3例健康体检者的血浆外泌体蛋白进行检测及定量分析,筛选食管癌患者血清... 目的探讨食管癌患者血浆外泌体蛋白的表达变化,筛选并分析食管癌诊断的生物标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对3例食管鳞状细胞癌患者及3例健康体检者的血浆外泌体蛋白进行检测及定量分析,筛选食管癌患者血清外泌体中发生显著性变化的差异蛋白。采用Proteome Discoverer、STRING等数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。结果共鉴定出17种显著差异表达蛋白,其中显著上调蛋白6个,显著下调蛋白11个。GO功能注释、COG注释、KEGG通路注释和结构域注释显示差异蛋白主要包括蛋白酶抑制剂的羧肽酶、细胞外基质1、分泌磷蛋白24、ERV/ALR硫代氧化酶、血小板反应蛋白/软骨寡聚基质蛋白的卷曲螺旋结构域、胎球蛋白B半胱氨酸蛋白酶抑制结构域。结论定量蛋白质组学TMT法能有效筛选食管癌患者血浆外泌体中的差异蛋白,筛选出的差异蛋白有望成为食管癌诊断的标志物。 展开更多
关键词 食管癌 外泌体 蛋白标志物 串联质量标签 蛋白质组学
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子宫内膜异位症患者的定量蛋白质组学分析
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作者 易金玲 沈艳丽 +1 位作者 李菊清 腊晓琳 《医药前沿》 2022年第32期16-18,22,共4页
目的:通过高分辨质谱仪对子宫内膜异位症患者进行定量蛋白质组学分析,探讨子宫内膜异位症的诊断标志物及治疗靶点。方法:选取2019年1月—2021年12月新疆医科大学第五附属医院收治的卵巢子宫内膜异位症患者,取患者异位子宫内膜(PPF组)、... 目的:通过高分辨质谱仪对子宫内膜异位症患者进行定量蛋白质组学分析,探讨子宫内膜异位症的诊断标志物及治疗靶点。方法:选取2019年1月—2021年12月新疆医科大学第五附属医院收治的卵巢子宫内膜异位症患者,取患者异位子宫内膜(PPF组)、在位子宫内膜(PNP组)组织样本各5例,再选取健康女性正常子宫内膜(NPF组)组织样本5例为对照组。提取总蛋白经蛋白酶解后,LC-MS高分辨质谱分析,TMT标记,肽段分级,高分辨质谱仪检测,生物信息学分析得出差异表达蛋白。结果:共鉴定到7575个差异蛋白,PPF组与NPF组差异蛋白296个,PNP组与NPF组差异蛋白52个,PPF组与PNP组差异蛋白535个。KEGG注释分析三组均筛选到且排名靠前的通路是PI3K-AKT信号通路。结论:定量蛋白质组学技术能有效筛选出子宫内膜异位症患者的差异蛋白,生物学分析筛选出有研究价值的蛋白靶点和代谢通路,为子宫内膜异位症患者新的诊断标志物及治疗靶点研究提供新思路。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 蛋白质组学 串联质量标签
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阿仑膦酸钠治疗骨质疏松模型大鼠机制的串联质量标签蛋白质组学分析
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作者 黄惠敏 谢冰颖 +4 位作者 黄景文 黄小彬 谢丽华 李生强 葛继荣 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2505-2511,共7页
背景:目前关于阿仑膦酸钠治疗骨质疏松症的作用机制及作用靶点,仍需深入研究。目的:探究阿仑膦酸钠调节骨质疏松模型大鼠骨代谢的作用机制,并进行差异表达蛋白生物信息学分析。方法:雌性SD大鼠随机分为模型组、阿仑膦酸钠组、假手术组,... 背景:目前关于阿仑膦酸钠治疗骨质疏松症的作用机制及作用靶点,仍需深入研究。目的:探究阿仑膦酸钠调节骨质疏松模型大鼠骨代谢的作用机制,并进行差异表达蛋白生物信息学分析。方法:雌性SD大鼠随机分为模型组、阿仑膦酸钠组、假手术组,每组12只,前两组均采用去卵巢法建立骨质疏松症模型,造模4周后阿仑膦酸钠组大鼠予阿仑膦酸钠灌胃;另外两组予等体积生理盐水。连续灌胃12周后测定胫骨骨密度,采用串联质量标签联合液相色谱-串联质谱法联用技术对大鼠腰椎进行蛋白质组学分析,筛选出差异表达蛋白,并进行基因本体、京都基因和基因组百科全书通路及蛋白相互作用网络分析。结果与结论:①筛选出阿仑膦酸钠组与模型组组间上调/下调差异表达蛋白分别为32个/51个;②基因本体富集分析结果显示,差异表达蛋白主要参与结合、催化活性等分子功能以及细胞过程、代谢过程等生物过程;③京都基因和基因组百科全书富集分析结果显示,阿仑膦酸钠组/模型组组间差异表达蛋白功能主要参与泛酸和辅酶A的生物合成过程;④蛋白相互作用分析结果表明,阿仑膦酸钠组/模型组组间共同差异表达蛋白中Hspa1l、Enpp3、Unc45a、Myh9、Cant1位于蛋白互作网络节点并与骨代谢密切相关;⑤结果显示,阿仑膦酸钠可能通过调控差异表达蛋白及泛酸和辅酶A生物合成过程来调节骨质疏松模型大鼠的骨代谢。 展开更多
关键词 阿仑膦酸钠 串联质量标签技术 骨质疏松 蛋白质组学 蛋白互作 差异表达蛋白 骨代谢
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