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ADAMTS7基因表达水平对神经胶质瘤患者预后作用及临床病理特征的关联性探讨 被引量：1
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作者 庄胜 杨思捷 +3 位作者 何立环 聂新宇 花奇凯 赵劲民 《中国临床新医学》 2020年第10期1019-1025,共7页
目的探讨血小板反应蛋白提取整合素金属肽酶7(ADAMTS7)基因表达水平对神经胶质瘤患者预后作用及临床病理特征的关联性。方法在中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库(http://www.cgga.org.cn)下载mRNAseq 693和mRNAseq 325两个转录组测序数... 目的探讨血小板反应蛋白提取整合素金属肽酶7(ADAMTS7)基因表达水平对神经胶质瘤患者预后作用及临床病理特征的关联性。方法在中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库(http://www.cgga.org.cn)下载mRNAseq 693和mRNAseq 325两个转录组测序数据集,以mRNAseq 693作为探索数据集,mRNAseq 325作为验证数据集。提取数据集病例的ADAMTS7基因表达量,以ADAMTS7的中位值作为截断阈值将患者分为高表达组和低表达组。分析ADAMTS7基因表达水平与患者临床病理特征的关联性及对患者生存预后的影响,并以美国癌症基因组图谱数据库(TCGA)胶质瘤队列作为外部数据集再次验证ADAMTS7基因表达水平与胶质瘤患者预后的关系。结果无论是在探索数据集还是在验证数据集中,ADAMTS7基因高表达组与低表达组在发生状态、组织学类型、WHO分级、化疗状态、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态和1号染色体短臂和19号染色体长臂(1p19q)共缺失状态方面比较差异均有统计学意义(P<0.05)。对于探索数据集,多因素Cox回归分析结果显示,较高的ADAMTS7基因表达水平、疾病复发、WHO分级为Ⅳ级和年龄>43岁是影响患者术后生存预后的危险因素,而接受化疗、IDH突变和1p19q共缺失是影响患者术后生存预后的保护因素(P<0.05)。对于验证数据集,多因素Cox回归分析结果显示,较高的ADAMTS7基因表达水平、疾病复发、WHO分级为Ⅳ级是影响患者术后生存预后的危险因素,而组织学类型为多形胶质母细胞瘤(GBM)、接受化疗和1p19q共缺失是影响患者术后生存预后的保护因素(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,无论是对于探索数据集还是验证数据集,ADAMTS7基因低表达组的术后生存预后均显著优于高表达组(P<0.001)。以TCGA胶质瘤数据作为外部数据集验证,结果显示,ADAMTS7基因高表达组的总生存期(OS)和无进展间期(PFI)优于低表达组,差异有统计学意义(P< 展开更多
关键词 血小板反应蛋白提取整合素金属肽酶7(ADAMTS7)基因 中国胶质瘤基因组图谱数据库 生物标志物 转录组 预后
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基于CGGA数据库构建的列线图模型预测胶质母细胞瘤患者预后分析
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作者 郭社卫 甄英伟 林发 《中华神经外科疾病研究杂志》 CAS 2024年第5期15-21,共7页
目的基于中国脑胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)资料分析,构建有效预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后的列线图模型,以期为临床治疗提供帮助。方法从CGGA数据库获取下载全基因转录组_693(mRNAseq_693)测序数据及临床数据,应用LASSO-COX回归分... 目的基于中国脑胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)资料分析,构建有效预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后的列线图模型,以期为临床治疗提供帮助。方法从CGGA数据库获取下载全基因转录组_693(mRNAseq_693)测序数据及临床数据,应用LASSO-COX回归分析影响因素及相关功能基因,将患者依据风险评分划分为高风险组、低风险组,对相关基因的功能注释并进行了基因本体(GO)和信号通路富集(KEGG)分析。构建列线图预测模型,以校准曲线评估列线图的性能。结果249例GBM患者中140例原发、109例复发,从23974个基因中筛选出237个基因升高(筛选标准:r/p>2且P<0.005),119个基因降低(筛选标准:r/p<0.5且P<0.005)。通过LASSOCOX降维分析筛选出9个候选基因(CPLX1、DPT、FAM225B、GNAS_AS1、GRM5、HAR1B、NGFR、RP11_403I13.4及RP11_498C9.13),并依据其相应的λ值来计算每位患者的RiskSocre评分,中位RiskSocre临界值为0.013。随着RiskSocre评分的增加,PRS、IDH突变状态、1p19q共缺失状态及9个候选基因表现出不对称分布特征。高危组复发占比、IDH野生占比、1p19q未缺失占比高于低危组(P<0.05)。Kaplan-Meier曲线表明,高危组患者的OS低于低危组患者(P<0.05)。GBM复发患者的RiskSocre评分显著增加,女性患者的RiskSocre评分略有增加;RiskSocre评分与年龄、术后放疗、术后化疗、IDH突变状态、1p19q共缺失状态、MGMTp启动子甲基化状态无相关性。GO分析表明,与RiskSocre评分最相关的生物学过程包括免疫应答,免疫应答调节和T细胞共刺激;KEGG分析表明,与RiskSocre评分最相关信号通路是T细胞受体信号通路,包括细胞粘附分子和抗原加工和呈递。GBM患者的(1年、2年、3年、5年和9年)肿瘤复发概率可通过个体化预测模型进行估计;校准曲线中的列线图和实际观测结果显示出令人满意的重叠,表明较佳的预测准确性。结论建立列线图模型,预测GBM患者的1年、2年、3� 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 中国脑胶质瘤基因组图谱数据库 基因本体分析 信号通路富集分析 列线图模型 预后
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