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题名基于不同序列特征值预测氧化还原酶辅酶类型的研究
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作者
张光亚
葛慧华
方柏山
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机构
华侨大学工业生物技术研究所
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出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第5期545-548,共4页
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基金
“863计划”(2006AA020103)
国家自然科学基金(20676048)
+1 种基金
福建省自然科学基金(2007J0360)
华侨大学科研基金(07HZR20)
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文摘
如何有效提取蛋白质序列特征值,一直是生物信息学研究的重要任务。本文研究8种序列特征值提取方法,并考察它们在不同分类器中的表现,以用于预测氧化还原酶辅酶依赖类型。其中,氨基酸组成法效果最差,平均预测精度仪及64.96%;而将两性伪氨基酸组成和新氨基酸组成分布两种方法合并后,以支持向量机作为分类器时,其识别效果最佳,可达92.93%。此外,不同特征值的提取方法与分类器之间似乎有着一定的匹配关系,只有找到其间的最佳匹配,才能获得最佳的识别效果。
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关键词
特征值提取
氧化还原酶
辅酶
两性伪氨基酸组成
新氨基酸组成分布
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Keywords
feature extraction, oxidoreductases, cofactor, amphiphilic pseudo amino acid composition, new amino acid composition distribution
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分类号
Q617
[生物学—生物物理学]
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