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野油菜黄单胞菌BioC蛋白的生物信息学分析
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作者 陈群一 吴晓妍 +2 位作者 陈博 王海洪 余永红 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期5091-5099,共9页
野油菜黄单胞菌ATCC 33913基因组中Xcc0383、Xcc1678被标注丙二酸单酰-ACP甲基转移酶(BioC)编码基因,从KEGG数据库检索Xcc0383和Xcc1678的氨基酸序列,运用生物信息学在线分析软件对这2个基因编码的蛋白进行了理化性质、蛋白结构、亲水... 野油菜黄单胞菌ATCC 33913基因组中Xcc0383、Xcc1678被标注丙二酸单酰-ACP甲基转移酶(BioC)编码基因,从KEGG数据库检索Xcc0383和Xcc1678的氨基酸序列,运用生物信息学在线分析软件对这2个基因编码的蛋白进行了理化性质、蛋白结构、亲水性、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点及蛋白相互作用网络的预测分析。结果表明2个蛋白理化性质相近,但Xcc0383为亲水性蛋白,Xcc1678位疏水性蛋白。2个蛋白都具有甲基转移酶功能结构域,不存在跨膜结构域和信号肽,磷酸化位点和翻译后修饰位点的数量和位置类似。Xcc0383和Xcc1678二级结构中组成最多的是α-螺旋,分别占46.36%和51.69%,三级结构预测结果与二级结构一致。蛋白相互作用预测后发现,Xcc0383与BioH、BioF、BioA等负责生物素合成的蛋白关系最为密切,而Xcc1678与其毗邻的糖基转移酶关系密切。氨基酸序列同源比对显示Xcc0383与大肠杆菌(E.coli)的BioC相似性较高。Xcc0383编码蛋白负责在野油菜黄单胞菌体内合成生物素,而Xcc1678作为甲基转移酶负责为不同的受体分子提供甲基基团。 展开更多
关键词 生物信息学 野油菜黄单胞菌 丙二酸单酰-acp甲基转移酶 预测分析
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