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下一代测序技术:技术回顾与展望 被引量:44
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作者 周晓光 任鲁风 +3 位作者 李运涛 张猛 俞育德 于军 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2010年第1期23-37,共15页
在过去的30年中,作为最重要的生物医学研究手段之一,DNA测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也演变成为一个面向工程学和物理学的新技术领域.本文分析了下一代测序仪的技术特点,并对其未来的发展以及应用进行了前瞻性的... 在过去的30年中,作为最重要的生物医学研究手段之一,DNA测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也演变成为一个面向工程学和物理学的新技术领域.本文分析了下一代测序仪的技术特点,并对其未来的发展以及应用进行了前瞻性的展望.预期在刚刚出现的技术中,有些技术假以时日能够发展成熟,实现1000美元基因组和100美元基因组的目标.同时建议中国科学家在这场对科学研究以及社会医疗保健体系都将产生深远影响的运动中发挥积极的作用. 展开更多
关键词 基因组学 DNA测序 下一代测序技术 测序
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我国通过植入前胚胎遗传学检测技术阻断罕见遗传病的发展现状 被引量:28
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作者 黄荷凤 徐晨明 王璐璐 《中国实用妇科与产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期10-15,共6页
出生缺陷是我国乃至全球所面临的严峻挑战,指婴儿出生前发生的身体结构、功能或代谢异常,与环境、遗传因素密切相关,其中遗传因素又包括染色体异常与基因突变[1]。罕见遗传病作为出生缺陷的重要组成部分,80%~85%具有遗传基础,且绝大多... 出生缺陷是我国乃至全球所面临的严峻挑战,指婴儿出生前发生的身体结构、功能或代谢异常,与环境、遗传因素密切相关,其中遗传因素又包括染色体异常与基因突变[1]。罕见遗传病作为出生缺陷的重要组成部分,80%~85%具有遗传基础,且绝大多数由基因突变导致[2]。根据世界卫生组织(WHO)的定义,罕见病为患病人数占总人口的0.65%~1%。的疾病或病变山,目前全球已知约6000~8000种.50%在出生或儿童期即发病.仅有少于6%的罕见病具备有效治疗方法.患者生存及生活质量严重受损[2,4]。 展开更多
关键词 植入前胚胎遗传学检测技术 单基因病 下一代测序技术
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下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展 被引量:23
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作者 沈圣 屈彦纯 张军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页
下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencin... 下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)、简化代表性亚硫酸氢盐测序法(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assisted bisulfite sequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosome conformation capture sequencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。 展开更多
关键词 下一代测序技术 表观遗传学 DNA甲基化 组蛋白修饰 染色质构象捕获
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子宫颈微生态与宫颈鳞状上皮内病变关系的研究 被引量:14
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作者 周晔 袁丹丹 +3 位作者 沈兰凤 胡仁静 徐忆秋 黄学文 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期468-474,共7页
目的:探讨子宫颈微生态与宫颈鳞状上皮内病变(squamous intraepithelial lesion,SIL)的关系。方法:选取2019年3月至5月南京医科大学附属无锡第二医院体检中心体检的和妇科就诊的12例子宫颈正常受试者(37~47岁),21例低度鳞状上皮内病变(l... 目的:探讨子宫颈微生态与宫颈鳞状上皮内病变(squamous intraepithelial lesion,SIL)的关系。方法:选取2019年3月至5月南京医科大学附属无锡第二医院体检中心体检的和妇科就诊的12例子宫颈正常受试者(37~47岁),21例低度鳞状上皮内病变(low-grade squamous intraepithelial lesion,LSIL)患者(39~48岁),5例高度鳞状上皮内病变(high-grade squamous intraepithelial lesion,HSIL)患者(38~45岁)和3例宫颈鳞癌患者(42~43岁),填写调查问卷、行子宫颈检查,同时使用下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)分析子宫颈分泌物的微生态,生物信息学分析NGS结果。根据NGS的人乳头状瘤病毒(human papilloma virus,HPV)检测结果将受试者分为HPV阴性组、低危HPV(low-risk HPV,lrHPV)、16/18型高危HPV(high-risk HPV,hrHPV)和其他hrHPV感染组。分析数据的韦恩图、微生态的多样性、物种的相对丰度和共现性以及受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线。结果:所有受试者子宫颈分泌物共获得种属水平微生态物种909种,各组之间有重叠。在不同宫颈病变受试者中,总HPV感染率、16/18型hrHPV感染率和其他hrHPV感染率差异无统计学意义(P均>0.05)。按HPV感染分组,16/18型hrHPV和其他hrHPV感染患者的子宫颈微生态多样性升高(U分别为39.00和43.00,P均<0.05),而各组之间卷曲乳酸杆菌相对丰度无差异(H=4.37,P=0.2136)。按子宫颈状况分组,子宫颈病变受试者子宫颈微生态多样性(H=14.60,P=0.0022)升高,卷曲乳酸杆菌丰度下降(H=13.98,P=0.0008)。在微生态物种中,支原体、衣原体和B族链球菌具有共现性;惰性乳酸杆菌、阴道加德纳菌、阿托波菌和二路普氏菌具有共现性。以卷曲乳酸杆菌相对丰度作为SIL诊断指标,其ROC曲线下面积(area under ROC curve,AUC)为0.874[95%置信区间(confidence interval,CI):0.732~0.957],卷曲乳酸杆菌和詹氏乳酸杆菌以及支原体联合诊断SIL的AUC为0.943[95%CI:0.822 展开更多
关键词 子宫颈鳞状上皮内病变 微生态 多样性 下一代测序技术
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不同年龄组女性胚胎的非整倍性分析 被引量:11
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作者 马会平 周晓航 +1 位作者 梁悦 刘丽英 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1098-1101,共4页
目的分析不同年龄组女性胚胎的非整倍性情况。方法收集沈阳市妇婴医院生殖中心患者捐赠用于科学研究的胚胎,根据女方年龄将胚胎分为高龄组(A组,年龄>35岁)和低龄组(C组,年龄≤35岁)。将胚胎培养至囊胚期,取囊胚滋养层细胞活检,检测... 目的分析不同年龄组女性胚胎的非整倍性情况。方法收集沈阳市妇婴医院生殖中心患者捐赠用于科学研究的胚胎,根据女方年龄将胚胎分为高龄组(A组,年龄>35岁)和低龄组(C组,年龄≤35岁)。将胚胎培养至囊胚期,取囊胚滋养层细胞活检,检测胚胎的非整倍性。结果共收集捐赠胚胎149枚,其中A组胚胎82枚,C组胚胎67枚;A组活检胚胎48枚,染色体异常32例;C组活检胚胎50枚,染色体异常22例。结论高龄女性胚胎染色体异常率高于低龄女性,为获得健康胚胎,建议高龄女性在行体外受精-胚胎移植(IVF-ET)时,结合植入前遗传学筛查(PGS),形态学不能作为胚胎筛选的唯一标准。 展开更多
关键词 高龄 囊胚期活检 胚胎植入前遗传学筛查 下一代测序技术
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高通量测序在重症肺部感染患者中的应用效果 被引量:10
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作者 任迪 李颖 +1 位作者 曾晶晶 谭婷婷 《中国医药导报》 CAS 2020年第7期94-97,共4页
目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,... 目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,对照组44例。比较NGS组病原体检出率,两组患者抗生素使用强度,重症监护病房(ICU)住院天数及28 d病死率。结果两组患者治疗前基线资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。NGS组中高通量肺泡灌洗液标本中病原体检出率明显高于常规培养,NGS组抗生素使用强度低于对照组,ICU住院时间短于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。两组患者28 d病死率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论高通量测序技术的应用能提高重症肺部感染患者肺泡灌洗液病原体的检出率,降低抗生素使用强度及缩短住院时间。 展开更多
关键词 高通量测序 重症肺部感染 抗生素使用强度 宏基因组学 下一代测序技术
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分子生物学技术在生物战病原微生物检测中的应用 被引量:9
7
作者 刘玮(综述) 路颖 于庆潭(审校) 《国际检验医学杂志》 CAS 2021年第23期2927-2930,共4页
随着未来战场上生物战暴发的可能性不断增大,结合现代分子生物学发展现状,以分子生物学最常用的核酸探针技术、聚合酶链反应、微流体技术、基因芯片技术及下一代测序技术作为研究对象,对未来生物战相关病原微生物的检测方法进行剖析,为... 随着未来战场上生物战暴发的可能性不断增大,结合现代分子生物学发展现状,以分子生物学最常用的核酸探针技术、聚合酶链反应、微流体技术、基因芯片技术及下一代测序技术作为研究对象,对未来生物战相关病原微生物的检测方法进行剖析,为我军对生物战相关病原微生物的检测检疫提供方法指导。 展开更多
关键词 生物战 病原微生物 核酸探针技术 聚合酶链反应 基因芯片技术 下一代测序技术
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高通量测序技术及其在黄酒微生物多样性研究中的应用 被引量:8
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作者 杜贞娜 程斐 +3 位作者 单之初 郭怀宇 孙剑秋 臧威 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第8期14-19,共6页
黄酒是我国传统的发酵酒精饮料,口感醇厚、风味独特。由于传统微生物培养方法具有一定局限性,无法全面反映黄酒酿造微生物多样性,而高通量测序技术具备方法简单、通量更高、成本较低和速度较快等特点,将其应用于黄酒微生物多样性的研究... 黄酒是我国传统的发酵酒精饮料,口感醇厚、风味独特。由于传统微生物培养方法具有一定局限性,无法全面反映黄酒酿造微生物多样性,而高通量测序技术具备方法简单、通量更高、成本较低和速度较快等特点,将其应用于黄酒微生物多样性的研究中,为认识黄酒酿造微生物多样性提供了有利手段。该文综述了高通量测序技术的发展阶段、原理、方法、操作流程、数据分析方法及其在黄酒微生物多样性研究中的应用,并对黄酒微生物多样性的研究方向进行了展望,以期为全面解析传统黄酒酿造微生物多样性与群落结构提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序技术 扩增子测序 下一代测序技术 黄酒 微生物多样性
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中药鉴定方法及其发展概况 被引量:5
9
作者 刘杰 房文亮 +4 位作者 谷海媛 戴胜云 连超杰 乔菲 郑健 《中国药事》 CAS 2023年第11期1332-1340,共9页
目的:对中药的传统与现代鉴别技术进行综述,以期为中药鉴定方法的开发与中药质控标准的提升提供参考与借鉴。方法:对中药的传统鉴定方法、中药的现代鉴定方法、DNA条形码鉴定技术、基于DNA条形码的SNP分型方法、下一代测序(NGS)技术在... 目的:对中药的传统与现代鉴别技术进行综述,以期为中药鉴定方法的开发与中药质控标准的提升提供参考与借鉴。方法:对中药的传统鉴定方法、中药的现代鉴定方法、DNA条形码鉴定技术、基于DNA条形码的SNP分型方法、下一代测序(NGS)技术在中药鉴定中的应用等几个方面进行了梳理。结果:中药鉴定学在传统鉴别技术的基础上逐步形成与植物系统分类学、植物化学、生物化学、分子生物学、细胞生物学及现代仪器分析等多学科的知识和技术的大融合,为中药真伪的鉴别提供了更广泛的选择。结论:中药的应用历史源远流长,同时中药在漫长的历史沿革与传承中也存在严重的混伪、代用现象。中药鉴定是促进中药应用国际化和质控标准化的基础,是保障人民用药安全的重要前提。 展开更多
关键词 中药 传统鉴定方法 现代鉴定方法 DNA条形码 SNP分型 下一代测序技术
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宣恩火腿发酵过程中表面微生物群落演替规律 被引量:7
10
作者 邓祥宜 李继伟 +4 位作者 何立超 张原源 黄国威 鲍晓龙 邱朝坤 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期34-42,共9页
为揭示宣恩火腿发酵过程中微生物群落演替规律,运用高通量测序技术分析不同发酵时间火腿表面细菌和真菌群落组成,并对物种相关性和微生物群落功能进行分析。结果表明:宣恩火腿表面细菌群落多样性在发酵过程中持续增加,共检出11个门和96... 为揭示宣恩火腿发酵过程中微生物群落演替规律,运用高通量测序技术分析不同发酵时间火腿表面细菌和真菌群落组成,并对物种相关性和微生物群落功能进行分析。结果表明:宣恩火腿表面细菌群落多样性在发酵过程中持续增加,共检出11个门和96个属;发酵前、中期,木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)占绝对优势(>98%),发酵后期主要优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、沙雷氏菌属(Serratia)和甲基菌属(Methylobacterium)。宣恩火腿表面真菌群落多样性相对稳定,共检出3个门和8个属;发酵前、中期的优势属为曲霉属(Aspergillus)、未分类真菌g_unclassified_k_Fungi(OTU7)和节菌属(Wallemia),发酵后期的优势属为曲霉属、未分类真菌和酵母(g_unclassified_o_Saccharomycetales)。物种相关性网络分析结果表明,曲霉属Aspergillus cibarius和木糖葡萄球菌呈正相关,与其他细菌呈负相关;帚状曲霉(Aspergillus penicillioides)、未分类酵母与木糖葡萄球菌呈负相关,与其他细菌呈正相关。功能预测结果表明,细菌和真菌均对宣恩火腿中蛋白质、脂肪的降解有重要作用。该研究揭示了宣恩火腿发酵过程中表面微生物群落演替规律,可为人工接种生产火腿提供参考,以便进一步改善火腿品质、缩短加工周期和提升安全性。 展开更多
关键词 宣恩火腿 发酵过程 微生物区系 细菌多样性 真菌多样性 下一代测序技术 功能预测
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黏膜黑色素瘤的分子遗传学研究进展 被引量:3
11
作者 李欢 赖玉梅 +1 位作者 吴艳 李忠武 《中华病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期205-208,共4页
黏膜黑色素瘤是黑色素瘤中一种罕见且具有侵袭性的亚型,预后较差。在我国,黏膜黑色素瘤比例高达22.6%,是黑色素瘤诊断的主要亚型之一。随着下一代测序技术的不断发展,我们对黏膜黑色素瘤基因变异谱的了解逐渐深入。本文总结了黏膜黑色... 黏膜黑色素瘤是黑色素瘤中一种罕见且具有侵袭性的亚型,预后较差。在我国,黏膜黑色素瘤比例高达22.6%,是黑色素瘤诊断的主要亚型之一。随着下一代测序技术的不断发展,我们对黏膜黑色素瘤基因变异谱的了解逐渐深入。本文总结了黏膜黑色素瘤的分子遗传学研究进展,对黏膜黑色素瘤的主要驱动基因突变、结构变异及基因融合特征进行论述,有助于对该疾病的发病机制有更加深入的了解。 展开更多
关键词 黏膜黑色素瘤 下一代测序技术 基因变异 结构变异 基因突变 基因融合 分子遗传学研究 侵袭性
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宏基因组下一代测序技术在肺部感染中的临床应用 被引量:6
12
作者 许慧芬 韩开宇 《临床肺科杂志》 2022年第11期1761-1766,共6页
由细菌、病毒或真菌等病原体引起的肺部感染在全球范围内的发病率和死亡率呈上升趋势,是导致生命死亡的主要原因之一[1-2]。作为一种呼吸道感染性疾病,肺部感染可引起多种并发症[3],特别是在基础疾病多、免疫功能差的患者中[4],将极大... 由细菌、病毒或真菌等病原体引起的肺部感染在全球范围内的发病率和死亡率呈上升趋势,是导致生命死亡的主要原因之一[1-2]。作为一种呼吸道感染性疾病,肺部感染可引起多种并发症[3],特别是在基础疾病多、免疫功能差的患者中[4],将极大的影响患者的预后[5]。由于患病环境、患病人群、疾病严重程度、检测技术的不同,致病微生物也不尽相同[6]。同时多种多重耐药菌以及新型病原体的大量出现,也给临床医生在抗菌治疗时带来了挑战[7]。因此尽早识别微生物病原体、确保精准抗生素治疗是至关重要的[8]。然而目前明确病原体的传统检测方法,耗费时间长且检出率低下[9],在我国有近半数肺部感染患者的病因诊断尚不明确[6],仅能在30%~40%的CAP患者中识别病原体[10-11]。新型的病原体诊断工具mNGS也因此备受青睐。mNGS通过对提取的DNA或RNA进行直接测序,可以对样本中存在的几乎所有病原体进行无偏移检测[12-13]。理论上mNGS不仅可以检测临床样本中的任何微生物[14],而且可以区分病原微生物和背景共生菌[15]。mNGS以其快速且精准的检测优势,可帮助临床迅速和准确的控制感染[16-17]。 展开更多
关键词 病原微生物 肺部感染 下一代测序技术 共生菌 传统检测方法 宏基因组 抗菌治疗 致病微生物
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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法
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作者 李林鑫 秦晓红 米立志 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-294,共14页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 核酸条形码检测技术 下一代测序技术
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应用下一代测序技术分析心脏发育异常胎儿的基因组拷贝数变异 被引量:6
14
作者 高铭 庞泓 +1 位作者 赵艳辉 李岭 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期524-527,共4页
目的应用下一代测序技术(next—generation sequencing,NGS)探讨全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)与胎儿心脏发育异常之间的关系。方法对36例心脏异常胎儿的脐带血样本进行染色体核型分析以及全基因组CNVs检测,... 目的应用下一代测序技术(next—generation sequencing,NGS)探讨全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)与胎儿心脏发育异常之间的关系。方法对36例心脏异常胎儿的脐带血样本进行染色体核型分析以及全基因组CNVs检测,应用信息学方法将发现的CNVs与已知的数据进行比对,探讨其临床意义。结果在36份样本中,共发现染色体数目异常5例,染色体结构异常3例,CNVs异常4例,分别涉及2号、13号、14号、16号以及22号染色体,其中范围最大者为6.8Mb的微缺失,范围最小者为280kb的微重复,明确了1例染色体结构异常的断裂点,诊断Noonan综合征1例、22q11微缺失综合征1例。结论NGS技术可以显著提高产前遗传学检测的水平。对CNVs进行筛查能够弥补染色体检查分辨率低的缺点,有助于揭示胎儿心脏发育异常的遗传学病因,对于降低再发风险具有重要的价值。 展开更多
关键词 下一代测序技术 拷贝数变异 先天性心脏病
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甘草根际土壤微生物群落对长期连作的响应 被引量:5
15
作者 张敏 马淼 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第22期9017-9025,共9页
光果甘草连年种植所引起的甘草产量下降、植株发育不良、根腐病频发严重影响甘草产业的持续发展,造成了重大的经济损失。然而,其机制却并不清楚。应用下一代测序技术,对未种植过光果甘草的土壤(Control),生长1a(Gg1)和生长5a(Gg5)光果... 光果甘草连年种植所引起的甘草产量下降、植株发育不良、根腐病频发严重影响甘草产业的持续发展,造成了重大的经济损失。然而,其机制却并不清楚。应用下一代测序技术,对未种植过光果甘草的土壤(Control),生长1a(Gg1)和生长5a(Gg5)光果甘草的根际土壤行16S rDNA和18S rDNA ITS测序,并对比分析了甘草根际土壤和对照组之间,以及不同种植年限甘草根际土壤之间的微生物群落结构差异,以期探究光果甘草连作障碍的原因。结果表明,光果甘草连作增加了根际土壤细菌群落的丰富度,降低了真菌群落的丰富度(P>0.05)。主坐标分析显示,光果甘草的根际土壤微生物组成与对照组之间存在显著差异,并且光果甘草的种植年限显著地影响了根际土壤微生物的群落组成。在门水平上,光果甘草连作显著地增加了真菌Blastocladiomycota和Mortierellomycota的相对多度(P<0.05)。在属水平上,光果甘草连作显著地降低了有益细菌Arthrobacter和Pseudomona及有益真菌Naganishia的相对多度,而增加了病原真菌Fusarium和Thanatephorus的相对多度。由此推测,光果甘草根际土壤微生物群落结构的改变,以及有益微生物相对多度的降低和病原微生物相对多度的增加可能是导致光果甘草发生连作障碍的重要原因之一。 展开更多
关键词 连作障碍 光果甘草 下一代测序技术 18S rDNA 16S rRNA 根际促生菌 病原菌
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感染性角膜炎的病原学诊断
16
作者 杨小萱 王平 《临床医学进展》 2024年第4期2191-2195,共5页
在世界范围内,尤其是发展中国家,感染性角膜炎是主要的致盲性眼病,其地位仅次于白内障。目前,诊断感染性角膜炎的金标准仍是微生物培养以及刮片检查,但是其阳性率较低、耗时较长。对于眼科医生来说,感染性角膜炎的诊断、治疗和预防方面... 在世界范围内,尤其是发展中国家,感染性角膜炎是主要的致盲性眼病,其地位仅次于白内障。目前,诊断感染性角膜炎的金标准仍是微生物培养以及刮片检查,但是其阳性率较低、耗时较长。对于眼科医生来说,感染性角膜炎的诊断、治疗和预防方面仍然面临巨大挑战。因此,开发快速且敏感的感染性角膜炎的诊断方法至关重要。本文对近年来各种检测感染性角膜炎的诊断技术的研究现状进行综述,并讨论各种诊断技术在角膜炎病原学诊断中存在的问题和应用前景。 展开更多
关键词 感染性角膜炎 实验室培养 活体共聚焦显微镜 下一代测序技术
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成人水痘带状疱疹病毒引起严重肺部感染1例
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作者 岳阳 刘怀政 漆靖 《实用休克杂志(中英文)》 2024年第2期121-123,共3页
目的探讨新冠流行背景下成年人感染水痘带状疱疹病毒的临床表现及诊疗手段。方法回顾性分析2023年2月入住本院的1例成年人感染水痘带状疱疹病毒的诊治全过程。结果患者经宏基因组下一代测序技术确诊后,予以阿昔洛韦抗病毒、丙种球蛋白... 目的探讨新冠流行背景下成年人感染水痘带状疱疹病毒的临床表现及诊疗手段。方法回顾性分析2023年2月入住本院的1例成年人感染水痘带状疱疹病毒的诊治全过程。结果患者经宏基因组下一代测序技术确诊后,予以阿昔洛韦抗病毒、丙种球蛋白提高免疫,气管插管呼吸机辅助呼吸,抗细菌感染等综合治疗手段后,于第20天顺利康复出院。结论同时对于发热伴皮疹,免疫功能低下患者应考虑水痘带状疱疹病毒感染可能,对于肺部感染不明确患者建议尽早行灌洗液宏基因组下一代测序检查明确治病病原体,确诊后尽早使用抗病毒药物。 展开更多
关键词 水痘带状疱疹病毒 下一代测序技术 免疫力 治疗策略
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下一代测序技术对不同病原体类型肺部感染诊断价值
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作者 李志典 黄友明 +5 位作者 舒红梅 夏勇惠 刘鑫 马冉冉 明红 陈梨 《临床军医杂志》 CAS 2024年第7期718-720,共3页
目的探讨下一代测序(NGS)技术对不同病原体类型肺部感染的诊断价值。方法选取皖南医学院第二附属医院自2022年1月至2023年12月收治的81例肺部感染患者为研究对象。采用NGS技术检测所有患者的感染病原体类型,比较NGS技术与常规病原学检... 目的探讨下一代测序(NGS)技术对不同病原体类型肺部感染的诊断价值。方法选取皖南医学院第二附属医院自2022年1月至2023年12月收治的81例肺部感染患者为研究对象。采用NGS技术检测所有患者的感染病原体类型,比较NGS技术与常规病原学检测的检出率。按照感染病原体类型及临床诊断将患者分为细菌感染组(n=38)与病毒感染组(n=43)。比较两组患者降钙素原(PCT)、血清淀粉样蛋白A(SAA)水平。应用受试者工作特征(ROC)曲线分析PCT、SAA单独及联合检测对不同病原体类型肺部感染的诊断价值。结果NGS对不同病原体类型肺部感染的检出率高于常规病原学,差异有统计学意义(P<0.05)。细菌感染组患者PCT、SAA水平均高于病毒感染组,差异均有统计学意义(P<0.05)。PCT、SAA及二者联合鉴别诊断细菌、病毒肺部感染的ROC曲线下面积分别为0.759、0.840、0.898,敏感度以PCT+SAA检测最高,特异度以SAA单独检测最高。结论NGS对肺部感染病原体的鉴别诊断效果良好,检测PCT、SAA水平对辅助肺部细菌、病毒感染诊断具有一定临床价值。 展开更多
关键词 下一代测序技术 降钙素原 血清淀粉样蛋白A 肺部感染 诊断价值
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微卫星不稳定性结直肠癌14239例患者的分子特征
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作者 古建辉 王蒙 李云涛 《中国临床研究》 CAS 2024年第9期1374-1378,1385,共6页
目的对四川地区结直肠癌患者进行基因测序,以分析其微卫星不稳定(MSI)的分子特征。方法采用第二代测序技术(NGS)方法对2017年至2022年四川省成都市第三人民医院14239例结直肠癌患者的进行检测,包含单核苷酸位点变异(SNV)、插入和缺失(In... 目的对四川地区结直肠癌患者进行基因测序,以分析其微卫星不稳定(MSI)的分子特征。方法采用第二代测序技术(NGS)方法对2017年至2022年四川省成都市第三人民医院14239例结直肠癌患者的进行检测,包含单核苷酸位点变异(SNV)、插入和缺失(InDel)、拷贝数变异(CNV)、基因融合(fusion)、MSI、肿瘤突变负荷(TMB)、EB病毒(EBV)等。比较高度微卫星不稳定(MSI-H)患者(MSI-H组,n=1018)和微卫星稳定(MSS)患者(MSS组,n=13221)的临床及分子特征。结果MSI在结直肠癌中的发生率为7.15%,且MSI检出率在诊断年龄、肿瘤位置、样本类型等方面均存在差异。MSI-H组TMB显著高于MSS组(92.8突变/Mb vs 12.7突变/Mb,P<0.05)。结直肠癌患者EBV阳性率为0.43%(27例),而MSI-H未检测到有EBV阳性的患者。ERBB 2、PIK3CA和BRAF等在MSI-H组中的频率都明显更高,但APC(51.26%vs 70.76%,χ^(2)=168.823,P<0.01)、TP53(27.76%vs 69.54%,χ^(2)=739.882,P<0.01)、NRAS(1.86%vs 3.98%,χ^(2)=11.445,P<0.01)在MSS组中的阳性率更高。此外,携带一个DNA错配修复基因(MMR)变异的患者在MSI-H型中占比更高(P<0.05)。结论四川地区结直肠癌MSI-H型与MSS型具有不同的分子特征,且在TMB及EBV感染也有所差异。 展开更多
关键词 结直肠癌 下一代测序技术 微卫星不稳定 微卫星稳定 DNA错配修复 肿瘤突变负荷 EB病毒 拷贝数变异 体系突变 胚系突变
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高通量测序在脓毒症患者病原体检测中的应用 被引量:5
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作者 任迪 李颖 +1 位作者 曾晶晶 谭婷婷 《海南医学》 CAS 2019年第21期2808-2810,共3页
目的探讨高通量测序在脓毒症患者病原体检测中的应用价值。方法回顾性分析2017年1月至2018年12月深圳市第二人民医院重症医学科收治的69例脓毒症患者的临床资料,比较血样本中高通量测序与培养两种病原检测方法的病原体检出率及检出时间... 目的探讨高通量测序在脓毒症患者病原体检测中的应用价值。方法回顾性分析2017年1月至2018年12月深圳市第二人民医院重症医学科收治的69例脓毒症患者的临床资料,比较血样本中高通量测序与培养两种病原检测方法的病原体检出率及检出时间。结果血样本中高通量病原体检出率为36.23%,明显高于培养的17.39%,检出时间为(59.16±9.25)h,明显短于培养的(85.17±17.60)h,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论高通量测序技术的应用能提高脓毒症患者血样本中的病原体检出率和缩短检出时间。 展开更多
关键词 高通量测序 脓毒症 重症感染 病原体检测 宏基因组学 下一代测序技术
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