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六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析 被引量：6
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作者 王昊明 范立刚 +2 位作者 董永镕 郑晓慧 刘慧泉 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2299-2316,共18页
羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03]%,e"包含42条重叠群(contigs),重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒... 羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03]%,e"包含42条重叠群(contigs),重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒重复序列,为完整的染色体。通过链特异性RNA-seq测序和转录本拼接,并结合多种基因预测策略,预测到13182个蛋白编码基因,包括267个碳水化合物活性酶,11个次生代谢产物合成基因簇。通过与内蒙古地区栽培的六妹羊肚菌菌株NZTD180501373基因组比较发现,六妹羊肚菌进化过程中可能发生过染色体重组事件,二者具有33055个SNP和48726个InDel位点差异,并且各自拥有超过6Mb的特有序列。此外,相比于梯棱羊肚菌M.importuna,六妹羊肚菌SCLS菌株中与逆转录转座酶有关的orthogroup发生了扩张,并且拥有5个成员数超过100的特有逆转录转座酶基因家族。对SCLS菌株中的DNA N6腺嘌呤甲基化(6mA)修饰进行了鉴定,发现SCLS菌株基因组中0.42%的腺嘌呤被6mA甲基化,其含量显著高于已报道的6种双核亚界(Dikarya)真菌。6mA甲基化位点在逆转录转座子上显著富集,表明六妹羊肚菌中6mA甲基化可能调控逆转录转座子的活性,这也是首次在真菌中报道6mA甲基化与转座子相关。 展开更多
关键词 三代基因组测序 DNA 6mA甲基化 LTR逆转录转座子 真菌基因组
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产EPA海洋细菌Shewanella baltica 6-42全基因组测序及比较基因组分析 被引量：2
2
作者 肖康 彭云峰 +2 位作者 罗玲 彭方 万霞 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期404-413,共10页
新近发现来源于北极的海洋细菌Shewanella baltica 6-42在低温条件下合成超长链多不饱和脂肪酸二十碳五烯酸(eicosapentaenoic acid C20∶5,EPA)。为了进一步探讨EPA合成调控机理,本研究通过第三代高通量测序技术对S.baltica 6-42菌株... 新近发现来源于北极的海洋细菌Shewanella baltica 6-42在低温条件下合成超长链多不饱和脂肪酸二十碳五烯酸(eicosapentaenoic acid C20∶5,EPA)。为了进一步探讨EPA合成调控机理,本研究通过第三代高通量测序技术对S.baltica 6-42菌株进行全基因组测序,得到高质量且无间断的总长度为5.15 Mb的全基因组序列信息。分析表明全基因组的GC含量为46.17%,预测编码基因有4 597个,共有2 577个基因具有明确的生物学功能,其中348个基因参与环境适应性调节,60个基因参与油脂代谢途径。全基因组存在64 053个甲基化修饰位点,且甲基化修饰类型主要是m6A和少量的m4C。根据同源序列比对,解析了该菌株中参与EPA合成的聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)途径5个关键基因及调控因子。同时对脂肪酸合成途径的其他关键基因和次级代谢产物合成基因簇进行了预测。根据已报道的另两株不同亚种S.baltica OS155和S.baltica OS678的基因组信息进行全基因组关联比较分析,结果显示三株细菌都保存有参与合成EPA的PKS基因簇,但其他功能基因的进化差异较大。本研究结果为S.baltica 6-42 EPA合成关键基因以及其他功能基因的挖掘和应用提供数据支持。 展开更多
关键词 SHEWANELLA BALTICA 二十碳五烯酸 第三代全基因组测序 聚酮合酶途径
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江西省2020年新冠肺炎病例临床样本SARS-CoV-2全基因组测序及基因特征研究
3
作者 李健雄 施勇 +9 位作者 刘师文 徐刚 龚甜 周珺 肖芳 刘晓庆 张艳妮 肖大瑾 冉鑫 熊英 《实验与检验医学》 CAS 2022年第5期637-642,共6页
目的探索新冠肺炎病例临床样本的新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,)SARS-CoV-2全基因组测序方法,系统阐述江西省SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。方法逐步建立基于Ion Torrent S5平台的SARS-CoV-... 目的探索新冠肺炎病例临床样本的新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,)SARS-CoV-2全基因组测序方法,系统阐述江西省SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。方法逐步建立基于Ion Torrent S5平台的SARS-CoV-2临床样本宏基因组测序方法、二代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法和基于MinION平台的三代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法,同时应用这三种方法对江西省新冠肺炎确诊病例的临床样本进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等软件进行数据处理和分析。结果成功建立三种对临床样本的SARS-CoV-2的宏基因组、二代和三代靶向全基因测序方法,获得了共38例确诊病例的全基因组序列。其中,33例为疫情期间病例,5例为外防输入期间的病例。疫情初期病例的SARS-CoV-2共检测到40个变异位点,每例病例的基因变异数为1~6个,根据8782和28144位点变异情况分为L和S两支,其余突变位点均只出现在1~3个病毒中。境外输入病例分别属于B.1、B.1.1、B.1.1.63、B.1.1.95、B.1.1.306,和国外同期的病例同源性最高。结论成功建立了三种SARS-CoV-2全基因组测序技术,并运用于江西省新冠肺炎疫情防控实际工作中。及时阻断疫情传播,对减少病毒变异具有非常重要的意义。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 临床样本 二代靶向全基因组测序技术 三代靶向全基因组测序技术 基因组特征
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