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湛江高桥红树林沉积物放线菌多样性及其中一株链霉菌产生的germicidins类化合物的鉴定 被引量:2
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作者 赵梦冉 王璐 +6 位作者 叶伟霞 张文军 张庆波 马亮 张丽萍 张长生 杨春芳 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1740-1753,共14页
【目的】从3种红树林植物根际沉积物中分离和鉴定放线菌,进行抑菌活性初筛获得目标菌株并研究其次级代谢产物。【方法】使用5种培养基对红树林植物根际沉积物放线菌进行分离,采用16S rRNA基因序列比对的方法研究沉积物中的放线菌多样性... 【目的】从3种红树林植物根际沉积物中分离和鉴定放线菌,进行抑菌活性初筛获得目标菌株并研究其次级代谢产物。【方法】使用5种培养基对红树林植物根际沉积物放线菌进行分离,采用16S rRNA基因序列比对的方法研究沉积物中的放线菌多样性,结合抑菌活性筛选获得目标菌株后进行放大规模发酵和分离鉴定次级代谢产物,根据生物合成基因簇定位和分析对化合物的生物合成途径进行推导。【结果】从3种红树林植物根际沉积物中分离得到放线菌49株,包括链霉菌属(Streptomyces)31株、小单孢菌属(Micromonospora)14株、小双孢菌属(Microbispora)、链孢子囊菌属(Streptosporangium)、野野村氏菌属(Nonomuraea)和糖单孢菌属(Saccharomonospora)各1株。获得粗浸膏抑菌活性较好的菌株Streptomyces sp.SCSIO 40067,从中分离鉴定了6个α-吡喃酮类化合物:germicidin A–C、germicidin I和isogermicidin A–B,并首次报道了germicidin A的晶体结构。从菌株SCSIO 40067基因组中定位到了germicidins的Ⅲ型聚酮合酶生物合成基因簇,结合文献对6个germicidins类化合物的生物合成途径进行了推导。【结论】湛江高桥红树林根际沉积物中的放线菌具有多样性,包含潜在的新物种和天然产物资源。菌株Streptomyces sp.SCSIO 40067具有α-吡喃酮类化合物的生产潜力。上述研究为后续工作提供了良好的实验材料。 展开更多
关键词 红树林 放线菌 α-吡喃
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细菌Ⅲ型聚酮合酶研究进展 被引量:3
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作者 苏世友 滕超 +1 位作者 张维 陈明 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期119-129,共11页
Ⅲ型聚酮合酶(PKS)被认为是结构最简单的聚酮合酶,这一类酶广泛存在于植物细菌和真菌中。随着基因组学的发展,细菌中Ⅲ型聚酮合酶引起越来越多的关注。Ⅲ型聚酮合酶在不同细菌中表现出不同的功能,其产物的结构和生物学活性也各不相同。... Ⅲ型聚酮合酶(PKS)被认为是结构最简单的聚酮合酶,这一类酶广泛存在于植物细菌和真菌中。随着基因组学的发展,细菌中Ⅲ型聚酮合酶引起越来越多的关注。Ⅲ型聚酮合酶在不同细菌中表现出不同的功能,其产物的结构和生物学活性也各不相同。对细菌Ⅲ型聚酮合酶的生物工程学改造也一直是研究的热点。综述了目前已经完成功能鉴定的细菌Ⅲ型聚酮合酶的研究进展,按照细菌Ⅲ型聚酮合酶产物的不同将其分为五类,并分别论述了各类细菌Ⅲ型聚酮合酶的结构、功能以及特点,对深入研究不同细菌Ⅲ型聚酮合酶以及进行生物工程学改造具有重要意义。 展开更多
关键词 细菌 次级代谢 生物工程改造
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石磺来源海洋链霉菌Streptomyces ardesiacus SCSIO LO23中germicidin类化合物的分离鉴定及其生物合成分析 被引量:1
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作者 吴巧灵 孙长利 +4 位作者 周镇槟 乔伊君 苗宗余 蔡磊 鞠建华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期2594-2609,共16页
海洋共附生放线菌具有生产结构特殊和活性显著化合物的潜力。【目的】以海洋软体动物石磺Onchidium sp.来源共附生海洋链霉菌Streptomyces ardesiacus SCSIO LO23为研究对象,分离并鉴定其次级代谢产物结构,分析化合物的生物合成基因簇... 海洋共附生放线菌具有生产结构特殊和活性显著化合物的潜力。【目的】以海洋软体动物石磺Onchidium sp.来源共附生海洋链霉菌Streptomyces ardesiacus SCSIO LO23为研究对象,分离并鉴定其次级代谢产物结构,分析化合物的生物合成基因簇及其生物合成途径。【方法】采用多种培养基对该菌株进行发酵优化并放大发酵,利用多种柱色谱方法分离得到germicidin类化合物,并利用波谱学手段和X-Ray单晶衍射技术完成化合物的结构鉴定;利用Illumina HiSeq对目标菌株进行全基因组测序,结合antiSMASH和BLAST在线分析软件实现菌株中germicidin类化合物生物合成基因功能注释和生物合成途径分析,并通过异源表达进一步确定其生物合成基因。【结果】从AM3培养基发酵产物中分离鉴定了6个吡喃酮类化合物germicidinA(1)、germicidinB(2)、germicidin D(3)、germicidin H(4)、isogermicidin A(5)和isogermicidin B(6),其中化合物2和6对斑马鱼神经行为有显著兴奋作用。通过对Illumina HiSeq测序结果生物信息学分析,结合异源表达,验证了化合物生物合成的相关基因,并结合文献对化合物1–6的生物合成途径进行了推导。【结论】本研究阐明了菌株S.ardesiacus SCSIO LO23来源germicidin类化合物的结构、生物活性和其生物合成基因,夯实了该类化合物的研究基础。 展开更多
关键词 germicidin 生物 Streptomyces ardesiacus 海洋共附生放线菌
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虎杖中一种新的2-吡喃酮合酶基因的克隆和功能研究(英文) 被引量:1
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作者 陈默 吴志军 +4 位作者 王晓伟 胡红艳 曹杰 柴团耀 王红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第7期699-710,共12页
4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮(2-吡喃酮)及其衍生物是一类重要的植物次生代谢产物,具有抗虫、抗真菌等功能,在工业上可用于生产可再生化学平台间苯三酚和1,3,5-三氨基-2,4,6-三硝基苯. 2-吡喃酮合酶(2PS),一种Ⅲ型聚酮合酶(PKSs),是合成2-吡... 4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮(2-吡喃酮)及其衍生物是一类重要的植物次生代谢产物,具有抗虫、抗真菌等功能,在工业上可用于生产可再生化学平台间苯三酚和1,3,5-三氨基-2,4,6-三硝基苯. 2-吡喃酮合酶(2PS),一种Ⅲ型聚酮合酶(PKSs),是合成2-吡喃酮的关键酶.本研究以中药材虎杖(Polygonum cuspidatum Sieb. et Zucc)为材料,从中分离鉴定了一种新的2-吡喃酮合酶(Pc2PS). Pc2PS与已知的几种2PSs的氨基酸序列相似性为54%~56%.通过体外酶促反应鉴定功能发现,Pc2PS可以催化1分子乙酰-CoA与2分子丙二酰-CoA,缩合生成4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮;也可以只利用3分子丙二酰-CoA,以相同的效率缩合生成2-吡喃酮.由此可以看出,乙酰-CoA存在与否并不影响该酶的催化效率.随后,我们测定了Pc2PS以丙二酰-CoA为单一底物时的酶动力学参数.虽然之前报道的2PSs也可以只利用丙二酰-CoA生成2-吡喃酮,但与Pc2PS不同的是,乙酰-CoA的缺失会大大降低催化效率.另外,对Pc2PS基因的组织表达特异性检测结果表明,该基因主要在虎杖根中表达,在叶中的表达量很低.本研究丰富了2PS的种类,并为2-吡喃酮的生物合成提供了基因资源. 展开更多
关键词 2-吡喃 虎杖
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利用Ⅲ型聚酮合酶CsyB起始单元的底物多样性体内合成csypyrone类化合物 被引量:1
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作者 潘丽霞 朱婧 +3 位作者 王青艳 申乃坤 李亿 杨登峰 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1137-1146,共10页
作为新型Ⅲ型聚酮合酶,米曲霉来源的CsyB能够依次接受一个起始单元为短链脂肪酰辅酶A、一个延伸单元为丙二酰辅酶A和另一个延伸单元为乙酰乙酰辅酶A的3个底物形成短链的csypyrone B1-3。基于CsyB的晶体结构分析,显示它的活性中心存在一... 作为新型Ⅲ型聚酮合酶,米曲霉来源的CsyB能够依次接受一个起始单元为短链脂肪酰辅酶A、一个延伸单元为丙二酰辅酶A和另一个延伸单元为乙酰乙酰辅酶A的3个底物形成短链的csypyrone B1-3。基于CsyB的晶体结构分析,显示它的活性中心存在一个长约16?的能够接受脂肪酰辅酶A结合通道,这个通道很可能能够接受多种底物。为了检测该酶的底物多样性,将CsyB基因导入到存在长链脂肪酰辅酶A前体的大肠杆菌中表达。高效液相结果显示,相比对照菌株,重组菌株产生了一系列长链的csypyrone衍生物。利用紫外可见光特征吸收值和高分辨液相色谱-质谱联用仪对这些新产物作了初步分析。对3个具有羟基的csypyrone产物的结构进行了核磁共振一维谱和二维谱的详细鉴定,确定了其羟基的位置。上述结果显示,CsyB具有广泛的底物特异性,不但可以接受多种长链饱和或不饱和脂肪酰辅酶A,还可以接受具有羟基修饰的长链脂肪酰辅酶A作为底物。 展开更多
关键词 CsyB 底物多样性 体内 csypyrone
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植物Ⅲ型聚酮合酶研究进展 被引量:1
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作者 王彬彬 魏建和 +1 位作者 宋振巧 高志晖 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第13期2639-2647,共9页
聚酮化合物是一大类结构各异并具有不同生物活性的天然产物,具有重要的药用价值。植物Ⅲ型聚酮合酶(polyketide synthases,PKSs)是植物中聚酮化合物生物合成的关键酶,主要通过催化初始酰基底物和二碳酰基单元的乙酰基发生一系列的缩... 聚酮化合物是一大类结构各异并具有不同生物活性的天然产物,具有重要的药用价值。植物Ⅲ型聚酮合酶(polyketide synthases,PKSs)是植物中聚酮化合物生物合成的关键酶,主要通过催化初始酰基底物和二碳酰基单元的乙酰基发生一系列的缩合反应合成聚酮化合物骨架结构。该文简要概述了植物Ⅲ型聚酮合酶的催化机制、功能改造、表达调控及其分子进化等方面的研究进展。 展开更多
关键词 工程 表达调控 分子进化
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利用同框敲除技术研究Ⅲ型聚酮合酶基因orf18的代谢产物
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作者 原海亮 管仁艳 何璟 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期74-80,共7页
为了阐明Streptomyces sahachiroi ATCC 33158中Ⅲ型聚酮合酶基因orf18的功能,利用同源双交换的方法对该基因进行同框敲除,采用异位表达的方法进行了相应的回补实验。通过高效液相色谱及液相色谱-质谱联用分析发现基因orf18的敲除会明... 为了阐明Streptomyces sahachiroi ATCC 33158中Ⅲ型聚酮合酶基因orf18的功能,利用同源双交换的方法对该基因进行同框敲除,采用异位表达的方法进行了相应的回补实验。通过高效液相色谱及液相色谱-质谱联用分析发现基因orf18的敲除会明显降低发酵产物中苯甲酸盐的含量,回补该基因能够在一定程度上恢复苯甲酸盐的产量,表明orf18在原宿主中极有可能参与苯甲酸盐的生物合成。 展开更多
关键词 链霉菌 同源双交换 同框敲除 基因回补 苯甲酸盐
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千层塔中Ⅲ型聚酮合酶基因的克隆、表达与功能鉴定
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作者 叶金翠 张萍 +4 位作者 孙洁胤 郭潮潭 陈国神 阿部郁朗 野口博司 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1273-1278,共6页
Ⅲ型聚酮合酶是以合成聚酮类化合物为主的一类重要生物合成酶。本文利用逆转录聚合酶链反应从中草药千层塔新鲜嫩叶中扩增聚酮合酶基因,得到一个Ⅲ型聚酮合酶全长cDNA。该基因全长1212 bp,编码404个氨基酸。与已知的其他植物来源的聚酮... Ⅲ型聚酮合酶是以合成聚酮类化合物为主的一类重要生物合成酶。本文利用逆转录聚合酶链反应从中草药千层塔新鲜嫩叶中扩增聚酮合酶基因,得到一个Ⅲ型聚酮合酶全长cDNA。该基因全长1212 bp,编码404个氨基酸。与已知的其他植物来源的聚酮合酶氨基酸序列有约50%~66%的同源性。cDNA经双酶切后克隆至pQE81L,并导入大肠杆菌(E.coli)M15中表达,产生大量带寡聚组氨酸标记的重组酶,重组酶分子质量大小约为46.4 kDa。酶活性鉴定研究表明,该重组酶可催化芳香族底物、脂肪族底物生成系列非天然聚酮产物,尤其是其可催化N-甲基邻氨基苯甲酰CoA和丙二酰CoA生成1,3-二羟基-N-甲基-吖啶酮,吖啶酮生物碱一直被认为只能由吖啶酮合酶合成。该工作为研究千层塔中Ⅲ型聚酮合酶在天然药物石杉碱甲生物合成中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 千层塔 基因克隆
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地衣型真菌皮革肾岛衣中1个Ⅲ型聚酮合酶基因的克隆与鉴定
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作者 原晓龙 华梅 +2 位作者 陈剑 王娟 王毅 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2146-2152,共7页
该研究通过对皮革肾岛衣地衣型真菌转录组数据的分析,利用RT-PCR技术,首次克隆得到1个Ⅲ型聚酮合酶基因(NpPKS3),并分析该基因在不同培养基上的表达,以选择皮革肾岛衣地衣型真菌的最佳培养基,为研究NpPKS3基因功能奠定基础,并为异源表... 该研究通过对皮革肾岛衣地衣型真菌转录组数据的分析,利用RT-PCR技术,首次克隆得到1个Ⅲ型聚酮合酶基因(NpPKS3),并分析该基因在不同培养基上的表达,以选择皮革肾岛衣地衣型真菌的最佳培养基,为研究NpPKS3基因功能奠定基础,并为异源表达皮革肾岛衣地衣型真菌的聚酮类化合物提供研究材料。结果表明:(1)NpPKS3基因(GenBank登录号MF351559)全长1 335bp,编码444个氨基酸,其产物为NpPKS3蛋白,在细胞质基质中发挥功能。(2)系统进化分析显示,NpPKS3基因编码的氨基酸序列与Ⅲ型聚酮合酶的csyB亚组聚为一支,推测该基因编码csyB类酶蛋白。(3)采用"一菌多产物"策略研究发现,NpPKS3基因在BMG培养基中表达能力最强,在BD培养基上表达能力最弱。 展开更多
关键词 皮革肾岛衣 分子系统进化分析 一菌多产物
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内生放线菌A00122中germicidin生物合成基因的克隆
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作者 吴莹莹 李瑶瑶 +2 位作者 郑忠辉 白林泉 黄耀坚 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期598-602,共5页
在植物和细菌中,Ⅲ型聚酮合酶能够产生种类多样的次生代谢产物.在药用植物内生放线菌A00122的发酵产物中,分离到了一个已知的Ⅲ型聚酮类化合物germicidin.对A00122菌株建立了基因组文库,根据已知的同源基因Sco7221设计引物作为探针对文... 在植物和细菌中,Ⅲ型聚酮合酶能够产生种类多样的次生代谢产物.在药用植物内生放线菌A00122的发酵产物中,分离到了一个已知的Ⅲ型聚酮类化合物germicidin.对A00122菌株建立了基因组文库,根据已知的同源基因Sco7221设计引物作为探针对文库进行PCR筛选,并通过Southern杂交的方法从阳性克隆5-3-10中定位了包含germi-cidin基因的片段,经测序得到长度为1 185 bp的完整合成基因.该基因的获得为深入研究Ⅲ型聚酮合酶的底物选择性,通过定向改造的方法获得非天然Ⅲ型聚酮类化合物提供了重要基础. 展开更多
关键词 germicidin 基因克隆
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植物Ⅲ型聚酮合酶的研究进展 被引量:8
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作者 张萍 陈国神 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期309-313,共5页
综述了近10年来从植物中克隆、鉴定的型聚酮合酶(PKS)的研究进展。型PKS即查耳酮合酶超家族,能催化生成一系列结构各异、具有不同生理活性、具有查耳酮合酶(CHS)基本骨架的植物次生代谢产物,对这些PKS的基因进行调控可用于合成一些难以... 综述了近10年来从植物中克隆、鉴定的型聚酮合酶(PKS)的研究进展。型PKS即查耳酮合酶超家族,能催化生成一系列结构各异、具有不同生理活性、具有查耳酮合酶(CHS)基本骨架的植物次生代谢产物,对这些PKS的基因进行调控可用于合成一些难以化学合成的新型天然化合物。目前,国内对Ⅲ型PKS在药学领域的应用研究甚少,此研究对于活性成分的生物合成具有重要意义。 展开更多
关键词 (PKS) 生物 查耳
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基于定点突变的植物Ⅲ型聚酮合酶结构与功能研究进展 被引量:3
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作者 李星 陈默 +1 位作者 柴团耀 王红 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期473-488,共16页
植物Ⅲ型聚酮合酶(Polyketide synthases,PKSs)催化形成一系列结构迥异、生理活性不同的聚酮类化合物的基本骨架结构,是聚酮类化合物生物合成途径的关键酶。目前已从植物中克隆和鉴定了多种功能不同的Ⅲ型PKSs。定点突变技术是研究蛋白... 植物Ⅲ型聚酮合酶(Polyketide synthases,PKSs)催化形成一系列结构迥异、生理活性不同的聚酮类化合物的基本骨架结构,是聚酮类化合物生物合成途径的关键酶。目前已从植物中克隆和鉴定了多种功能不同的Ⅲ型PKSs。定点突变技术是研究蛋白质结构与功能之间复杂关系的重要方法。文中综述了近年来基于定点突变的植物Ⅲ型PKSs结构与功能关系的研究进展,包括利用定点突变技术修饰各种可能影响植物Ⅲ型PKSs结构的氨基酸残基,来研究其对功能的影响(如控制起始底物的特异性、缩合反应次数以及中间产物环化方式),以期为植物Ⅲ型PKSs结构与功能关系的研究提供参考。 展开更多
关键词 类化 植物 结构与功能 定点突变
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月季新型PKSⅢ基因的生物信息学分析及原核表达 被引量:1
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作者 汪王 吉乃喆 +2 位作者 崔娇鹏 赵世伟 赵惠恩 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2022年第12期97-107,共11页
【目的】对月季Ⅲ型聚酮合酶基因(RcPKSⅢ)进行生物信息学和原核表达分析,为进一步探究该基因的催化功能奠定基础。【方法】以‘月月粉’花瓣为研究材料,从其基因组中筛选月季PKS基因(RcPKSs)家族成员,并对其进行生物信息学分析;利用MEG... 【目的】对月季Ⅲ型聚酮合酶基因(RcPKSⅢ)进行生物信息学和原核表达分析,为进一步探究该基因的催化功能奠定基础。【方法】以‘月月粉’花瓣为研究材料,从其基因组中筛选月季PKS基因(RcPKSs)家族成员,并对其进行生物信息学分析;利用MEGA软件对RcPKSs与其他植物PKS氨基酸序列进行系统发育分析;利用DNAMAN软件对RcPKSs和紫花苜蓿查尔酮合酶2(CHS2)基因进行序列比对分析;对RcPKSs和紫花苜蓿CHS2活性位点上的氨基酸残基进行比较,分析其催化特征;利用SWISS-MODEL对RcPKSs进行同源建模,并与紫花苜蓿CHS2蛋白三维结构进行比较。利用实时荧光定量PCR方法,分析RcPKSs和间苯三酚甲基化酶编码基因在‘月月粉’花蕾期、半开期和盛开期的表达模式;克隆RcPKSs基因全长,构建其原核表达载体pET-32a-RcPKSs,进行诱导表达,并对重组蛋白进行纯化。【结果】从‘月月粉’基因组中共鉴定出6个RcPKSs,生物信息学分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3为CHS基因,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6为新型PKSⅢ基因。系统发育分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3编码CHS蛋白,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6编码新型的非CHS蛋白。序列比对分析表明,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3蛋白与紫花苜蓿CHS2相似度均为72.16%,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6与紫花苜蓿CHS2相似度分别为67.52%,33.85%和32.73%。活性位点上氨基酸残基比较发现,RcPKS1、RcPKS2和RcPKS3活性位点上氨基酸残基均保守,RcPKS4氨基酸残基在起始口袋和延伸口袋处发生替换,RcPKS5和RcPKS6氨基酸残基均在延伸口袋处发生替换。对RcPKSs蛋白质结构的分析结果显示,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6蛋白质采用了几乎相同的αβαβα三维整体折叠形式。实时荧光定量分析表明,RcPKS4、RcPKS5和RcPKS6表达量在‘月月粉’花朵盛开期最高,间苯三酚O-甲基转移酶基因(POMT)、苔黑酚O-甲基转移酶基因1(OOMT1)和OOMT2表达量在盛开期最低。聚丙烯酰� 展开更多
关键词 月季 基因 原核表达 生物信息学
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植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化分析 被引量:2
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作者 王波 孙君社 +2 位作者 翟玉盼 孙立伟 张秀清 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期83-89,94,共8页
Ⅲ型聚酮合酶(type Ⅲ polyketide synthase,PKSⅢ)广泛存在于细菌、真菌和植物中,目前数据库中已积累了大量的序列资料。为了进一步了解植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化,以及其作为系统进化研究材料的可能性,选取了75条来自不同植... Ⅲ型聚酮合酶(type Ⅲ polyketide synthase,PKSⅢ)广泛存在于细菌、真菌和植物中,目前数据库中已积累了大量的序列资料。为了进一步了解植物Ⅲ型聚酮合酶基因家族的分子进化,以及其作为系统进化研究材料的可能性,选取了75条来自不同植物物种包括苔藓类植物、蕨类植物、裸子植物、单子叶植物和双子叶植物的PKSⅢ蛋白序列,用CLUSTAL X软件对其氨基酸序列进行了比对,并用邻位相接法构建了系统进化树。结果表明,尽管不同来源的PKSⅢ序列表现了很大的差异,但保守结构域CHS-like所包含的主要功能位点半胱氨酸(Cys184)、苯丙氨酸残基(Phe236和Phe286)、组氨酸残基(His335)、天冬酰氨残基(Asn369)在各植物物种中具有很好的保守性;同时发现,在植物PKSⅢ序列中多数的Cys位点均具有较好的保守性,而且蕨类植物PKSⅢ和单子叶植物PKSⅢ在Cys保守位点有很好的相似性;进一步构建分子进化树表明,PKSⅢ基因基本上首先根据功能而聚类,明显地划分为CHSs和non-CHSs两类,其次按照不同的植物物种聚类。 展开更多
关键词 植物 序列比对 分子进化
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