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酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析
被引量：
1
1
作者
胡俊
潘志锋
张静
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期594-600,607,共8页
分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动...
分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
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关键词
酵母基因
启动子
转录频率
加权Markov链模型
模糊相对熵
原文传递
不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
2
作者
潘志锋
张静
《生物信息学》
2010年第4期325-329,共5页
不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近...
不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。
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关键词
酵母基因
转录频率
启动子
MARKOV模型
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职称材料
植物基因转录起始频率分析
被引量：
1
3
作者
张扬
徐国华
樊龙江
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第2期119-122,共4页
利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或17...
利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析获得的数据,建立了植物基因转录频率数据库(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于该数据库第2版(Release 2.0)的数据.
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关键词
转录位点
转录起始频率
UNIGENE
PIFdb
水稻
拟南芥
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职称材料
预测酵母内含子中的转录调控元件(英文)
4
作者
胡俊
韩莹
毛谨
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
2005年第1期1-5,10,共6页
基于酵母基因非编码序列中寡核苷酸的出现频率 ,拟用期望频率法从转录效率较高的内含子序列中提取到一些过表达的寡核苷酸。将提取的寡核苷酸与其它方法获得的结果和试验证实的转录因子结合位点相比较 ,结果显示这些寡核苷酸可能是潜在...
基于酵母基因非编码序列中寡核苷酸的出现频率 ,拟用期望频率法从转录效率较高的内含子序列中提取到一些过表达的寡核苷酸。将提取的寡核苷酸与其它方法获得的结果和试验证实的转录因子结合位点相比较 ,结果显示这些寡核苷酸可能是潜在的转录因子结合位点。
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关键词
内含子
转录调控元件
酵母
期望频率
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职称材料
题名
酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析
被引量：
1
1
作者
胡俊
潘志锋
张静
机构
云南大学生命科学院生物资源保护与利用重点实验室
云南大学统计系
出处
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期594-600,607,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(30360027)
云南省应用基础研究基金资助项目(2007A023M)
文摘
分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
关键词
酵母基因
启动子
转录频率
加权Markov链模型
模糊相对熵
Keywords
yeast
gene
promoter
transcriptional
frequency
weighted
Markov
chain
model
fuzzy
relative
entropy
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
2
作者
潘志锋
张静
机构
云南大学数学与统计学院
出处
《生物信息学》
2010年第4期325-329,共5页
基金
国家自然科学基金(30360027)
云南省应用研究基金(2007A023M)资金项目资助
文摘
不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。
关键词
酵母基因
转录频率
启动子
MARKOV模型
Keywords
yeast
gene
transcriptional
frequency
promoter
Markov
model
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
植物基因转录起始频率分析
被引量：
1
3
作者
张扬
徐国华
樊龙江
机构
浙江大学IBM生物计算实验室
浙江大学作物科学研究所
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第2期119-122,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(3017018190208022)
文摘
利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析获得的数据,建立了植物基因转录频率数据库(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于该数据库第2版(Release 2.0)的数据.
关键词
转录位点
转录起始频率
UNIGENE
PIFdb
水稻
拟南芥
Keywords
transcriptional
initiation
site
transcriptional
initiation
frequency
UniGene
PIFdb
Oryza
sativa
Arabidopsis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
预测酵母内含子中的转录调控元件(英文)
4
作者
胡俊
韩莹
毛谨
机构
云南农业大学基础信息工程学院
云南农业大学外语学院
云南农业大学水利水电与建筑学院
出处
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
2005年第1期1-5,10,共6页
基金
云南农业大学青年基金项目 (A2 0 0 2 0 0 2 )
云南农业大学课程建设项目
文摘
基于酵母基因非编码序列中寡核苷酸的出现频率 ,拟用期望频率法从转录效率较高的内含子序列中提取到一些过表达的寡核苷酸。将提取的寡核苷酸与其它方法获得的结果和试验证实的转录因子结合位点相比较 ,结果显示这些寡核苷酸可能是潜在的转录因子结合位点。
关键词
内含子
转录调控元件
酵母
期望频率
Keywords
introns
transcriptional
regulatory
element
yeast
expected
frequency
分类号
Q74 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析
胡俊
潘志锋
张静
《云南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
原文传递
2
不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
潘志锋
张静
《生物信息学》
2010
0
下载PDF
职称材料
3
植物基因转录起始频率分析
张扬
徐国华
樊龙江
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2006
1
下载PDF
职称材料
4
预测酵母内含子中的转录调控元件(英文)
胡俊
韩莹
毛谨
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
2005
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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